src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24
  25 /**
  26  * ColourSchemeProperty binds names to hardwired colourschemes and tries to deal
  27  * intelligently with mapping unknown names to user defined colourschemes (that
  28  * exist or can be created from the string representation of the colourscheme
  29  * name - either a hex RGB triplet or a named colour under java.awt.color ). The
  30  * values of the colourscheme constants is important for callers of
  31  * getColourName(int i), since it can be used to enumerate the set of built in
  32  * colours. The FIRST_COLOUR and LAST_COLOUR symbols are provided for this.
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class ColourSchemeProperty
  38 {
  39   /** Undefined Colourscheme Index */
  40   public static final int UNDEFINED = -1;
  41
  42   /** for schemes defined on the fly */
  43   public static final int USER_DEFINED = 0;
  44
  45   /** No Colourscheme Index */
  46   public static final int NONE = 1;
  47
  48   /** DOCUMENT ME!! */
  49   public static final int CLUSTAL = 2;
  50
  51   /** DOCUMENT ME!! */
  52   public static final int BLOSUM = 3;
  53
  54   /** DOCUMENT ME!! */
  55   public static final int PID = 4;
  56
  57   /** DOCUMENT ME!! */
  58   public static final int ZAPPO = 5;
  59
  60   /** DOCUMENT ME!! */
  61   public static final int TAYLOR = 6;
  62
  63   /** DOCUMENT ME!! */
  64   public static final int HYDROPHOBIC = 7;
  65
  66   /** DOCUMENT ME!! */
  67   public static final int HELIX = 8;
  68
  69   /** DOCUMENT ME!! */
  70   public static final int STRAND = 9;
  71
  72   /** DOCUMENT ME!! */
  73   public static final int TURN = 10;
  74
  75   /** DOCUMENT ME!! */
  76   public static final int BURIED = 11;
  77
  78   /** DOCUMENT ME!! */
  79   public static final int NUCLEOTIDE = 12;
  80
  81   /**
  82    * purine/pyrimidine
  83    */
  84   public static final int PURINEPYRIMIDINE = 13;
  85
  86   public static final int COVARIATION = 14;
  87
  88   public static final int TCOFFEE = 15;
  89
  90   public static final int RNAHELIX = 16;
  91
  92   public static final int RNAINTERACTION = 16;
  93
  94   /**
  95    * index of first colourscheme (includes 'None')
  96    */
  97   public static final int FIRST_COLOUR = NONE;
  98
  99   public static final int LAST_COLOUR = RNAHELIX;
 100
 101   /**
 102    * DOCUMENT ME!
 103    *
 104    * @param name
 105    *          DOCUMENT ME!
 106    *
 107    * @return DOCUMENT ME!
 108    */
 109   public static int getColourIndexFromName(String name)
 110   {
 111     int ret = UNDEFINED;
 112
 113     if (name.equalsIgnoreCase("Clustal"))
 114     {
 115       ret = CLUSTAL;
 116     }
 117     else if (name.equalsIgnoreCase("Blosum62"))
 118     {
 119       ret = BLOSUM;
 120     }
 121     else if (name.equalsIgnoreCase("% Identity"))
 122     {
 123       ret = PID;
 124     }
 125     else if (name.equalsIgnoreCase("Zappo"))
 126     {
 127       ret = ZAPPO;
 128     }
 129     else if (name.equalsIgnoreCase("Taylor"))
 130     {
 131       ret = TAYLOR;
 132     }
 133     else if (name.equalsIgnoreCase("Hydrophobic"))
 134     {
 135       ret = HYDROPHOBIC;
 136     }
 137     else if (name.equalsIgnoreCase("Helix Propensity"))
 138     {
 139       ret = HELIX;
 140     }
 141     else if (name.equalsIgnoreCase("Strand Propensity"))
 142     {
 143       ret = STRAND;
