src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import jalview.datamodel.SequenceI;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24
  25 /**
  26  * DOCUMENT ME!
  27  *
  28  * @author $author$
  29  * @version $Revision$
  30  */
  31 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme
  32 {
  33   /**
  34    * Creates a new NucleotideColourScheme object.
  35    */
  36   public NucleotideColourScheme()
  37   {
  38     super(ResidueProperties.nucleotideIndex, ResidueProperties.nucleotide,
  39             0);
  40   }
  41
  42   /**
  43    * DOCUMENT ME!
  44    *
  45    * @param n
  46    *          DOCUMENT ME!
  47    *
  48    * @return DOCUMENT ME!
  49    */
  50   @Override
  51   public Color findColour(char c)
  52   {
  53     // System.out.println("called"); log.debug
  54     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  55   }
  56
  57   /**
  58    * DOCUMENT ME!
  59    *
  60    * @param n
  61    *          DOCUMENT ME!
  62    * @param j
  63    *          DOCUMENT ME!
  64    *
  65    * @return DOCUMENT ME!
  66    */
  67   @Override
  68   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  69   {
  70     Color currentColour;
  71     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  72     {
  73       try
  74       {
  75         currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  76       } catch (Exception ex)
  77       {
  78         return Color.white;
  79       }
  80     }
  81     else
  82     {
  83       return Color.white;
  84     }
  85
  86     if (conservationColouring)
  87     {
  88       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  89     }
  90
  91     return currentColour;
  92   }
  93 }