src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  15  *
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  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.awt.Color;
  21 import java.util.Map;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28
  29 public interface ColourSchemeI
  30 {
  31   public Color findColour(char c);
  32
  33   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq);
  34
  35   public void setConsensus(java.util.Hashtable[] h);
  36
  37   public void setConservation(jalview.analysis.Conservation c);
  38
  39   public boolean conservationApplied();
  40
  41   public void setConservationInc(int i);
  42
  43   public int getConservationInc();
  44
  45   public int getThreshold();
  46
  47   public void setThreshold(int ct, boolean ignoreGaps);
  48
  49   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI alignment,
  50           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps);
  51
  52 }