src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.util.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28
  29 /**
  30  * Helps generate the colors for RNA secondary structure. Future: add option to
  31  * change colors based on covariation.
  32  *
  33  * @author Lauren Michelle Lui
  34  *
  35  */
  36 public class RNAHelicesColourChooser
  37 {
  38
  39   AlignViewportI av;
  40
  41   AlignmentViewPanel ap;
  42
  43   ColourSchemeI oldcs;
  44
  45   Hashtable oldgroupColours;
  46
  47   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  48
  49   boolean adjusting = false;
  50
  51   public RNAHelicesColourChooser(AlignViewportI av,
  52           final AlignmentViewPanel ap)
  53   {
  54     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
  55     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
  56     {
  57       oldgroupColours = new Hashtable();
  58       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
  59       {
  60         if (sg.cs != null)
  61         {
  62           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);
  63         }
  64       }
  65     }
  66     this.av = av;
  67     this.ap = ap;
  68
  69     if (oldcs instanceof RNAHelicesColour)
  70     {
  71       RNAHelicesColour rhc = (RNAHelicesColour) oldcs;
  72
  73     }
  74
  75     adjusting = true;
  76     Vector list = new Vector();
  77     int index = 1;
  78     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)
  79     {
  80       String label = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].label;
  81       if (!list.contains(label))
  82         list.addElement(label);
  83       else
  84         list.addElement(label + "_" + (index++));
  85     }
  86
  87     adjusting = false;
  88
  89     changeColour();
  90
  91   }
  92
  93   void changeColour()
  94   {
  95     // Check if combobox is still adjusting
  96     if (adjusting)
  97     {
  98       return;
  99     }
 100
 101     currentAnnotation = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[0];// annotations.getSelectedIndex()];
 102
 103     RNAHelicesColour rhc = null;
 104
 105     rhc = new RNAHelicesColour(currentAnnotation);
 106
 107     av.setGlobalColourScheme(rhc);
 108
 109     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 110     {
 111       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
 112       {
 113         if (sg.cs == null)
 114         {
 115           continue;
 116         }
 117
 118         sg.cs = new RNAHelicesColour(currentAnnotation);
 119
 120       }
 121     }
 122
 123     ap.paintAlignment(false);
 124   }
 125
 126   void reset()
 127   {
 128     av.setGlobalColourScheme(oldcs);
 129     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 130     {
 131       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
 132       {
 133         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);
 134       }
 135     }
 136   }
 137
 138   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 139   {
 140     changeColour();
 141   }
 142
 143 }