src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 /**
  28  * ColourSchemeProperty binds names to hardwired colourschemes and tries to deal
  29  * intelligently with mapping unknown names to user defined colourschemes (that
  30  * exist or can be created from the string representation of the colourscheme
  31  * name - either a hex RGB triplet or a named colour under java.awt.color ). The
  32  * values of the colourscheme constants is important for callers of
  33  * getColourName(int i), since it can be used to enumerate the set of built in
  34  * colours. The FIRST_COLOUR and LAST_COLOUR symbols are provided for this.
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class ColourSchemeProperty
  40 {
  41   /** Undefined Colourscheme Index */
  42   public static final int UNDEFINED = -1;
  43
  44   /** for schemes defined on the fly */
  45   public static final int USER_DEFINED = 0;
  46
  47   /** No Colourscheme Index */
  48   public static final int NONE = 1;
  49
  50   /** DOCUMENT ME!! */
  51   public static final int CLUSTAL = 2;
  52
  53   /** DOCUMENT ME!! */
  54   public static final int BLOSUM = 3;
  55
  56   /** DOCUMENT ME!! */
  57   public static final int PID = 4;
  58
  59   /** DOCUMENT ME!! */
  60   public static final int ZAPPO = 5;
  61
  62   /** DOCUMENT ME!! */
  63   public static final int TAYLOR = 6;
  64
  65   /** DOCUMENT ME!! */
  66   public static final int HYDROPHOBIC = 7;
  67
  68   /** DOCUMENT ME!! */
  69   public static final int HELIX = 8;
  70
  71   /** DOCUMENT ME!! */
  72   public static final int STRAND = 9;
  73
  74   /** DOCUMENT ME!! */
  75   public static final int TURN = 10;
  76
  77   /** DOCUMENT ME!! */
  78   public static final int BURIED = 11;
  79
  80   /** DOCUMENT ME!! */
  81   public static final int NUCLEOTIDE = 12;
  82
  83   /**
  84    * purine/pyrimidine
  85    */
  86   public static final int PURINEPYRIMIDINE = 13;
  87
  88   public static final int COVARIATION = 14;
  89
  90   public static final int TCOFFEE = 15;
  91
  92   public static final int RNAHELIX = 16;
  93
  94   public static final int RNAINTERACTION = 17;
  95
  96   /**
  97    * index of first colourscheme (includes 'None')
  98    */
  99   public static final int FIRST_COLOUR = NONE;
 100
 101   public static final int LAST_COLOUR = RNAINTERACTION;
 102
 103   /**
 104    * DOCUMENT ME!
 105    *
 106    * @param name
 107    *          DOCUMENT ME!
 108    *
 109    * @return DOCUMENT ME!
 110    */
 111   public static int getColourIndexFromName(String name)
 112   {
 113     int ret = UNDEFINED;
 114
 115     if (name.equalsIgnoreCase("Clustal"))
 116     {
 117       ret = CLUSTAL;
 118     }
 119     else if (name.equalsIgnoreCase("Blosum62"))
 120     {
 121       ret = BLOSUM;
 122     }
 123     else if (name.equalsIgnoreCase("% Identity"))
 124     {
 125       ret = PID;
 126     }
 127     else if (name.equalsIgnoreCase("Zappo"))
 128     {
 129       ret = ZAPPO;
 130     }
 131     else if (name.equalsIgnoreCase("Taylor"))
 132     {
 133       ret = TAYLOR;
 134     }
 135     else if (name.equalsIgnoreCase("Hydrophobic"))
 136     {
 137       ret = HYDROPHOBIC;
 138     }
 139     else if (name.equalsIgnoreCase("Helix Propensity"))
 140     {
 141       ret = HELIX;
 142     }
 143     else if (name.equalsIgnoreCase("Strand Propensity"))
 144     {
 145       ret = STRAND;
 146     }
 147     else if (name.equalsIgnoreCase("Turn Propensity"))
 148     {
 149       ret = TURN;
 150     }
 151     else if (name.equalsIgnoreCase("Buried Index"))
 152     {
 153       ret = BURIED;
 154     }
 155     else if (name.equalsIgnoreCase("Nucleotide"))
 156     {
 157       ret = NUCLEOTIDE;
 158     }
 159     else if (name.equalsIgnoreCase("T-Coffee Scores"))
 160     {
 161       ret = TCOFFEE;
 162     }
 163
 164     else if (name.equalsIgnoreCase("User Defined"))
 165     {
 166       ret = USER_DEFINED;
 167     }
 168     else if (name.equalsIgnoreCase("None"))
 169     {
 170       ret = NONE;
 171     }
 172     else if (name.equalsIgnoreCase("Purine/Pyrimidine"))
 173     {
 174       ret = PURINEPYRIMIDINE;
 175     }
 176     else if (name.equalsIgnoreCase("RNA Interaction type"))
 177     {
 178       ret = RNAINTERACTION;
 179     }
 180     else if (name.equalsIgnoreCase("RNA Helices"))
 181     {
 182       ret = RNAHELIX;
 183     }
 184     // else if (name.equalsIgnoreCase("Covariation"))
 185     // {
 186     // ret = COVARIATION;
 187     // }
 188
 189     return ret;
 190   }
 191
 192   /**
 193    * DOCUMENT ME!
