src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
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  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import jalview.analysis.AAFrequency;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.util.Map;
  25
  26 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29
  30 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
  31 {
  32   public Blosum62ColourScheme()
  33   {
  34     super();
  35   }
  36
  37   @Override
  38   public Color findColour(char res, int j, SequenceI seq)
  39   {
  40     if ('a' <= res && res <= 'z')
  41     {
  42       // TO UPPERCASE !!!
  43       res -= ('a' - 'A');
  44     }
  45
  46     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null
  47             || (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))
  48     {
  49       return Color.white;
  50     }
  51
  52     Color currentColour;
  53
  54     if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))
  55     {
  56       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);
  57
  58       if (max.indexOf(res) > -1)
  59       {
  60         currentColour = new Color(154, 154, 255);
  61       }
  62       else
  63       {
  64         int c = 0;
  65         int max_aa = 0;
  66         int n = max.length();
  67
  68         do
  69         {
  70           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.charAt(max_aa), res);
  71         } while (++max_aa < n);
  72
  73         if (c > 0)
  74         {
  75           currentColour = new Color(204, 204, 255);
  76         }
  77         else
  78         {
  79           currentColour = Color.white;
  80         }
  81       }
  82
  83       if (conservationColouring)
  84       {
  85         currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  86       }
  87     }
  88     else
  89     {
  90       return Color.white;
  91     }
  92
  93     return currentColour;
  94   }
  95   @Override
  96   public ColourSchemeI applyTo(AnnotatedCollectionI sg,
  97           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
  98   {
  99     ColourSchemeI newcs = super.applyTo(sg, hiddenRepSequences);
 100     return newcs;
 101   }
 102 }