src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.FeatureScoreModel;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.PIDScoreModel;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.Enumeration;
  30 import java.util.HashMap;
  31 import java.util.Hashtable;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Map;
  34 import java.util.Vector;
  35
  36 public class ResidueProperties
  37 {
  38   public static Hashtable<String, ScoreModelI> scoreMatrices = new Hashtable();
  39
  40   // Stores residue codes/names and colours and other things
  41   public static final int[] aaIndex; // aaHash version 2.1.1 and below
  42
  43   public static final int[] nucleotideIndex;
  44
  45   public static final int[] purinepyrimidineIndex;
  46
  47   public static final Map<String, Integer> aa3Hash = new HashMap<String, Integer>();
  48
  49   public static final Map<String, String> aa2Triplet = new HashMap<String, String>();
  50
  51   public static final Map<String, String> nucleotideName = new HashMap<String, String>();
  52
  53   static
  54   {
  55     aaIndex = new int[255];
  56     for (int i = 0; i < 255; i++)
  57     {
  58       aaIndex[i] = 23;
  59     }
  60
  61     aaIndex['A'] = 0;
  62     aaIndex['R'] = 1;
  63     aaIndex['N'] = 2;
  64     aaIndex['D'] = 3;
  65     aaIndex['C'] = 4;
  66     aaIndex['Q'] = 5;
  67     aaIndex['E'] = 6;
  68     aaIndex['G'] = 7;
  69     aaIndex['H'] = 8;
  70     aaIndex['I'] = 9;
  71     aaIndex['L'] = 10;
  72     aaIndex['K'] = 11;
  73     aaIndex['M'] = 12;
  74     aaIndex['F'] = 13;
  75     aaIndex['P'] = 14;
  76     aaIndex['S'] = 15;
  77     aaIndex['T'] = 16;
  78     aaIndex['W'] = 17;
  79     aaIndex['Y'] = 18;
  80     aaIndex['V'] = 19;
  81     aaIndex['B'] = 20;
  82     aaIndex['Z'] = 21;
  83     aaIndex['X'] = 22;
  84     aaIndex['U'] = 22;
  85     aaIndex['a'] = 0;
  86     aaIndex['r'] = 1;
  87     aaIndex['n'] = 2;
  88     aaIndex['d'] = 3;
  89     aaIndex['c'] = 4;
  90     aaIndex['q'] = 5;
  91     aaIndex['e'] = 6;
  92     aaIndex['g'] = 7;
  93     aaIndex['h'] = 8;
  94     aaIndex['i'] = 9;
  95     aaIndex['l'] = 10;
  96     aaIndex['k'] = 11;
  97     aaIndex['m'] = 12;
  98     aaIndex['f'] = 13;
  99     aaIndex['p'] = 14;
 100     aaIndex['s'] = 15;
 101     aaIndex['t'] = 16;
 102     aaIndex['w'] = 17;
 103     aaIndex['y'] = 18;
 104     aaIndex['v'] = 19;
 105     aaIndex['b'] = 20;
 106     aaIndex['z'] = 21;
 107     aaIndex['x'] = 22;
 108     aaIndex['u'] = 22; // TODO: selenocystine triplet and codons needed. also
 109     // extend subt. matrices
 110   }
 111
 112   /**
 113    * maximum (gap) index for matrices involving protein alphabet
 114    */
 115   public final static int maxProteinIndex = 23;
 116
 117   /**
 118    * maximum (gap) index for matrices involving nucleotide alphabet
 119    */
 120   public final static int maxNucleotideIndex = 10;
 121
 122   static
 123   {
 124     nucleotideIndex = new int[255];
 125     for (int i = 0; i < 255; i++)
 126     {
 127       nucleotideIndex[i] = 10; // non-nucleotide symbols are all non-gap gaps.
 128     }
 129
 130     nucleotideIndex['A'] = 0;
 131     nucleotideIndex['a'] = 0;
 132     nucleotideIndex['C'] = 1;
 133     nucleotideIndex['c'] = 1;
 134     nucleotideIndex['G'] = 2;
 135     nucleotideIndex['g'] = 2;
 136     nucleotideIndex['T'] = 3;
 137     nucleotideIndex['t'] = 3;
 138     nucleotideIndex['U'] = 4;
 139     nucleotideIndex['u'] = 4;
 140     nucleotideIndex['I'] = 5;
 141     nucleotideIndex['i'] = 5;
 142     nucleotideIndex['X'] = 6;
 143     nucleotideIndex['x'] = 6;
 144     nucleotideIndex['R'] = 7;
 145     nucleotideIndex['r'] = 7;
 146     nucleotideIndex['Y'] = 8;
 147     nucleotideIndex['y'] = 8;
 148     nucleotideIndex['N'] = 9;
 149     nucleotideIndex['n'] = 9;
 150
 151     nucleotideName.put("A", "Adenine");
 152     nucleotideName.put("a", "Adenine");
 153     nucleotideName.put("G", "Guanine");
 154     nucleotideName.put("g", "Guanine");
 155     nucleotideName.put("C", "Cytosine");
 156     nucleotideName.put("c", "Cytosine");
 157     nucleotideName.put("T", "Thymine");
 158     nucleotideName.put("t", "Thymine");
 159     nucleotideName.put("U", "Uracil");
 160     nucleotideName.put("u", "Uracil");
 161     nucleotideName.put("I", "Inosine");
 162     nucleotideName.put("i", "Inosine");
 163     nucleotideName.put("X", "Xanthine");
 164     nucleotideName.put("x", "Xanthine");
 165     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");
 166     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");
 167     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");
 168     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");
 169     nucleotideName.put("N", "Unknown");
 170     nucleotideName.put("n", "Unknown");
 171     nucleotideName.put("W", "Weak nucleotide (A or T)");
 172     nucleotideName.put("w", "Weak nucleotide (A or T)");
 173     nucleotideName.put("S", "Strong nucleotide (G or C)");
 174     nucleotideName.put("s", "Strong nucleotide (G or C)");
 175     nucleotideName.put("M", "Amino (A or C)");
 176     nucleotideName.put("m", "Amino (A or C)");
 177     nucleotideName.put("K", "Keto (G or T)");
 178     nucleotideName.put("k", "Keto (G or T)");
 179     nucleotideName.put("B", "Not A (G or C or T)");
 180     nucleotideName.put("b", "Not A (G or C or T)");
 181     nucleotideName.put("H", "Not G (A or C or T)");
 182     nucleotideName.put("h", "Not G (A or C or T)");
 183     nucleotideName.put("D", "Not C (A or G or T)");
 184     nucleotideName.put("d", "Not C (A or G or T)");
 185     nucleotideName.put("V", "Not T (A or G or C");
 186     nucleotideName.put("v", "Not T (A or G or C");
 187
 188   }
 189
 190   static
 191   {
 192     purinepyrimidineIndex = new int[255];
 193     for (int i = 0; i < 255; i++)
 194     {
 195       purinepyrimidineIndex[i] = 3; // non-nucleotide symbols are all non-gap
 196       // gaps.