 144     }
 145     else if (name.equalsIgnoreCase("Turn Propensity"))
 146     {
 147       ret = TURN;
 148     }
 149     else if (name.equalsIgnoreCase("Buried Index"))
 150     {
 151       ret = BURIED;
 152     }
 153     else if (name.equalsIgnoreCase("Nucleotide"))
 154     {
 155       ret = NUCLEOTIDE;
 156     }
 157     else if (name.equalsIgnoreCase("T-Coffee Scores"))
 158     {
 159       ret = TCOFFEE;
 160     }
 161
 162     else if (name.equalsIgnoreCase("User Defined"))
 163     {
 164       ret = USER_DEFINED;
 165     }
 166     else if (name.equalsIgnoreCase("None"))
 167     {
 168       ret = NONE;
 169     }
 170     else if (name.equalsIgnoreCase("Purine/Pyrimidine"))
 171     {
 172       ret = PURINEPYRIMIDINE;
 173     }
 174     else if (name.equalsIgnoreCase("RNA Interaction type"))
 175     {
 176       ret = RNAINTERACTION;
 177     }
 178     else if (name.equalsIgnoreCase("RNA Helices"))
 179     {
 180       ret = RNAHELIX;
 181     }
 182     // else if (name.equalsIgnoreCase("Covariation"))
 183     // {
 184     // ret = COVARIATION;
 185     // }
 186
 187     return ret;
 188   }
 189
 190   /**
 191    * DOCUMENT ME!
 192    *
 193    * @param cs
 194    *          DOCUMENT ME!
 195    *
 196    * @return DOCUMENT ME!
 197    */
 198   public static String getColourName(ColourSchemeI cs)
 199   {
 200
 201     int index = NONE;
 202
 203     if (cs instanceof ClustalxColourScheme)
 204     {
 205       index = CLUSTAL;
 206     }
 207     else if (cs instanceof Blosum62ColourScheme)
 208     {
 209       index = BLOSUM;
 210     }
 211     else if (cs instanceof PIDColourScheme)
 212     {
 213       index = PID;
 214     }
 215     else if (cs instanceof ZappoColourScheme)
 216     {
 217       index = ZAPPO;
 218     }
 219     else if (cs instanceof TaylorColourScheme)
 220     {
 221       index = TAYLOR;
 222     }
 223     else if (cs instanceof HydrophobicColourScheme)
 224     {
 225       index = HYDROPHOBIC;
 226     }
 227     else if (cs instanceof HelixColourScheme)
 228     {
 229       index = HELIX;
 230     }
 231     else if (cs instanceof StrandColourScheme)
 232     {
 233       index = STRAND;
 234     }
 235     else if (cs instanceof TurnColourScheme)
 236     {
 237       index = TURN;
 238     }
 239     else if (cs instanceof BuriedColourScheme)
 240     {
 241       index = BURIED;
 242     }
 243     else if (cs instanceof NucleotideColourScheme)
 244     {
 245       index = NUCLEOTIDE;
 246     }
 247     else if (cs instanceof PurinePyrimidineColourScheme)
 248     {
 249       index = PURINEPYRIMIDINE;
 250     }
 251     else if (cs instanceof TCoffeeColourScheme)
 252     {
 253       index = TCOFFEE;
 254     }
 255     else if (cs instanceof RNAHelicesColour)
 256     {
 257       index = RNAHELIX;
 258     }
 259     /*
 260      * else if (cs instanceof CovariationColourScheme) { index = COVARIATION; }
 261      */
 262     else if (cs instanceof UserColourScheme)
 263     {
 264       if ((((UserColourScheme) cs).getName() != null)
 265               && (((UserColourScheme) cs).getName().length() > 0))
 266       {
 267         return ((UserColourScheme) cs).getName();
 268       }
 269       // get default colourscheme name
 270       index = USER_DEFINED;
 271     }
 272
 273     return getColourName(index);
 274   }
 275
 276   /**
 277    * DOCUMENT ME!
