src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  19 \r
  20 //---------------------------------/\r
  21 //- Imported classes and packages -/\r
  22 //---------------------------------/\r
  23 \r
  24 import jalview.schemabinding.version2.Tree;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class TreeDescriptor.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class TreeDescriptor extends\r
  32         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
  33 {\r
  34 \r
  35   // --------------------------/\r
  36   // - Class/Member Variables -/\r
  37   // --------------------------/\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field _elementDefinition.\r
  41    */\r
  42   private boolean _elementDefinition;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * Field _nsPrefix.\r
  46    */\r
  47   private java.lang.String _nsPrefix;\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Field _nsURI.\r
  51    */\r
  52   private java.lang.String _nsURI;\r
  53 \r
  54   /**\r
  55    * Field _xmlName.\r
  56    */\r
  57   private java.lang.String _xmlName;\r
  58 \r
  59   // ----------------/\r
  60   // - Constructors -/\r
  61   // ----------------/\r
  62 \r
  63   public TreeDescriptor()\r
  64   {\r
  65     super();\r
  66     _nsURI = "www.jalview.org";\r
  67     _xmlName = "tree";\r
  68     _elementDefinition = true;\r
  69 \r
  70     // -- set grouping compositor\r
  71     setCompositorAsSequence();\r
  72     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
  73     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
  74     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
  75     // -- initialize attribute descriptors\r
  76 \r
  77     // -- _width\r
  78     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
  79             java.lang.Integer.TYPE, "_width", "width",\r
  80             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  81     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
  82     {\r
  83       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
  84               throws IllegalStateException\r
  85       {\r
  86         Tree target = (Tree) object;\r
  87         if (!target.hasWidth())\r
  88         {\r
  89           return null;\r
  90         }\r
  91         return new java.lang.Integer(target.getWidth());\r
  92       }\r
  93 \r
  94       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
  95               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  96       {\r
  97         try\r
  98         {\r
  99           Tree target = (Tree) object;\r
 100           // if null, use delete method for optional primitives\r
 101           if (value == null)\r
 102           {\r
 103             target.deleteWidth();\r
 104             return;\r
 105           }\r
 106           target.setWidth(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 107         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 108         {\r
 109           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 110         }\r
 111       }\r
 112 \r
 113       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 114       {\r
 115         return null;\r
 116       }\r
 117     };\r
 118     desc.setHandler(handler);\r
 119     desc.setMultivalued(false);\r
 120     addFieldDescriptor(desc);\r
 121 \r
 122     // -- validation code for: _width\r
 123     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 124     { // -- local scope\r
 125       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 126       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 127       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 128       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 129       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 130     }\r
 131     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 132     // -- _height\r
 133     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 134             java.lang.Integer.TYPE, "_height", "height",\r
 135             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 136     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 137     {\r
 138       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 139               throws IllegalStateException\r
 140       {\r
 141         Tree target = (Tree) object;\r
 142         if (!target.hasHeight())\r
 143         {\r
 144           return null;\r
 145         }\r
 146         return new java.lang.Integer(target.getHeight());\r
 147       }\r
 148 \r
 149       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 150               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 151       {\r
 152         try\r
 153         {\r
 154           Tree target = (Tree) object;\r
 155           // if null, use delete method for optional primitives\r
 156           if (value == null)\r
 157           {\r
 158             target.deleteHeight();\r
 159             return;\r
 160           }\r
 161           target.setHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 162         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 163         {\r
 164           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 165         }\r
 166       }\r
 167 \r
 168       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 169       {\r
 170         return null;\r
 171       }\r
 172     };\r
 173     desc.setHandler(handler);\r
 174     desc.setMultivalued(false);\r
 175     addFieldDescriptor(desc);\r
 176 \r
 177     // -- validation code for: _height\r
 178     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 179     { // -- local scope\r
 180       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 181       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 182       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 183       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 184       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 185     }\r
 186     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 187     // -- _xpos\r
 188     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 189             java.lang.Integer.TYPE, "_xpos", "xpos",\r