 197     }
 198
 199     purinepyrimidineIndex['A'] = 0;
 200     purinepyrimidineIndex['a'] = 0;
 201     purinepyrimidineIndex['C'] = 1;
 202     purinepyrimidineIndex['c'] = 1;
 203     purinepyrimidineIndex['G'] = 0;
 204     purinepyrimidineIndex['g'] = 0;
 205     purinepyrimidineIndex['T'] = 1;
 206     purinepyrimidineIndex['t'] = 1;
 207     purinepyrimidineIndex['U'] = 1;
 208     purinepyrimidineIndex['u'] = 1;
 209     purinepyrimidineIndex['I'] = 2;
 210     purinepyrimidineIndex['i'] = 2;
 211     purinepyrimidineIndex['X'] = 2;
 212     purinepyrimidineIndex['x'] = 2;
 213     purinepyrimidineIndex['R'] = 0;
 214     purinepyrimidineIndex['r'] = 0;
 215     purinepyrimidineIndex['Y'] = 1;
 216     purinepyrimidineIndex['y'] = 1;
 217     purinepyrimidineIndex['N'] = 2;
 218     purinepyrimidineIndex['n'] = 2;
 219   }
 220
 221   static
 222   {
 223     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));
 224     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));
 225     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));
 226     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); // D
 227     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));
 228     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); // Q
 229     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E
 230     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));
 231     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));
 232     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));
 233     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));
 234     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));
 235     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));
 236     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));
 237     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));
 238     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));
 239     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));
 240     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));
 241     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));
 242     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));
 243     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides
 244     aa3Hash.put("ASX", new Integer(20)); // "B";
 245     aa3Hash.put("GLX", new Integer(21)); // X
 246     aa3Hash.put("XAA", new Integer(22)); // X unknown
 247     aa3Hash.put("-", new Integer(23));
 248     aa3Hash.put("*", new Integer(23));
 249     aa3Hash.put(".", new Integer(23));
 250     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));
 251     aa3Hash.put("Gap", new Integer(23));
 252   }
 253
 254   static
 255   {
 256     aa2Triplet.put("A", "ALA");
 257     aa2Triplet.put("a", "ALA");
 258     aa2Triplet.put("R", "ARG");
 259     aa2Triplet.put("r", "ARG");
 260     aa2Triplet.put("N", "ASN");
 261     aa2Triplet.put("n", "ASN");
 262     aa2Triplet.put("D", "ASP");
 263     aa2Triplet.put("d", "ASP");
 264     aa2Triplet.put("C", "CYS");
 265     aa2Triplet.put("c", "CYS");
 266     aa2Triplet.put("Q", "GLN");
 267     aa2Triplet.put("q", "GLN");
 268     aa2Triplet.put("E", "GLU");
 269     aa2Triplet.put("e", "GLU");
 270     aa2Triplet.put("G", "GLY");
 271     aa2Triplet.put("g", "GLY");
 272     aa2Triplet.put("H", "HIS");
 273     aa2Triplet.put("h", "HIS");
 274     aa2Triplet.put("I", "ILE");
 275     aa2Triplet.put("i", "ILE");
 276     aa2Triplet.put("L", "LEU");
 277     aa2Triplet.put("l", "LEU");
 278     aa2Triplet.put("K", "LYS");
 279     aa2Triplet.put("k", "LYS");
 280     aa2Triplet.put("M", "MET");
 281     aa2Triplet.put("m", "MET");
 282     aa2Triplet.put("F", "PHE");
 283     aa2Triplet.put("f", "PHE");
 284     aa2Triplet.put("P", "PRO");
 285     aa2Triplet.put("p", "PRO");
 286     aa2Triplet.put("S", "SER");
 287     aa2Triplet.put("s", "SER");
 288     aa2Triplet.put("T", "THR");
 289     aa2Triplet.put("t", "THR");
 290     aa2Triplet.put("W", "TRP");
 291     aa2Triplet.put("w", "TRP");
 292     aa2Triplet.put("Y", "TYR");
 293     aa2Triplet.put("y", "TYR");
 294     aa2Triplet.put("V", "VAL");
 295     aa2Triplet.put("v", "VAL");
 296   }
 297
 298   public static final String[] aa =
 299   { "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",
 300       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " " };
 301
 302   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);
 303
 304   public static final Vector scaleColours = new Vector();
 305
 306   static
 307   {
 308     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));
 309     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));
 310     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));
 311     scaleColours.addElement(Color.red);
 312     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));
 313     scaleColours.addElement(Color.orange);
 314     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));
 315     scaleColours.addElement(Color.yellow);
 316     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));
 317     scaleColours.addElement(Color.white);
 318   }
 319
 320   public static final Color[] taylor =
 321   { new Color(204, 255, 0), // A Greenish-yellowy-yellow
 322       new Color(0, 0, 255), // R Blueish-bluey-blue
 323       new Color(204, 0, 255), // N Blueish-reddy-blue
 324       new Color(255, 0, 0), // D Reddish-reddy-red
 325       new Color(255, 255, 0), // C Yellowish-yellowy-yellow
 326       new Color(255, 0, 204), // Q Reddish-bluey-red
 327       new Color(255, 0, 102), // E Blueish-reddy-red
 328       new Color(255, 153, 0), // G Yellowy-reddy-yellow
 329       new Color(0, 102, 255), // H Greenish-bluey-blue
 330       new Color(102, 255, 0), // I Greenish-yellowy-green
 331       new Color(51, 255, 0), // L Yellowish-greeny-green
 332       new Color(102, 0, 255), // K Reddish-bluey-blue
 333       new Color(0, 255, 0), // M Greenish-greeny-green
 334       new Color(0, 255, 102), // F Blueish-greeny-green
 335       new Color(255, 204, 0), // P Reddish-yellowy-yellow
 336       new Color(255, 51, 0), // S Yellowish-reddy-red
 337       new Color(255, 102, 0), // T Reddish-yellowy-red
 338       new Color(0, 204, 255), // W Blueish-greeny-green
 339       new Color(0, 255, 204), // Y Greenish-bluey-green
 340       new Color(153, 255, 0), // V Yellowish-greeny-yellow
 341       Color.white, // B
 342       Color.white, // Z
 343       Color.white, // X
 344       Color.white, // -
 345       Color.white, // *
 346       Color.white // .
 347   };
 348
 349   public static final Color[] nucleotide =
 350   { new Color(100, 247, 63), // A
 351       new Color(255, 179, 64), // C
 352       new Color(235, 65, 60), // G
 353       new Color(60, 136, 238), // T
 354       new Color(60, 136, 238), // U
 355       Color.white, // I (inosine)
 356       Color.white, // X (xanthine)
 357       Color.white, // R
 358       Color.white, // Y
 359       Color.white, // N
 360       Color.white, // Gap
 361   };
 362
 363   // Added for PurinePyrimidineColourScheme
 364   public static final Color[] purinepyrimidine =
 365   { new Color(255, 131, 250), // A, G, R purines purplish/orchid
 366       new Color(64, 224, 208), // C,U, T, Y pyrimidines turquoise
 367       Color.white, // all other nucleotides
 368       Color.white // Gap
 369   };
 370
 371   // Zappo
 372   public static final Color[] zappo =
 373   { Color.pink, // A
 374       midBlue, // R
 375       Color.green, // N
 376       Color.red, // D
 377       Color.yellow, // C
 378       Color.green, // Q
 379       Color.red, // E
 380       Color.magenta, // G
 381       midBlue,// Color.red, // H
 382       Color.pink, // I
 383       Color.pink, // L
 384       midBlue, // K
 385       Color.pink, // M
 386       Color.orange, // F
 387       Color.magenta, // P
 388       Color.green, // S
 389       Color.green, // T
 390       Color.orange, // W
 391       Color.orange, // Y
 392       Color.pink, // V
 393       Color.white, // B
 394       Color.white, // Z
 395       Color.white, // X
 396       Color.white, // -
 397       Color.white, // *
 398       Color.white, // .
 399       Color.white // ' '
 400   };
 401
 402   // Dunno where I got these numbers from
 403   public static final double[] hyd2 =
 404   { 0.62, // A
 405       0.29, // R
 406       -0.90, // N
 407       -0.74, // D
 408       1.19, // C
 409       0.48, // Q
 410       -0.40, // E
 411       1.38, // G
 412       -1.50, // H
 413       1.06, // I
 414       0.64, // L
 415       -0.78, // K
 416       0.12, // M
 417       -0.85, // F
 418       -2.53, // P
 419       -0.18, // S
 420       -0.05, // T
 421       1.08, // W
 422       0.81, // Y
 423       0.0, // V
 424       0.26, // B
 425       0.0, // Z
 426       0.0 // X
 427   };
 428
 429   public static final double[] helix =
 430   { 1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,
 431       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0 };
 432
 433   public static final double helixmin = 0.57;
 434
 435   public static final double helixmax = 1.51;
 436
 437   public static final double[] strand =
 438   { 0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,
 439       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0 };
 440
 441   public static final double strandmin = 0.37;
 442
 443   public static final double strandmax = 1.7;
 444
 445   public static final double[] turn =
 446   { 0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,
 447       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0,
 448       0 };
 449
 450   public static final double turnmin = 0.47;
 451
 452   public static final double turnmax = 1.56;
 453
 454   public static final double[] buried =
 455   { 1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,
 456       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00 };
 457
 458   public static final double buriedmin = 0.05;
 459
 460   public static final double buriedmax = 4.6;
 461
 462   // This is hydropathy index
 463   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.
