src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23
  24 public class ResidueProperties
  25 {
  26   public static Hashtable scoreMatrices = new Hashtable();
  27
  28   // Stores residue codes/names and colours and other things
  29   public static final int[] aaIndex; // aaHash version 2.1.1 and below
  30
  31   public static final int[] nucleotideIndex;
  32
  33   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();
  34
  35   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();
  36
  37   public static final Hashtable nucleotideName = new Hashtable();
  38
  39   static
  40   {
  41     aaIndex = new int[255];
  42     for (int i = 0; i < 255; i++)
  43     {
  44       aaIndex[i] = 23;
  45     }
  46
  47     aaIndex['A'] = 0;
  48     aaIndex['R'] = 1;
  49     aaIndex['N'] = 2;
  50     aaIndex['D'] = 3;
  51     aaIndex['C'] = 4;
  52     aaIndex['Q'] = 5;
  53     aaIndex['E'] = 6;
  54     aaIndex['G'] = 7;
  55     aaIndex['H'] = 8;
  56     aaIndex['I'] = 9;
  57     aaIndex['L'] = 10;
  58     aaIndex['K'] = 11;
  59     aaIndex['M'] = 12;
  60     aaIndex['F'] = 13;
  61     aaIndex['P'] = 14;
  62     aaIndex['S'] = 15;
  63     aaIndex['T'] = 16;
  64     aaIndex['W'] = 17;
  65     aaIndex['Y'] = 18;
  66     aaIndex['V'] = 19;
  67     aaIndex['B'] = 20;
  68     aaIndex['Z'] = 21;
  69     aaIndex['X'] = 22;
  70     aaIndex['U'] = 22;
  71     aaIndex['a'] = 0;
  72     aaIndex['r'] = 1;
  73     aaIndex['n'] = 2;
  74     aaIndex['d'] = 3;
  75     aaIndex['c'] = 4;
  76     aaIndex['q'] = 5;
  77     aaIndex['e'] = 6;
  78     aaIndex['g'] = 7;
  79     aaIndex['h'] = 8;
  80     aaIndex['i'] = 9;
  81     aaIndex['l'] = 10;
  82     aaIndex['k'] = 11;
  83     aaIndex['m'] = 12;
  84     aaIndex['f'] = 13;
  85     aaIndex['p'] = 14;
  86     aaIndex['s'] = 15;
  87     aaIndex['t'] = 16;
  88     aaIndex['w'] = 17;
  89     aaIndex['y'] = 18;
  90     aaIndex['v'] = 19;
  91     aaIndex['b'] = 20;
  92     aaIndex['z'] = 21;
  93     aaIndex['x'] = 22;
  94     aaIndex['u'] = 22; // TODO: selenocystine triplet and codons needed. also
  95     // extend subt. matrices
  96   }
  97
  98   /**
  99    * maximum (gap) index for matrices involving protein alphabet
 100    */
 101   public final static int maxProteinIndex=23;
 102   /**
 103    * maximum (gap) index for matrices involving nucleotide alphabet
 104    */
 105   public final static int maxNucleotideIndex=10;
 106
 107   static
 108   {
 109     nucleotideIndex = new int[255];
 110     for (int i = 0; i < 255; i++)
 111     {
 112       nucleotideIndex[i] = 10; // non-nucleotide symbols are all non-gap gaps.
 113     }
 114
 115     nucleotideIndex['A'] = 0;
 116     nucleotideIndex['a'] = 0;
 117     nucleotideIndex['C'] = 1;
 118     nucleotideIndex['c'] = 1;
 119     nucleotideIndex['G'] = 2;
 120     nucleotideIndex['g'] = 2;
 121     nucleotideIndex['T'] = 3;
 122     nucleotideIndex['t'] = 3;
 123     nucleotideIndex['U'] = 4;
 124     nucleotideIndex['u'] = 4;
 125     nucleotideIndex['I'] = 5;
 126     nucleotideIndex['i'] = 5;
 127     nucleotideIndex['X'] = 6;
 128     nucleotideIndex['x'] = 6;
 129     nucleotideIndex['R'] = 7;
 130     nucleotideIndex['r'] = 7;
 131     nucleotideIndex['Y'] = 8;
 132     nucleotideIndex['y'] = 8;
 133     nucleotideIndex['N'] = 9;
 134     nucleotideIndex['n'] = 9;
 135
 136     nucleotideName.put("A", "Adenine");
 137     nucleotideName.put("a", "Adenine");
 138     nucleotideName.put("G", "Guanine");
 139     nucleotideName.put("g", "Guanine");
 140     nucleotideName.put("C", "Cytosine");
 141     nucleotideName.put("c", "Cytosine");
 142     nucleotideName.put("T", "Thymine");
 143     nucleotideName.put("t", "Thymine");
 144     nucleotideName.put("U", "Uracil");
 145     nucleotideName.put("u", "Uracil");
 146     nucleotideName.put("I", "Inosine");
 147     nucleotideName.put("i", "Inosine");
 148     nucleotideName.put("X", "Xanthine");
 149     nucleotideName.put("x", "Xanthine");
 150     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");
 151     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");
 152     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");
 153     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");
 154     nucleotideName.put("N", "Unknown");
