src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
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  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import jalview.datamodel.SequenceI;
  21
  22 import java.awt.Color;
  23
  24 /**
  25  * DOCUMENT ME!
  26  *
  27  * @author $author$
  28  * @version $Revision$
  29  */
  30 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme
  31 {
  32   /**
  33    * Creates a new NucleotideColourScheme object.
  34    */
  35   public NucleotideColourScheme()
  36   {
  37     super(ResidueProperties.nucleotide, 0);
  38   }
  39
  40   /**
  41    * DOCUMENT ME!
  42    *
  43    * @param n
  44    *          DOCUMENT ME!
  45    *
  46    * @return DOCUMENT ME!
  47    */
  48   @Override
  49   public Color findColour(char c)
  50   {
  51     // System.out.println("called"); log.debug
  52     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  53   }
  54
  55   /**
  56    * DOCUMENT ME!
  57    *
  58    * @param n
  59    *          DOCUMENT ME!
  60    * @param j
  61    *          DOCUMENT ME!
  62    *
  63    * @return DOCUMENT ME!
  64    */
  65   @Override
  66   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  67   {
  68     Color currentColour;
  69     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  70     {
  71       try
  72       {
  73         currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  74       } catch (Exception ex)
  75       {
  76         return Color.white;
  77       }
  78     }
  79     else
  80     {
  81       return Color.white;
  82     }
  83
  84     if (conservationColouring)
  85     {
  86       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  87     }
  88
  89     return currentColour;
  90   }
  91 }