src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26
  27 import java.awt.event.ActionEvent;
  28 import java.util.Hashtable;
  29 import java.util.Vector;
  30
  31 /**
  32  * Helps generate the colors for RNA secondary structure. Future: add option to
  33  * change colors based on covariation.
  34  *
  35  * @author Lauren Michelle Lui
  36  *
  37  */
  38 public class RNAHelicesColourChooser
  39 {
  40
  41   AlignViewportI av;
  42
  43   AlignmentViewPanel ap;
  44
  45   ColourSchemeI oldcs;
  46
  47   Hashtable oldgroupColours;
  48
  49   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  50
  51   boolean adjusting = false;
  52
  53   public RNAHelicesColourChooser(AlignViewportI av,
  54           final AlignmentViewPanel ap)
  55   {
  56     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
  57     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
  58     {
  59       oldgroupColours = new Hashtable();
  60       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
  61       {
  62         if (sg.cs != null)
  63         {
  64           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);
  65         }
  66       }
  67     }
  68     this.av = av;
  69     this.ap = ap;
  70
  71     if (oldcs instanceof RNAHelicesColour)
  72     {
  73       RNAHelicesColour rhc = (RNAHelicesColour) oldcs;
  74
  75     }
  76
  77     adjusting = true;
  78     Vector list = new Vector();
  79     int index = 1;
  80     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)
  81     {
  82       String label = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].label;
  83       if (!list.contains(label))
  84       {
  85         list.addElement(label);
  86       }
  87       else
  88       {
  89         list.addElement(label + "_" + (index++));
  90       }
  91     }
  92
  93     adjusting = false;
  94
  95     changeColour();
  96
  97   }
  98
  99   void changeColour()
 100   {
 101     // Check if combobox is still adjusting
 102     if (adjusting)
 103     {
 104       return;
 105     }
 106     RNAHelicesColour rhc = null;
 107
 108     rhc = new RNAHelicesColour(av.getAlignment());
 109
 110     av.setGlobalColourScheme(rhc);
 111
 112     ap.paintAlignment(true);
 113   }
 114
 115   void reset()
 116   {
 117     av.setGlobalColourScheme(oldcs);
 118     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 119     {
 120       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
 121       {
 122         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);
 123       }
 124     }
 125   }
 126
 127   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 128   {
 129     changeColour();
 130   }
 131
 132 }