 194    *
 195    * @param cs
 196    *          DOCUMENT ME!
 197    *
 198    * @return DOCUMENT ME!
 199    */
 200   public static String getColourName(ColourSchemeI cs)
 201   {
 202
 203     int index = NONE;
 204
 205     if (cs instanceof ClustalxColourScheme)
 206     {
 207       index = CLUSTAL;
 208     }
 209     else if (cs instanceof Blosum62ColourScheme)
 210     {
 211       index = BLOSUM;
 212     }
 213     else if (cs instanceof PIDColourScheme)
 214     {
 215       index = PID;
 216     }
 217     else if (cs instanceof ZappoColourScheme)
 218     {
 219       index = ZAPPO;
 220     }
 221     else if (cs instanceof TaylorColourScheme)
 222     {
 223       index = TAYLOR;
 224     }
 225     else if (cs instanceof HydrophobicColourScheme)
 226     {
 227       index = HYDROPHOBIC;
 228     }
 229     else if (cs instanceof HelixColourScheme)
 230     {
 231       index = HELIX;
 232     }
 233     else if (cs instanceof StrandColourScheme)
 234     {
 235       index = STRAND;
 236     }
 237     else if (cs instanceof TurnColourScheme)
 238     {
 239       index = TURN;
 240     }
 241     else if (cs instanceof BuriedColourScheme)
 242     {
 243       index = BURIED;
 244     }
 245     else if (cs instanceof NucleotideColourScheme)
 246     {
 247       index = NUCLEOTIDE;
 248     }
 249     else if (cs instanceof PurinePyrimidineColourScheme)
 250     {
 251       index = PURINEPYRIMIDINE;
 252     }
 253     else if (cs instanceof TCoffeeColourScheme)
 254     {
 255       index = TCOFFEE;
 256     }
 257     else if (cs instanceof RNAHelicesColour)
 258     {
 259       index = RNAHELIX;
 260     }
 261     /*
 262      * else if (cs instanceof CovariationColourScheme) { index = COVARIATION; }
 263      */
 264     else if (cs instanceof UserColourScheme)
 265     {
 266       if ((((UserColourScheme) cs).getName() != null)
 267               && (((UserColourScheme) cs).getName().length() > 0))
 268       {
 269         return ((UserColourScheme) cs).getName();
 270       }
 271       // get default colourscheme name
 272       index = USER_DEFINED;
 273     }
 274
 275     return getColourName(index);
 276   }
 277
 278   /**
 279    * DOCUMENT ME!
 280    *
 281    * @param index
 282    *          DOCUMENT ME!
 283    *
 284    * @return DOCUMENT ME!