 190             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 191     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 192     {\r
 193       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 194               throws IllegalStateException\r
 195       {\r
 196         Tree target = (Tree) object;\r
 197         if (!target.hasXpos())\r
 198         {\r
 199           return null;\r
 200         }\r
 201         return new java.lang.Integer(target.getXpos());\r
 202       }\r
 203 \r
 204       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 205               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 206       {\r
 207         try\r
 208         {\r
 209           Tree target = (Tree) object;\r
 210           // if null, use delete method for optional primitives\r
 211           if (value == null)\r
 212           {\r
 213             target.deleteXpos();\r
 214             return;\r
 215           }\r
 216           target.setXpos(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 217         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 218         {\r
 219           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 220         }\r
 221       }\r
 222 \r
 223       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 224       {\r
 225         return null;\r
 226       }\r
 227     };\r
 228     desc.setHandler(handler);\r
 229     desc.setMultivalued(false);\r
 230     addFieldDescriptor(desc);\r
 231 \r
 232     // -- validation code for: _xpos\r
 233     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 234     { // -- local scope\r
 235       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 236       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 237       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 238       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 239       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 240     }\r
 241     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 242     // -- _ypos\r
 243     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 244             java.lang.Integer.TYPE, "_ypos", "ypos",\r
 245             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 246     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 247     {\r
 248       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 249               throws IllegalStateException\r
 250       {\r
 251         Tree target = (Tree) object;\r
 252         if (!target.hasYpos())\r
 253         {\r
 254           return null;\r
 255         }\r
 256         return new java.lang.Integer(target.getYpos());\r
 257       }\r
 258 \r
 259       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 260               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 261       {\r
 262         try\r
 263         {\r
 264           Tree target = (Tree) object;\r
 265           // if null, use delete method for optional primitives\r
 266           if (value == null)\r
 267           {\r
 268             target.deleteYpos();\r
 269             return;\r
 270           }\r
 271           target.setYpos(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 272         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 273         {\r
 274           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 275         }\r
 276       }\r
 277 \r
 278       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 279       {\r
 280         return null;\r
 281       }\r
 282     };\r
 283     desc.setHandler(handler);\r
 284     desc.setMultivalued(false);\r
 285     addFieldDescriptor(desc);\r
 286 \r
 287     // -- validation code for: _ypos\r
 288     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 289     { // -- local scope\r
 290       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 291       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 292       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 293       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 294       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 295     }\r
 296     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 297     // -- _fontName\r
 298     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 299             java.lang.String.class, "_fontName", "fontName",\r
 300             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 301     desc.setImmutable(true);\r
 302     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 303     {\r
 304       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 305               throws IllegalStateException\r
 306       {\r
 307         Tree target = (Tree) object;\r
 308         return target.getFontName();\r
 309       }\r
 310 \r
 311       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 312               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 313       {\r
 314         try\r
 315         {\r
 316           Tree target = (Tree) object;\r
 317           target.setFontName((java.lang.String) value);\r
 318         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 319         {\r
 320           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 321         }\r
 322       }\r
 323 \r
 324       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 325       {\r
 326         return null;\r
 327       }\r
 328     };\r
 329     desc.setHandler(handler);\r
 330     desc.setMultivalued(false);\r
 331     addFieldDescriptor(desc);\r
 332 \r
 333     // -- validation code for: _fontName\r
 334     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 335     { // -- local scope\r
 336       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 337       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 338       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 339       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 340     }\r
 341     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 342     // -- _fontSize\r
 343     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 344             java.lang.Integer.TYPE, "_fontSize", "fontSize",\r
 345             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 346     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 347     {\r
 348       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 349               throws IllegalStateException\r
