src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23 /**
  24  * Class is based off of NucleotideColourScheme
  25  *
  26  * @author Lauren Michelle Lui
  27  */
  28 public class PurinePyrimidineColourScheme extends ResidueColourScheme
  29 {
  30   /**
  31    * Creates a new PurinePyrimidineColourScheme object.
  32    */
  33   public PurinePyrimidineColourScheme()
  34   {
  35     super(ResidueProperties.purinepyrimidineIndex,
  36             ResidueProperties.purinepyrimidine, 0);
  37   }
  38
  39   /**
  40    * Finds the corresponding color for the type of character inputed
  41    *
  42    * @param c
  43    *          Character in sequence
  44    *
  45    * @return Color from purinepyrimidineIndex in
  46    *         jalview.schemes.ResidueProperties
  47    */
  48   public Color findColour(char c)
  49   {
  50     return colors[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];
  51   }
  52
  53   /**
  54    * Returns color based on conservation
  55    *
  56    * @param c
  57    *          Character in sequence
  58    * @param j
  59    *          Threshold
  60    *
  61    * @return Color in RGB
  62    */
  63   public Color findColour(char c, int j)
  64   {
  65     Color currentColour;
  66     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  67     {
  68       try
  69       {
  70         currentColour = colors[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];
  71       } catch (Exception ex)
  72       {
  73         return Color.white;
  74       }
  75     }
  76     else
  77     {
  78       return Color.white;
  79     }
  80
  81     if (conservationColouring)
  82     {
  83       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  84     }
  85
  86     return currentColour;
  87   }
  88 }