src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  22
  23 //---------------------------------/
  24 //- Imported classes and packages -/
  25 //---------------------------------/
  26
  27 import jalview.schemabinding.version2.VAMSAS;
  28
  29 /**
  30  * Class VAMSASDescriptor.
  31  *
  32  * @version $Revision$ $Date$
  33  */
  34 public class VAMSASDescriptor extends
  35         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  36 {
  37
  38   // --------------------------/
  39   // - Class/Member Variables -/
  40   // --------------------------/
  41
  42   /**
  43    * Field _elementDefinition.
  44    */
  45   private boolean _elementDefinition;
  46
  47   /**
  48    * Field _nsPrefix.
  49    */
  50   private java.lang.String _nsPrefix;
  51
  52   /**
  53    * Field _nsURI.
  54    */
  55   private java.lang.String _nsURI;
  56
  57   /**
  58    * Field _xmlName.
  59    */
  60   private java.lang.String _xmlName;
  61
  62   // ----------------/
  63   // - Constructors -/
  64   // ----------------/
  65
  66   public VAMSASDescriptor()
  67   {
  68     super();
  69     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";
  70     _xmlName = "VAMSAS";
  71     _elementDefinition = false;
  72
  73     // -- set grouping compositor
  74     setCompositorAsSequence();
  75     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  76     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  77     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  78     // -- initialize attribute descriptors
  79
  80     // -- initialize element descriptors
  81
  82     // -- _treeList
  83     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  84             java.lang.String.class, "_treeList", "Tree",
  85             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
  86     desc.setImmutable(true);
  87     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  88     {
  89       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  90               throws IllegalStateException
  91       {
  92         VAMSAS target = (VAMSAS) object;
  93         return target.getTree();
  94       }
  95
  96       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  97               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  98       {
  99         try
 100         {
 101           VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 102           target.addTree((java.lang.String) value);
 103         } catch (java.lang.Exception ex)
 104         {
 105           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 106         }
 107       }
 108
 109       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 110               IllegalArgumentException
 111       {
 112         try
 113         {
 114           VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 115           target.removeAllTree();
 116         } catch (java.lang.Exception ex)
 117         {
 118           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 119         }
 120       }
 121
 122       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 123       {
 124         return null;
 125       }
 126     };
 127     desc.setHandler(handler);
 128     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
 129     desc.setMultivalued(true);
 130     addFieldDescriptor(desc);
 131
 132     // -- validation code for: _treeList
 133     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 134     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 135     { // -- local scope
 136       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 137       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 138       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 139       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 140     }
 141     desc.setValidator(fieldValidator);
 142     // -- _sequenceSetList
 143     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 144             jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class,
 145             "_sequenceSetList", "SequenceSet",
 146             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 147     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 148     {
 149       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 150               throws IllegalStateException
 151       {
 152         VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 153         return target.getSequenceSet();
 154       }
 155
 156       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 157               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 158       {
 159         try
 160         {
 161           VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 162           target.addSequenceSet((jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) value);
 163         } catch (java.lang.Exception ex)
 164         {
 165           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 166         }
 167       }
 168
 169       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 170               IllegalArgumentException
 171       {
 172         try
 173         {
 174           VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 175           target.removeAllSequenceSet();
 176         } catch (java.lang.Exception ex)
 177         {
 178           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 179         }
 180       }
 181
 182       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 183       {
 184         return new jalview.schemabinding.version2.SequenceSet();
 185       }
 186     };
 187     desc.setHandler(handler);
 188     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
 189     desc.setMultivalued(true);
 190     addFieldDescriptor(desc);
 191
 192     // -- validation code for: _sequenceSetList
 193     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 194     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 195     { // -- local scope
 196     }
 197     desc.setValidator(fieldValidator);
 198   }
 199
 200   // -----------/
 201   // - Methods -/
 202   // -----------/
 203
 204   /**
 205    * Method getAccessMode.
 206    *
 207    * @return the access mode specified for this class.
 208    */
 209   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
 210   {
 211     return null;
 212   }
 213
 214   /**
 215    * Method getIdentity.
 216    *
 217    * @return the identity field, null if this class has no identity.
 218    */
 219   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
 220   {
 221     return super.getIdentity();
 222   }
 223
 224   /**
 225    * Method getJavaClass.
 226    *
 227    * @return the Java class represented by this descriptor.
 228    */
 229   public java.lang.Class getJavaClass()
 230   {
 231     return jalview.schemabinding.version2.VAMSAS.class;
 232   }
 233
 234   /**
 235    * Method getNameSpacePrefix.
 236    *
 237    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 238    */
 239   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
 240   {
 241     return _nsPrefix;
 242   }
 243
 244   /**
 245    * Method getNameSpaceURI.
 246    *
 247    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
 248    */
 249   public java.lang.String getNameSpaceURI()
 250   {
 251     return _nsURI;
 252   }
 253
 254   /**
 255    * Method getValidator.
 256    *
 257    * @return a specific validator for the class described by this
 258    *         ClassDescriptor.
 259    */
 260   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
 261   {
 262     return this;
 263   }
 264
 265   /**
 266    * Method getXMLName.
 267    *
 268    * @return the XML Name for the Class being described.
 269    */
 270   public java.lang.String getXMLName()
 271   {
 272     return _xmlName;
 273   }
 274
 275   /**
 276    * Method isElementDefinition.
 277    *
 278    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
 279    *         element or element with anonymous type definition.
 280    */
 281   public boolean isElementDefinition()
 282   {
 283     return _elementDefinition;
 284   }
 285
 286 }