 155     nucleotideName.put("n", "Unknown");
 156   }
 157
 158   static
 159   {
 160     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));
 161     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));
 162     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));
 163     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); // D
 164     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));
 165     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); // Q
 166     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E
 167     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));
 168     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));
 169     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));
 170     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));
 171     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));
 172     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));
 173     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));
 174     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));
 175     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));
 176     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));
 177     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));
 178     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));
 179     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));
 180     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides
 181     aa3Hash.put("ASX", new Integer(20)); // "B";
 182     aa3Hash.put("GLX", new Integer(21)); // X
 183     aa3Hash.put("XAA", new Integer(22)); // X unknown
 184     aa3Hash.put("-", new Integer(23));
 185     aa3Hash.put("*", new Integer(23));
 186     aa3Hash.put(".", new Integer(23));
 187     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));
 188     aa3Hash.put("Gap", new Integer(23));
 189   }
 190
 191   static
 192   {
 193     aa2Triplet.put("A", "ALA");
 194     aa2Triplet.put("a", "ALA");
 195     aa2Triplet.put("R", "ARG");
 196     aa2Triplet.put("r", "ARG");
 197     aa2Triplet.put("N", "ASN");
 198     aa2Triplet.put("n", "ASN");
 199     aa2Triplet.put("D", "ASP");
 200     aa2Triplet.put("d", "ASP");
 201     aa2Triplet.put("C", "CYS");
 202     aa2Triplet.put("c", "CYS");
 203     aa2Triplet.put("Q", "GLN");
 204     aa2Triplet.put("q", "GLN");
 205     aa2Triplet.put("E", "GLU");
 206     aa2Triplet.put("e", "GLU");
 207     aa2Triplet.put("G", "GLY");
 208     aa2Triplet.put("g", "GLY");
 209     aa2Triplet.put("H", "HIS");
 210     aa2Triplet.put("h", "HIS");
 211     aa2Triplet.put("I", "ILE");
 212     aa2Triplet.put("i", "ILE");
 213     aa2Triplet.put("L", "LEU");
 214     aa2Triplet.put("l", "LEU");
 215     aa2Triplet.put("K", "LYS");
 216     aa2Triplet.put("k", "LYS");
 217     aa2Triplet.put("M", "MET");
 218     aa2Triplet.put("m", "MET");
 219     aa2Triplet.put("F", "PHE");
 220     aa2Triplet.put("f", "PHE");
 221     aa2Triplet.put("P", "PRO");
 222     aa2Triplet.put("p", "PRO");
 223     aa2Triplet.put("S", "SER");
 224     aa2Triplet.put("s", "SER");
 225     aa2Triplet.put("T", "THR");
 226     aa2Triplet.put("t", "THR");
 227     aa2Triplet.put("W", "TRP");
 228     aa2Triplet.put("w", "TRP");
 229     aa2Triplet.put("Y", "TYR");
 230     aa2Triplet.put("y", "TYR");
 231     aa2Triplet.put("V", "VAL");
 232     aa2Triplet.put("v", "VAL");
 233   }
 234
 235   public static final String[] aa =
 236   { "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",
 237       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " " };
 238
 239   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);
 240
 241   public static final Vector scaleColours = new Vector();
 242
 243   static
 244   {
 245     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));
 246     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));
 247     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));
 248     scaleColours.addElement(Color.red);
 249     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));
 250     scaleColours.addElement(Color.orange);
 251     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));
 252     scaleColours.addElement(Color.yellow);
 253     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));
 254     scaleColours.addElement(Color.white);
