src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.awt.Color;
  22 import java.util.Map;
  23
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29
  30 public interface ColourSchemeI
  31 {
  32   public Color findColour(char c);
  33
  34   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq);
  35
  36   public void setConsensus(java.util.Hashtable[] h);
  37
  38   public void setConservation(jalview.analysis.Conservation c);
  39
  40   public boolean conservationApplied();
  41
  42   public void setConservationInc(int i);
  43
  44   public int getConservationInc();
  45
  46   public int getThreshold();
  47
  48   public void setThreshold(int ct, boolean ignoreGaps);
  49
  50   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI alignment,
  51           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps);
  52
  53 }