 278    *
 279    * @param index
 280    *          DOCUMENT ME!
 281    *
 282    * @return DOCUMENT ME!
 283    */
 284   public static String getColourName(int index)
 285   {
 286     String ret = null;
 287
 288     switch (index)
 289     {
 290     case CLUSTAL:
 291       ret = "Clustal";
 292
 293       break;
 294
 295     case BLOSUM:
 296       ret = "Blosum62";
 297
 298       break;
 299
 300     case PID:
 301       ret = "% Identity";
 302
 303       break;
 304
 305     case ZAPPO:
 306       ret = "Zappo";
 307
 308       break;
 309
 310     case TAYLOR:
 311       ret = "Taylor";
 312       break;
 313
 314     case HYDROPHOBIC:
 315       ret = "Hydrophobic";
 316
 317       break;
 318
 319     case HELIX:
 320       ret = "Helix Propensity";
 321
 322       break;
 323
 324     case STRAND:
 325       ret = "Strand Propensity";
 326
 327       break;
 328
 329     case TURN:
 330       ret = "Turn Propensity";
 331
 332       break;
 333
 334     case BURIED:
 335       ret = "Buried Index";
 336
 337       break;
 338
 339     case NUCLEOTIDE:
 340       ret = "Nucleotide";
 341
 342       break;
 343
 344     case PURINEPYRIMIDINE:
 345       ret = "Purine/Pyrimidine";
 346
 347       break;
 348
 349     case TCOFFEE:
 350       ret = "T-Coffee Scores";
 351
 352       break;
 353 <<<<<<< HEAD
 354
 355     case RNAINTERACTION:
 356         ret = "RNA Interaction type";
 357
 358         break;
 359 =======
 360     case RNAHELIX:
 361       ret = "RNA Helices";
 362
 363       break;
 364 >>>>>>> JAL-952_rnahelix
 365     /*
 366      * case COVARIATION: ret = "Covariation";
 367      *
 368      * break;
 369      */
 370     case USER_DEFINED:
 371       ret = "User Defined";
 372
 373       break;
 374
 375     default:
 376       ret = "None";
 377
 378       break;
 379     }
 380
 381     return ret;
 382   }
 383
 384   /**
 385    * retrieve or create colourscheme associated with name
 386    *
 387    * @param seqs
 388    *          sequences to colour
 389    * @param width
 390    *          range of sequences to colour
 391    * @param name
 392    *          colourscheme name, applet colour parameter specification, or
 393    *          string to parse as colour for new coloursheme
 394    * @return Valid Colourscheme
 395    */
 396   public static ColourSchemeI getColour(AnnotatedCollectionI alignment,
 397           String name)
 398   {
 399     int colindex = getColourIndexFromName(name);
 400     if (colindex == UNDEFINED)
 401     {
 402       if (name.indexOf('=') == -1)
 403       {
 404         // try to build a colour from the string directly
 405         try
 406         {
 407           return new UserColourScheme(name);
 408         } catch (Exception e)
 409         {
 410           // System.err.println("Ignoring unknown colourscheme name");
 411         }
 412       }
 413       else
 414       {
 415         // try to parse the string as a residue colourscheme
 416         try
 417         {
 418           // fix the launchApp user defined coloursheme transfer bug
 419           jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 420                   "white");
 421           ucs.parseAppletParameter(name);
 422
 423         } catch (Exception e)
 424         {
 425           // System.err.println("Ignoring exception when parsing colourscheme as applet-parameter");
 426         }
 427       }
 428     }
 429     return getColour(alignment, getColourIndexFromName(name));
 430   }
 431
 432   /**
 433    * Construct an instance of ColourSchemeI corresponding to the given
 434    * colourscheme index
 435    *
 436    * @param seqs
 437    *          sequences to be coloured by colourscheme
 438    * @param width