 255   }
 256
 257   public static final Color[] taylor =
 258   { new Color(204, 255, 0), // A Greenish-yellowy-yellow
 259       new Color(0, 0, 255), // R Blueish-bluey-blue
 260       new Color(204, 0, 255), // N Blueish-reddy-blue
 261       new Color(255, 0, 0), // D Reddish-reddy-red
 262       new Color(255, 255, 0), // C Yellowish-yellowy-yellow
 263       new Color(255, 0, 204), // Q Reddish-bluey-red
 264       new Color(255, 0, 102), // E Blueish-reddy-red
 265       new Color(255, 153, 0), // G Yellowy-reddy-yellow
 266       new Color(0, 102, 255), // H Greenish-bluey-blue
 267       new Color(102, 255, 0), // I Greenish-yellowy-green
 268       new Color(51, 255, 0), // L Yellowish-greeny-green
 269       new Color(102, 0, 255), // K Reddish-bluey-blue
 270       new Color(0, 255, 0), // M Greenish-greeny-green
 271       new Color(0, 255, 102), // F Blueish-greeny-green
 272       new Color(255, 204, 0), // P Reddish-yellowy-yellow
 273       new Color(255, 51, 0), // S Yellowish-reddy-red
 274       new Color(255, 102, 0), // T Reddish-yellowy-red
 275       new Color(0, 204, 255), // W Blueish-greeny-green
 276       new Color(0, 255, 204), // Y Greenish-bluey-green
 277       new Color(153, 255, 0), // V Yellowish-greeny-yellow
 278       Color.white, // B
 279       Color.white, // Z
 280       Color.white, // X
 281       Color.white, // -
 282       Color.white, // *
 283       Color.white // .
 284   };
 285
 286   public static final Color[] nucleotide =
 287   { new Color(100, 247, 63), // A
 288       new Color(255, 179, 64), // C
 289       new Color(235, 65, 60), // G
 290       new Color(60, 136, 238), // T
 291       new Color(60, 136, 238), // U
 292       Color.white, // I
 293       Color.white, // X
 294       Color.white, // R
 295       Color.white, // Y
 296       Color.white, // N
 297       Color.white, // Gap
 298   };
 299
 300   // Zappo
 301   public static final Color[] zappo =
 302   { Color.pink, // A
 303       midBlue, // R
 304       Color.green, // N
 305       Color.red, // D
 306       Color.yellow, // C
 307       Color.green, // Q
 308       Color.red, // E
 309       Color.magenta, // G
 310       midBlue,// Color.red, // H
 311       Color.pink, // I
 312       Color.pink, // L
 313       midBlue, // K
 314       Color.pink, // M
 315       Color.orange, // F
 316       Color.magenta, // P
 317       Color.green, // S
 318       Color.green, // T
 319       Color.orange, // W
 320       Color.orange, // Y
 321       Color.pink, // V
 322       Color.white, // B
 323       Color.white, // Z
 324       Color.white, // X
 325       Color.white, // -
 326       Color.white, // *
 327       Color.white, // .
 328       Color.white // ' '
 329   };
 330
 331   // Dunno where I got these numbers from
 332   public static final double[] hyd2 =
 333   { 0.62, // A
 334       0.29, // R
 335       -0.90, // N
 336       -0.74, // D
 337       1.19, // C
 338       0.48, // Q
 339       -0.40, // E
 340       1.38, // G
 341       -1.50, // H
 342       1.06, // I
 343       0.64, // L
 344       -0.78, // K
 345       0.12, // M
 346       -0.85, // F
 347       -2.53, // P
 348       -0.18, // S
 349       -0.05, // T
 350       1.08, // W
 351       0.81, // Y
 352       0.0, // V
 353       0.26, // B
 354       0.0, // Z
 355       0.0 // X
 356   };
 357
 358   public static final double[] helix =
 359   { 1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,
 360       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0 };
 361
 362   public static final double helixmin = 0.57;
 363
 364   public static final double helixmax = 1.51;
 365
 366   public static final double[] strand =
 367   { 0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,
 368       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0 };
 369
 370   public static final double strandmin = 0.37;
 371
 372   public static final double strandmax = 1.7;
 373
 374   public static final double[] turn =
 375   { 0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,
 376       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0,
 377       0 };
 378
 379   public static final double turnmin = 0.47;
 380
 381   public static final double turnmax = 1.56;
 382
 383   public static final double[] buried =
 384   { 1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,
 385       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00 };
 386
 387   public static final double buriedmin = 0.05;
 388
 389   public static final double buriedmax = 4.6;
 390
 391   // This is hydropathy index
 392   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.
 393   // 1157, 105-132, 1982
 394   public static final double[] hyd =
 395   { 1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9,
 396       1.9, 2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0 };
 397
 398   public static final double hydmax = 4.5;
 399
 400   public static final double hydmin = -3.9;
 401
 402   // public static final double hydmax = 1.38;
 403   // public static final double hydmin = -2.53;
 404   private static final int[][] BLOSUM62 =
 405   {
 406       { 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
 407           -2, 0, -2, -1, 0, -4 },