 464   // 1157, 105-132, 1982
 465   public static final double[] hyd =
 466   { 1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9,
 467       1.9, 2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0 };
 468
 469   public static final double hydmax = 4.5;
 470
 471   public static final double hydmin = -3.9;
 472
 473   // public static final double hydmax = 1.38;
 474   // public static final double hydmin = -2.53;
 475   private static final int[][] BLOSUM62 =
 476   {
 477       { 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
 478           -2, 0, -2, -1, 0, -4 },
 479       { -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3,
 480           -2, -3, -1, 0, -1, -4 },
 481       { -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2,
 482           -3, 3, 0, -1, -4 },
 483       { -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
 484           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
 485       { 0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1,
 486           -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4 },
 487       { -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,
 488           -2, 0, 3, -1, -4 },
 489       { -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 490           -2, 1, 4, -1, -4 },
 491       { 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
 492           -3, -3, -1, -2, -1, -4 },
 493       { -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,
 494           2, -3, 0, 0, -1, -4 },
 495       { -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
 496           -1, 3, -3, -3, -1, -4 },
 497       { -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
 498           -1, 1, -4, -3, -1, -4 },
 499       { -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
 500           -2, -2, 0, 1, -1, -4 },
 501       { -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
 502           -1, 1, -3, -1, -1, -4 },
 503       { -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1,
 504           3, -1, -3, -3, -1, -4 },
 505       { -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,
 506           -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4 },
 507       { 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,
 508           -2, 0, 0, 0, -4 },
 509       { 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
 510           -2, 0, -1, -1, 0, -4 },
 511       { -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,
 512           11, 2, -3, -4, -3, -2, -4 },
 513       { -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2,
 514           2, 7, -1, -3, -2, -1, -4 },
 515       { 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
 516           -1, 4, -3, -2, -1, -4 },
 517       { -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4,
 518           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
 519       { -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 520           -2, 1, 4, -1, -4 },
 521       { 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0,
 522           -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4 },
 523       { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
 524           -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1 }, };
 525
 526   static final int[][] PAM250 =
 527   {
 528       { 2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3,
 529           0, 0, 0, 0, -8 },
 530       { -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,
 531           -2, -1, 0, -1, -8 },
 532       { 0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,
 533           2, 1, 0, -8 },
 534       { 0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4,
 535           -2, 3, 3, -1, -8 },
 536       { -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,
 537           -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8 },
 538       { 0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,
 539           -2, 1, 3, -1, -8 },
 540       { 0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4,
 541           -2, 3, 3, -1, -8 },
 542       { 1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,
 543           -1, 0, 0, -1, -8 },
 544       { -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,
 545           -2, 1, 2, -1, -8 },
 546       { -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,
 547           -1, 4, -2, -2, -1, -8 },
 548       { -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,
 549           -1, 2, -3, -3, -1, -8 },
 550       { -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4,
 551           -2, 1, 0, -1, -8 },
 552       { -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4,
 553           -2, 2, -2, -2, -1, -8 },
 554       { -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0,
 555           7, -1, -4, -5, -2, -8 },
 556       { 1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,
 557           -1, -1, 0, -1, -8 },
 558       { 1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3,
 559           -1, 0, 0, 0, -8 },
 560       { 1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3,
 561           0, 0, -1, 0, -8 },
 562       { -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5,
 563           17, 0, -6, -5, -6, -4, -8 },
 564       { -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,
 565           10, -2, -3, -4, -2, -8 },
 566       { 0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,
 567           -2, 4, -2, -2, -1, -8 },
 568       { 0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3,
 569           -2, 3, 2, -1, -8 },
 570       { 0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4,
 571           -2, 2, 3, -1, -8 },
 572       { 0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,
 573           -2, -1, -1, -1, -1, -8 },
 574       { -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
 575           -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1 }, };
 576
 577   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number
 578   // value of the aa
 579
 580   static
 581   {
 582     ssHash.put("H", Color.magenta);
 583     ssHash.put("E", Color.yellow);
 584     ssHash.put("-", Color.white);
 585     ssHash.put(".", Color.white);
 586     ssHash.put("S", Color.cyan);
 587     ssHash.put("T", Color.blue);
 588     ssHash.put("G", Color.pink);
 589     ssHash.put("I", Color.pink);
 590     ssHash.put("B", Color.yellow);
 591   }
 592
 593   /*
 594    * new Color(60, 136, 238), // U Color.white, // I Color.white, // X
 595    * Color.white, // R Color.white, // Y Color.white, // N Color.white, // Gap
 596    */
 597
 598   // JBPNote: patch matrix for T/U equivalence when working with DNA or RNA.
 599   // Will equate sequences if working with mixed nucleotide sets.
 600   // treats T and U identically. R and Y weak equivalence with AG and CTU.
 601   // N matches any other base weakly
 602   //
 603   static final int[][] DNA =
 604   {
 605   { 10, -8, -8, -8, -8, 1, 1, 1, -8, 1, 1 }, // A
 606       { -8, 10, -8, -8, -8, 1, 1, -8, 1, 1, 1 }, // C
 607       { -8, -8, 10, -8, -8, 1, 1, 1, -8, 1, 1 }, // G
 608       { -8, -8, -8, 10, 10, 1, 1, -8, 1, 1, 1 }, // T
 609       { -8, -8, -8, 10, 10, 1, 1, -8, 1, 1, 1 }, // U
 610       { 1, 1, 1, 1, 1, 10, 0, 0, 0, 1, 1 }, // I
 611       { 1, 1, 1, 1, 1, 0, 10, 0, 0, 1, 1 }, // X
 612       { 1, -8, 1, -8, -8, 0, 0, 10, -8, 1, 1 }, // R
 613       { -8, 1, -8, 1, 1, 0, 0, -8, 10, 1, 1 }, // Y
 614       { 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 10, 1 }, // N
 615       { 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1 }, // -
 616   };
 617   /**
 618    * register matrices in list
 619    */
 620   static
 621   {
 622     scoreMatrices.put("BLOSUM62", new ScoreMatrix("BLOSUM62", BLOSUM62, 0));
 623     scoreMatrices.put("PAM250", new ScoreMatrix("PAM250", PAM250, 0));
 624     scoreMatrices.put("DNA", new ScoreMatrix("DNA", DNA, 1));
 625
 626   }
 627
 628   public static final Color[] pidColours =
 629   { midBlue, new Color(153, 153, 255),
 630       // Color.lightGray,
 631       new Color(204, 204, 255), };
 632
 633   public static final float[] pidThresholds =
 634   { 80, 60, 40, };
 635
 636   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();
 637
 638   public static Vector Lys = new Vector();
 639
 640   public static Vector Asn = new Vector();
 641
 642   public static Vector Gln = new Vector();
 643
 644   public static Vector His = new Vector();
 645
 646   public static Vector Glu = new Vector();
 647
 648   public static Vector Asp = new Vector();
 649
 650   public static Vector Tyr = new Vector();
 651
 652   public static Vector Thr = new Vector();
 653
 654   public static Vector Pro = new Vector();
 655
 656   public static Vector Ala = new Vector();
 657
 658   public static Vector Ser = new Vector();
 659
 660   public static Vector Arg = new Vector();
 661
 662   public static Vector Gly = new Vector();
 663
 664   public static Vector Trp = new Vector();
 665
 666   public static Vector Cys = new Vector();
 667
 668   public static Vector Ile = new Vector();
 669
 670   public static Vector Met = new Vector();
 671
 672   public static Vector Leu = new Vector();
 673
 674   public static Vector Val = new Vector();
 675
 676   public static Vector Phe = new Vector();
 677
 678   public static Vector STOP = new Vector();
 679
 680   public static String START = "ATG";
 681
 682   static
 683   {
 684     codonHash.put("K", Lys);
 685     codonHash.put("N", Asn);
 686     codonHash.put("Q", Gln);
 687     codonHash.put("H", His);
 688     codonHash.put("E", Glu);
 689     codonHash.put("D", Asp);
 690     codonHash.put("Y", Tyr);
 691     codonHash.put("T", Thr);
 692     codonHash.put("P", Pro);
 693     codonHash.put("A", Ala);
 694     codonHash.put("S", Ser);
 695     codonHash.put("R", Arg);
 696     codonHash.put("G", Gly);
 697     codonHash.put("W", Trp);
 698     codonHash.put("C", Cys);
 699     codonHash.put("I", Ile);
 700     codonHash.put("M", Met);
 701     codonHash.put("L", Leu);
 702     codonHash.put("V", Val);
 703     codonHash.put("F", Phe);
 704     codonHash.put("STOP", STOP);
 705   }
 706
 707   /**
 708    * Nucleotide Ambiguity Codes
 709    */
 710   public static final Hashtable<String, String[]> ambiguityCodes = new Hashtable<String, String[]>();
 711
 712   /**
 713    * Codon triplets with additional symbols for unambiguous codons that include
 714    * ambiguity codes
 715    */
 716   public static final Hashtable<String, String> codonHash2 = new Hashtable<String, String>();
 717
 718   /**
 719    * all ambiguity codes for a given base
 720    */
 721   public final static Hashtable<String, List<String>> _ambiguityCodes = new Hashtable<String, List<String>>();
 722
 723   static
 724   {
 725     /**
 726      * 3.2. Purine (adenine or guanine): R
 727      *
 728      * R is the symbol previously recommended [1].
