src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 public class ResidueProperties\r
  26 {\r
  27   //Stores residue codes/names and colours and other things\r
  28   public static final Hashtable aaHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa\r
  29   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();\r
  30   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();\r
  31   public static final Hashtable nucleotideHash = new Hashtable();\r
  32   public static final Hashtable nucleotideName = new Hashtable();\r
  33 \r
  34   static\r
  35   {\r
  36     aaHash.put("A", new Integer(0));\r
  37     aaHash.put("R", new Integer(1));\r
  38     aaHash.put("N", new Integer(2));\r
  39     aaHash.put("D", new Integer(3));\r
  40     aaHash.put("C", new Integer(4));\r
  41     aaHash.put("Q", new Integer(5));\r
  42     aaHash.put("E", new Integer(6));\r
  43     aaHash.put("G", new Integer(7));\r
  44     aaHash.put("H", new Integer(8));\r
  45     aaHash.put("I", new Integer(9));\r
  46     aaHash.put("L", new Integer(10));\r
  47     aaHash.put("K", new Integer(11));\r
  48     aaHash.put("M", new Integer(12));\r
  49     aaHash.put("F", new Integer(13));\r
  50     aaHash.put("P", new Integer(14));\r
  51     aaHash.put("S", new Integer(15));\r
  52     aaHash.put("T", new Integer(16));\r
  53     aaHash.put("W", new Integer(17));\r
  54     aaHash.put("Y", new Integer(18));\r
  55     aaHash.put("V", new Integer(19));\r
  56     aaHash.put("B", new Integer(20));\r
  57     aaHash.put("Z", new Integer(21));\r
  58     aaHash.put("X", new Integer(22));\r
  59     aaHash.put("U", new Integer(22));\r
  60     aaHash.put("a", new Integer(0));\r
  61     aaHash.put("r", new Integer(1));\r
  62     aaHash.put("n", new Integer(2));\r
  63     aaHash.put("d", new Integer(3));\r
  64     aaHash.put("c", new Integer(4));\r
  65     aaHash.put("q", new Integer(5));\r
  66     aaHash.put("e", new Integer(6));\r
  67     aaHash.put("g", new Integer(7));\r
  68     aaHash.put("h", new Integer(8));\r
  69     aaHash.put("i", new Integer(9));\r
  70     aaHash.put("l", new Integer(10));\r
  71     aaHash.put("k", new Integer(11));\r
  72     aaHash.put("m", new Integer(12));\r
  73     aaHash.put("f", new Integer(13));\r
  74     aaHash.put("p", new Integer(14));\r
  75     aaHash.put("s", new Integer(15));\r
  76     aaHash.put("t", new Integer(16));\r
  77     aaHash.put("w", new Integer(17));\r
  78     aaHash.put("y", new Integer(18));\r
  79     aaHash.put("v", new Integer(19));\r
  80     aaHash.put("b", new Integer(20));\r
  81     aaHash.put("z", new Integer(21));\r
  82     aaHash.put("x", new Integer(22));\r
  83     aaHash.put("u", new Integer(22));\r
  84     aaHash.put("-", new Integer(23));\r
  85     aaHash.put("*", new Integer(23));\r
  86     aaHash.put(".", new Integer(23));\r
  87     aaHash.put(" ", new Integer(23));\r
  88   }\r
  89 \r
  90   static\r
  91   {\r
  92     nucleotideHash.put("A", new Integer(0));\r
  93     nucleotideHash.put("a", new Integer(0));\r
  94     nucleotideHash.put("C", new Integer(1));\r
  95     nucleotideHash.put("c", new Integer(1));\r
  96     nucleotideHash.put("G", new Integer(2));\r
  97     nucleotideHash.put("g", new Integer(2));\r
  98     nucleotideHash.put("T", new Integer(3));\r
  99     nucleotideHash.put("t", new Integer(3));\r
 100     nucleotideHash.put("U", new Integer(4));\r
 101     nucleotideHash.put("u", new Integer(4));\r
 102     nucleotideHash.put("I", new Integer(5));\r
 103     nucleotideHash.put("i", new Integer(5));\r
 104     nucleotideHash.put("X", new Integer(6));\r
 105     nucleotideHash.put("x", new Integer(6));\r
 106     nucleotideHash.put("R", new Integer(7));\r
 107     nucleotideHash.put("r", new Integer(7));\r
 108     nucleotideHash.put("Y", new Integer(8));\r
 109     nucleotideHash.put("y", new Integer(8));\r
 110     nucleotideHash.put("N", new Integer(9));\r
 111     nucleotideHash.put("n", new Integer(9));\r
 112 \r
 113 \r
 114     nucleotideName.put("A", "Adenine");\r
 115     nucleotideName.put("a", "Adenine");\r
 116     nucleotideName.put("G", "Guanine");\r
 117     nucleotideName.put("g", "Guanine");\r
 118     nucleotideName.put("C", "Cytosine");\r
 119     nucleotideName.put("c", "Cytosine");\r
 120     nucleotideName.put("T", "Thymine");\r
 121     nucleotideName.put("t", "Thymine");\r
 122     nucleotideName.put("U", "Uracil");\r
 123     nucleotideName.put("u", "Uracil");\r
 124     nucleotideName.put("I", "Inosine");\r
 125     nucleotideName.put("i", "Inosine");\r
 126     nucleotideName.put("X", "Xanthine");\r
 127     nucleotideName.put("x", "Xanthine");\r
 128     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");\r
 129     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");\r
 130     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");\r
 131     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");\r
 132     nucleotideName.put("N", "Unknown");\r
 133     nucleotideName.put("n", "Unknown");\r
 134   }\r
 135 \r
 136 \r
 137   static\r
 138   {\r
 139     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));\r
 140     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));\r
 141     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));\r
 142     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); //D\r
 143     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));\r
