src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;
  21
  22 import java.awt.Color;
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
  26 {
  27   public Blosum62ColourScheme()
  28   {
  29     super();
  30   }
  31
  32   @Override
  33   public Color findColour(char res, int j, SequenceI seq)
  34   {
  35     if ('a' <= res && res <= 'z')
  36     {
  37       // TO UPPERCASE !!!
  38       res -= ('a' - 'A');
  39     }
  40
  41     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null
  42             || (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))
  43     {
  44       return Color.white;
  45     }
  46
  47     Color currentColour;
  48
  49     if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))
  50     {
  51       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);
  52
  53       if (max.indexOf(res) > -1)
  54       {
  55         currentColour = new Color(154, 154, 255);
  56       }
  57       else
  58       {
  59         int c = 0;
  60         int max_aa = 0;
  61         int n = max.length();
  62
  63         do
  64         {
  65           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.charAt(max_aa), res);
  66         } while (++max_aa < n);
  67
  68         if (c > 0)
  69         {
  70           currentColour = new Color(204, 204, 255);
  71         }
  72         else
  73         {
  74           currentColour = Color.white;
  75         }
  76       }
  77
  78       if (conservationColouring)
  79       {
  80         currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  81       }
  82     }
  83     else
  84     {
  85       return Color.white;
  86     }
  87
  88     return currentColour;
  89   }
  90 }