 439    *          geometry of alignment
 440    * @param index
 441    *          colourscheme number
 442    *
 443    * @return null or an instance of the colourscheme configured to colour given
 444    *         sequence set
 445    */
 446   public static ColourSchemeI getColour(
 447           jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI coll, int index)
 448   {
 449     // TODO 3.0 2.8 refactor signature to take an alignmentI like container so
 450     // colourschemes based on annotation can be initialised
 451     ColourSchemeI cs = null;
 452
 453     switch (index)
 454     {
 455     case CLUSTAL:
 456       cs = new ClustalxColourScheme(coll, null);
 457
 458       break;
 459
 460     case BLOSUM:
 461       cs = new Blosum62ColourScheme();
 462
 463       break;
 464
 465     case PID:
 466       cs = new PIDColourScheme();
 467
 468       break;
 469
 470     case ZAPPO:
 471       cs = new ZappoColourScheme();
 472
 473       break;
 474
 475     case TAYLOR:
 476       cs = new TaylorColourScheme();
 477       break;
 478
 479     case HYDROPHOBIC:
 480       cs = new HydrophobicColourScheme();
 481
 482       break;
 483
 484     case HELIX:
 485       cs = new HelixColourScheme();
 486
 487       break;
 488
 489     case STRAND:
 490       cs = new StrandColourScheme();
 491
 492       break;
 493
 494     case TURN:
 495       cs = new TurnColourScheme();
 496
 497       break;
 498
 499     case BURIED:
 500       cs = new BuriedColourScheme();
 501
 502       break;
 503
 504     case NUCLEOTIDE:
 505       cs = new NucleotideColourScheme();
 506
 507       break;
 508
 509     case PURINEPYRIMIDINE:
 510       cs = new PurinePyrimidineColourScheme();
 511
 512       break;
 513
 514     case TCOFFEE:
 515       cs = new TCoffeeColourScheme(coll);
 516       break;
 517
 518     case RNAHELIX:
 519       cs = new RNAHelicesColour(coll);
 520       break;
 521
 522       // case COVARIATION:
 523       // cs = new CovariationColourScheme(annotation);
 524     // break;
 525
 526     case USER_DEFINED:
 527       Color[] col = new Color[24];
 528       for (int i = 0; i < 24; i++)
 529       {
 530         col[i] = Color.white;
 531       }
 532       cs = new UserColourScheme(col);
 533       break;
 534
 535     default:
 536       break;
 537     }
 538
 539     return cs;
 540   }
 541
 542   public static Color getAWTColorFromName(String name)
 543   {
 544     Color col = null;
 545     name = name.toLowerCase();
 546     if (name.equals("black"))
 547     {
 548       col = Color.black;
 549     }
 550     else if (name.equals("blue"))
 551     {
 552       col = Color.blue;
 553     }
 554     else if (name.equals("cyan"))
 555     {
 556       col = Color.cyan;
 557     }
 558     else if (name.equals("darkGray"))
 559     {
 560       col = Color.darkGray;
 561     }
 562     else if (name.equals("gray"))
 563     {
 564       col = Color.gray;
 565     }
 566     else if (name.equals("green"))
 567     {
 568       col = Color.green;
 569     }
 570     else if (name.equals("lightGray"))
 571     {
 572       col = Color.lightGray;
 573     }
 574     else if (name.equals("magenta"))
 575     {
 576       col = Color.magenta;
 577     }
 578     else if (name.equals("orange"))
 579     {
 580       col = Color.orange;
 581     }
 582     else if (name.equals("pink"))
 583     {
 584       col = Color.pink;
 585     }
 586     else if (name.equals("red"))
 587     {
 588       col = Color.red;
 589     }
 590     else if (name.equals("white"))
 591     {
 592       col = Color.white;
 593     }
 594     else if (name.equals("yellow"))
 595     {
 596       col = Color.yellow;
 597     }
 598
 599     return col;
 600   }
 601 }