 144     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); //Q\r
 145     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E\r
 146     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));\r
 147     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));\r
 148     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));\r
 149     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));\r
 150     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));\r
 151     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));\r
 152     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));\r
 153     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));\r
 154     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));\r
 155     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));\r
 156     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));\r
 157     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));\r
 158     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));\r
 159     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides\r
 160     aa3Hash.put("ASX", new Integer(20)); // "B";\r
 161     aa3Hash.put("GLX", new Integer(21)); // X\r
 162     aa3Hash.put("XAA", new Integer(22));// X unknown\r
 163     aa3Hash.put("-", new Integer(23));\r
 164     aa3Hash.put("*", new Integer(23));\r
 165     aa3Hash.put(".", new Integer(23));\r
 166     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));\r
 167   }\r
 168 \r
 169   static\r
 170   {\r
 171     aa2Triplet.put("A", "ALA");\r
 172     aa2Triplet.put("a", "ALA");\r
 173     aa2Triplet.put("R", "ARG");\r
 174     aa2Triplet.put("r", "ARG");\r
 175     aa2Triplet.put("N", "ASN");\r
 176     aa2Triplet.put("n", "ASN");\r
 177     aa2Triplet.put("D", "ASP");\r
 178     aa2Triplet.put("d", "ASP");\r
 179     aa2Triplet.put("C", "CYS");\r
 180     aa2Triplet.put("c", "CYS");\r
 181     aa2Triplet.put("Q", "GLN");\r
 182     aa2Triplet.put("q", "GLN");\r
 183     aa2Triplet.put("E", "GLU");\r
 184     aa2Triplet.put("e", "GLU");\r
 185     aa2Triplet.put("G", "GLY");\r
 186     aa2Triplet.put("g", "GLY");\r
 187     aa2Triplet.put("H", "HIS");\r
 188     aa2Triplet.put("h", "HIS");\r
 189     aa2Triplet.put("I", "ILE");\r
 190     aa2Triplet.put("i", "ILE");\r
 191     aa2Triplet.put("L", "LEU");\r
 192     aa2Triplet.put("l", "LEU");\r
 193     aa2Triplet.put("K", "LYS");\r
 194     aa2Triplet.put("k", "LYS");\r
 195     aa2Triplet.put("M", "MET");\r
 196     aa2Triplet.put("m", "MET");\r
 197     aa2Triplet.put("F", "PHE");\r
 198     aa2Triplet.put("f", "PHE");\r
 199     aa2Triplet.put("P", "PRO");\r
 200     aa2Triplet.put("p", "PRO");\r
 201     aa2Triplet.put("S", "SER");\r
 202     aa2Triplet.put("s", "SER");\r
 203     aa2Triplet.put("T", "THR");\r
 204     aa2Triplet.put("t", "THR");\r
 205     aa2Triplet.put("W", "TRP");\r
 206     aa2Triplet.put("w", "TRP");\r
 207     aa2Triplet.put("Y", "TYR");\r
 208     aa2Triplet.put("y", "TYR");\r
 209     aa2Triplet.put("V", "VAL");\r
 210     aa2Triplet.put("v", "VAL");\r
 211   }\r
 212 \r
 213   public static final String[] aa =\r
 214       {\r
 215       "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",\r
 216       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " "\r
 217   };\r
 218   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);\r
 219   public static final Vector scaleColours = new Vector();\r
 220 \r
 221   static\r
 222   {\r
 223     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));\r
 224     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));\r
 225     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));\r
 226     scaleColours.addElement(Color.red);\r
 227     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));\r
 228     scaleColours.addElement(Color.orange);\r
 229     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));\r
 230     scaleColours.addElement(Color.yellow);\r
 231     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));\r
 232     scaleColours.addElement(Color.white);\r
 233   }\r
 234 \r
 235   public static final Color[] taylor =\r
 236       {\r
 237       new Color(204, 255, 0), // A  Greenish-yellowy-yellow\r
 238       new Color(0, 0, 255), // R  Blueish-bluey-blue\r
 239       new Color(204, 0, 255), // N  Blueish-reddy-blue\r
 240       new Color(255, 0, 0), // D  Reddish-reddy-red\r
 241       new Color(255, 255, 0), // C  Yellowish-yellowy-yellow\r
 242       new Color(255, 0, 204), // Q  Reddish-bluey-red\r
 243       new Color(255, 0, 102), // E  Blueish-reddy-red\r
 244       new Color(255, 153, 0), // G  Yellowy-reddy-yellow\r
 245       new Color(0, 102, 255), // H  Greenish-bluey-blue\r
 246       new Color(102, 255, 0), // I  Greenish-yellowy-green\r
 247       new Color(51, 255, 0), // L  Yellowish-greeny-green\r
 248       new Color(102, 0, 255), // K  Reddish-bluey-blue\r
 249       new Color(0, 255, 0), // M  Greenish-greeny-green\r
 250       new Color(0, 255, 102), // F  Blueish-greeny-green\r
 251       new Color(255, 204, 0), // P  Reddish-yellowy-yellow\r
 252       new Color(255, 51, 0), // S  Yellowish-reddy-red\r
 253       new Color(255, 102, 0), // T  Reddish-yellowy-red\r
 254       new Color(0, 204, 255), // W  Blueish-greeny-green\r
 255       new Color(0, 255, 204), // Y  Greenish-bluey-green\r
 256       new Color(153, 255, 0), // V  Yellowish-greeny-yellow\r
 257       Color.white, // B\r