 350       {\r
 351         Tree target = (Tree) object;\r
 352         if (!target.hasFontSize())\r
 353         {\r
 354           return null;\r
 355         }\r
 356         return new java.lang.Integer(target.getFontSize());\r
 357       }\r
 358 \r
 359       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 360               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 361       {\r
 362         try\r
 363         {\r
 364           Tree target = (Tree) object;\r
 365           // if null, use delete method for optional primitives\r
 366           if (value == null)\r
 367           {\r
 368             target.deleteFontSize();\r
 369             return;\r
 370           }\r
 371           target.setFontSize(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 372         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 373         {\r
 374           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 375         }\r
 376       }\r
 377 \r
 378       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 379       {\r
 380         return null;\r
 381       }\r
 382     };\r
 383     desc.setHandler(handler);\r
 384     desc.setMultivalued(false);\r
 385     addFieldDescriptor(desc);\r
 386 \r
 387     // -- validation code for: _fontSize\r
 388     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 389     { // -- local scope\r
 390       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 391       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 392       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 393       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 394       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 395     }\r
 396     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 397     // -- _fontStyle\r
 398     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 399             java.lang.Integer.TYPE, "_fontStyle", "fontStyle",\r
 400             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 401     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 402     {\r
 403       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 404               throws IllegalStateException\r
 405       {\r
 406         Tree target = (Tree) object;\r
 407         if (!target.hasFontStyle())\r
 408         {\r
 409           return null;\r
 410         }\r
 411         return new java.lang.Integer(target.getFontStyle());\r
 412       }\r
 413 \r
 414       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 415               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 416       {\r
 417         try\r
 418         {\r
 419           Tree target = (Tree) object;\r
 420           // if null, use delete method for optional primitives\r
 421           if (value == null)\r
 422           {\r
 423             target.deleteFontStyle();\r
 424             return;\r
 425           }\r
 426           target.setFontStyle(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 427         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 428         {\r
 429           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 430         }\r
 431       }\r
 432 \r
 433       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 434       {\r
 435         return null;\r
 436       }\r
 437     };\r
 438     desc.setHandler(handler);\r
 439     desc.setMultivalued(false);\r
 440     addFieldDescriptor(desc);\r
 441 \r
 442     // -- validation code for: _fontStyle\r
 443     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 444     { // -- local scope\r
 445       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 446       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 447       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 448       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 449       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 450     }\r
 451     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 452     // -- _threshold\r
 453     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 454             java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold",\r
 455             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 456     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 457     {\r
 458       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 459               throws IllegalStateException\r
 460       {\r
 461         Tree target = (Tree) object;\r
 462         if (!target.hasThreshold())\r
 463         {\r
 464           return null;\r
 465         }\r
 466         return new java.lang.Float(target.getThreshold());\r
 467       }\r
 468 \r
 469       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 470               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 471       {\r
 472         try\r
 473         {\r
 474           Tree target = (Tree) object;\r
 475           // if null, use delete method for optional primitives\r
 476           if (value == null)\r
 477           {\r
 478             target.deleteThreshold();\r
 479             return;\r
 480           }\r
 481           target.setThreshold(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
 482         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 483         {\r
 484           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 485         }\r
 486       }\r
 487 \r
 488       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 489       {\r
 490         return null;\r
 491       }\r
 492     };\r
 493     desc.setHandler(handler);\r
 494     desc.setMultivalued(false);\r
 495     addFieldDescriptor(desc);\r
 496 \r
 497     // -- validation code for: _threshold\r
 498     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 499     { // -- local scope\r
 500       org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
 501       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
 502       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 503       typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
 504       typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
 505     }\r
 506     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 507     // -- _showBootstrap\r
