src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  24 import jalview.util.ColorUtils;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27
  28 /**
  29  * ColourSchemeProperty binds names to hardwired colourschemes and tries to deal
  30  * intelligently with mapping unknown names to user defined colourschemes (that
  31  * exist or can be created from the string representation of the colourscheme
  32  * name - either a hex RGB triplet or a named colour under java.awt.color ). The
  33  * values of the colourscheme constants is important for callers of
  34  * getColourName(int i), since it can be used to enumerate the set of built in
  35  * colours. The FIRST_COLOUR and LAST_COLOUR symbols are provided for this.
  36  *
  37  * @author $author$
  38  * @version $Revision$
  39  */
  40 public class ColourSchemeProperty
  41 {
  42
  43   /**
  44    * Returns a colour scheme for the given name, with which the given data may
  45    * be coloured. The name may be one of
  46    * <ul>
  47    * <li>Clustal</li>
  48    * <li>Blosum62</li>
  49    * <li>% Identity</li>
  50    * <li>Hydrophobic</li>
  51    * <li>Zappo</li>
  52    * <li>Taylor</li>
  53    * <li>Helix Propensity</li>
  54    * <li>Strand Propensity</li>
  55    * <li>Turn Propensity</li>
  56    * <li>Buried Index</li>
  57    * <li>Nucleotide</li>
  58    * <li>Purine/Pyrimidine</li>
  59    * <li>T-Coffee Scores</li>
  60    * <li>RNA Helices</li>
  61    * <li>User Defined</li>
  62    * <li>None</li>
  63    * <li>an AWT colour name e.g. red</li>
  64    * <li>residue colours list e.g. D,E=red;K,R,H=0022FF;c=yellow</li>
  65    * </ul>
  66    * If none of these formats is matched, the string is converted to a colour
  67    * using a hashing algorithm.
  68    *
  69    * @param forData
  70    * @param name
  71    * @return
  72    */
  73   public static ColourSchemeI getColour(AnnotatedCollectionI forData,
  74           String name)
  75   {
  76     JalviewColourScheme scheme = JalviewColourScheme.forName(name);
  77     if (scheme != null)
  78     {
  79       // note JalviewColourScheme.None returns null here
  80       return scheme.getColourScheme(forData);
  81     }
  82
  83     if (name.indexOf('=') == -1)
  84     {
  85       /*
  86        * parse the name as a colour specification
  87        * e.g. "red" or "ff00ed",
  88        * or failing that hash the name to a colour
  89        */
  90       return new UserColourScheme(name);
  91     }
  92
  93     /*
  94      * try to parse the string as a residues colour scheme
  95      * e.g. A=red;T,G=blue etc
  96      */
  97     UserColourScheme ucs = null;
  98     try
  99     {
 100       // fix the launchApp user defined colourscheme transfer bug
 101       ucs = new UserColourScheme("white");
 102       ucs.parseAppletParameter(name);
 103     } catch (Exception e)
 104     {
 105       // System.err.println("Ignoring exception when parsing colourscheme as applet-parameter");
 106     }
 107     return ucs;
 108   }
 109
 110   public static Color rnaHelices[] = null;
 111
 112   public static void initRnaHelicesShading(int n)
 113   {
 114     int j = 0;
 115     if (rnaHelices == null)
 116     {
 117       rnaHelices = new Color[n + 1];
 118     }
 119     else if (rnaHelices != null && rnaHelices.length <= n)
 120     {
 121       Color[] t = new Color[n + 1];
 122       System.arraycopy(rnaHelices, 0, t, 0, rnaHelices.length);
 123       j = rnaHelices.length;
 124       rnaHelices = t;
 125     }
 126     else
 127     {
 128       return;
 129     }
 130     // Generate random colors and store
 131     for (; j <= n; j++)
 132     {
 133       rnaHelices[j] = ColorUtils.generateRandomColor(Color.white);
 134     }
 135   }
 136
 137   /**
 138    * delete the existing cached RNA helices colours
 139    */
 140   public static void resetRnaHelicesShading()
 141   {
 142     rnaHelices = null;
 143   }
 144
 145   /**
 146    * Returns the name of the colour scheme (or "None" if it is null)
 147    *
 148    * @param cs
 149    * @return
 150    */
 151   public static String getColourName(ColourSchemeI cs)
 152   {
 153     return cs == null ? ResidueColourScheme.NONE : cs
 154             .getSchemeName();
 155   }
 156
 157 }