src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 public class RNAInteractionColourScheme extends ResidueColourScheme
  28 {
  29   public RNAInteractionColourScheme()
  30   {
  31     super();
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public Color findColour(char c)
  36   {
  37     // FIXME this is just a copy of NucleotideColourScheme
  38     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  43   {
  44     // FIXME this is just a copy of NucleotideColourScheme
  45     Color currentColour;
  46     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  47     {
  48       try
  49       {
  50         currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  51       } catch (Exception ex)
  52       {
  53         return Color.white;
  54       }
  55     }
  56     else
  57     {
  58       return Color.white;
  59     }
  60
  61     if (conservationColouring)
  62     {
  63       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  64     }
  65
  66     return currentColour;
  67   }
  68 }