 729      */
 730     ambiguityCodes.put("R", new String[]
 731     { "A", "G" });
 732
 733     /**
 734      * 3.3. Pyrimidine (thymine or cytosine): Y
 735      *
 736      * Y is the symbol previously recommended [1].
 737      */
 738     ambiguityCodes.put("Y", new String[]
 739     { "T", "C" });
 740     /**
 741      * 3.4. Adenine or thymine: W
 742      *
 743      * Although several diverse symbols have been used for this pair, (and for
 744      * the reciprocal pair G+C), only two symbols have a rational basis, L and
 745      * W: L derives from DNA density (light; G+C - heavy - would thus be H); W
 746      * derives from the strength of the hydrogen bonding interaction between the
 747      * base pairs (weak for A+T: G +C - strong - would thus be S). However, the
 748      * system recommended for the three-base series (not-A = B, etc., see below,
 749      * section 3.8) rules out H as this would be not-G. W is thus recommended.
 750      */
 751     ambiguityCodes.put("W", new String[]
 752     { "A", "T" });
 753     /**
 754      * 3.5. Guanine or cytosine: S
 755      *
 756      * The choice of this symbol is discussed above in section 3.4.
 757      */
 758     ambiguityCodes.put("S", new String[]
 759     { "G", "C" });
 760     /**
 761      * 3.6. Adenine or cytosine: M
 762      *
 763      * There are few common features between A and C. The presence of an NH2
 764      * group in similar positions on both bases (Fig. 1) makes possible a
 765      * logically derived symbol. A and N being ruled out, M (from aMino) is
 766      * recommended.
 767      *
 768      *
 769      * Fig. 1. Origin of the symbols M and K The four bases are drawn so as to
 770      * show the relationship between adenine and cytosine on the one hand, which
 771      * both have aMino groups at the ring position most distant from the point
 772      * of attachment to the sugar, and between guanine and thymine on the other,
 773      * which both have Keto groups at the corresponding position. The ring atoms
 774      * are numbered as recommended [24-26], although for the present purpose
 775      * this has the disadvantage of giving discordant numbers to the
 776      * corresponding positions.
 777      */
 778     ambiguityCodes.put("M", new String[]
 779     { "A", "C" });
 780     /**
 781      * 3.7. Guanine or thymine: K By analogy with A and C (section 3.6), both G
 782      * and T have Keto groups in similar positions (Fig. 1).
 783      */
 784     ambiguityCodes.put("K", new String[]
 785     { "G", "T" });
 786     /**
 787      * 3.8. Adenine or thymine or cytosine: H
 788      *
 789      * Not-G is the most simple means of memorising this combination and symbols
 790      * logically related to G were examined. F and H would both be suitable, as
 791      * the letters before and after G in the alphabet, but A would have no
 792      * equivalent to F. The use of H has historical precedence [2].
 793      */
 794     ambiguityCodes.put("H", new String[]
 795     { "A", "T", "C" });
 796     /**
 797      * 3.9. Guanine or cytosine or thymine: B
 798      *
 799      * Not-A as above (section 3.8).
 800      */
 801     ambiguityCodes.put("B", new String[]
 802     { "G", "T", "C" });
 803     /**
 804      * 3.10. Guanine or adenine or cytosine: V
 805      *
 806      * Not-T by analogy with not-G (section 3.8) would be U but this is ruled
 807      * out to eliminate confusion with uracil. V is the next logical choice.
 808      * Note that T and U may in some cases be considered to be synonyms.
 809      */
 810     ambiguityCodes.put("V", new String[]
 811     { "G", "A", "C" });
 812     /**
 813      * 3.11. Guanine or adenine or thymine: D
 814      *
 815      * Not-C as above (section 3.8).
 816      */
 817     ambiguityCodes.put("D", new String[]
 818     { "G", "A", "T" });
 819     /**
 820      * 3.12. Guanine or adenine or thymine or cytosine: N
 821      */
 822     ambiguityCodes.put("R", new String[]
 823     { "G", "A", "T", "C" });
 824     // Now build codon translation table
 825     codonHash2.put("AAA", "K");
 826     codonHash2.put("AAG", "K");
 827     codonHash2.put("AAC", "N");
 828     codonHash2.put("AAT", "N");
 829
 830     codonHash2.put("CAA", "Q");
 831     codonHash2.put("CAG", "Q");
 832     codonHash2.put("CAC", "H");
 833     codonHash2.put("CAT", "H");
 834
 835     codonHash2.put("GAA", "E");
 836     codonHash2.put("GAG", "E");
 837     codonHash2.put("GAC", "D");
 838     codonHash2.put("GAT", "D");
 839
 840     codonHash2.put("TAC", "Y");
 841     codonHash2.put("TAT", "Y");
 842
 843     codonHash2.put("ACA", "T");
 844     codonHash2.put("ACC", "T");
 845     codonHash2.put("ACT", "T");
 846     codonHash2.put("ACG", "T");
 847
 848     codonHash2.put("CCA", "P");
 849     codonHash2.put("CCG", "P");
 850     codonHash2.put("CCC", "P");
 851     codonHash2.put("CCT", "P");
 852
 853     codonHash2.put("GCA", "A");
 854     codonHash2.put("GCG", "A");
 855     codonHash2.put("GCC", "A");
 856     codonHash2.put("GCT", "A");
 857
 858     codonHash2.put("TCA", "S");
 859     codonHash2.put("TCG", "S");
 860     codonHash2.put("TCC", "S");
 861     codonHash2.put("TCT", "S");
 862     codonHash2.put("AGC", "S");
 863     codonHash2.put("AGT", "S");
 864
 865     codonHash2.put("AGA", "R");
 866     codonHash2.put("AGG", "R");
 867     codonHash2.put("CGA", "R");
 868     codonHash2.put("CGG", "R");
 869     codonHash2.put("CGC", "R");
 870     codonHash2.put("CGT", "R");
 871
 872     codonHash2.put("GGA", "G");
 873     codonHash2.put("GGG", "G");
 874     codonHash2.put("GGC", "G");
 875     codonHash2.put("GGT", "G");
 876
 877     codonHash2.put("TGA", "*");
 878     codonHash2.put("TAA", "*");
 879     codonHash2.put("TAG", "*");
 880
 881     codonHash2.put("TGG", "W");
 882
 883     codonHash2.put("TGC", "C");
 884     codonHash2.put("TGT", "C");
 885
 886     codonHash2.put("ATA", "I");
 887     codonHash2.put("ATC", "I");
 888     codonHash2.put("ATT", "I");
 889
 890     codonHash2.put("ATG", "M");
 891
 892     codonHash2.put("CTA", "L");
 893     codonHash2.put("CTG", "L");
 894     codonHash2.put("CTC", "L");
 895     codonHash2.put("CTT", "L");
 896     codonHash2.put("TTA", "L");
 897     codonHash2.put("TTG", "L");
 898
 899     codonHash2.put("GTA", "V");
 900     codonHash2.put("GTG", "V");
 901     codonHash2.put("GTC", "V");
 902     codonHash2.put("GTT", "V");
 903
 904     codonHash2.put("TTC", "F");
 905     codonHash2.put("TTT", "F");
 906
 907     buildAmbiguityCodonSet();
 908   }
 909
 910   /**
 911    * programmatic generation of codons including ambiguity codes
 912    */
 913   public static void buildAmbiguityCodonSet()
 914   {
 915     if (_ambiguityCodes.size() > 0)
 916     {
 917       System.err
 918               .println("Ignoring multiple calls to buildAmbiguityCodonSet");
 919       return;
 920     }
 921     // Invert the ambiguity code set
 922     for (Map.Entry<String, String[]> acode : ambiguityCodes.entrySet())
 923     {
 924       for (String r : acode.getValue())
 925       {
 926         List<String> codesfor = _ambiguityCodes.get(r);
 927         if (codesfor == null)
 928         {
 929           _ambiguityCodes.put(r, codesfor = new ArrayList<String>());
 930         }
 931         if (!codesfor.contains(acode.getKey()))
 932         {
 933           codesfor.add(acode.getKey());
 934         }
 935         else
 936         {
 937           System.err
 938                   .println("Inconsistency in the IUBMB ambiguity code nomenclature table: collision for "
 939                           + acode.getKey() + " in residue " + r);
 940         }
 941       }
 942     }
 943     // and programmatically add in the ambiguity codes that yield the same amino
 944     // acid
 945     String[] unambcodons = codonHash2.keySet().toArray(
 946             new String[codonHash2.size()]);
 947     for (String codon : unambcodons)
 948     {
 949       String residue = codonHash2.get(codon);
