src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21
  22 import java.awt.*;
  23
  24 public class Blosum62ColourScheme
  25     extends ResidueColourScheme
  26 {
  27   public Blosum62ColourScheme()
  28   {
  29     super();
  30   }
  31
  32   public Color findColour(String s, int j)
  33   {
  34     char res = s.charAt(0);
  35     if ('a' <= res && res <= 'z' )
  36     {
  37        // TO UPPERCASE !!!
  38        s = String.valueOf( res -= ('a' - 'A') );
  39     }
  40
  41
  42     if ( j>=consensus.length || (threshold != 0 && !aboveThreshold(s, j) ))
  43     {
  44       return Color.white;
  45     }
  46
  47     if (!jalview.util.Comparison.isGap( res ))
  48     {
  49       String max = (String) consensus[j].get("maxResidue");
  50
  51       if (max.indexOf(s) > -1)
  52       {
  53         currentColour = new Color(154, 154, 255);
  54       }
  55       else
  56       {
  57         int c = 0;
  58         int max_aa = 0;
  59         int n = max.length();
  60
  61         do
  62         {
  63           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.substring(max_aa,
  64               max_aa + 1), s);
  65         }
  66         while (++max_aa < n);
  67
  68         if (c > 0)
  69         {
  70           currentColour = new Color(204, 204, 255);
  71         }
  72         else
  73         {
  74           currentColour = Color.white;
  75         }
  76       }
  77
  78       if(conservationColouring)
  79          applyConservation(j);
  80     }
  81     else
  82     {
  83       return Color.white;
  84     }
  85
  86     return currentColour;
  87   }
  88 }