 258       Color.white, // Z\r
 259       Color.white, // X\r
 260       Color.white, // -\r
 261       Color.white, // *\r
 262       Color.white // .\r
 263   };\r
 264   public static final Color[] nucleotide =\r
 265       {\r
 266       new Color(100, 247, 63), // A\r
 267       new Color(255, 179, 64), // C\r
 268       new Color(235, 65, 60), // G\r
 269       new Color(60, 136, 238), // T\r
 270       new Color(60, 136, 238) // U\r
 271   };\r
 272   public static final Color[] color =\r
 273       {\r
 274       Color.pink, // A\r
 275       midBlue, // R\r
 276       Color.green, // N\r
 277       Color.red, // D\r
 278       Color.yellow, // C\r
 279       Color.green, // Q\r
 280       Color.red, // E\r
 281       Color.magenta, // G\r
 282       Color.red, // H\r
 283       Color.pink, // I\r
 284       Color.pink, // L\r
 285       midBlue, // K\r
 286       Color.pink, // M\r
 287       Color.orange, // F\r
 288       Color.magenta, // P\r
 289       Color.green, // S\r
 290       Color.green, // T\r
 291       Color.orange, // W\r
 292       Color.orange, // Y\r
 293       Color.pink, // V\r
 294       Color.white, // B\r
 295       Color.white, // Z\r
 296       Color.white, // X\r
 297       Color.white, // -\r
 298       Color.white, // *\r
 299       Color.white, // .\r
 300       Color.white // ' '\r
 301   };\r
 302 \r
 303   // Dunno where I got these numbers from\r
 304   public static final double[] hyd2 =\r
 305       {\r
 306       0.62, //A\r
 307       0.29, //R\r
 308       -0.90, //N\r
 309       -0.74, //D\r
 310       1.19, //C\r
 311       0.48, //Q\r
 312       -0.40, //E\r
 313       1.38, //G\r
 314       -1.50, //H\r
 315       1.06, //I\r
 316       0.64, //L\r
 317       -0.78, //K\r
 318       0.12, //M\r
 319       -0.85, //F\r
 320       -2.53, //P\r
 321       -0.18, //S\r
 322       -0.05, //T\r
 323       1.08, //W\r
 324       0.81, //Y\r
 325       0.0, //V\r
 326       0.26, //B\r
 327       0.0, //Z\r
 328       0.0 //X\r
 329   };\r
 330   public static final double[] helix =\r
 331       {\r
 332       1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,\r
 333       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0\r
 334   };\r
 335   public static final double helixmin = 0.57;\r
 336   public static final double helixmax = 1.51;\r
 337   public static final double[] strand =\r
 338       {\r
 339       0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,\r
 340       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0\r
 341   };\r
 342   public static final double strandmin = 0.37;\r
 343   public static final double strandmax = 1.7;\r
 344   public static final double[] turn =\r
 345       {\r
 346       0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,\r
 347       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0, 0\r
 348   };\r
 349   public static final double turnmin = 0.47;\r
 350   public static final double turnmax = 1.56;\r
 351   public static final double[] buried =\r
 352       {\r
 353       1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,\r
 354       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00\r
 355   };\r
 356   public static final double buriedmin = 0.05;\r
 357   public static final double buriedmax = 4.6;\r
 358 \r
 359   // This is hydropathy index\r
 360   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.\r
 361   // 1157, 105-132, 1982\r
 362   public static final double[] hyd =\r
 363       {\r
 364       1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9, 1.9,\r
 365       2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0\r
 366   };\r
 367   public static final double hydmax = 4.5;\r
 368   public static final double hydmin = -3.9;\r
 369 \r
 370   //public static final double hydmax = 1.38;\r
 371   //public static final double hydmin = -2.53;\r
 372   static final int[][] BLOSUM62 =\r
 373       {\r
 374       {\r
 375       4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,\r
 376       -2, 0, -2, -1, 0, -4\r
 377   },\r
 378       {\r
 379       -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2,\r
 380       -3, -1, 0, -1, -4\r
 381   },\r
 382       {\r
 383       -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2, -3,\r
 384       3, 0, -1, -4\r
 385   },\r
 386       {\r
 387       -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,\r
 388       -3, -3, 4, 1, -1, -4\r
 389   },\r
 390       {\r
 391       0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2,\r
 392       -2, -1, -3, -3, -2, -4\r
 393   },\r
 394       {\r
 395       -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,\r
 396       -2, 0, 3, -1, -4\r
 397   },\r
 398       {\r
 399       -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 400       -2, 1, 4, -1, -4\r
 401   },\r
 402       {\r
 403       0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,\r
 404       -3, -3, -1, -2, -1, -4\r
 405   },\r
 406       {\r
 407       -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2, 2,\r
 408       -3, 0, 0, -1, -4\r
 409   },\r
 410       {\r
 411       -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,\r
 412       -1, 3, -3, -3, -1, -4\r
 413   },\r
 414       {\r
 415       -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,\r
 416       -1, 1, -4, -3, -1, -4\r
 417   },\r
 418       {\r
 419       -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 420       -2, 0, 1, -1, -4\r
 421   },\r
