src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  20 \r
  21   //---------------------------------/\r
  22  //- Imported classes and packages -/\r
  23 //---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import jalview.schemabinding.version2.Sequence;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * Class SequenceDescriptor.\r
  29  * \r
  30  * @version $Revision$ $Date$\r
  31  */\r
  32 public class SequenceDescriptor extends jalview.schemabinding.version2.descriptors.SequenceTypeDescriptor {\r
  33 \r
  34 \r
  35       //--------------------------/\r
  36      //- Class/Member Variables -/\r
  37     //--------------------------/\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _elementDefinition.\r
  41      */\r
  42     private boolean _elementDefinition;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * Field _nsPrefix.\r
  46      */\r
  47     private java.lang.String _nsPrefix;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _nsURI.\r
  51      */\r
  52     private java.lang.String _nsURI;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _xmlName.\r
  56      */\r
  57     private java.lang.String _xmlName;\r
  58 \r
  59 \r
  60       //----------------/\r
  61      //- Constructors -/\r
  62     //----------------/\r
  63 \r
  64     public SequenceDescriptor() {\r
  65         super();\r
  66         setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.SequenceTypeDescriptor());\r
  67         _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
  68         _xmlName = "Sequence";\r
  69         _elementDefinition = true;\r
  70         \r
  71         //-- set grouping compositor\r
  72         setCompositorAsSequence();\r
  73         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
  74         org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
  75         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
  76         //-- initialize attribute descriptors\r
  77         \r
  78         //-- _dsseqid\r
  79         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_dsseqid", "dsseqid", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  80         desc.setImmutable(true);\r
  81         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
  82             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
  83                 throws IllegalStateException\r
  84             {\r
  85                 Sequence target = (Sequence) object;\r
  86                 return target.getDsseqid();\r
  87             }\r
  88             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
  89                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  90             {\r
  91                 try {\r
  92                     Sequence target = (Sequence) object;\r
  93                     target.setDsseqid( (java.lang.String) value);\r
  94                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
  95                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
  96                 }\r
  97             }\r
  98             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
  99                 return null;\r
 100             }\r
 101         };\r
 102         desc.setHandler(handler);\r
 103         desc.setMultivalued(false);\r
 104         addFieldDescriptor(desc);\r
 105         \r
 106         //-- validation code for: _dsseqid\r
 107         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 108         { //-- local scope\r
 109             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 110             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 111             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 112             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 113         }\r
 114         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 115         //-- initialize element descriptors\r
 116         \r
 117         //-- _DBRefList\r
 118         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.DBRef.class, "_DBRefList", "DBRef", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 119         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 120             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 121                 throws IllegalStateException\r
 122             {\r
 123                 Sequence target = (Sequence) object;\r
 124                 return target.getDBRef();\r
 125             }\r
 126             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 127                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 128             {\r
 129                 try {\r
 130                     Sequence target = (Sequence) object;\r
 131                     target.addDBRef( (jalview.schemabinding.version2.DBRef) value);\r
 132                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 133                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 134                 }\r
 135             }\r
 136             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 137                 try {\r
 138                     Sequence target = (Sequence) object;\r
 139                     target.removeAllDBRef();\r
 140                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 141                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 142                 }\r
 143             }\r
 144             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 145                 return new jalview.schemabinding.version2.DBRef();\r
 146             }\r
 147         };\r
 148         desc.setHandler(handler);\r
 149         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 150         desc.setMultivalued(true);\r
 151         addFieldDescriptor(desc);\r
 152         \r
 153         //-- validation code for: _DBRefList\r
 154         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 155         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 156         { //-- local scope\r
 157         }\r
 158         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 159     }\r
 160 \r
 161 \r
 162       //-----------/\r
 163      //- Methods -/\r
 164     //-----------/\r
 165 \r
 166     /**\r
 167      * Method getAccessMode.\r
 168      * \r
 169      * @return the access mode specified for this class.\r
 170      */\r
 171     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
 172     ) {\r
 173         return null;\r
 174     }\r
 175 \r
 176     /**\r
 177      * Method getIdentity.\r
 178      * \r
 179      * @return the identity field, null if this class has no\r
 180      * identity.\r
 181      */\r
 182     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
 183     ) {\r
 184         return super.getIdentity();\r
 185     }\r
 186 \r
 187     /**\r
 188      * Method getJavaClass.\r
 189      * \r
 190      * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 191      */\r
 192     public java.lang.Class getJavaClass(\r
 193     ) {\r
 194         return jalview.schemabinding.version2.Sequence.class;\r
 195     }\r
 196 \r
 197     /**\r
 198      * Method getNameSpacePrefix.\r
 199      * \r
 200      * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 201      */\r
 202     public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
 203     ) {\r
 204         return _nsPrefix;\r
 205     }\r
 206 \r
 207     /**\r
 208      * Method getNameSpaceURI.\r
 209      * \r
 210      * @return the namespace URI used when marshaling and\r
 211      * unmarshaling as XML.\r
 212      */\r
 213     public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
 214     ) {\r
 215         return _nsURI;\r
 216     }\r
 217 \r
 218     /**\r
 219      * Method getValidator.\r
 220      * \r
 221      * @return a specific validator for the class described by this\r
 222      * ClassDescriptor.\r
 223      */\r
 224     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
 225     ) {\r
 226         return this;\r
 227     }\r
 228 \r
 229     /**\r
 230      * Method getXMLName.\r
 231      * \r
 232      * @return the XML Name for the Class being described.\r
 233      */\r
 234     public java.lang.String getXMLName(\r
 235     ) {\r
 236         return _xmlName;\r
 237     }\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * Method isElementDefinition.\r
 241      * \r
 242      * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
 243      * of a global\r
 244      * element or element with anonymous type definition.\r
 245      */\r
 246     public boolean isElementDefinition(\r
 247     ) {\r
 248         return _elementDefinition;\r
 249     }\r
 250 \r
 251 }\r