src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import java.util.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 \r
   7 public class ResidueColourScheme implements ColourSchemeI{\r
   8     Color    [] colors;\r
   9     int       threshold = 0;\r
  10     public Vector   consensus;\r
  11 \r
  12     public ResidueColourScheme(Color[] colors, int threshold) {\r
  13         this.colors    = colors;\r
  14         this.threshold = threshold;\r
  15     }\r
  16 \r
  17     public ResidueColourScheme()\r
  18     {   }\r
  19 \r
  20     public void setConsensus(Vector consensus)\r
  21     {\r
  22       this.consensus = consensus;\r
  23     }\r
  24 \r
  25     public Color findColour(String aa)\r
  26     {\r
  27       return colors[((Integer)(ResidueProperties.aaHash.get(aa))).intValue()];\r
  28     }\r
  29 \r
  30     public Color findColour(String s, int j) {\r
  31 \r
  32        if( threshold==0 || aboveThreshold(s,j))\r
  33           return colors[((Integer)(ResidueProperties.aaHash.get(s))).intValue()];\r
  34        else\r
  35           return Color.white;\r
  36 \r
  37     }\r
  38 \r
  39     public int getThreshold() {\r
  40         return threshold;\r
  41     }\r
  42 \r
  43     public void setThreshold(int ct) {\r
  44         threshold = ct;\r
  45     }\r
  46 \r
  47     public boolean aboveThreshold(String s, int j)\r
  48     {\r
  49         Hashtable hash = (Hashtable)consensus.elementAt(j);\r
  50 \r
  51         if ( ( (Integer) hash.get("maxCount")).intValue() != -1 && hash.contains(s))\r
  52         {\r
  53                ////  resCount////////////////////                  ///////////////seq count////////////\r
  54           double sc = ( (Integer) hash.get(s)).intValue()  * 100.0 / ( (Integer) hash.get("size")).intValue();\r
  55 \r
  56           if (sc >= threshold)\r
  57             return true;\r
  58 \r
  59         }\r
  60 \r
  61         return false;\r
  62     }\r
  63 \r
  64     public boolean canThreshold() {\r
  65         return true;\r
  66     }\r
  67     public boolean isUserDefinable() {\r
  68         return false;\r
  69     }\r
  70 }\r