src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.util.Hashtable;
  23
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25
  26 /**
  27  * Became RNAHelicesColour.java. Placeholder for true covariation color scheme
  28  *
  29  * @author Lauren Michelle Lui
  30  * @version 2.5
  31  */
  32 public class CovariationColourScheme extends ResidueColourScheme
  33 {
  34   public Hashtable helixcolorhash = new Hashtable();
  35
  36   public Hashtable positionsToHelix = new Hashtable();
  37
  38   int numHelix = 0;
  39
  40   public AlignmentAnnotation annotation;
  41
  42   /**
  43    * Creates a new CovariationColourScheme object.
  44    */
  45   public CovariationColourScheme(AlignmentAnnotation annotation)
  46   {
  47     this.annotation = annotation;
  48
  49     for (int x = 0; x < this.annotation._rnasecstr.length; x++)
  50     {
  51       // System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x] + " Begin" +
  52       // this.annotation._rnasecstr[x].getBegin());
  53       // System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
  54       // pairs.put(this.annotation._rnasecstr[x].getBegin(),
  55       // this.annotation._rnasecstr[x].getEnd());
  56
  57       positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getBegin(),
  58               this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
  59       positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getEnd(),
  60               this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
  61
  62       if (Integer.parseInt(this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup()) > numHelix)
  63       {
  64         numHelix = Integer.parseInt(this.annotation._rnasecstr[x]
  65                 .getFeatureGroup());
  66       }
  67
  68     }
  69
  70     for (int j = 0; j <= numHelix; j++)
  71     {
  72       helixcolorhash.put(Integer.toString(j),
  73               jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor(Color.white));
  74     }
  75
  76   }
  77
  78   /**
  79    * DOCUMENT ME!
  80    *
  81    * @param n
  82    *          DOCUMENT ME!
  83    *
  84    * @return DOCUMENT ME!
  85    */
  86   public Color findColour(char c)
  87   {
  88     // System.out.println("called"); log.debug
  89     // Generate a random pastel color
  90
  91     return ResidueProperties.purinepyrimidine[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];// jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor(Color.white);
  92   }
  93
  94   /**
  95    * DOCUMENT ME!
  96    *
  97    * @param n
  98    *          DOCUMENT ME!
  99    * @param j
 100    *          DOCUMENT ME!
 101    *
 102    * @return DOCUMENT ME!
 103    */
 104   public Color findColour(char c, int j)
 105   {
 106     Color currentColour = Color.white;
 107     String currentHelix = null;
 108     // System.out.println(c + " " + j);
 109     currentHelix = (String) positionsToHelix.get(j);
 110     // System.out.println(positionsToHelix.get(j));
 111
 112     if (currentHelix != null)
 113     {
 114       currentColour = (Color) helixcolorhash.get(currentHelix);
 115     }
 116
 117     // System.out.println(c + " " + j + " helix " + currentHelix + " " +
 118     // currentColour);
 119     return currentColour;
 120   }
 121
 122 }