 422       {\r
 423       -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,\r
 424       -1, 1, -3, -1, -1, -4\r
 425   },\r
 426       {\r
 427       -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1, 3,\r
 428       -1, -3, -3, -1, -4\r
 429   },\r
 430       {\r
 431       -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,\r
 432       -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4\r
 433   },\r
 434       {\r
 435       1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,\r
 436       -2, 0, 0, 0, -4\r
 437   },\r
 438       {\r
 439       0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,\r
 440       -2, 0, -1, -1, 0, -4\r
 441   },\r
 442       {\r
 443       -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,\r
 444       11, 2, -3, -4, -3, -2, -4\r
 445   },\r
 446       {\r
 447       -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2,\r
 448       7, -1, -3, -2, -1, -4\r
 449   },\r
 450       {\r
 451       0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,\r
 452       -1, 4, -3, -2, -1, -4\r
 453   },\r
 454       {\r
 455       -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4, -3,\r
 456       -3, 4, 1, -1, -4\r
 457   },\r
 458       {\r
 459       -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 460       -2, 1, 4, -1, -4\r
 461   },\r
 462       {\r
 463       0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,\r
 464       -1, -1, -1, -1, -1, -4\r
 465   },\r
 466       {\r
 467       -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,\r
 468       -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1\r
 469   },\r
 470   };\r
 471   static final int[][] PAM250 =\r
 472       {\r
 473       {\r
 474       2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3, 0,\r
 475       0, 0, 0, -8\r
 476   },\r
 477       {\r
 478       -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,\r
 479       -2, -1, 0, -1, -8\r
 480   },\r
 481       {\r
 482       0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,\r
 483       2, 1, 0, -8\r
 484   },\r
 485       {\r
 486       0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
 487       3, 3, -1, -8\r
 488   },\r
 489       {\r
 490       -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,\r
 491       -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8\r
 492   },\r
 493       {\r
 494       0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,\r
 495       -2, 1, 3, -1, -8\r
 496   },\r
 497       {\r
 498       0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
 499       3, 3, -1, -8\r
 500   },\r
 501       {\r
 502       1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,\r
 503       -1, 0, 0, -1, -8\r
 504   },\r
 505       {\r
 506       -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,\r
 507       -2, 1, 2, -1, -8\r
 508   },\r
 509       {\r
 510       -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,\r
 511       -1, 4, -2, -2, -1, -8\r
 512   },\r
 513       {\r
 514       -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,\r
 515       -1, 2, -3, -3, -1, -8\r
 516   },\r
 517       {\r
 518       -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4, -2,\r
 519       1, 0, -1, -8\r
 520   },\r
 521       {\r
 522       -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4, -2,\r
 523       2, -2, -2, -1, -8\r
 524   },\r
 525       {\r
 526       -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0, 7,\r
 527       -1, -4, -5, -2, -8\r
 528   },\r
 529       {\r
 530       1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,\r
 531       -1, -1, 0, -1, -8\r
 532   },\r
 533       {\r
 534       1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3, -1,\r
 535       0, 0, 0, -8\r
 536   },\r
 537       {\r
 538       1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3, 0,\r
 539       0, -1, 0, -8\r
 540   },\r
 541       {\r
 542       -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5, 17,\r
 543       0, -6, -5, -6, -4, -8\r
 544   },\r
 545       {\r
 546       -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,\r
 547       10, -2, -3, -4, -2, -8\r
 548   },\r
 549       {\r
 550       0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,\r
 551       -2, 4, -2, -2, -1, -8\r
 552   },\r
 553       {\r
 554       0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3, -2,\r
 555       3, 2, -1, -8\r
 556   },\r
 557       {\r
 558       0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4, -2,\r
 559       2, 3, -1, -8\r
 560   },\r
 561       {\r
 562       0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,\r
 563       -2, -1, -1, -1, -1, -8\r
 564   },\r
 565       {\r
 566       -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,\r
 567       -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1\r
 568   },\r
 569   };\r
 570   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa\r
 571 \r
 572   static\r
 573   {\r
 574     ssHash.put("H", Color.magenta);\r
 575     ssHash.put("E", Color.yellow);\r
 576     ssHash.put("-", Color.white);\r
 577     ssHash.put(".", Color.white);\r
 578     ssHash.put("S", Color.cyan);\r
 579     ssHash.put("T", Color.blue);\r
 580     ssHash.put("G", Color.pink);\r
 581     ssHash.put("I", Color.pink);\r
 582     ssHash.put("B", Color.yellow);\r
 583   }\r
 584 \r
 585   static final int[][] DNA =\r
 586       {\r
 587       {\r
 588       5, -4, -4, -4, 1}, // C\r