 508     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 509             java.lang.Boolean.TYPE, "_showBootstrap", "showBootstrap",\r
 510             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 511     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 512     {\r
 513       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 514               throws IllegalStateException\r
 515       {\r
 516         Tree target = (Tree) object;\r
 517         if (!target.hasShowBootstrap())\r
 518         {\r
 519           return null;\r
 520         }\r
 521         return (target.getShowBootstrap() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 522                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 523       }\r
 524 \r
 525       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 526               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 527       {\r
 528         try\r
 529         {\r
 530           Tree target = (Tree) object;\r
 531           // if null, use delete method for optional primitives\r
 532           if (value == null)\r
 533           {\r
 534             target.deleteShowBootstrap();\r
 535             return;\r
 536           }\r
 537           target.setShowBootstrap(((java.lang.Boolean) value)\r
 538                   .booleanValue());\r
 539         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 540         {\r
 541           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 542         }\r
 543       }\r
 544 \r
 545       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 546       {\r
 547         return null;\r
 548       }\r
 549     };\r
 550     desc.setHandler(handler);\r
 551     desc.setMultivalued(false);\r
 552     addFieldDescriptor(desc);\r
 553 \r
 554     // -- validation code for: _showBootstrap\r
 555     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 556     { // -- local scope\r
 557       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 558       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 559       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 560     }\r
 561     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 562     // -- _showDistances\r
 563     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 564             java.lang.Boolean.TYPE, "_showDistances", "showDistances",\r
 565             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 566     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 567     {\r
 568       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 569               throws IllegalStateException\r
 570       {\r
 571         Tree target = (Tree) object;\r
 572         if (!target.hasShowDistances())\r
 573         {\r
 574           return null;\r
 575         }\r
 576         return (target.getShowDistances() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 577                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 578       }\r
 579 \r
 580       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 581               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 582       {\r
 583         try\r
 584         {\r
 585           Tree target = (Tree) object;\r
 586           // if null, use delete method for optional primitives\r
 587           if (value == null)\r
 588           {\r
 589             target.deleteShowDistances();\r
 590             return;\r
 591           }\r
 592           target.setShowDistances(((java.lang.Boolean) value)\r
 593                   .booleanValue());\r
 594         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 595         {\r
 596           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 597         }\r
 598       }\r
 599 \r
 600       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 601       {\r
 602         return null;\r
 603       }\r
 604     };\r
 605     desc.setHandler(handler);\r
 606     desc.setMultivalued(false);\r
 607     addFieldDescriptor(desc);\r
 608 \r
 609     // -- validation code for: _showDistances\r
 610     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 611     { // -- local scope\r
 612       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 613       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 614       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 615     }\r
 616     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 617     // -- _markUnlinked\r
 618     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 619             java.lang.Boolean.TYPE, "_markUnlinked", "markUnlinked",\r
 620             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 621     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 622     {\r
 623       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 624               throws IllegalStateException\r
 625       {\r
 626         Tree target = (Tree) object;\r
 627         if (!target.hasMarkUnlinked())\r
 628         {\r
 629           return null;\r
 630         }\r
 631         return (target.getMarkUnlinked() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 632                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 633       }\r
 634 \r
 635       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 636               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 637       {\r
 638         try\r
 639         {\r
 640           Tree target = (Tree) object;\r
 641           // if null, use delete method for optional primitives\r
 642           if (value == null)\r
 643           {\r
 644             target.deleteMarkUnlinked();\r
 645             return;\r
 646           }\r
 647           target\r
 648                   .setMarkUnlinked(((java.lang.Boolean) value)\r
 649                           .booleanValue());\r
 650         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 651         {\r
 652           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 653         }\r
 654       }\r
 655 \r
 656       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 657       {\r
 658         return null;\r
 659       }\r
 660     };\r
 661     desc.setHandler(handler);\r
 662     desc.setMultivalued(false);\r
 663     addFieldDescriptor(desc);\r
 664 \r