 408       { -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3,
 409           -2, -3, -1, 0, -1, -4 },
 410       { -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2,
 411           -3, 3, 0, -1, -4 },
 412       { -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
 413           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
 414       { 0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1,
 415           -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4 },
 416       { -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,
 417           -2, 0, 3, -1, -4 },
 418       { -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 419           -2, 1, 4, -1, -4 },
 420       { 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
 421           -3, -3, -1, -2, -1, -4 },
 422       { -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,
 423           2, -3, 0, 0, -1, -4 },
 424       { -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
 425           -1, 3, -3, -3, -1, -4 },
 426       { -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
 427           -1, 1, -4, -3, -1, -4 },
 428       { -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
 429           -2, -2, 0, 1, -1, -4 },
 430       { -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
 431           -1, 1, -3, -1, -1, -4 },
 432       { -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1,
 433           3, -1, -3, -3, -1, -4 },
 434       { -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,
 435           -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4 },
 436       { 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,
 437           -2, 0, 0, 0, -4 },
 438       { 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
 439           -2, 0, -1, -1, 0, -4 },
 440       { -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,
 441           11, 2, -3, -4, -3, -2, -4 },
 442       { -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2,
 443           2, 7, -1, -3, -2, -1, -4 },
 444       { 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
 445           -1, 4, -3, -2, -1, -4 },
 446       { -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4,
 447           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
 448       { -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 449           -2, 1, 4, -1, -4 },
 450       { 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0,
 451           -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4 },
 452       { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
 453           -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1 }, };
 454
 455   static final int[][] PAM250 =
 456   {
 457       { 2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3,
 458           0, 0, 0, 0, -8 },
 459       { -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,
 460           -2, -1, 0, -1, -8 },
 461       { 0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,
 462           2, 1, 0, -8 },
 463       { 0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4,
 464           -2, 3, 3, -1, -8 },
 465       { -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,
 466           -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8 },
 467       { 0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,
 468           -2, 1, 3, -1, -8 },
 469       { 0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4,
 470           -2, 3, 3, -1, -8 },
 471       { 1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,
 472           -1, 0, 0, -1, -8 },
 473       { -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,
 474           -2, 1, 2, -1, -8 },
 475       { -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,
 476           -1, 4, -2, -2, -1, -8 },
 477       { -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,
 478           -1, 2, -3, -3, -1, -8 },
 479       { -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4,
 480           -2, 1, 0, -1, -8 },
 481       { -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4,
 482           -2, 2, -2, -2, -1, -8 },
 483       { -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0,
 484           7, -1, -4, -5, -2, -8 },
 485       { 1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,
 486           -1, -1, 0, -1, -8 },
 487       { 1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3,
 488           -1, 0, 0, 0, -8 },
 489       { 1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3,
 490           0, 0, -1, 0, -8 },
 491       { -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5,
 492           17, 0, -6, -5, -6, -4, -8 },
 493       { -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,
 494           10, -2, -3, -4, -2, -8 },
 495       { 0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,
 496           -2, 4, -2, -2, -1, -8 },
 497       { 0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3,
 498           -2, 3, 2, -1, -8 },
 499       { 0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4,
 500           -2, 2, 3, -1, -8 },
 501       { 0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,
 502           -2, -1, -1, -1, -1, -8 },
