src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23 public interface ColourSchemeI
  24 {
  25   public Color findColour(char c);
  26
  27   public Color findColour(char c, int j);
  28
  29   public void setConsensus(java.util.Hashtable[] h);
  30
  31   public void setConservation(jalview.analysis.Conservation c);
  32
  33   public boolean conservationApplied();
  34
  35   public void setConservationInc(int i);
  36
  37   public int getConservationInc();
  38
  39   public int getThreshold();
  40
  41   public void setThreshold(int ct, boolean ignoreGaps);
  42
  43 }