src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  20
  21 //---------------------------------/
  22 //- Imported classes and packages -/
  23 //---------------------------------/
  24
  25 import jalview.schemabinding.version2.VAMSAS;
  26
  27 /**
  28  * Class VAMSASDescriptor.
  29  *
  30  * @version $Revision$ $Date$
  31  */
  32 public class VAMSASDescriptor extends
  33         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  34 {
  35
  36   // --------------------------/
  37   // - Class/Member Variables -/
  38   // --------------------------/
  39
  40   /**
  41    * Field _elementDefinition.
  42    */
  43   private boolean _elementDefinition;
  44
  45   /**
  46    * Field _nsPrefix.
  47    */
  48   private java.lang.String _nsPrefix;
  49
  50   /**
  51    * Field _nsURI.
  52    */
  53   private java.lang.String _nsURI;
  54
  55   /**
  56    * Field _xmlName.
  57    */
  58   private java.lang.String _xmlName;
  59
  60   // ----------------/
  61   // - Constructors -/
  62   // ----------------/
  63
  64   public VAMSASDescriptor()
  65   {
  66     super();
  67     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";
  68     _xmlName = "VAMSAS";
  69     _elementDefinition = false;
  70
  71     // -- set grouping compositor
  72     setCompositorAsSequence();
  73     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  74     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  75     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  76     // -- initialize attribute descriptors
  77
  78     // -- initialize element descriptors
  79
  80     // -- _treeList
  81     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  82             java.lang.String.class, "_treeList", "Tree",
  83             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
  84     desc.setImmutable(true);
  85     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  86     {
  87       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  88               throws IllegalStateException
  89       {
  90         VAMSAS target = (VAMSAS) object;
  91         return target.getTree();
  92       }
  93
  94       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  95               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  96       {
  97         try
  98         {
  99           VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 100           target.addTree((java.lang.String) value);
 101         } catch (java.lang.Exception ex)
 102         {
 103           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 104         }
 105       }
 106
 107       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 108               IllegalArgumentException
 109       {
 110         try
 111         {
 112           VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 113           target.removeAllTree();
 114         } catch (java.lang.Exception ex)
 115         {
 116           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 117         }
 118       }
 119
 120       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 121       {
 122         return null;
 123       }
 124     };
 125     desc.setHandler(handler);
 126     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
 127     desc.setMultivalued(true);
 128     addFieldDescriptor(desc);
 129
 130     // -- validation code for: _treeList
 131     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 132     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 133     { // -- local scope
 134       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 135       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 136       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 137       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 138     }
 139     desc.setValidator(fieldValidator);
 140     // -- _sequenceSetList
 141     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 142             jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class,
 143             "_sequenceSetList", "SequenceSet",
 144             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 145     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 146     {
 147       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 148               throws IllegalStateException
 149       {
 150         VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 151         return target.getSequenceSet();
 152       }
 153
 154       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 155               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 156       {
 157         try
 158         {
 159           VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 160           target.addSequenceSet((jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) value);
 161         } catch (java.lang.Exception ex)
 162         {
 163           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 164         }
 165       }
 166
 167       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 168               IllegalArgumentException
 169       {
 170         try
 171         {
 172           VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 173           target.removeAllSequenceSet();
 174         } catch (java.lang.Exception ex)
 175         {
 176           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 177         }
 178       }
 179
 180       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 181       {
 182         return new jalview.schemabinding.version2.SequenceSet();
 183       }
 184     };
 185     desc.setHandler(handler);
 186     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
 187     desc.setMultivalued(true);
 188     addFieldDescriptor(desc);
 189
 190     // -- validation code for: _sequenceSetList
 191     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 192     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 193     { // -- local scope
 194     }
 195     desc.setValidator(fieldValidator);
 196   }
 197
 198   // -----------/
 199   // - Methods -/
 200   // -----------/
 201
 202   /**
 203    * Method getAccessMode.
 204    *
 205    * @return the access mode specified for this class.
 206    */
 207   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
 208   {
 209     return null;
 210   }
 211
 212   /**
 213    * Method getIdentity.
 214    *
 215    * @return the identity field, null if this class has no identity.
 216    */
 217   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
 218   {
 219     return super.getIdentity();
 220   }
 221
 222   /**
 223    * Method getJavaClass.
 224    *
 225    * @return the Java class represented by this descriptor.
 226    */
 227   public java.lang.Class getJavaClass()
 228   {
 229     return jalview.schemabinding.version2.VAMSAS.class;
 230   }
 231
 232   /**
 233    * Method getNameSpacePrefix.
 234    *
 235    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 236    */
 237   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
 238   {
 239     return _nsPrefix;
 240   }
 241
 242   /**
 243    * Method getNameSpaceURI.
 244    *
 245    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
 246    */
 247   public java.lang.String getNameSpaceURI()
 248   {
 249     return _nsURI;
 250   }
 251
 252   /**
 253    * Method getValidator.
 254    *
 255    * @return a specific validator for the class described by this
 256    *         ClassDescriptor.
 257    */
 258   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
 259   {
 260     return this;
 261   }
 262
 263   /**
 264    * Method getXMLName.
 265    *
 266    * @return the XML Name for the Class being described.
 267    */
 268   public java.lang.String getXMLName()
 269   {
 270     return _xmlName;
 271   }
 272
 273   /**
 274    * Method isElementDefinition.
 275    *
 276    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
 277    *         element or element with anonymous type definition.
 278    */
 279   public boolean isElementDefinition()
 280   {
 281     return _elementDefinition;
 282   }
 283
 284 }