 589       {\r
 590       -4, 5, -4, -4, 1}, // T\r
 591       {\r
 592       -4, -4, 5, -4, 1}, // A\r
 593       {\r
 594       -4, -4, -4, 5, 1}, // G\r
 595       {\r
 596       1, 1, 1, 1, 1}, // -\r
 597   };\r
 598   public static final Color[] pidColours =\r
 599       {\r
 600       midBlue, new Color(153, 153, 255),\r
 601       //    Color.lightGray,\r
 602       new Color(204, 204, 255),\r
 603   };\r
 604   public static final float[] pidThresholds =\r
 605       {\r
 606       80, 60, 40, };\r
 607   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();\r
 608   public static Vector Lys = new Vector();\r
 609   public static Vector Asn = new Vector();\r
 610   public static Vector Gln = new Vector();\r
 611   public static Vector His = new Vector();\r
 612   public static Vector Glu = new Vector();\r
 613   public static Vector Asp = new Vector();\r
 614   public static Vector Tyr = new Vector();\r
 615   public static Vector Thr = new Vector();\r
 616   public static Vector Pro = new Vector();\r
 617   public static Vector Ala = new Vector();\r
 618   public static Vector Ser = new Vector();\r
 619   public static Vector Arg = new Vector();\r
 620   public static Vector Gly = new Vector();\r
 621   public static Vector Trp = new Vector();\r
 622   public static Vector Cys = new Vector();\r
 623   public static Vector Ile = new Vector();\r
 624   public static Vector Met = new Vector();\r
 625   public static Vector Leu = new Vector();\r
 626   public static Vector Val = new Vector();\r
 627   public static Vector Phe = new Vector();\r
 628   public static Vector STOP = new Vector();\r
 629 \r
 630   static\r
 631   {\r
 632     codonHash.put("K", Lys);\r
 633     codonHash.put("N", Asn);\r
 634     codonHash.put("Q", Gln);\r
 635     codonHash.put("H", His);\r
 636     codonHash.put("E", Glu);\r
 637     codonHash.put("D", Asp);\r
 638     codonHash.put("Y", Tyr);\r
 639     codonHash.put("T", Thr);\r
 640     codonHash.put("P", Pro);\r
 641     codonHash.put("A", Ala);\r
 642     codonHash.put("S", Ser);\r
 643     codonHash.put("R", Arg);\r
 644     codonHash.put("G", Gly);\r
 645     codonHash.put("W", Trp);\r
 646     codonHash.put("C", Cys);\r
 647     codonHash.put("I", Ile);\r
 648     codonHash.put("M", Met);\r
 649     codonHash.put("L", Leu);\r
 650     codonHash.put("V", Val);\r
 651     codonHash.put("F", Phe);\r
 652     codonHash.put("STOP", STOP);\r
 653   }\r
 654 \r
 655   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();\r
 656 \r
 657   static\r
 658   {\r
 659     codonHash2.put("AAA", "K");\r
 660     codonHash2.put("AAG", "K");\r
 661     codonHash2.put("AAC", "N");\r
 662     codonHash2.put("AAT", "N");\r
 663 \r
 664     codonHash2.put("CAA", "E");\r
 665     codonHash2.put("CAG", "E");\r
 666     codonHash2.put("CAC", "H");\r
 667     codonHash2.put("CAT", "H");\r
 668 \r
 669     codonHash2.put("GAA", "Q");\r
 670     codonHash2.put("GAG", "Q");\r
 671     codonHash2.put("GAC", "D");\r
 672     codonHash2.put("GAT", "D");\r
 673 \r
 674     codonHash2.put("TAC", "Y");\r
 675     codonHash2.put("TAT", "Y");\r
 676 \r
 677     codonHash2.put("ACA", "T");\r
 678     codonHash2.put("AAG", "T");\r
 679     codonHash2.put("ACC", "T");\r
 680     codonHash2.put("ACT", "T");\r
 681 \r
 682     codonHash2.put("CCA", "P");\r
 683     codonHash2.put("CCG", "P");\r
 684     codonHash2.put("CCC", "P");\r
 685     codonHash2.put("CCT", "P");\r
 686 \r
 687     codonHash2.put("GCA", "A");\r
 688     codonHash2.put("GCG", "A");\r
 689     codonHash2.put("GCC", "A");\r
 690     codonHash2.put("GCT", "A");\r
 691 \r
 692     codonHash2.put("TCA", "S");\r
 693     codonHash2.put("TCG", "S");\r
 694     codonHash2.put("TCC", "S");\r
 695     codonHash2.put("TCT", "S");\r
 696     codonHash2.put("AGC", "S");\r
 697     codonHash2.put("AGT", "S");\r
 698 \r
 699     codonHash2.put("AGA", "R");\r
 700     codonHash2.put("AGG", "R");\r
 701     codonHash2.put("CGA", "R");\r
 702     codonHash2.put("CGG", "R");\r
 703     codonHash2.put("CGC", "R");\r
 704     codonHash2.put("CGT", "R");\r
 705 \r
 706     codonHash2.put("GGA", "G");\r
 707     codonHash2.put("GGG", "G");\r
 708     codonHash2.put("GGC", "G");\r
 709     codonHash2.put("GGT", "G");\r
 710 \r
 711     codonHash2.put("TGA", "*");\r
 712     codonHash2.put("TAA", "*");\r
 713     codonHash2.put("TAG", "*");\r
 714 \r
 715     codonHash2.put("TGG", "W");\r
 716 \r
 717     codonHash2.put("TGC", "C");\r
 718     codonHash2.put("TGT", "C");\r
 719 \r
 720     codonHash2.put("ATA", "I");\r
 721     codonHash2.put("ATC", "I");\r
 722     codonHash2.put("ATT", "I");\r
 723 \r
 724     codonHash2.put("ATG", "M");\r
 725 \r
 726     codonHash2.put("CTA", "L");\r
 727     codonHash2.put("CTG", "L");\r
 728     codonHash2.put("CTC", "L");\r
 729     codonHash2.put("CTT", "L");\r
 730     codonHash2.put("TTA", "L");\r
 731     codonHash2.put("TTG", "L");\r
 732 \r
 733     codonHash2.put("GTA", "V");\r
 734     codonHash2.put("GTG", "V");\r
 735     codonHash2.put("GTC", "V");\r
 736     codonHash2.put("GTT", "V");\r
 737 \r
 738     codonHash2.put("TTC", "F");\r
 739     codonHash2.put("TTT", "F");\r
 740   }\r
 741 \r
 742   static\r
 743   {\r
 744     Lys.addElement("AAA");\r
 745     Lys.addElement("AAG");\r
 746     Asn.addElement("AAC");\r
 747     Asn.addElement("AAT");\r
 748 \r
 749     Gln.addElement("CAA");\r
 750     Gln.addElement("CAG");\r