 503       { -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
 504           -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1 }, };
 505
 506   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number
 507   // value of the aa
 508
 509   static
 510   {
 511     ssHash.put("H", Color.magenta);
 512     ssHash.put("E", Color.yellow);
 513     ssHash.put("-", Color.white);
 514     ssHash.put(".", Color.white);
 515     ssHash.put("S", Color.cyan);
 516     ssHash.put("T", Color.blue);
 517     ssHash.put("G", Color.pink);
 518     ssHash.put("I", Color.pink);
 519     ssHash.put("B", Color.yellow);
 520   }
 521
 522   /*
 523    * new Color(60, 136, 238), // U Color.white, // I Color.white, // X
 524    * Color.white, // R Color.white, // Y Color.white, // N Color.white, // Gap
 525    */
 526
 527   // JBPNote: patch matrix for T/U equivalence when working with DNA or RNA.
 528   // Will equate sequences if working with mixed nucleotide sets.
 529   // treats T and U identically. R and Y weak equivalence with AG and CTU.
 530   // N matches any other base weakly
 531   //
 532   static final int[][] DNA =
 533   {
 534       { 10, -8, -8, -8, -8, 1,  1, -8,  1,  1, 1 }, // C
 535       { -8, 10, -8, -8, 10, 1,  1, -8,  1,  1, 1 }, // T
 536       { -8, -8, 10, -8, -8, 1,  1,  1, -8,  1, 1 }, // A
 537       { -8, -8, -8, 10, -8, 1,  1,  1, -8,  1, 1 }, // G
 538       { -8, 10, -8, -8, 10, 1,  1, -8,  1,  1, 1 }, // U
 539       {  1,  1,  1,  1,  1, 10, 0,  0,  0,  1, 1 }, // I
 540       {  1,  1,  1,  1,  1, 0, 10,  0,  0,  1, 1 }, // X
 541       { -8, -8,  1,  1, -8, 0,  0, 10,  0,  1, 1 }, // R
 542       {  1,  1, -8, -8,  1, 0,  0,  0, 10,  1, 1 }, // Y
 543       {  1,  1,  1,  1,  1, 1,  1,  1,  1, 10, 1 }, // N
 544       {  1,  1,  1,  1,  1, 1,  1,  1,  1,  1, 1 }, // -
 545   };
 546 /**
 547    * register matrices in list
 548    */
 549   static
 550   {
 551     scoreMatrices.put("BLOSUM62", new ScoreMatrix("BLOSUM62", BLOSUM62, 0));
 552     scoreMatrices.put("PAM250", new ScoreMatrix("PAM250", PAM250, 0));
 553     scoreMatrices.put("DNA", new ScoreMatrix("DNA", DNA, 1));
 554
 555   }
 556
 557   public static final Color[] pidColours =
 558   { midBlue, new Color(153, 153, 255),
 559       // Color.lightGray,
 560       new Color(204, 204, 255), };
 561
 562   public static final float[] pidThresholds =
 563   { 80, 60, 40, };
 564
 565   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();
 566
 567   public static Vector Lys = new Vector();
 568
 569   public static Vector Asn = new Vector();
 570
 571   public static Vector Gln = new Vector();
 572
 573   public static Vector His = new Vector();
 574
 575   public static Vector Glu = new Vector();
 576
 577   public static Vector Asp = new Vector();
 578
 579   public static Vector Tyr = new Vector();
 580
 581   public static Vector Thr = new Vector();
 582
 583   public static Vector Pro = new Vector();
 584
 585   public static Vector Ala = new Vector();
 586
 587   public static Vector Ser = new Vector();
 588
 589   public static Vector Arg = new Vector();
 590
 591   public static Vector Gly = new Vector();
 592
 593   public static Vector Trp = new Vector();
 594
 595   public static Vector Cys = new Vector();
 596
 597   public static Vector Ile = new Vector();
 598
 599   public static Vector Met = new Vector();
 600
 601   public static Vector Leu = new Vector();
 602
 603   public static Vector Val = new Vector();
 604
 605   public static Vector Phe = new Vector();
 606
 607   public static Vector STOP = new Vector();
 608
 609   static
 610   {
 611     codonHash.put("K", Lys);
 612     codonHash.put("N", Asn);
 613     codonHash.put("Q", Gln);
 614     codonHash.put("H", His);
 615     codonHash.put("E", Glu);
 616     codonHash.put("D", Asp);
 617     codonHash.put("Y", Tyr);
 618     codonHash.put("T", Thr);
 619     codonHash.put("P", Pro);
 620     codonHash.put("A", Ala);
 621     codonHash.put("S", Ser);
 622     codonHash.put("R", Arg);
 623     codonHash.put("G", Gly);
 624     codonHash.put("W", Trp);
 625     codonHash.put("C", Cys);
 626     codonHash.put("I", Ile);
 627     codonHash.put("M", Met);
 628     codonHash.put("L", Leu);
 629     codonHash.put("V", Val);
 630     codonHash.put("F", Phe);
 631     codonHash.put("STOP", STOP);
 632   }
 633
 634   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();
 635
 636   static
 637   {
 638     codonHash2.put("AAA", "K");
 639     codonHash2.put("AAG", "K");
 640     codonHash2.put("AAC", "N");
 641     codonHash2.put("AAT", "N");
 642
 643     codonHash2.put("CAA", "E");
 644     codonHash2.put("CAG", "E");
 645     codonHash2.put("CAC", "H");
 646     codonHash2.put("CAT", "H");
 647
 648     codonHash2.put("GAA", "Q");
 649     codonHash2.put("GAG", "Q");
 650     codonHash2.put("GAC", "D");
 651     codonHash2.put("GAT", "D");
 652
 653     codonHash2.put("TAC", "Y");
 654     codonHash2.put("TAT", "Y");
 655
 656     codonHash2.put("ACA", "T");
 657     codonHash2.put("AAG", "T");
 658     codonHash2.put("ACC", "T");
 659     codonHash2.put("ACT", "T");
 660
 661     codonHash2.put("CCA", "P");
 662     codonHash2.put("CCG", "P");
 663     codonHash2.put("CCC", "P");
