src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  19
  20 //---------------------------------/
  21 //- Imported classes and packages -/
  22 //---------------------------------/
  23
  24 import jalview.schemabinding.version2.VAMSAS;
  25
  26 /**
  27  * Class VAMSASDescriptor.
  28  *
  29  * @version $Revision$ $Date$
  30  */
  31 public class VAMSASDescriptor extends
  32         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  33 {
  34
  35   // --------------------------/
  36   // - Class/Member Variables -/
  37   // --------------------------/
  38
  39   /**
  40    * Field _elementDefinition.
  41    */
  42   private boolean _elementDefinition;
  43
  44   /**
  45    * Field _nsPrefix.
  46    */
  47   private java.lang.String _nsPrefix;
  48
  49   /**
  50    * Field _nsURI.
  51    */
  52   private java.lang.String _nsURI;
  53
  54   /**
  55    * Field _xmlName.
  56    */
  57   private java.lang.String _xmlName;
  58
  59   // ----------------/
  60   // - Constructors -/
  61   // ----------------/
  62
  63   public VAMSASDescriptor()
  64   {
  65     super();
  66     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";
  67     _xmlName = "VAMSAS";
  68     _elementDefinition = false;
  69
  70     // -- set grouping compositor
  71     setCompositorAsSequence();
  72     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  73     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  74     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  75     // -- initialize attribute descriptors
  76
  77     // -- initialize element descriptors
  78
  79     // -- _treeList
  80     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  81             java.lang.String.class, "_treeList", "Tree",
  82             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
  83     desc.setImmutable(true);
  84     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  85     {
  86       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  87               throws IllegalStateException
  88       {
  89         VAMSAS target = (VAMSAS) object;
  90         return target.getTree();
  91       }
  92
  93       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  94               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  95       {
  96         try
  97         {
  98           VAMSAS target = (VAMSAS) object;
  99           target.addTree((java.lang.String) value);
 100         } catch (java.lang.Exception ex)
 101         {
 102           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 103         }
 104       }
 105
 106       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 107               IllegalArgumentException
 108       {
 109         try
 110         {
 111           VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 112           target.removeAllTree();
 113         } catch (java.lang.Exception ex)
 114         {
 115           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 116         }
 117       }
 118
 119       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 120       {
 121         return null;
 122       }
 123     };
 124     desc.setHandler(handler);
 125     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
 126     desc.setMultivalued(true);
 127     addFieldDescriptor(desc);
 128
 129     // -- validation code for: _treeList
 130     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 131     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 132     { // -- local scope
 133       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 134       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 135       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 136       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 137     }
 138     desc.setValidator(fieldValidator);
 139     // -- _sequenceSetList
 140     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 141             jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class,
 142             "_sequenceSetList", "SequenceSet",
 143             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 144     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 145     {
 146       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 147               throws IllegalStateException
 148       {
 149         VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 150         return target.getSequenceSet();
 151       }
 152
 153       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 154               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 155       {
 156         try
 157         {
 158           VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 159           target.addSequenceSet((jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) value);
 160         } catch (java.lang.Exception ex)
 161         {
 162           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 163         }
 164       }
 165
 166       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 167               IllegalArgumentException
 168       {
 169         try
 170         {
 171           VAMSAS target = (VAMSAS) object;
 172           target.removeAllSequenceSet();
 173         } catch (java.lang.Exception ex)
 174         {
 175           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 176         }
 177       }
 178
 179       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 180       {
 181         return new jalview.schemabinding.version2.SequenceSet();
 182       }
 183     };
 184     desc.setHandler(handler);
 185     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
 186     desc.setMultivalued(true);
 187     addFieldDescriptor(desc);
 188
 189     // -- validation code for: _sequenceSetList
 190     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 191     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 192     { // -- local scope
 193     }
 194     desc.setValidator(fieldValidator);
 195   }
 196
 197   // -----------/
 198   // - Methods -/
 199   // -----------/
 200
 201   /**
 202    * Method getAccessMode.
 203    *
 204    * @return the access mode specified for this class.
 205    */
 206   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
 207   {
 208     return null;
 209   }
 210
 211   /**
 212    * Method getIdentity.
 213    *
 214    * @return the identity field, null if this class has no identity.
 215    */
 216   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
 217   {
 218     return super.getIdentity();
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Method getJavaClass.
 223    *
 224    * @return the Java class represented by this descriptor.
 225    */
 226   public java.lang.Class getJavaClass()
 227   {
 228     return jalview.schemabinding.version2.VAMSAS.class;
 229   }
 230
 231   /**
 232    * Method getNameSpacePrefix.
 233    *
 234    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 235    */
 236   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
 237   {
 238     return _nsPrefix;
 239   }
 240
 241   /**
 242    * Method getNameSpaceURI.
 243    *
 244    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
 245    */
 246   public java.lang.String getNameSpaceURI()
 247   {
 248     return _nsURI;
 249   }
 250
 251   /**
 252    * Method getValidator.
 253    *
 254    * @return a specific validator for the class described by this
 255    *         ClassDescriptor.
 256    */
 257   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
 258   {
 259     return this;
 260   }
 261
 262   /**
 263    * Method getXMLName.
 264    *
 265    * @return the XML Name for the Class being described.
 266    */
 267   public java.lang.String getXMLName()
 268   {
 269     return _xmlName;
 270   }
 271
 272   /**
 273    * Method isElementDefinition.
 274    *
 275    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
 276    *         element or element with anonymous type definition.
 277    */
 278   public boolean isElementDefinition()
 279   {
 280     return _elementDefinition;
 281   }
 282
 283 }