 751     His.addElement("CAC");\r
 752     His.addElement("CAT");\r
 753 \r
 754     Glu.addElement("GAA");\r
 755     Glu.addElement("GAG");\r
 756     Asp.addElement("GAC");\r
 757     Asp.addElement("GAT");\r
 758 \r
 759     Tyr.addElement("TAC");\r
 760     Tyr.addElement("TAT");\r
 761 \r
 762     Thr.addElement("ACA");\r
 763     Thr.addElement("ACG");\r
 764     Thr.addElement("ACC");\r
 765     Thr.addElement("ACT");\r
 766 \r
 767     Pro.addElement("CCA");\r
 768     Pro.addElement("CCG");\r
 769     Pro.addElement("CCC");\r
 770     Pro.addElement("CCT");\r
 771 \r
 772     Ala.addElement("GCA");\r
 773     Ala.addElement("GCG");\r
 774     Ala.addElement("GCC");\r
 775     Ala.addElement("GCT");\r
 776 \r
 777     Ser.addElement("TCA");\r
 778     Ser.addElement("TCG");\r
 779     Ser.addElement("TCC");\r
 780     Ser.addElement("TCT");\r
 781     Ser.addElement("AGC");\r
 782     Ser.addElement("AGT");\r
 783 \r
 784     Arg.addElement("AGA");\r
 785     Arg.addElement("AGG");\r
 786     Arg.addElement("CGA");\r
 787     Arg.addElement("CGG");\r
 788     Arg.addElement("CGC");\r
 789     Arg.addElement("CGT");\r
 790 \r
 791     Gly.addElement("GGA");\r
 792     Gly.addElement("GGG");\r
 793     Gly.addElement("GGC");\r
 794     Gly.addElement("GGT");\r
 795 \r
 796     STOP.addElement("TGA");\r
 797     STOP.addElement("TAA");\r
 798     STOP.addElement("TAG");\r
 799 \r
 800     Trp.addElement("TGG");\r
 801 \r
 802     Cys.addElement("TGC");\r
 803     Cys.addElement("TGT");\r
 804 \r
 805     Ile.addElement("ATA");\r
 806     Ile.addElement("ATC");\r
 807     Ile.addElement("ATT");\r
 808 \r
 809     Met.addElement("ATG");\r
 810 \r
 811     Leu.addElement("CTA");\r
 812     Leu.addElement("CTG");\r
 813     Leu.addElement("CTC");\r
 814     Leu.addElement("CTT");\r
 815     Leu.addElement("TTA");\r
 816     Leu.addElement("TTG");\r
 817 \r
 818     Val.addElement("GTA");\r
 819     Val.addElement("GTG");\r
 820     Val.addElement("GTC");\r
 821     Val.addElement("GTT");\r
 822 \r
 823     Phe.addElement("TTC");\r
 824     Phe.addElement("TTT");\r
 825   }\r
 826 \r
 827 \r
 828   //Stores residue codes/names and colours and other things\r
 829   public static Hashtable propHash = new Hashtable();\r
 830   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();\r
 831   public static Hashtable polar = new Hashtable();\r
 832   public static Hashtable small = new Hashtable();\r
 833   public static Hashtable positive = new Hashtable();\r
 834   public static Hashtable negative = new Hashtable();\r
 835   public static Hashtable charged = new Hashtable();\r
 836   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();\r
 837   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();\r
 838   public static Hashtable tiny = new Hashtable();\r
 839   public static Hashtable proline = new Hashtable();\r
 840 \r
 841   static\r
 842   {\r
 843     hydrophobic.put("I", new Integer(1));\r
 844     hydrophobic.put("L", new Integer(1));\r
 845     hydrophobic.put("V", new Integer(1));\r
 846     hydrophobic.put("C", new Integer(1));\r
 847     hydrophobic.put("A", new Integer(1));\r
 848     hydrophobic.put("G", new Integer(1));\r
 849     hydrophobic.put("M", new Integer(1));\r
 850     hydrophobic.put("F", new Integer(1));\r
 851     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));\r
 852     hydrophobic.put("W", new Integer(1));\r
 853     hydrophobic.put("H", new Integer(1));\r
 854     hydrophobic.put("K", new Integer(1));\r
 855     hydrophobic.put("X", new Integer(1));\r
 856     hydrophobic.put("-", new Integer(1));\r
 857     hydrophobic.put("*", new Integer(1));\r
 858     hydrophobic.put("R", new Integer(0));\r
 859     hydrophobic.put("E", new Integer(0));\r
 860     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));\r
 861     hydrophobic.put("D", new Integer(0));\r
 862     hydrophobic.put("N", new Integer(0));\r
 863     hydrophobic.put("S", new Integer(0));\r
 864     hydrophobic.put("T", new Integer(0));\r
 865     hydrophobic.put("P", new Integer(0));\r
 866   }\r
 867 \r
 868   static\r
 869   {\r
 870     polar.put("Y", new Integer(1));\r
 871     polar.put("W", new Integer(1));\r
 872     polar.put("H", new Integer(1));\r
 873     polar.put("K", new Integer(1));\r
 874     polar.put("R", new Integer(1));\r
 875     polar.put("E", new Integer(1));\r
 876     polar.put("Q", new Integer(1));\r
 877     polar.put("D", new Integer(1));\r
 878     polar.put("N", new Integer(1));\r
 879     polar.put("S", new Integer(1));\r
 880     polar.put("T", new Integer(1));\r
 881     polar.put("X", new Integer(1));\r
 882     polar.put("-", new Integer(1));\r
 883     polar.put("*", new Integer(1));\r
 884     polar.put("I", new Integer(0));\r
 885     polar.put("L", new Integer(0));\r
 886     polar.put("V", new Integer(0));\r
 887     polar.put("C", new Integer(0));\r
 888     polar.put("A", new Integer(0));\r
 889     polar.put("G", new Integer(0));\r
 890     polar.put("M", new Integer(0));\r
 891     polar.put("F", new Integer(0));\r
 892     polar.put("P", new Integer(0));\r
 893   }\r
 894 \r
 895   static\r
 896   {\r
 897     small.put("I", new Integer(0));\r
 898     small.put("L", new Integer(0));\r
 899     small.put("V", new Integer(1));\r
 900     small.put("C", new Integer(1));\r
 901     small.put("A", new Integer(1));\r
 902     small.put("G", new Integer(1));\r
 903     small.put("M", new Integer(0));\r