 664     codonHash2.put("CCT", "P");
 665
 666     codonHash2.put("GCA", "A");
 667     codonHash2.put("GCG", "A");
 668     codonHash2.put("GCC", "A");
 669     codonHash2.put("GCT", "A");
 670
 671     codonHash2.put("TCA", "S");
 672     codonHash2.put("TCG", "S");
 673     codonHash2.put("TCC", "S");
 674     codonHash2.put("TCT", "S");
 675     codonHash2.put("AGC", "S");
 676     codonHash2.put("AGT", "S");
 677
 678     codonHash2.put("AGA", "R");
 679     codonHash2.put("AGG", "R");
 680     codonHash2.put("CGA", "R");
 681     codonHash2.put("CGG", "R");
 682     codonHash2.put("CGC", "R");
 683     codonHash2.put("CGT", "R");
 684
 685     codonHash2.put("GGA", "G");
 686     codonHash2.put("GGG", "G");
 687     codonHash2.put("GGC", "G");
 688     codonHash2.put("GGT", "G");
 689
 690     codonHash2.put("TGA", "*");
 691     codonHash2.put("TAA", "*");
 692     codonHash2.put("TAG", "*");
 693
 694     codonHash2.put("TGG", "W");
 695
 696     codonHash2.put("TGC", "C");
 697     codonHash2.put("TGT", "C");
 698
 699     codonHash2.put("ATA", "I");
 700     codonHash2.put("ATC", "I");
 701     codonHash2.put("ATT", "I");
 702
 703     codonHash2.put("ATG", "M");
 704
 705     codonHash2.put("CTA", "L");
 706     codonHash2.put("CTG", "L");
 707     codonHash2.put("CTC", "L");
 708     codonHash2.put("CTT", "L");
 709     codonHash2.put("TTA", "L");
 710     codonHash2.put("TTG", "L");
 711
 712     codonHash2.put("GTA", "V");
 713     codonHash2.put("GTG", "V");
 714     codonHash2.put("GTC", "V");
 715     codonHash2.put("GTT", "V");
 716
 717     codonHash2.put("TTC", "F");
 718     codonHash2.put("TTT", "F");
 719   }
 720
 721   static
 722   {
 723     Lys.addElement("AAA");
 724     Lys.addElement("AAG");
 725     Asn.addElement("AAC");
 726     Asn.addElement("AAT");
 727
 728     Gln.addElement("CAA");
 729     Gln.addElement("CAG");
 730     His.addElement("CAC");
 731     His.addElement("CAT");
 732
 733     Glu.addElement("GAA");
 734     Glu.addElement("GAG");
 735     Asp.addElement("GAC");
 736     Asp.addElement("GAT");
 737
 738     Tyr.addElement("TAC");
 739     Tyr.addElement("TAT");
 740
 741     Thr.addElement("ACA");
 742     Thr.addElement("ACG");
 743     Thr.addElement("ACC");
 744     Thr.addElement("ACT");
 745
 746     Pro.addElement("CCA");
 747     Pro.addElement("CCG");
 748     Pro.addElement("CCC");
 749     Pro.addElement("CCT");
 750
 751     Ala.addElement("GCA");
 752     Ala.addElement("GCG");
 753     Ala.addElement("GCC");
 754     Ala.addElement("GCT");
 755
 756     Ser.addElement("TCA");
 757     Ser.addElement("TCG");
 758     Ser.addElement("TCC");
 759     Ser.addElement("TCT");
 760     Ser.addElement("AGC");
 761     Ser.addElement("AGT");
 762
 763     Arg.addElement("AGA");
 764     Arg.addElement("AGG");
 765     Arg.addElement("CGA");
 766     Arg.addElement("CGG");
 767     Arg.addElement("CGC");
 768     Arg.addElement("CGT");
 769
 770     Gly.addElement("GGA");
 771     Gly.addElement("GGG");
 772     Gly.addElement("GGC");
 773     Gly.addElement("GGT");
 774
 775     STOP.addElement("TGA");
 776     STOP.addElement("TAA");
 777     STOP.addElement("TAG");
 778
 779     Trp.addElement("TGG");
 780
 781     Cys.addElement("TGC");
 782     Cys.addElement("TGT");
 783
 784     Ile.addElement("ATA");
 785     Ile.addElement("ATC");
 786     Ile.addElement("ATT");
 787
 788     Met.addElement("ATG");
 789
 790     Leu.addElement("CTA");
 791     Leu.addElement("CTG");
 792     Leu.addElement("CTC");
 793     Leu.addElement("CTT");
 794     Leu.addElement("TTA");
 795     Leu.addElement("TTG");
 796
 797     Val.addElement("GTA");
 798     Val.addElement("GTG");
 799     Val.addElement("GTC");
 800     Val.addElement("GTT");
 801
 802     Phe.addElement("TTC");
 803     Phe.addElement("TTT");
 804   }
 805
 806   // Stores residue codes/names and colours and other things
 807   public static Hashtable propHash = new Hashtable();
 808
 809   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();
 810
 811   public static Hashtable polar = new Hashtable();
 812
 813   public static Hashtable small = new Hashtable();
 814
 815   public static Hashtable positive = new Hashtable();
 816
 817   public static Hashtable negative = new Hashtable();
 818
 819   public static Hashtable charged = new Hashtable();
 820
 821   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();
 822
 823   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();
 824
 825   public static Hashtable tiny = new Hashtable();
 826
 827   public static Hashtable proline = new Hashtable();
 828
 829   static
 830   {
 831     hydrophobic.put("I", new Integer(1));
 832     hydrophobic.put("L", new Integer(1));
 833     hydrophobic.put("V", new Integer(1));
 834     hydrophobic.put("C", new Integer(1));
 835     hydrophobic.put("A", new Integer(1));
 836     hydrophobic.put("G", new Integer(1));
 837     hydrophobic.put("M", new Integer(1));
 838     hydrophobic.put("F", new Integer(1));
 839     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));
 840     hydrophobic.put("W", new Integer(1));
 841     hydrophobic.put("H", new Integer(1));
 842     hydrophobic.put("K", new Integer(1));
 843     hydrophobic.put("X", new Integer(1));