 950       String acodon[][] = new String[codon.length()][];
 951       for (int i = 0, iSize = codon.length(); i < iSize; i++)
 952       {
 953         String _ac = "" + codon.charAt(i);
 954         List<String> acodes = _ambiguityCodes.get(_ac);
 955         if (acodes != null)
 956         {
 957           acodon[i] = acodes.toArray(new String[acodes.size()]);
 958         }
 959         else
 960         {
 961           acodon[i] = new String[]
 962           {};
 963         }
 964       }
 965       // enumerate all combinations and test for veracity of translation
 966       int tpos[] = new int[codon.length()], cpos[] = new int[codon.length()];
 967       for (int i = 0; i < tpos.length; i++)
 968       {
 969         tpos[i] = -1;
 970       }
 971       tpos[acodon.length - 1] = 0;
 972       int ipos, j;
 973       while (tpos[0] < acodon[0].length)
 974       {
 975         // make all codons for this combination
 976         char allres[][] = new char[tpos.length][];
 977         String _acodon = "";
 978         char _anuc;
 979         for (ipos = 0; ipos < tpos.length; ipos++)
 980         {
 981           if (acodon[ipos].length == 0 || tpos[ipos] < 0)
 982           {
 983             _acodon += codon.charAt(ipos);
 984             allres[ipos] = new char[]
 985             { codon.charAt(ipos) };
 986           }
 987           else
 988           {
 989             _acodon += acodon[ipos][tpos[ipos]];
 990             String[] altbase = ambiguityCodes.get(acodon[ipos][tpos[ipos]]);
 991             allres[ipos] = new char[altbase.length];
 992             j = 0;
 993             for (String ab : altbase)
 994             {
 995               allres[ipos][j++] = ab.charAt(0);
 996             }
 997           }
 998         }
 999         // test all codons for this combination
1000         for (ipos = 0; ipos < cpos.length; ipos++)
1001         {
1002           cpos[ipos] = 0;
1003         }
1004         boolean valid = true;
1005         do
1006         {
1007           String _codon = "";
1008           for (j = 0; j < cpos.length; j++)
1009           {
1010             _codon += allres[j][cpos[j]];
1011           }
1012           String tr = codonHash2.get(_codon);
1013           if (valid = (tr != null && tr.equals(residue)))
1014           {
1015             // advance to next combination
1016             ipos = acodon.length - 1;
1017             while (++cpos[ipos] >= allres[ipos].length && ipos > 0)
1018             {
1019               cpos[ipos] = 0;
1020               ipos--;
1021             }
1022           }
1023         } while (valid && cpos[0] < allres[0].length);
1024         if (valid)
1025         {
1026           // Add this to the set of codons we will translate
1027           // System.out.println("Adding ambiguity codon: " + _acodon + " for "
1028           // + residue);
1029           codonHash2.put(_acodon, residue);
1030         }
1031         else
1032         {
1033           // System.err.println("Rejecting ambiguity codon: " + _acodon
1034           // + " for " + residue);
1035         }
1036         // next combination
1037         ipos = acodon.length - 1;
1038         while (++tpos[ipos] >= acodon[ipos].length && ipos > 0)
1039         {
1040           tpos[ipos] = -1;
1041           ipos--;
1042         }
1043       }
1044     }
1045
1046   }
1047
1048   static
1049   {
1050     Lys.addElement("AAA");
1051     Lys.addElement("AAG");
1052     Asn.addElement("AAC");
1053     Asn.addElement("AAT");
1054
1055     Gln.addElement("CAA");
1056     Gln.addElement("CAG");
1057     His.addElement("CAC");
1058     His.addElement("CAT");
1059
1060     Glu.addElement("GAA");
1061     Glu.addElement("GAG");
1062     Asp.addElement("GAC");
1063     Asp.addElement("GAT");
1064
1065     Tyr.addElement("TAC");
1066     Tyr.addElement("TAT");
1067
1068     Thr.addElement("ACA");
1069     Thr.addElement("ACG");
1070     Thr.addElement("ACC");
1071     Thr.addElement("ACT");
1072
1073     Pro.addElement("CCA");
1074     Pro.addElement("CCG");
1075     Pro.addElement("CCC");
1076     Pro.addElement("CCT");
1077
1078     Ala.addElement("GCA");
1079     Ala.addElement("GCG");
1080     Ala.addElement("GCC");
1081     Ala.addElement("GCT");
1082
1083     Ser.addElement("TCA");
1084     Ser.addElement("TCG");
1085     Ser.addElement("TCC");
1086     Ser.addElement("TCT");
1087     Ser.addElement("AGC");
1088     Ser.addElement("AGT");
1089
1090     Arg.addElement("AGA");
1091     Arg.addElement("AGG");
1092     Arg.addElement("CGA");
1093     Arg.addElement("CGG");
1094     Arg.addElement("CGC");
1095     Arg.addElement("CGT");
1096
1097     Gly.addElement("GGA");
1098     Gly.addElement("GGG");
1099     Gly.addElement("GGC");
1100     Gly.addElement("GGT");
1101
1102     STOP.addElement("TGA");
1103     STOP.addElement("TAA");
1104     STOP.addElement("TAG");
1105
1106     Trp.addElement("TGG");
1107
1108     Cys.addElement("TGC");
1109     Cys.addElement("TGT");
1110
1111     Ile.addElement("ATA");
1112     Ile.addElement("ATC");
1113     Ile.addElement("ATT");
1114
1115     Met.addElement("ATG");
1116
1117     Leu.addElement("CTA");
1118     Leu.addElement("CTG");
1119     Leu.addElement("CTC");
1120     Leu.addElement("CTT");
1121     Leu.addElement("TTA");
1122     Leu.addElement("TTG");
1123
1124     Val.addElement("GTA");
1125     Val.addElement("GTG");
1126     Val.addElement("GTC");
1127     Val.addElement("GTT");
1128
1129     Phe.addElement("TTC");
1130     Phe.addElement("TTT");
1131   }
1132
1133   // Stores residue codes/names and colours and other things
1134   public static Hashtable propHash = new Hashtable();
1135
1136   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();
1137
1138   public static Hashtable polar = new Hashtable();
1139
1140   public static Hashtable small = new Hashtable();
1141
1142   public static Hashtable positive = new Hashtable();
1143
1144   public static Hashtable negative = new Hashtable();
1145
1146   public static Hashtable charged = new Hashtable();
1147
1148   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();
1149
1150   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();
1151
1152   public static Hashtable tiny = new Hashtable();
1153
1154   public static Hashtable proline = new Hashtable();
1155
1156   static
1157   {
1158     hydrophobic.put("I", new Integer(1));
1159     hydrophobic.put("L", new Integer(1));
1160     hydrophobic.put("V", new Integer(1));
1161     hydrophobic.put("C", new Integer(1));
1162     hydrophobic.put("A", new Integer(1));
1163     hydrophobic.put("G", new Integer(1));
1164     hydrophobic.put("M", new Integer(1));
1165     hydrophobic.put("F", new Integer(1));
1166     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));
1167     hydrophobic.put("W", new Integer(1));
1168     hydrophobic.put("H", new Integer(1));
1169     hydrophobic.put("K", new Integer(1));
1170     hydrophobic.put("X", new Integer(1));
1171     hydrophobic.put("-", new Integer(1));
1172     hydrophobic.put("*", new Integer(1));
1173     hydrophobic.put("R", new Integer(0));
1174     hydrophobic.put("E", new Integer(0));
1175     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));
1176     hydrophobic.put("D", new Integer(0));
1177     hydrophobic.put("N", new Integer(0));
1178     hydrophobic.put("S", new Integer(0));
1179     hydrophobic.put("T", new Integer(0));
1180     hydrophobic.put("P", new Integer(0));
1181   }
1182
1183   static
1184   {
1185     polar.put("Y", new Integer(1));
1186     polar.put("W", new Integer(1));
1187     polar.put("H", new Integer(1));
1188     polar.put("K", new Integer(1));
1189     polar.put("R", new Integer(1));
1190     polar.put("E", new Integer(1));
1191     polar.put("Q", new Integer(1));
1192     polar.put("D", new Integer(1));
1193     polar.put("N", new Integer(1));
1194     polar.put("S", new Integer(1));
1195     polar.put("T", new Integer(1));
1196     polar.put("X", new Integer(1));
1197     polar.put("-", new Integer(1));