 904     small.put("F", new Integer(0));\r
 905     small.put("Y", new Integer(0));\r
 906     small.put("W", new Integer(0));\r
 907     small.put("H", new Integer(0));\r
 908     small.put("K", new Integer(0));\r
 909     small.put("R", new Integer(0));\r
 910     small.put("E", new Integer(0));\r
 911     small.put("Q", new Integer(0));\r
 912     small.put("D", new Integer(1));\r
 913     small.put("N", new Integer(1));\r
 914     small.put("S", new Integer(1));\r
 915     small.put("T", new Integer(1));\r
 916     small.put("P", new Integer(1));\r
 917     small.put("-", new Integer(1));\r
 918     small.put("*", new Integer(1));\r
 919   }\r
 920 \r
 921   static\r
 922   {\r
 923     positive.put("I", new Integer(0));\r
 924     positive.put("L", new Integer(0));\r
 925     positive.put("V", new Integer(0));\r
 926     positive.put("C", new Integer(0));\r
 927     positive.put("A", new Integer(0));\r
 928     positive.put("G", new Integer(0));\r
 929     positive.put("M", new Integer(0));\r
 930     positive.put("F", new Integer(0));\r
 931     positive.put("Y", new Integer(0));\r
 932     positive.put("W", new Integer(0));\r
 933     positive.put("H", new Integer(1));\r
 934     positive.put("K", new Integer(1));\r
 935     positive.put("R", new Integer(1));\r
 936     positive.put("E", new Integer(0));\r
 937     positive.put("Q", new Integer(0));\r
 938     positive.put("D", new Integer(0));\r
 939     positive.put("N", new Integer(0));\r
 940     positive.put("S", new Integer(0));\r
 941     positive.put("T", new Integer(0));\r
 942     positive.put("P", new Integer(0));\r
 943     positive.put("-", new Integer(1));\r
 944     positive.put("*", new Integer(1));\r
 945   }\r
 946 \r
 947   static\r
 948   {\r
 949     negative.put("I", new Integer(0));\r
 950     negative.put("L", new Integer(0));\r
 951     negative.put("V", new Integer(0));\r
 952     negative.put("C", new Integer(0));\r
 953     negative.put("A", new Integer(0));\r
 954     negative.put("G", new Integer(0));\r
 955     negative.put("M", new Integer(0));\r
 956     negative.put("F", new Integer(0));\r
 957     negative.put("Y", new Integer(0));\r
 958     negative.put("W", new Integer(0));\r
 959     negative.put("H", new Integer(0));\r
 960     negative.put("K", new Integer(0));\r
 961     negative.put("R", new Integer(0));\r
 962     negative.put("E", new Integer(1));\r
 963     negative.put("Q", new Integer(0));\r
 964     negative.put("D", new Integer(1));\r
 965     negative.put("N", new Integer(0));\r
 966     negative.put("S", new Integer(0));\r
 967     negative.put("T", new Integer(0));\r
 968     negative.put("P", new Integer(0));\r
 969     negative.put("-", new Integer(1));\r
 970     negative.put("*", new Integer(1));\r
 971   }\r
 972 \r
 973   static\r
 974   {\r
 975     charged.put("I", new Integer(0));\r
 976     charged.put("L", new Integer(0));\r
 977     charged.put("V", new Integer(0));\r
 978     charged.put("C", new Integer(0));\r
 979     charged.put("A", new Integer(0));\r
 980     charged.put("G", new Integer(0));\r
 981     charged.put("M", new Integer(0));\r
 982     charged.put("F", new Integer(0));\r
 983     charged.put("Y", new Integer(0));\r
 984     charged.put("W", new Integer(0));\r
 985     charged.put("H", new Integer(1));\r
 986     charged.put("K", new Integer(1));\r
 987     charged.put("R", new Integer(1));\r
 988     charged.put("E", new Integer(1));\r
 989     charged.put("Q", new Integer(0));\r
 990     charged.put("D", new Integer(1));\r
 991     charged.put("N", new Integer(1));\r
 992     charged.put("S", new Integer(0));\r
 993     charged.put("T", new Integer(0));\r
 994     charged.put("P", new Integer(0));\r
 995     charged.put("-", new Integer(1));\r
 996     charged.put("*", new Integer(1));\r
 997   }\r
 998 \r
 999   static\r
1000   {\r
1001     aromatic.put("I", new Integer(0));\r
1002     aromatic.put("L", new Integer(0));\r
1003     aromatic.put("V", new Integer(0));\r
1004     aromatic.put("C", new Integer(0));\r
1005     aromatic.put("A", new Integer(0));\r
1006     aromatic.put("G", new Integer(0));\r
1007     aromatic.put("M", new Integer(0));\r
1008     aromatic.put("F", new Integer(1));\r
1009     aromatic.put("Y", new Integer(1));\r
1010     aromatic.put("W", new Integer(1));\r
1011     aromatic.put("H", new Integer(1));\r
1012     aromatic.put("K", new Integer(0));\r
1013     aromatic.put("R", new Integer(0));\r
1014     aromatic.put("E", new Integer(0));\r
1015     aromatic.put("Q", new Integer(0));\r
1016     aromatic.put("D", new Integer(0));\r
1017     aromatic.put("N", new Integer(0));\r
1018     aromatic.put("S", new Integer(0));\r
1019     aromatic.put("T", new Integer(0));\r
1020     aromatic.put("P", new Integer(0));\r
1021     aromatic.put("-", new Integer(1));\r
1022     aromatic.put("*", new Integer(1));\r
1023   }\r
1024 \r
1025   static\r
1026   {\r
1027     aliphatic.put("I", new Integer(1));\r
1028     aliphatic.put("L", new Integer(1));\r
1029     aliphatic.put("V", new Integer(1));\r
1030     aliphatic.put("C", new Integer(0));\r
1031     aliphatic.put("A", new Integer(0));\r
1032     aliphatic.put("G", new Integer(0));\r
1033     aliphatic.put("M", new Integer(0));\r
1034     aliphatic.put("F", new Integer(0));\r
1035     aliphatic.put("Y", new Integer(0));\r
1036     aliphatic.put("W", new Integer(0));\r
1037     aliphatic.put("H", new Integer(0));\r