 844     hydrophobic.put("-", new Integer(1));
 845     hydrophobic.put("*", new Integer(1));
 846     hydrophobic.put("R", new Integer(0));
 847     hydrophobic.put("E", new Integer(0));
 848     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));
 849     hydrophobic.put("D", new Integer(0));
 850     hydrophobic.put("N", new Integer(0));
 851     hydrophobic.put("S", new Integer(0));
 852     hydrophobic.put("T", new Integer(0));
 853     hydrophobic.put("P", new Integer(0));
 854   }
 855
 856   static
 857   {
 858     polar.put("Y", new Integer(1));
 859     polar.put("W", new Integer(1));
 860     polar.put("H", new Integer(1));
 861     polar.put("K", new Integer(1));
 862     polar.put("R", new Integer(1));
 863     polar.put("E", new Integer(1));
 864     polar.put("Q", new Integer(1));
 865     polar.put("D", new Integer(1));
 866     polar.put("N", new Integer(1));
 867     polar.put("S", new Integer(1));
 868     polar.put("T", new Integer(1));
 869     polar.put("X", new Integer(1));
 870     polar.put("-", new Integer(1));
 871     polar.put("*", new Integer(1));
 872     polar.put("I", new Integer(0));
 873     polar.put("L", new Integer(0));
 874     polar.put("V", new Integer(0));
 875     polar.put("C", new Integer(0));
 876     polar.put("A", new Integer(0));
 877     polar.put("G", new Integer(0));
 878     polar.put("M", new Integer(0));
 879     polar.put("F", new Integer(0));
 880     polar.put("P", new Integer(0));
 881   }
 882
 883   static
 884   {
 885     small.put("I", new Integer(0));
 886     small.put("L", new Integer(0));
 887     small.put("V", new Integer(1));
 888     small.put("C", new Integer(1));
 889     small.put("A", new Integer(1));
 890     small.put("G", new Integer(1));
 891     small.put("M", new Integer(0));
 892     small.put("F", new Integer(0));
 893     small.put("Y", new Integer(0));
 894     small.put("W", new Integer(0));
 895     small.put("H", new Integer(0));
 896     small.put("K", new Integer(0));
 897     small.put("R", new Integer(0));
 898     small.put("E", new Integer(0));
 899     small.put("Q", new Integer(0));
 900     small.put("D", new Integer(1));
 901     small.put("N", new Integer(1));
 902     small.put("S", new Integer(1));
 903     small.put("T", new Integer(1));
 904     small.put("P", new Integer(1));
 905     small.put("-", new Integer(1));
 906     small.put("*", new Integer(1));
 907   }
 908
 909   static
 910   {
 911     positive.put("I", new Integer(0));
 912     positive.put("L", new Integer(0));
 913     positive.put("V", new Integer(0));
 914     positive.put("C", new Integer(0));
 915     positive.put("A", new Integer(0));
 916     positive.put("G", new Integer(0));
 917     positive.put("M", new Integer(0));
 918     positive.put("F", new Integer(0));
 919     positive.put("Y", new Integer(0));
 920     positive.put("W", new Integer(0));
 921     positive.put("H", new Integer(1));
 922     positive.put("K", new Integer(1));
 923     positive.put("R", new Integer(1));
 924     positive.put("E", new Integer(0));
 925     positive.put("Q", new Integer(0));
 926     positive.put("D", new Integer(0));
 927     positive.put("N", new Integer(0));
 928     positive.put("S", new Integer(0));
 929     positive.put("T", new Integer(0));
 930     positive.put("P", new Integer(0));
 931     positive.put("-", new Integer(1));
 932     positive.put("*", new Integer(1));
 933   }
 934
 935   static
 936   {
 937     negative.put("I", new Integer(0));
 938     negative.put("L", new Integer(0));
 939     negative.put("V", new Integer(0));
 940     negative.put("C", new Integer(0));
 941     negative.put("A", new Integer(0));
 942     negative.put("G", new Integer(0));
 943     negative.put("M", new Integer(0));
 944     negative.put("F", new Integer(0));
 945     negative.put("Y", new Integer(0));
 946     negative.put("W", new Integer(0));
 947     negative.put("H", new Integer(0));
 948     negative.put("K", new Integer(0));
 949     negative.put("R", new Integer(0));
 950     negative.put("E", new Integer(1));
 951     negative.put("Q", new Integer(0));
 952     negative.put("D", new Integer(1));
 953     negative.put("N", new Integer(0));
 954     negative.put("S", new Integer(0));
 955     negative.put("T", new Integer(0));
 956     negative.put("P", new Integer(0));
 957     negative.put("-", new Integer(1));
 958     negative.put("*", new Integer(1));
 959   }
 960
 961   static
 962   {
 963     charged.put("I", new Integer(0));
 964     charged.put("L", new Integer(0));
 965     charged.put("V", new Integer(0));
 966     charged.put("C", new Integer(0));
 967     charged.put("A", new Integer(0));
 968     charged.put("G", new Integer(0));
 969     charged.put("M", new Integer(0));
 970     charged.put("F", new Integer(0));
 971     charged.put("Y", new Integer(0));
 972     charged.put("W", new Integer(0));
 973     charged.put("H", new Integer(1));
 974     charged.put("K", new Integer(1));
 975     charged.put("R", new Integer(1));
 976     charged.put("E", new Integer(1));
 977     charged.put("Q", new Integer(0));
 978     charged.put("D", new Integer(1));
 979     charged.put("N", new Integer(0)); // Asparagine is polar but not charged.