 285    */
 286   public static String getColourName(int index)
 287   {
 288     String ret = null;
 289
 290     switch (index)
 291     {
 292     case CLUSTAL:
 293       ret = "Clustal";
 294
 295       break;
 296
 297     case BLOSUM:
 298       ret = "Blosum62";
 299
 300       break;
 301
 302     case PID:
 303       ret = "% Identity";
 304
 305       break;
 306
 307     case ZAPPO:
 308       ret = "Zappo";
 309
 310       break;
 311
 312     case TAYLOR:
 313       ret = "Taylor";
 314       break;
 315
 316     case HYDROPHOBIC:
 317       ret = "Hydrophobic";
 318
 319       break;
 320
 321     case HELIX:
 322       ret = "Helix Propensity";
 323
 324       break;
 325
 326     case STRAND:
 327       ret = "Strand Propensity";
 328
 329       break;
 330
 331     case TURN:
 332       ret = "Turn Propensity";
 333
 334       break;
 335
 336     case BURIED:
 337       ret = "Buried Index";
 338
 339       break;
 340
 341     case NUCLEOTIDE:
 342       ret = "Nucleotide";
 343
 344       break;
 345
 346     case PURINEPYRIMIDINE:
 347       ret = "Purine/Pyrimidine";
 348
 349       break;
 350
 351     case TCOFFEE:
 352       ret = "T-Coffee Scores";
 353
 354       break;
 355
 356     case RNAINTERACTION:
 357       ret = "RNA Interaction type";
 358
 359       break;
 360     case RNAHELIX:
 361       ret = "RNA Helices";
 362
 363       break;
 364     /*
 365      * case COVARIATION: ret = "Covariation";
 366      *
 367      * break;
 368      */
 369     case USER_DEFINED:
 370       ret = "User Defined";
 371
 372       break;
 373
 374     default:
 375       ret = "None";
 376
 377       break;
 378     }
 379
 380     return ret;
 381   }
 382
 383   /**
 384    * retrieve or create colourscheme associated with name
 385    *
 386    * @param seqs
 387    *          sequences to colour
 388    * @param width
 389    *          range of sequences to colour
 390    * @param name
 391    *          colourscheme name, applet colour parameter specification, or
 392    *          string to parse as colour for new coloursheme
 393    * @return Valid Colourscheme
 394    */
 395   public static ColourSchemeI getColour(AnnotatedCollectionI alignment,
 396           String name)
 397   {
 398     int colindex = getColourIndexFromName(name);
 399     if (colindex == UNDEFINED)
 400     {
 401       if (name.indexOf('=') == -1)
 402       {
 403         // try to build a colour from the string directly
 404         try
 405         {
 406           return new UserColourScheme(name);
 407         } catch (Exception e)
 408         {
 409           // System.err.println("Ignoring unknown colourscheme name");
 410         }
 411       }
 412       else
 413       {
 414         // try to parse the string as a residue colourscheme
 415         try
 416         {
 417           // fix the launchApp user defined coloursheme transfer bug
 418           jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 419                   "white");
 420           ucs.parseAppletParameter(name);
 421
 422         } catch (Exception e)
 423         {
 424           // System.err.println("Ignoring exception when parsing colourscheme as applet-parameter");
 425         }
 426       }
 427     }
 428     return getColour(alignment, getColourIndexFromName(name));
 429   }
 430
 431   /**
 432    * Construct an instance of ColourSchemeI corresponding to the given
 433    * colourscheme index
 434    *
 435    * @param seqs
 436    *          sequences to be coloured by colourscheme
 437    * @param width
 438    *          geometry of alignment
 439    * @param index
 440    *          colourscheme number
 441    *
 442    * @return null or an instance of the colourscheme configured to colour given
 443    *         sequence set
 444    */
 445   public static ColourSchemeI getColour(
 446           jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI coll, int index)
 447   {
 448     // TODO 3.0 2.8 refactor signature to take an alignmentI like container so
 449     // colourschemes based on annotation can be initialised
 450     ColourSchemeI cs = null;
