src/jalview/schemes/Consensus.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 // //////////////////////////////////////////
  24 // This does nothing at all at the moment!!!!!!!!!!
  25 // AW 15th Dec 2004
  26 // ///////////////////////////////////////
  27 public class Consensus
  28 {
  29   int[] mask;
  30
  31   double threshold;
  32
  33   String maskstr;
  34
  35   public Consensus(String mask, double threshold)
  36   {
  37     // this.id = id;
  38     // this.mask = mask;
  39     this.maskstr = mask;
  40     setMask(mask);
  41     this.threshold = threshold;
  42   }
  43
  44   public void setMask(String s)
  45   {
  46     this.mask = setNums(s);
  47
  48     // for (int i=0; i < mask.length; i++) {
  49     // jalview.bin.Console.outPrintln(mask[i] + " " +
  50     // ResidueProperties.aa[mask[i]]);
  51     // }
  52   }
  53
  54   /**
  55    * @deprecated Use {@link #isConserved(int[][],int,int,boolean)} instead
  56    */
  57   @Deprecated
  58   public boolean isConserved(int[][] cons2, int col, int size)
  59   {
  60     jalview.bin.Console.outPrintln("DEPRECATED!!!!");
  61     return isConserved(cons2, col, size, true);
  62   }
  63
  64   public boolean isConserved(int[][] cons2, int col, int size,
  65           boolean includeGaps)
  66   {
  67     int tot = 0;
  68     if (!includeGaps)
  69     {
  70       size -= cons2[col][cons2[col].length - 1];
  71     }
  72     for (int i = 0; i < mask.length; i++)
  73     {
  74       tot += cons2[col][mask[i]];
  75     }
  76
  77     if (tot > ((threshold * size) / 100))
  78     {
  79       // jalview.bin.Console.outPrintln("True conserved "+tot+" from
  80       // "+threshold+" out of
  81       // "+size+" : "+maskstr);
  82       return true;
  83     }
  84
  85     return false;
  86   }
  87
  88   int[] setNums(String s)
  89   {
  90     int[] out = new int[s.length()];
  91     int i = 0;
  92
  93     while (i < s.length())
  94     {
  95       out[i] = ResidueProperties.aaIndex[s.charAt(i)];
  96       i++;
  97     }
  98
  99     return out;
 100   }
 101 }