 665     // -- validation code for: _markUnlinked\r
 666     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 667     { // -- local scope\r
 668       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 669       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 670       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 671     }\r
 672     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 673     // -- _fitToWindow\r
 674     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 675             java.lang.Boolean.TYPE, "_fitToWindow", "fitToWindow",\r
 676             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 677     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 678     {\r
 679       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 680               throws IllegalStateException\r
 681       {\r
 682         Tree target = (Tree) object;\r
 683         if (!target.hasFitToWindow())\r
 684         {\r
 685           return null;\r
 686         }\r
 687         return (target.getFitToWindow() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 688                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 689       }\r
 690 \r
 691       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 692               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 693       {\r
 694         try\r
 695         {\r
 696           Tree target = (Tree) object;\r
 697           // if null, use delete method for optional primitives\r
 698           if (value == null)\r
 699           {\r
 700             target.deleteFitToWindow();\r
 701             return;\r
 702           }\r
 703           target.setFitToWindow(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 704         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 705         {\r
 706           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 707         }\r
 708       }\r
 709 \r
 710       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 711       {\r
 712         return null;\r
 713       }\r
 714     };\r
 715     desc.setHandler(handler);\r
 716     desc.setMultivalued(false);\r
 717     addFieldDescriptor(desc);\r
 718 \r
 719     // -- validation code for: _fitToWindow\r
 720     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 721     { // -- local scope\r
 722       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 723       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 724       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 725     }\r
 726     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 727     // -- _currentTree\r
 728     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 729             java.lang.Boolean.TYPE, "_currentTree", "currentTree",\r
 730             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 731     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 732     {\r
 733       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 734               throws IllegalStateException\r
 735       {\r
 736         Tree target = (Tree) object;\r
 737         if (!target.hasCurrentTree())\r
 738         {\r
 739           return null;\r
 740         }\r
 741         return (target.getCurrentTree() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 742                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 743       }\r
 744 \r
 745       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 746               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 747       {\r
 748         try\r
 749         {\r
 750           Tree target = (Tree) object;\r
 751           // if null, use delete method for optional primitives\r
 752           if (value == null)\r
 753           {\r
 754             target.deleteCurrentTree();\r
 755             return;\r
 756           }\r
 757           target.setCurrentTree(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 758         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 759         {\r
 760           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 761         }\r
 762       }\r
 763 \r
 764       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 765       {\r
 766         return null;\r
 767       }\r
 768     };\r
 769     desc.setHandler(handler);\r
 770     desc.setMultivalued(false);\r
 771     addFieldDescriptor(desc);\r
 772 \r
 773     // -- validation code for: _currentTree\r
 774     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 775     { // -- local scope\r
 776       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 777       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 778       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 779     }\r
 780     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 781     // -- _id\r
 782     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 783             java.lang.String.class, "_id", "id",\r
 784             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 785     super.setIdentity(desc);\r
 786     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 787     {\r
 788       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 789               throws IllegalStateException\r
 790       {\r
 791         Tree target = (Tree) object;\r
 792         return target.getId();\r
 793       }\r
 794 \r
 795       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 796               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 797       {\r
 798         try\r
 799         {\r
 800           Tree target = (Tree) object;\r
 801           target.setId((java.lang.String) value);\r
 802         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 803         {\r
 804           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 805         }\r
 806       }\r
 807 \r
 808       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 809       {\r
 810         return new java.lang.String();\r
 811       }\r
 812     };\r
 813     desc.setHandler(handler);\r
 814     desc.setMultivalued(false);\r
 815     addFieldDescriptor(desc);\r
 816 \r
 817     // -- validation code for: _id\r
 818     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 819     { // -- local scope\r
 820       org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator typeValidator;\r
