src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.schemes.*;
  27
  28 /**
  29  * Helps generate the colors for RNA secondary structure. Future: add option to
  30  * change colors based on covariation.
  31  *
  32  * @author Lauren Michelle Lui
  33  *
  34  */
  35 public class RNAHelicesColourChooser
  36 {
  37
  38   AlignViewportI av;
  39
  40   AlignmentViewPanel ap;
  41
  42   ColourSchemeI oldcs;
  43
  44   Hashtable oldgroupColours;
  45
  46   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  47
  48   boolean adjusting = false;
  49
  50   public RNAHelicesColourChooser(AlignViewportI av,
  51           final AlignmentViewPanel ap)
  52   {
  53     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
  54     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
  55     {
  56       oldgroupColours = new Hashtable();
  57       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
  58       {
  59         if (sg.cs != null)
  60         {
  61           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);
  62         }
  63       }
  64     }
  65     this.av = av;
  66     this.ap = ap;
  67
  68     if (oldcs instanceof RNAHelicesColour)
  69     {
  70       RNAHelicesColour rhc = (RNAHelicesColour) oldcs;
  71
  72     }
  73
  74     adjusting = true;
  75     Vector list = new Vector();
  76     int index = 1;
  77     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)
  78     {
  79       String label = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].label;
  80       if (!list.contains(label))
  81         list.addElement(label);
  82       else
  83         list.addElement(label + "_" + (index++));
  84     }
  85
  86     adjusting = false;
  87
  88     changeColour();
  89
  90   }
  91
  92   void changeColour()
  93   {
  94     // Check if combobox is still adjusting
  95     if (adjusting)
  96     {
  97       return;
  98     }
  99
 100     // This loop will find the first rna structure annotation by which to colour
 101     //  the sequences.
 102     AlignmentAnnotation[] annotations = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 103     for (int i = 0; i < annotations.length; i++) {
 104
 105         // is this a sensible way of determining type of annotation?
 106         if (annotations[i].getRNAStruc() != null) {
 107                 currentAnnotation = annotations[i];
 108                 break;
 109         }
 110     }
 111     if (currentAnnotation == null)
 112     {
 113         System.err.println("Jalview is about to try and colour by RNAHelices even"
 114                         + " though there are no RNA secondary structure annotations present!");
 115         currentAnnotation = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[0];// annotations.getSelectedIndex()];
 116     }
 117
 118     RNAHelicesColour rhc = null;
 119
 120     rhc = new RNAHelicesColour(currentAnnotation);
 121
 122     av.setGlobalColourScheme(rhc);
 123
 124     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 125     {
 126       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
 127       {
 128         if (sg.cs == null)
 129         {
 130           continue;
 131         }
 132
 133         sg.cs = new RNAHelicesColour(currentAnnotation);
 134
 135       }
 136     }
 137
 138     ap.paintAlignment(false);
 139   }
 140
 141   void reset()
 142   {
 143     av.setGlobalColourScheme(oldcs);
 144     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 145     {
 146       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
 147       {
 148         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);
 149       }
 150     }
 151   }
 152
 153   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 154   {
 155     changeColour();
 156   }
 157
 158 }