1198     polar.put("*", new Integer(1));
1199     polar.put("I", new Integer(0));
1200     polar.put("L", new Integer(0));
1201     polar.put("V", new Integer(0));
1202     polar.put("C", new Integer(0));
1203     polar.put("A", new Integer(0));
1204     polar.put("G", new Integer(0));
1205     polar.put("M", new Integer(0));
1206     polar.put("F", new Integer(0));
1207     polar.put("P", new Integer(0));
1208   }
1209
1210   static
1211   {
1212     small.put("I", new Integer(0));
1213     small.put("L", new Integer(0));
1214     small.put("V", new Integer(1));
1215     small.put("C", new Integer(1));
1216     small.put("A", new Integer(1));
1217     small.put("G", new Integer(1));
1218     small.put("M", new Integer(0));
1219     small.put("F", new Integer(0));
1220     small.put("Y", new Integer(0));
1221     small.put("W", new Integer(0));
1222     small.put("H", new Integer(0));
1223     small.put("K", new Integer(0));
1224     small.put("R", new Integer(0));
1225     small.put("E", new Integer(0));
1226     small.put("Q", new Integer(0));
1227     small.put("D", new Integer(1));
1228     small.put("N", new Integer(1));
1229     small.put("S", new Integer(1));
1230     small.put("T", new Integer(1));
1231     small.put("P", new Integer(1));
1232     small.put("-", new Integer(1));
1233     small.put("*", new Integer(1));
1234   }
1235
1236   static
1237   {
1238     positive.put("I", new Integer(0));
1239     positive.put("L", new Integer(0));
1240     positive.put("V", new Integer(0));
1241     positive.put("C", new Integer(0));
1242     positive.put("A", new Integer(0));
1243     positive.put("G", new Integer(0));
1244     positive.put("M", new Integer(0));
1245     positive.put("F", new Integer(0));
1246     positive.put("Y", new Integer(0));
1247     positive.put("W", new Integer(0));
1248     positive.put("H", new Integer(1));
1249     positive.put("K", new Integer(1));
1250     positive.put("R", new Integer(1));
1251     positive.put("E", new Integer(0));
1252     positive.put("Q", new Integer(0));
1253     positive.put("D", new Integer(0));
1254     positive.put("N", new Integer(0));
1255     positive.put("S", new Integer(0));
1256     positive.put("T", new Integer(0));
1257     positive.put("P", new Integer(0));
1258     positive.put("-", new Integer(1));
1259     positive.put("*", new Integer(1));
1260   }
1261
1262   static
1263   {
1264     negative.put("I", new Integer(0));
1265     negative.put("L", new Integer(0));
1266     negative.put("V", new Integer(0));
1267     negative.put("C", new Integer(0));
1268     negative.put("A", new Integer(0));
1269     negative.put("G", new Integer(0));
1270     negative.put("M", new Integer(0));
1271     negative.put("F", new Integer(0));
1272     negative.put("Y", new Integer(0));
1273     negative.put("W", new Integer(0));
1274     negative.put("H", new Integer(0));
1275     negative.put("K", new Integer(0));
1276     negative.put("R", new Integer(0));
1277     negative.put("E", new Integer(1));
1278     negative.put("Q", new Integer(0));
1279     negative.put("D", new Integer(1));
1280     negative.put("N", new Integer(0));
1281     negative.put("S", new Integer(0));
1282     negative.put("T", new Integer(0));
1283     negative.put("P", new Integer(0));
1284     negative.put("-", new Integer(1));
1285     negative.put("*", new Integer(1));
1286   }
1287
1288   static
1289   {
1290     charged.put("I", new Integer(0));
1291     charged.put("L", new Integer(0));
1292     charged.put("V", new Integer(0));
1293     charged.put("C", new Integer(0));
1294     charged.put("A", new Integer(0));
1295     charged.put("G", new Integer(0));
1296     charged.put("M", new Integer(0));
1297     charged.put("F", new Integer(0));
1298     charged.put("Y", new Integer(0));
1299     charged.put("W", new Integer(0));
1300     charged.put("H", new Integer(1));
1301     charged.put("K", new Integer(1));
1302     charged.put("R", new Integer(1));
1303     charged.put("E", new Integer(1));
1304     charged.put("Q", new Integer(0));
1305     charged.put("D", new Integer(1));
1306     charged.put("N", new Integer(0)); // Asparagine is polar but not charged.
1307                                       // Alternative would be charged and
1308                                       // negative (in basic form)?
1309     charged.put("S", new Integer(0));
1310     charged.put("T", new Integer(0));
1311     charged.put("P", new Integer(0));
1312     charged.put("-", new Integer(1));
1313     charged.put("*", new Integer(1));
1314   }
1315
1316   static
1317   {
1318     aromatic.put("I", new Integer(0));
1319     aromatic.put("L", new Integer(0));
1320     aromatic.put("V", new Integer(0));
1321     aromatic.put("C", new Integer(0));
1322     aromatic.put("A", new Integer(0));
1323     aromatic.put("G", new Integer(0));
1324     aromatic.put("M", new Integer(0));
1325     aromatic.put("F", new Integer(1));
1326     aromatic.put("Y", new Integer(1));
1327     aromatic.put("W", new Integer(1));
1328     aromatic.put("H", new Integer(1));
1329     aromatic.put("K", new Integer(0));
1330     aromatic.put("R", new Integer(0));
1331     aromatic.put("E", new Integer(0));
1332     aromatic.put("Q", new Integer(0));
1333     aromatic.put("D", new Integer(0));
1334     aromatic.put("N", new Integer(0));
1335     aromatic.put("S", new Integer(0));
1336     aromatic.put("T", new Integer(0));
1337     aromatic.put("P", new Integer(0));
1338     aromatic.put("-", new Integer(1));
1339     aromatic.put("*", new Integer(1));
1340   }
1341
1342   static
1343   {
1344     aliphatic.put("I", new Integer(1));
1345     aliphatic.put("L", new Integer(1));
1346     aliphatic.put("V", new Integer(1));
1347     aliphatic.put("C", new Integer(0));
1348     aliphatic.put("A", new Integer(0));
1349     aliphatic.put("G", new Integer(0));
1350     aliphatic.put("M", new Integer(0));
1351     aliphatic.put("F", new Integer(0));
1352     aliphatic.put("Y", new Integer(0));
1353     aliphatic.put("W", new Integer(0));
1354     aliphatic.put("H", new Integer(0));
1355     aliphatic.put("K", new Integer(0));
1356     aliphatic.put("R", new Integer(0));
1357     aliphatic.put("E", new Integer(0));
1358     aliphatic.put("Q", new Integer(0));
1359     aliphatic.put("D", new Integer(0));
1360     aliphatic.put("N", new Integer(0));
1361     aliphatic.put("S", new Integer(0));
1362     aliphatic.put("T", new Integer(0));
1363     aliphatic.put("P", new Integer(0));
1364     aliphatic.put("-", new Integer(1));
1365     aliphatic.put("*", new Integer(1));
1366   }
1367
1368   static
1369   {
1370     tiny.put("I", new Integer(0));
1371     tiny.put("L", new Integer(0));
1372     tiny.put("V", new Integer(0));
1373     tiny.put("C", new Integer(0));
1374     tiny.put("A", new Integer(1));
1375     tiny.put("G", new Integer(1));
1376     tiny.put("M", new Integer(0));
1377     tiny.put("F", new Integer(0));
1378     tiny.put("Y", new Integer(0));
1379     tiny.put("W", new Integer(0));
1380     tiny.put("H", new Integer(0));
1381     tiny.put("K", new Integer(0));
1382     tiny.put("R", new Integer(0));
1383     tiny.put("E", new Integer(0));
1384     tiny.put("Q", new Integer(0));
1385     tiny.put("D", new Integer(0));
1386     tiny.put("N", new Integer(0));
1387     tiny.put("S", new Integer(1));
1388     tiny.put("T", new Integer(0));
1389     tiny.put("P", new Integer(0));
1390     tiny.put("-", new Integer(1));
1391     tiny.put("*", new Integer(1));
1392   }
1393
1394   static
1395   {
1396     proline.put("I", new Integer(0));
1397     proline.put("L", new Integer(0));
1398     proline.put("V", new Integer(0));
1399     proline.put("C", new Integer(0));
1400     proline.put("A", new Integer(0));
1401     proline.put("G", new Integer(0));
1402     proline.put("M", new Integer(0));
1403     proline.put("F", new Integer(0));
1404     proline.put("Y", new Integer(0));
1405     proline.put("W", new Integer(0));
1406     proline.put("H", new Integer(0));
1407     proline.put("K", new Integer(0));
1408     proline.put("R", new Integer(0));
