src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import jalview.datamodel.SequenceI;
  21
  22 import java.awt.Color;
  23
  24 /**
  25  * DOCUMENT ME!
  26  *
  27  * @author $author$
  28  * @version $Revision$
  29  */
  30 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme
  31 {
  32   /**
  33    * Creates a new NucleotideColourScheme object.
  34    */
  35   public NucleotideColourScheme()
  36   {
  37     super(ResidueProperties.nucleotideIndex, ResidueProperties.nucleotide,
  38             0);
  39   }
  40
  41   /**
  42    * DOCUMENT ME!
  43    *
  44    * @param n
  45    *          DOCUMENT ME!
  46    *
  47    * @return DOCUMENT ME!
  48    */
  49   @Override
  50   public Color findColour(char c)
  51   {
  52     // System.out.println("called"); log.debug
  53     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  54   }
  55
  56   /**
  57    * DOCUMENT ME!
  58    *
  59    * @param n
  60    *          DOCUMENT ME!
  61    * @param j
  62    *          DOCUMENT ME!
  63    *
  64    * @return DOCUMENT ME!
  65    */
  66   @Override
  67   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  68   {
  69     Color currentColour;
  70     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  71     {
  72       try
  73       {
  74         currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  75       } catch (Exception ex)
  76       {
  77         return Color.white;
  78       }
  79     }
  80     else
  81     {
  82       return Color.white;
  83     }
  84
  85     if (conservationColouring)
  86     {
  87       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  88     }
  89
  90     return currentColour;
  91   }
  92 }