src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;
  21 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  22 import jalview.datamodel.SequenceI;
  23
  24 import java.awt.Color;
  25
  26 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme
  27 {
  28   public Color[] pidColours;
  29
  30   public float[] thresholds;
  31
  32   SequenceGroup group;
  33
  34   public PIDColourScheme()
  35   {
  36     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;
  37     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;
  38   }
  39
  40   @Override
  41   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  42   {
  43     if ('a' <= c && c <= 'z')
  44     {
  45       c -= ('a' - 'A');
  46     }
  47
  48     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null)
  49     {
  50       return Color.white;
  51     }
  52
  53     if ((threshold != 0) && !aboveThreshold(c, j))
  54     {
  55       return Color.white;
  56     }
  57
  58     Color currentColour = Color.white;
  59
  60     double sc = 0;
  61
  62     if (consensus.length <= j)
  63     {
  64       return Color.white;
  65     }
  66
  67     if ((Integer
  68             .parseInt(consensus[j].get(AAFrequency.MAXCOUNT).toString()) != -1)
  69             && consensus[j].contains(String.valueOf(c)))
  70     {
  71       sc = ((Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue();
  72
  73       if (!jalview.util.Comparison.isGap(c))
  74       {
  75         for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)
  76         {
  77           if (sc > thresholds[i])
  78           {
  79             currentColour = pidColours[i];
  80
  81             break;
  82           }
  83         }
  84       }
  85     }
  86
  87     if (conservationColouring)
  88     {
  89       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  90     }
  91
  92     return currentColour;
  93   }
  94 }