src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 \r
   5 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme\r
   6 {\r
   7   public NucleotideColourScheme() {\r
   8   super(ResidueProperties.nucleotide,0);\r
   9   }\r
  10 \r
  11 \r
  12   public Color findColour(String n)\r
  13   {\r
  14     // System.out.println("called"); log.debug\r
  15     return colors[((Integer)(ResidueProperties.nucleotideHash.get(n))).intValue()];\r
  16   }\r
  17 \r
  18 \r
  19   public Color findColour(String n, int j) {\r
  20 \r
  21     if (threshold == 0 || aboveThreshold( n, j))\r
  22       try\r
  23       {\r
  24         return colors[ ( (Integer) (ResidueProperties.nucleotideHash.get(n))).intValue()];\r
  25       }\r
  26       catch (Exception ex)\r
  27       {\r
  28         return Color.white;\r
  29       }\r
  30     else\r
  31       return Color.white;\r
  32 \r
  33   }\r
  34 \r
  35 }\r