src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.awt.*;
  21
  22 /**
  23  * Class is based off of NucleotideColourScheme
  24  *
  25  * @author Lauren Michelle Lui
  26  */
  27 public class PurinePyrimidineColourScheme extends ResidueColourScheme
  28 {
  29   /**
  30    * Creates a new PurinePyrimidineColourScheme object.
  31    */
  32   public PurinePyrimidineColourScheme()
  33   {
  34     super(ResidueProperties.purinepyrimidine, 0);
  35   }
  36
  37   /**
  38    * Finds the corresponding color for the type of character inputed
  39    *
  40    * @param c
  41    *          Character in sequence
  42    *
  43    * @return Color from purinepyrimidineIndex in
  44    *         jalview.schemes.ResidueProperties
  45    */
  46   public Color findColour(char c)
  47   {
  48     return colors[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];
  49   }
  50
  51   /**
  52    * Returns color based on conservation
  53    *
  54    * @param c
  55    *          Character in sequence
  56    * @param j
  57    *          Threshold
  58    *
  59    * @return Color in RGB
  60    */
  61   public Color findColour(char c, int j)
  62   {
  63     Color currentColour;
  64     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  65     {
  66       try
  67       {
  68         currentColour = colors[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];
  69       } catch (Exception ex)
  70       {
  71         return Color.white;
  72       }
  73     }
  74     else
  75     {
  76       return Color.white;
  77     }
  78
  79     if (conservationColouring)
  80     {
  81       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  82     }
  83
  84     return currentColour;
  85   }
  86 }