 451
 452     switch (index)
 453     {
 454     case CLUSTAL:
 455       cs = new ClustalxColourScheme(coll, null);
 456
 457       break;
 458
 459     case BLOSUM:
 460       cs = new Blosum62ColourScheme();
 461
 462       break;
 463
 464     case PID:
 465       cs = new PIDColourScheme();
 466
 467       break;
 468
 469     case ZAPPO:
 470       cs = new ZappoColourScheme();
 471
 472       break;
 473
 474     case TAYLOR:
 475       cs = new TaylorColourScheme();
 476       break;
 477
 478     case HYDROPHOBIC:
 479       cs = new HydrophobicColourScheme();
 480
 481       break;
 482
 483     case HELIX:
 484       cs = new HelixColourScheme();
 485
 486       break;
 487
 488     case STRAND:
 489       cs = new StrandColourScheme();
 490
 491       break;
 492
 493     case TURN:
 494       cs = new TurnColourScheme();
 495
 496       break;
 497
 498     case BURIED:
 499       cs = new BuriedColourScheme();
 500
 501       break;
 502
 503     case NUCLEOTIDE:
 504       cs = new NucleotideColourScheme();
 505
 506       break;
 507
 508     case PURINEPYRIMIDINE:
 509       cs = new PurinePyrimidineColourScheme();
 510
 511       break;
 512
 513     case TCOFFEE:
 514       cs = new TCoffeeColourScheme(coll);
 515       break;
 516
 517     case RNAHELIX:
 518       cs = new RNAHelicesColour(coll);
 519       break;
 520
 521     // case COVARIATION:
 522     // cs = new CovariationColourScheme(annotation);
 523     // break;
 524
 525     case USER_DEFINED:
 526       Color[] col = new Color[24];
 527       for (int i = 0; i < 24; i++)
 528       {
 529         col[i] = Color.white;
 530       }
 531       cs = new UserColourScheme(col);
 532       break;
 533
 534     default:
 535       break;
 536     }
 537
 538     return cs;
 539   }
 540
 541   public static Color getAWTColorFromName(String name)
 542   {
 543     Color col = null;
 544     name = name.toLowerCase();
 545     if (name.equals("black"))
 546     {
 547       col = Color.black;
 548     }
 549     else if (name.equals("blue"))
 550     {
 551       col = Color.blue;
 552     }
 553     else if (name.equals("cyan"))
 554     {
 555       col = Color.cyan;
 556     }
 557     else if (name.equals("darkGray"))
 558     {
 559       col = Color.darkGray;
 560     }
 561     else if (name.equals("gray"))
 562     {
 563       col = Color.gray;
 564     }
 565     else if (name.equals("green"))
 566     {
 567       col = Color.green;
 568     }
 569     else if (name.equals("lightGray"))
 570     {
 571       col = Color.lightGray;
 572     }
 573     else if (name.equals("magenta"))
 574     {
 575       col = Color.magenta;
 576     }
 577     else if (name.equals("orange"))
 578     {
 579       col = Color.orange;
 580     }
 581     else if (name.equals("pink"))
 582     {
 583       col = Color.pink;
 584     }
 585     else if (name.equals("red"))
 586     {
 587       col = Color.red;
 588     }
 589     else if (name.equals("white"))
 590     {
 591       col = Color.white;
 592     }
 593     else if (name.equals("yellow"))
 594     {
 595       col = Color.yellow;
 596     }
 597
 598     return col;
 599   }
 600
 601   public static Color rnaHelices[] = null;
 602
 603   public static void initRnaHelicesShading(int n)
 604   {
 605     int j = 0;
 606     if (rnaHelices == null)
 607     {
 608       rnaHelices = new Color[n + 1];
 609     }
 610     else if (rnaHelices != null && rnaHelices.length <= n)
 611     {
 612       Color[] t = new Color[n + 1];
 613       System.arraycopy(rnaHelices, 0, t, 0, rnaHelices.length);
 614       j = rnaHelices.length;
 615       rnaHelices = t;
 616     }
 617     else
 618     {
 619       return;
 620     }
 621     // Generate random colors and store
 622     for (; j <= n; j++)
 623     {
 624       rnaHelices[j] = jalview.util.ColorUtils
 625               .generateRandomColor(Color.white);
 626     }
 627   }
 628
 629   /**
 630    * delete the existing cached RNA helces colours
 631    */
 632   public static void resetRnaHelicesShading()
 633   {
 634     rnaHelices = null;
 635   }
 636
 637 }