 821       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator();\r
 822       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 823     }\r
 824     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 825     // -- initialize element descriptors\r
 826 \r
 827     // -- _title\r
 828     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 829             java.lang.String.class, "_title", "title",\r
 830             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 831     desc.setImmutable(true);\r
 832     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 833     {\r
 834       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 835               throws IllegalStateException\r
 836       {\r
 837         Tree target = (Tree) object;\r
 838         return target.getTitle();\r
 839       }\r
 840 \r
 841       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 842               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 843       {\r
 844         try\r
 845         {\r
 846           Tree target = (Tree) object;\r
 847           target.setTitle((java.lang.String) value);\r
 848         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 849         {\r
 850           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 851         }\r
 852       }\r
 853 \r
 854       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 855       {\r
 856         return null;\r
 857       }\r
 858     };\r
 859     desc.setHandler(handler);\r
 860     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 861     desc.setMultivalued(false);\r
 862     addFieldDescriptor(desc);\r
 863 \r
 864     // -- validation code for: _title\r
 865     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 866     { // -- local scope\r
 867       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 868       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 869       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 870       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 871     }\r
 872     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 873     // -- _newick\r
 874     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 875             java.lang.String.class, "_newick", "newick",\r
 876             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 877     desc.setImmutable(true);\r
 878     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 879     {\r
 880       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 881               throws IllegalStateException\r
 882       {\r
 883         Tree target = (Tree) object;\r
 884         return target.getNewick();\r
 885       }\r
 886 \r
 887       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 888               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 889       {\r
 890         try\r
 891         {\r
 892           Tree target = (Tree) object;\r
 893           target.setNewick((java.lang.String) value);\r
 894         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 895         {\r
 896           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 897         }\r
 898       }\r
 899 \r
 900       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 901       {\r
 902         return null;\r
 903       }\r
 904     };\r
 905     desc.setHandler(handler);\r
 906     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 907     desc.setMultivalued(false);\r
 908     addFieldDescriptor(desc);\r
 909 \r
 910     // -- validation code for: _newick\r
 911     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 912     { // -- local scope\r
 913       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 914       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 915       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 916       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 917     }\r
 918     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 919   }\r
 920 \r
 921   // -----------/\r
 922   // - Methods -/\r
 923   // -----------/\r
 924 \r
 925   /**\r
 926    * Method getAccessMode.\r
 927    * \r
 928    * @return the access mode specified for this class.\r
 929    */\r
 930   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
 931   {\r
 932     return null;\r
 933   }\r
 934 \r
 935   /**\r
 936    * Method getIdentity.\r
 937    * \r
 938    * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
 939    */\r
 940   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
 941   {\r
 942     return super.getIdentity();\r
 943   }\r
 944 \r
 945   /**\r
 946    * Method getJavaClass.\r
 947    * \r
 948    * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 949    */\r
 950   public java.lang.Class getJavaClass()\r
 951   {\r
 952     return jalview.schemabinding.version2.Tree.class;\r
 953   }\r
 954 \r
 955   /**\r
 956    * Method getNameSpacePrefix.\r
 957    * \r
 958    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 959    */\r
 960   public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
 961   {\r
 962     return _nsPrefix;\r
 963   }\r
 964 \r
 965   /**\r
 966    * Method getNameSpaceURI.\r
 967    * \r
 968    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
 969    */\r
 970   public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
 971   {\r
 972     return _nsURI;\r
 973   }\r
 974 \r
 975   /**\r
 976    * Method getValidator.\r
 977    * \r
 978    * @return a specific validator for the class described by this\r
 979    *         ClassDescriptor.\r
 980    */\r
 981   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
 982   {\r
 983     return this;\r
 984   }\r
 985 \r
 986   /**\r
 987    * Method getXMLName.\r
 988    * \r
 989    * @return the XML Name for the Class being described.\r
 990    */\r
 991   public java.lang.String getXMLName()\r
 992   {\r
 993     return _xmlName;\r
 994   }\r
 995 \r
 996   /**\r
 997    * Method isElementDefinition.\r
 998    * \r
 999    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
1000    *         element or element with anonymous type definition.\r
1001    */\r
1002   public boolean isElementDefinition()\r
1003   {\r
1004     return _elementDefinition;\r
1005   }\r
1006 \r
1007 }\r