1038     aliphatic.put("K", new Integer(0));\r
1039     aliphatic.put("R", new Integer(0));\r
1040     aliphatic.put("E", new Integer(0));\r
1041     aliphatic.put("Q", new Integer(0));\r
1042     aliphatic.put("D", new Integer(0));\r
1043     aliphatic.put("N", new Integer(0));\r
1044     aliphatic.put("S", new Integer(0));\r
1045     aliphatic.put("T", new Integer(0));\r
1046     aliphatic.put("P", new Integer(0));\r
1047     aliphatic.put("-", new Integer(1));\r
1048     aliphatic.put("*", new Integer(1));\r
1049   }\r
1050 \r
1051   static\r
1052   {\r
1053     tiny.put("I", new Integer(0));\r
1054     tiny.put("L", new Integer(0));\r
1055     tiny.put("V", new Integer(0));\r
1056     tiny.put("C", new Integer(0));\r
1057     tiny.put("A", new Integer(1));\r
1058     tiny.put("G", new Integer(1));\r
1059     tiny.put("M", new Integer(0));\r
1060     tiny.put("F", new Integer(0));\r
1061     tiny.put("Y", new Integer(0));\r
1062     tiny.put("W", new Integer(0));\r
1063     tiny.put("H", new Integer(0));\r
1064     tiny.put("K", new Integer(0));\r
1065     tiny.put("R", new Integer(0));\r
1066     tiny.put("E", new Integer(0));\r
1067     tiny.put("Q", new Integer(0));\r
1068     tiny.put("D", new Integer(0));\r
1069     tiny.put("N", new Integer(0));\r
1070     tiny.put("S", new Integer(1));\r
1071     tiny.put("T", new Integer(0));\r
1072     tiny.put("P", new Integer(0));\r
1073     tiny.put("-", new Integer(1));\r
1074     tiny.put("*", new Integer(1));\r
1075   }\r
1076 \r
1077   static\r
1078   {\r
1079     proline.put("I", new Integer(0));\r
1080     proline.put("L", new Integer(0));\r
1081     proline.put("V", new Integer(0));\r
1082     proline.put("C", new Integer(0));\r
1083     proline.put("A", new Integer(0));\r
1084     proline.put("G", new Integer(0));\r
1085     proline.put("M", new Integer(0));\r
1086     proline.put("F", new Integer(0));\r
1087     proline.put("Y", new Integer(0));\r
1088     proline.put("W", new Integer(0));\r
1089     proline.put("H", new Integer(0));\r
1090     proline.put("K", new Integer(0));\r
1091     proline.put("R", new Integer(0));\r
1092     proline.put("E", new Integer(0));\r
1093     proline.put("Q", new Integer(0));\r
1094     proline.put("D", new Integer(0));\r
1095     proline.put("N", new Integer(0));\r
1096     proline.put("S", new Integer(0));\r
1097     proline.put("T", new Integer(0));\r
1098     proline.put("P", new Integer(1));\r
1099     proline.put("-", new Integer(1));\r
1100     proline.put("*", new Integer(1));\r
1101   }\r
1102 \r
1103   static\r
1104   {\r
1105     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);\r
1106     propHash.put("small", small);\r
1107     propHash.put("positive", positive);\r
1108     propHash.put("negative", negative);\r
1109     propHash.put("charged", charged);\r
1110     propHash.put("aromatic", aromatic);\r
1111     propHash.put("aliphatic", aliphatic);\r
1112     propHash.put("tiny", tiny);\r
1113     propHash.put("proline", proline);\r
1114     propHash.put("polar", polar);\r
1115   }\r
1116 \r
1117   private ResidueProperties()\r
1118   {\r
1119   }\r
1120 \r
1121   public static double getHydmax()\r
1122   {\r
1123     return hydmax;\r
1124   }\r
1125 \r
1126   public static double getHydmin()\r
1127   {\r
1128     return hydmin;\r
1129   }\r
1130 \r
1131   public static double[] getHyd()\r
1132   {\r
1133     return hyd;\r
1134   }\r
1135 \r
1136   public static Hashtable getAAHash()\r
1137   {\r
1138     return aaHash;\r
1139   }\r
1140 \r
1141   public static Hashtable getAA3Hash()\r
1142   {\r
1143     return aa3Hash;\r
1144   }\r
1145 \r
1146   public static int[][] getDNA()\r
1147   {\r
1148     return ResidueProperties.DNA;\r
1149   }\r
1150 \r
1151   public static int[][] getBLOSUM62()\r
1152   {\r
1153     return ResidueProperties.BLOSUM62;\r
1154   }\r
1155 \r
1156   public static int getPAM250(String A1, String A2)\r
1157   {\r
1158     Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);\r
1159     Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);\r
1160     int pog = ResidueProperties.PAM250[pog1.intValue()][pog2.intValue()];\r
1161 \r
1162     return pog;\r
1163   }\r
1164 \r
1165   public static int getBLOSUM62(String A1, String A2)\r
1166   {\r
1167     int pog = 0;\r
1168 \r
1169     try\r
1170     {\r
1171       Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);\r
1172       Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);\r
1173       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[pog1.intValue()][pog2.intValue()];\r
1174     }\r
1175     catch (Exception e)\r
1176     {\r
1177       //System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);\r
1178     }\r
1179 \r
1180     return pog;\r
1181   }\r
1182 \r
1183   public static Vector getCodons(String res)\r
1184   {\r
1185     if (codonHash.containsKey(res))\r
1186     {\r
1187       return (Vector) codonHash.get(res);\r
1188     }\r
1189 \r
1190     return null;\r
1191   }\r
1192 \r
1193   public static String codonTranslate(String codon)\r
1194   {\r
1195     Enumeration e = codonHash.keys();\r
1196 \r
1197     while (e.hasMoreElements())\r
1198     {\r
1199       String key = (String) e.nextElement();\r
1200       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);\r
1201 \r
1202       if (tmp.contains(codon.toUpperCase()))\r
1203       {\r
1204         return key;\r
1205       }\r
1206     }\r
1207 \r
1208     return null;\r
1209   }\r
1210 }\r