src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.awt.*;
  21
  22 import jalview.analysis.*;
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme
  26 {
  27   public Color[] pidColours;
  28
  29   public float[] thresholds;
  30
  31   SequenceGroup group;
  32
  33   public PIDColourScheme()
  34   {
  35     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;
  36     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;
  37   }
  38
  39   public Color findColour(char c, int j)
  40   {
  41     if ('a' <= c && c <= 'z')
  42     {
  43       c -= ('a' - 'A');
  44     }
  45
  46     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null)
  47     {
  48       return Color.white;
  49     }
  50
  51     if ((threshold != 0) && !aboveThreshold(c, j))
  52     {
  53       return Color.white;
  54     }
  55
  56     Color currentColour = Color.white;
  57
  58     double sc = 0;
  59
  60     if (consensus.length <= j)
  61     {
  62       return Color.white;
  63     }
  64
  65     if ((Integer
  66             .parseInt(consensus[j].get(AAFrequency.MAXCOUNT).toString()) != -1)
  67             && consensus[j].contains(String.valueOf(c)))
  68     {
  69       sc = ((Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue();
  70
  71       if (!jalview.util.Comparison.isGap(c))
  72       {
  73         for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)
  74         {
  75           if (sc > thresholds[i])
  76           {
  77             currentColour = pidColours[i];
  78
  79             break;
  80           }
  81         }
  82       }
  83     }
  84
  85     if (conservationColouring)
  86     {
  87       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  88     }
  89
  90     return currentColour;
  91   }
  92 }