src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import jalview.analysis.AAFrequency;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
  27 {
  28   public Blosum62ColourScheme()
  29   {
  30     super();
  31   }
  32
  33   @Override
  34   public Color findColour(char res, int j, SequenceI seq)
  35   {
  36     if ('a' <= res && res <= 'z')
  37     {
  38       // TO UPPERCASE !!!
  39       res -= ('a' - 'A');
  40     }
  41
  42     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null
  43             || (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))
  44     {
  45       return Color.white;
  46     }
  47
  48     Color currentColour;
  49
  50     if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))
  51     {
  52       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);
  53
  54       if (max.indexOf(res) > -1)
  55       {
  56         currentColour = new Color(154, 154, 255);
  57       }
  58       else
  59       {
  60         int c = 0;
  61         int max_aa = 0;
  62         int n = max.length();
  63
  64         do
  65         {
  66           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.charAt(max_aa), res);
  67         } while (++max_aa < n);
  68
  69         if (c > 0)
  70         {
  71           currentColour = new Color(204, 204, 255);
  72         }
  73         else
  74         {
  75           currentColour = Color.white;
  76         }
  77       }
  78
  79       if (conservationColouring)
  80       {
  81         currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  82       }
  83     }
  84     else
  85     {
  86       return Color.white;
  87     }
  88
  89     return currentColour;
  90   }
  91 }