1409     proline.put("E", new Integer(0));
1410     proline.put("Q", new Integer(0));
1411     proline.put("D", new Integer(0));
1412     proline.put("N", new Integer(0));
1413     proline.put("S", new Integer(0));
1414     proline.put("T", new Integer(0));
1415     proline.put("P", new Integer(1));
1416     proline.put("-", new Integer(1));
1417     proline.put("*", new Integer(1));
1418   }
1419
1420   static
1421   {
1422     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);
1423     propHash.put("small", small);
1424     propHash.put("positive", positive);
1425     propHash.put("negative", negative);
1426     propHash.put("charged", charged);
1427     propHash.put("aromatic", aromatic);
1428     propHash.put("aliphatic", aliphatic);
1429     propHash.put("tiny", tiny);
1430     propHash.put("proline", proline);
1431     propHash.put("polar", polar);
1432   }
1433   static
1434   {
1435     int[][] propMatrixF = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex], propMatrixPos = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex], propMatrixEpos = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex];
1436     for (int i = 0; i < maxProteinIndex; i++)
1437     {
1438       int maxF = 0, maxP = 0, maxEP = 0;
1439       String ic = "";
1440       if (aa.length > i)
1441       {
1442         ic += aa[i];
1443       }
1444       else
1445       {
1446         ic = "-";
1447       }
1448       for (int j = i + 1; j < maxProteinIndex; j++)
1449       {
1450         String jc = "";
1451         if (aa.length > j)
1452         {
1453           jc += aa[j];
1454         }
1455         else
1456         {
1457           jc = "-";
1458         }
1459         propMatrixF[i][j] = 0;
1460         propMatrixPos[i][j] = 0;
1461         propMatrixEpos[i][j] = 0;
1462         for (Enumeration<String> en = propHash.keys(); en
1463                 .hasMoreElements();)
1464         {
1465           String ph = en.nextElement();
1466           Map<String, Integer> pph = (Map<String, Integer>) propHash
1467                   .get(ph);
1468           if (pph.get(ic) != null && pph.get(jc) != null)
1469           {
1470             int icp = pph.get(ic).intValue(), jcp = pph.get(jc).intValue();
1471             // Still working on these definitions.
1472             propMatrixPos[i][j] += icp == jcp && icp > 0 ? 2 : 0;
1473             propMatrixPos[j][i] += icp == jcp && icp > 0 ? 2 : 0;
1474             propMatrixF[i][j] += icp == jcp ? 2 : 0;
1475             propMatrixF[j][i] += icp == jcp ? 2 : 0;
1476             propMatrixEpos[i][j] += icp == jcp ? (1 + icp * 2) : 0;
1477             propMatrixEpos[j][i] += icp == jcp ? (1 + icp * 2) : 0;
1478           }
1479         }
1480         if (maxF < propMatrixF[i][j])
1481         {
1482           maxF = propMatrixF[i][j];
1483         }
1484         if (maxP < propMatrixPos[i][j])
1485         {
1486           maxP = propMatrixPos[i][j];
1487         }
1488         if (maxEP < propMatrixEpos[i][j])
1489         {
1490           maxEP = propMatrixEpos[i][j];
1491         }
1492       }
1493       propMatrixF[i][i] = maxF;
1494       propMatrixPos[i][i] = maxP;
1495       propMatrixEpos[i][i] = maxEP;
1496     }
1497     // JAL-1512 comment out physicochemical score matrices for 2.8.1 release
1498     // scoreMatrices.put("Conservation Pos", new
1499     // ScoreMatrix("Conservation Pos",propMatrixPos,0));
1500     // scoreMatrices.put("Conservation Both", new
1501     // ScoreMatrix("Conservation Both",propMatrixF,0));
1502     // scoreMatrices.put("Conservation EnhPos", new
1503     // ScoreMatrix("Conservation EnhPos",propMatrixEpos,0));
1504     scoreMatrices.put("PID", new PIDScoreModel());
1505     scoreMatrices.put("Displayed Features", new FeatureScoreModel());
1506   }
1507
1508   private ResidueProperties()
1509   {
1510   }
1511
1512   public static double getHydmax()
1513   {
1514     return hydmax;
1515   }
1516
1517   public static double getHydmin()
1518   {
1519     return hydmin;
1520   }
1521
1522   public static double[] getHyd()
1523   {
1524     return hyd;
1525   }
1526
1527   public static Map<String, Integer> getAA3Hash()
1528   {
1529     return aa3Hash;
1530   }
1531
1532   public static int[][] getDNA()
1533   {
1534     return ResidueProperties.DNA;
1535   }
1536
1537   public static int[][] getBLOSUM62()
1538   {
1539     return ResidueProperties.BLOSUM62;
1540   }
1541
1542   public static int getPAM250(String A1, String A2)
1543   {
1544     return getPAM250(A1.charAt(0), A2.charAt(0));
1545   }
1546
1547   public static int getBLOSUM62(char c1, char c2)
1548   {
1549     int pog = 0;
1550
1551     try
1552     {
1553       int a = aaIndex[c1];
1554       int b = aaIndex[c2];
1555
1556       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[a][b];
1557     } catch (Exception e)
1558     {
1559       // System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);
1560     }
1561
1562     return pog;
1563   }
1564
1565   public static Vector getCodons(String res)
1566   {
1567     if (codonHash.containsKey(res))
1568     {
1569       return (Vector) codonHash.get(res);
1570     }
1571
1572     return null;
1573   }
1574
1575   public static String codonTranslate(String lccodon)
1576   {
1577     if (false)
1578     {
1579       return _codonTranslate(lccodon);
1580     }
1581     String cdn = codonHash2.get(lccodon.toUpperCase());
1582     if (cdn != null && cdn.equals("*"))
1583     {
1584       return "STOP";
1585     }
1586     return cdn;
1587   }
1588
1589   public static String _codonTranslate(String lccodon)
1590   {
1591     String codon = lccodon.toUpperCase();
1592     // all base ambiguity codes yield an 'X' amino acid residue
1593     if (codon.indexOf('X') > -1 || codon.indexOf('N') > -1)
1594     {
1595       return "X";
1596     }
1597     Enumeration e = codonHash.keys();
1598
1599     while (e.hasMoreElements())
1600     {
1601       String key = (String) e.nextElement();
1602       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);
1603
1604       if (tmp.contains(codon))
1605       {
1606         return key;
1607       }
1608     }
1609
1610     return null;
1611   }
1612
1613   public static int[][] getDefaultPeptideMatrix()
1614   {
1615     return ResidueProperties.getBLOSUM62();
1616   }
1617
1618   public static int[][] getDefaultDnaMatrix()
1619   {
1620     return ResidueProperties.getDNA();
1621   }
1622
1623   /**
1624    * get a ScoreMatrix based on its string name
1625    *
1626    * @param pwtype
1627    * @return matrix in scoreMatrices with key pwtype or null
1628    */
1629   public static ScoreMatrix getScoreMatrix(String pwtype)
1630   {
1631     Object val = scoreMatrices.get(pwtype);
1632     if (val != null && val instanceof ScoreMatrix)
1633     {
1634       return (ScoreMatrix) val;
1635     }
1636     return null;
1637   }
1638
1639   /**
1640    * get a ScoreModel based on its string name
1641    *
1642    * @param pwtype
1643    * @return scoremodel of type pwtype or null
1644    */
1645   public static ScoreModelI getScoreModel(String pwtype)
1646   {
1647     return scoreMatrices.get(pwtype);
1648   }
1649
1650   public static int getPAM250(char c, char d)
1651   {
1652     int a = aaIndex[c];
1653     int b = aaIndex[d];
1654
1655     int pog = ResidueProperties.PAM250[a][b];
1656
1657     return pog;
1658   }
1659
1660   public static Hashtable toDssp3State;
1661   static
1662   {
1663     toDssp3State = new Hashtable();
1664     toDssp3State.put("H", "H");
1665     toDssp3State.put("E", "E");
1666     toDssp3State.put("C", " ");
1667     toDssp3State.put(" ", " ");
1668     toDssp3State.put("T", " ");
1669     toDssp3State.put("B", "E");
1670     toDssp3State.put("G", "H");
1671     toDssp3State.put("I", "H");
1672     toDssp3State.put("X", " ");
1673   }
1674
1675   /**
1676    * translate from other dssp secondary structure alphabets to 3-state
1677    *
1678    * @param ssstring
1679    * @return ssstring as a three-state secondary structure assignment.
