src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21  package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27
  28 public class RNAInteractionColourScheme extends ResidueColourScheme{
  29          public RNAInteractionColourScheme()
  30           {
  31             super();
  32           }
  33
  34           /**
  35            * DOCUMENT ME!
  36            *
  37            * @param n
  38            *          DOCUMENT ME!
  39            *
  40            * @return DOCUMENT ME!
  41            */
  42           @Override
  43           public Color findColour(char c)
  44           {
  45             // System.out.println("called"); log.debug
  46             return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  47           }
  48
  49           /**
  50            * DOCUMENT ME!
  51            *
  52            * @param n
  53            *          DOCUMENT ME!
  54            * @param j
  55            *          DOCUMENT ME!
  56            *
  57            * @return DOCUMENT ME!
  58            */
  59           @Override
  60           public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  61           {
  62             Color currentColour;
  63             if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  64             {
  65               try
  66               {
  67                 currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  68               } catch (Exception ex)
  69               {
  70                 return Color.white;
  71               }
  72             }
  73             else
  74             {
  75               return Color.white;
  76             }
  77
  78             if (conservationColouring)
  79             {
  80               currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  81             }
  82
  83             return currentColour;
  84           }
  85         }