src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  *******************************************************************************/
  18 /*
  19  * This class was automatically generated with
  20  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  21  * Schema.
  22  * $Id$
  23  */
  24
  25 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  26
  27   //---------------------------------/
  28  //- Imported classes and packages -/
  29 //---------------------------------/
  30
  31 import jalview.schemabinding.version2.Sequence;
  32
  33 /**
  34  * Class SequenceDescriptor.
  35  *
  36  * @version $Revision$ $Date$
  37  */
  38 public class SequenceDescriptor extends jalview.schemabinding.version2.descriptors.SequenceTypeDescriptor {
  39
  40
  41       //--------------------------/
  42      //- Class/Member Variables -/
  43     //--------------------------/
  44
  45     /**
  46      * Field _elementDefinition.
  47      */
  48     private boolean _elementDefinition;
  49
  50     /**
  51      * Field _nsPrefix.
  52      */
  53     private java.lang.String _nsPrefix;
  54
  55     /**
  56      * Field _nsURI.
  57      */
  58     private java.lang.String _nsURI;
  59
  60     /**
  61      * Field _xmlName.
  62      */
  63     private java.lang.String _xmlName;
  64
  65
  66       //----------------/
  67      //- Constructors -/
  68     //----------------/
  69
  70     public SequenceDescriptor() {
  71         super();
  72         setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.SequenceTypeDescriptor());
  73         _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";
  74         _xmlName = "Sequence";
  75         _elementDefinition = true;
  76
  77         //-- set grouping compositor
  78         setCompositorAsSequence();
  79         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;
  80         org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;
  81         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;
  82         //-- initialize attribute descriptors
  83
  84         //-- _dsseqid
  85         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_dsseqid", "dsseqid", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  86         desc.setImmutable(true);
  87         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
  88             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
  89                 throws IllegalStateException
  90             {
  91                 Sequence target = (Sequence) object;
  92                 return target.getDsseqid();
  93             }
  94             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  95                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  96             {
  97                 try {
  98                     Sequence target = (Sequence) object;
  99                     target.setDsseqid( (java.lang.String) value);
 100                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 101                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 102                 }
 103             }
 104             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 105                 return null;
 106             }
 107         };
 108         desc.setHandler(handler);
 109         desc.setMultivalued(false);
 110         addFieldDescriptor(desc);
 111
 112         //-- validation code for: _dsseqid
 113         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 114         { //-- local scope
 115             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 116             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 117             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 118             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 119         }
 120         desc.setValidator(fieldValidator);
 121         //-- initialize element descriptors
 122
 123         //-- _DBRefList
 124         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.DBRef.class, "_DBRefList", "DBRef", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 125         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 126             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 127                 throws IllegalStateException
 128             {
 129                 Sequence target = (Sequence) object;
 130                 return target.getDBRef();
 131             }
 132             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 133                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 134             {
 135                 try {
 136                     Sequence target = (Sequence) object;
 137                     target.addDBRef( (jalview.schemabinding.version2.DBRef) value);
 138                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 139                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 140                 }
 141             }
 142             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {
 143                 try {
 144                     Sequence target = (Sequence) object;
 145                     target.removeAllDBRef();
 146                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 147                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 148                 }
 149             }
 150             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 151                 return new jalview.schemabinding.version2.DBRef();
 152             }
 153         };
 154         desc.setHandler(handler);
 155         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
 156         desc.setMultivalued(true);
 157         addFieldDescriptor(desc);
 158
 159         //-- validation code for: _DBRefList
 160         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 161         fieldValidator.setMinOccurs(0);
 162         { //-- local scope
 163         }
 164         desc.setValidator(fieldValidator);
 165     }
 166
 167
 168       //-----------/
 169      //- Methods -/
 170     //-----------/
 171
 172     /**
 173      * Method getAccessMode.
 174      *
 175      * @return the access mode specified for this class.
 176      */
 177     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(
 178     ) {
 179         return null;
 180     }
 181
 182     /**
 183      * Method getIdentity.
 184      *
 185      * @return the identity field, null if this class has no
 186      * identity.
 187      */
 188     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(
 189     ) {
 190         return super.getIdentity();
 191     }
 192
 193     /**
 194      * Method getJavaClass.
 195      *
 196      * @return the Java class represented by this descriptor.
 197      */
 198     public java.lang.Class getJavaClass(
 199     ) {
 200         return jalview.schemabinding.version2.Sequence.class;
 201     }
 202
 203     /**
 204      * Method getNameSpacePrefix.
 205      *
 206      * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 207      */
 208     public java.lang.String getNameSpacePrefix(
 209     ) {
 210         return _nsPrefix;
 211     }
 212
 213     /**
 214      * Method getNameSpaceURI.
 215      *
 216      * @return the namespace URI used when marshaling and
 217      * unmarshaling as XML.
 218      */
 219     public java.lang.String getNameSpaceURI(
 220     ) {
 221         return _nsURI;
 222     }
 223
 224     /**
 225      * Method getValidator.
 226      *
 227      * @return a specific validator for the class described by this
 228      * ClassDescriptor.
 229      */
 230     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(
 231     ) {
 232         return this;
 233     }
 234
 235     /**
 236      * Method getXMLName.
 237      *
 238      * @return the XML Name for the Class being described.
 239      */
 240     public java.lang.String getXMLName(
 241     ) {
 242         return _xmlName;
 243     }
 244
 245     /**
 246      * Method isElementDefinition.
 247      *
 248      * @return true if XML schema definition of this Class is that
 249      * of a global
 250      * element or element with anonymous type definition.
 251      */
 252     public boolean isElementDefinition(
 253     ) {
 254         return _elementDefinition;
 255     }
 256
 257 }