1680    */
1681   public static String getDssp3state(String ssstring)
1682   {
1683     if (ssstring == null)
1684     {
1685       return null;
1686     }
1687     StringBuffer ss = new StringBuffer();
1688     for (int i = 0; i < ssstring.length(); i++)
1689     {
1690       String ssc = ssstring.substring(i, i + 1);
1691       if (toDssp3State.containsKey(ssc))
1692       {
1693         ss.append((String) toDssp3State.get(ssc));
1694       }
1695       else
1696       {
1697         ss.append(" ");
1698       }
1699     }
1700     return ss.toString();
1701   }
1702
1703   /**
1704    * Used by getRNASecStrucState
1705    *
1706    */
1707   public static Hashtable<String, String> toRNAssState;
1708
1709   public static boolean RNAcloseParen[] = new boolean[255];
1710   static
1711   {
1712     toRNAssState = new Hashtable<String, String>();
1713     toRNAssState.put(")", "(");
1714     toRNAssState.put("(", "(");
1715     toRNAssState.put("]", "[");
1716     toRNAssState.put("[", "[");
1717     toRNAssState.put("{", "{");
1718     toRNAssState.put("}", "{");
1719     toRNAssState.put(">", ">");
1720     toRNAssState.put("<", ">");
1721     toRNAssState.put("A", "A");
1722     toRNAssState.put("a", "A");
1723     toRNAssState.put("B", "B");
1724     toRNAssState.put("b", "B");
1725     toRNAssState.put("C", "C");
1726     toRNAssState.put("c", "C");
1727     toRNAssState.put("D", "D");
1728     toRNAssState.put("d", "D");
1729     toRNAssState.put("E", "E");
1730     toRNAssState.put("e", "E");
1731     toRNAssState.put("F", "F");
1732     toRNAssState.put("f", "F");
1733     toRNAssState.put("G", "G");
1734     toRNAssState.put("g", "G");
1735     toRNAssState.put("H", "H");
1736     toRNAssState.put("h", "H");
1737     toRNAssState.put("I", "I");
1738     toRNAssState.put("i", "I");
1739     toRNAssState.put("J", "J");
1740     toRNAssState.put("j", "J");
1741     toRNAssState.put("K", "K");
1742     toRNAssState.put("k", "K");
1743     toRNAssState.put("L", "L");
1744     toRNAssState.put("l", "L");
1745     toRNAssState.put("M", "M");
1746     toRNAssState.put("m", "M");
1747     toRNAssState.put("N", "N");
1748     toRNAssState.put("n", "N");
1749     toRNAssState.put("O", "O");
1750     toRNAssState.put("o", "O");
1751     toRNAssState.put("P", "P");
1752     toRNAssState.put("p", "P");
1753     toRNAssState.put("Q", "Q");
1754     toRNAssState.put("q", "Q");
1755     toRNAssState.put("R", "R");
1756     toRNAssState.put("r", "R");
1757     toRNAssState.put("S", "S");
1758     toRNAssState.put("s", "S");
1759     toRNAssState.put("T", "T");
1760     toRNAssState.put("t", "T");
1761     toRNAssState.put("U", "U");
1762     toRNAssState.put("u", "U");
1763     toRNAssState.put("V", "V");
1764     toRNAssState.put("v", "V");
1765     toRNAssState.put("W", "W");
1766     toRNAssState.put("w", "W");
1767     toRNAssState.put("X", "X");
1768     toRNAssState.put("x", "X");
1769     toRNAssState.put("Y", "Y");
1770     toRNAssState.put("y", "Y");
1771     toRNAssState.put("Z", "Z");
1772     toRNAssState.put("z", "Z");
1773     for (int p = 0; p < RNAcloseParen.length; p++)
1774     {
1775       RNAcloseParen[p] = false;
1776     }
1777     for (String k : toRNAssState.keySet())
1778     {
1779       RNAcloseParen[k.charAt(0)] = k.charAt(0) != toRNAssState.get(k)
1780               .charAt(0);
1781     }
1782   }
1783
1784   /**
1785    * translate to RNA secondary structure representation
1786    *
1787    * @param ssstring
1788    * @return ssstring as a RNA-state secondary structure assignment.
1789    */
1790   public static String getRNASecStrucState(String ssstring)
1791   {
1792     if (ssstring == null)
1793     {
1794       return null;
1795     }
1796     StringBuffer ss = new StringBuffer();
1797     for (int i = 0; i < ssstring.length(); i++)
1798     {
1799       String ssc = ssstring.substring(i, i + 1);
1800       if (toRNAssState.containsKey(ssc))
1801       {
1802         // valid ss character - so return it
1803         ss.append(ssc); // (String) toRNAssState.get(ssc));
1804       }
1805       else
1806       {
1807         ss.append(" ");
1808       }
1809     }
1810     return ss.toString();
1811   }
1812
1813   public static boolean isCloseParenRNA(char dc)
1814   {
1815     return RNAcloseParen[dc];
1816   }
1817
1818   // main method generates perl representation of residue property hash
1819   // / cut here
1820   public static void main(String[] args)
1821   {
1822     Hashtable aa = new Hashtable();
1823     System.out.println("my %aa = {");
1824     // invert property hashes
1825     Enumeration prop = propHash.keys();
1826     while (prop.hasMoreElements())
1827     {
1828       String pname = (String) prop.nextElement();
1829       Hashtable phash = (Hashtable) propHash.get(pname);
1830       Enumeration res = phash.keys();
1831       while (res.hasMoreElements())
1832       {
1833         String rname = (String) res.nextElement();
1834         Vector aprops = (Vector) aa.get(rname);
1835         if (aprops == null)
1836         {
1837           aprops = new Vector();
1838           aa.put(rname, aprops);
1839         }
1840         Integer hasprop = (Integer) phash.get(rname);
1841         if (hasprop.intValue() == 1)
1842         {
1843           aprops.addElement(pname);
1844         }
1845       }
1846     }
1847     Enumeration res = aa.keys();
1848     while (res.hasMoreElements())
1849     {
1850       String rname = (String) res.nextElement();
1851
1852       System.out.print("'" + rname + "' => [");
1853       Enumeration props = ((Vector) aa.get(rname)).elements();
1854       while (props.hasMoreElements())
1855       {
1856         System.out.print("'" + (String) props.nextElement() + "'");
1857         if (props.hasMoreElements())
1858         {
1859           System.out.println(", ");
1860         }
1861       }
1862       System.out.println("]" + (res.hasMoreElements() ? "," : ""));
1863     }
1864     System.out.println("};");
1865   }
1866   // to here
1867
1868 }