src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  20 \r
  21 // ---------------------------------/\r
  22 // - Imported classes and packages -/\r
  23 // ---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import jalview.schemabinding.version2.VAMSAS;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * Class VAMSASDescriptor.\r
  29  * \r
  30  * @version $Revision$ $Date$\r
  31  */\r
  32 public class VAMSASDescriptor extends\r
  33         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
  34 {\r
  35 \r
  36   // --------------------------/\r
  37   // - Class/Member Variables -/\r
  38   // --------------------------/\r
  39 \r
  40   /**\r
  41    * Field _elementDefinition.\r
  42    */\r
  43   private boolean _elementDefinition;\r
  44 \r
  45   /**\r
  46    * Field _nsPrefix.\r
  47    */\r
  48   private java.lang.String _nsPrefix;\r
  49 \r
  50   /**\r
  51    * Field _nsURI.\r
  52    */\r
  53   private java.lang.String _nsURI;\r
  54 \r
  55   /**\r
  56    * Field _xmlName.\r
  57    */\r
  58   private java.lang.String _xmlName;\r
  59 \r
  60   // ----------------/\r
  61   // - Constructors -/\r
  62   // ----------------/\r
  63 \r
  64   public VAMSASDescriptor()\r
  65   {\r
  66     super();\r
  67     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
  68     _xmlName = "VAMSAS";\r
  69     _elementDefinition = false;\r
  70 \r
  71     // -- set grouping compositor\r
  72     setCompositorAsSequence();\r
  73     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
  74     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
  75     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
  76     // -- initialize attribute descriptors\r
  77 \r
  78     // -- initialize element descriptors\r
  79 \r
  80     // -- _treeList\r
  81     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
  82             java.lang.String.class, "_treeList", "Tree",\r
  83             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
  84     desc.setImmutable(true);\r
  85     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
  86     {\r
  87       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
  88               throws IllegalStateException\r
  89       {\r
  90         VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
  91         return target.getTree();\r
  92       }\r
  93 \r
  94       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
  95               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  96       {\r
  97         try\r
  98         {\r
  99           VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
 100           target.addTree((java.lang.String) value);\r
 101         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 102         {\r
 103           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 104         }\r
 105       }\r
 106 \r
 107       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 108               IllegalArgumentException\r
 109       {\r
 110         try\r
 111         {\r
 112           VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
 113           target.removeAllTree();\r
 114         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 115         {\r
 116           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 117         }\r
 118       }\r
 119 \r
 120       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 121       {\r
 122         return null;\r
 123       }\r
 124     };\r
 125     desc.setHandler(handler);\r
 126     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 127     desc.setMultivalued(true);\r
 128     addFieldDescriptor(desc);\r
 129 \r
 130     // -- validation code for: _treeList\r
 131     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 132     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 133     { // -- local scope\r
 134       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 135       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 136       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 137       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 138     }\r
 139     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 140     // -- _sequenceSetList\r
 141     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 142             jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class,\r
 143             "_sequenceSetList", "SequenceSet",\r
 144             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 145     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 146     {\r
 147       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 148               throws IllegalStateException\r
 149       {\r
 150         VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
 151         return target.getSequenceSet();\r
 152       }\r
 153 \r
 154       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 155               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 156       {\r
 157         try\r
 158         {\r
 159           VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
 160           target\r
 161                   .addSequenceSet((jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) value);\r
 162         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 163         {\r
 164           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 165         }\r
 166       }\r
 167 \r
 168       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 169               IllegalArgumentException\r
 170       {\r
 171         try\r
 172         {\r
 173           VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
 174           target.removeAllSequenceSet();\r
 175         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 176         {\r
 177           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 178         }\r
 179       }\r
 180 \r
 181       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 182       {\r
 183         return new jalview.schemabinding.version2.SequenceSet();\r
 184       }\r
 185     };\r
 186     desc.setHandler(handler);\r
 187     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 188     desc.setMultivalued(true);\r
 189     addFieldDescriptor(desc);\r
 190 \r
 191     // -- validation code for: _sequenceSetList\r
 192     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 193     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 194     { // -- local scope\r
 195     }\r
 196     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 197   }\r
 198 \r
 199   // -----------/\r
 200   // - Methods -/\r
 201   // -----------/\r
 202 \r
 203   /**\r
 204    * Method getAccessMode.\r
 205    * \r
 206    * @return the access mode specified for this class.\r
 207    */\r
 208   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
 209   {\r
 210     return null;\r
 211   }\r
 212 \r
 213   /**\r
 214    * Method getIdentity.\r
 215    * \r
 216    * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
 217    */\r
 218   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
 219   {\r
 220     return super.getIdentity();\r
 221   }\r
 222 \r
 223   /**\r
 224    * Method getJavaClass.\r
 225    * \r
 226    * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 227    */\r
 228   public java.lang.Class getJavaClass()\r
 229   {\r
 230     return jalview.schemabinding.version2.VAMSAS.class;\r
 231   }\r
 232 \r
 233   /**\r
 234    * Method getNameSpacePrefix.\r
 235    * \r
 236    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 237    */\r
 238   public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
 239   {\r
 240     return _nsPrefix;\r
 241   }\r
 242 \r
 243   /**\r
 244    * Method getNameSpaceURI.\r
 245    * \r
 246    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
 247    */\r
 248   public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
 249   {\r
 250     return _nsURI;\r
 251   }\r
 252 \r
 253   /**\r
 254    * Method getValidator.\r
 255    * \r
 256    * @return a specific validator for the class described by this\r
 257    *         ClassDescriptor.\r
 258    */\r
 259   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
 260   {\r
 261     return this;\r
 262   }\r
 263 \r
 264   /**\r
 265    * Method getXMLName.\r
 266    * \r
 267    * @return the XML Name for the Class being described.\r
 268    */\r
 269   public java.lang.String getXMLName()\r
 270   {\r
 271     return _xmlName;\r
 272   }\r
 273 \r
 274   /**\r
 275    * Method isElementDefinition.\r
 276    * \r
 277    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
 278    *         element or element with anonymous type definition.\r
 279    */\r
 280   public boolean isElementDefinition()\r
 281   {\r
 282     return _elementDefinition;\r
 283   }\r
 284 \r
 285 }\r