 980                                       // Alternative would be charged and
 981                                       // negative (in basic form)?
 982     charged.put("S", new Integer(0));
 983     charged.put("T", new Integer(0));
 984     charged.put("P", new Integer(0));
 985     charged.put("-", new Integer(1));
 986     charged.put("*", new Integer(1));
 987   }
 988
 989   static
 990   {
 991     aromatic.put("I", new Integer(0));
 992     aromatic.put("L", new Integer(0));
 993     aromatic.put("V", new Integer(0));
 994     aromatic.put("C", new Integer(0));
 995     aromatic.put("A", new Integer(0));
 996     aromatic.put("G", new Integer(0));
 997     aromatic.put("M", new Integer(0));
 998     aromatic.put("F", new Integer(1));
 999     aromatic.put("Y", new Integer(1));
1000     aromatic.put("W", new Integer(1));
1001     aromatic.put("H", new Integer(1));
1002     aromatic.put("K", new Integer(0));
1003     aromatic.put("R", new Integer(0));
1004     aromatic.put("E", new Integer(0));
1005     aromatic.put("Q", new Integer(0));
1006     aromatic.put("D", new Integer(0));
1007     aromatic.put("N", new Integer(0));
1008     aromatic.put("S", new Integer(0));
1009     aromatic.put("T", new Integer(0));
1010     aromatic.put("P", new Integer(0));
1011     aromatic.put("-", new Integer(1));
1012     aromatic.put("*", new Integer(1));
1013   }
1014
1015   static
1016   {
1017     aliphatic.put("I", new Integer(1));
1018     aliphatic.put("L", new Integer(1));
1019     aliphatic.put("V", new Integer(1));
1020     aliphatic.put("C", new Integer(0));
1021     aliphatic.put("A", new Integer(0));
1022     aliphatic.put("G", new Integer(0));
1023     aliphatic.put("M", new Integer(0));
1024     aliphatic.put("F", new Integer(0));
1025     aliphatic.put("Y", new Integer(0));
1026     aliphatic.put("W", new Integer(0));
1027     aliphatic.put("H", new Integer(0));
1028     aliphatic.put("K", new Integer(0));
1029     aliphatic.put("R", new Integer(0));
1030     aliphatic.put("E", new Integer(0));
1031     aliphatic.put("Q", new Integer(0));
1032     aliphatic.put("D", new Integer(0));
1033     aliphatic.put("N", new Integer(0));
1034     aliphatic.put("S", new Integer(0));
1035     aliphatic.put("T", new Integer(0));
1036     aliphatic.put("P", new Integer(0));
1037     aliphatic.put("-", new Integer(1));
1038     aliphatic.put("*", new Integer(1));
1039   }
1040
1041   static
1042   {
1043     tiny.put("I", new Integer(0));
1044     tiny.put("L", new Integer(0));
1045     tiny.put("V", new Integer(0));
1046     tiny.put("C", new Integer(0));
1047     tiny.put("A", new Integer(1));
1048     tiny.put("G", new Integer(1));
1049     tiny.put("M", new Integer(0));
1050     tiny.put("F", new Integer(0));
1051     tiny.put("Y", new Integer(0));
1052     tiny.put("W", new Integer(0));
1053     tiny.put("H", new Integer(0));
1054     tiny.put("K", new Integer(0));
1055     tiny.put("R", new Integer(0));
1056     tiny.put("E", new Integer(0));
1057     tiny.put("Q", new Integer(0));
1058     tiny.put("D", new Integer(0));
1059     tiny.put("N", new Integer(0));
1060     tiny.put("S", new Integer(1));
1061     tiny.put("T", new Integer(0));
1062     tiny.put("P", new Integer(0));
1063     tiny.put("-", new Integer(1));
1064     tiny.put("*", new Integer(1));
1065   }
1066
1067   static
1068   {
1069     proline.put("I", new Integer(0));
1070     proline.put("L", new Integer(0));
1071     proline.put("V", new Integer(0));
1072     proline.put("C", new Integer(0));
1073     proline.put("A", new Integer(0));
1074     proline.put("G", new Integer(0));
1075     proline.put("M", new Integer(0));
1076     proline.put("F", new Integer(0));
1077     proline.put("Y", new Integer(0));
1078     proline.put("W", new Integer(0));
1079     proline.put("H", new Integer(0));
1080     proline.put("K", new Integer(0));
1081     proline.put("R", new Integer(0));
1082     proline.put("E", new Integer(0));
1083     proline.put("Q", new Integer(0));
1084     proline.put("D", new Integer(0));
1085     proline.put("N", new Integer(0));
1086     proline.put("S", new Integer(0));
1087     proline.put("T", new Integer(0));
1088     proline.put("P", new Integer(1));
1089     proline.put("-", new Integer(1));
1090     proline.put("*", new Integer(1));
1091   }
1092
1093   static
1094   {
1095     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);
1096     propHash.put("small", small);
1097     propHash.put("positive", positive);
1098     propHash.put("negative", negative);
1099     propHash.put("charged", charged);
1100     propHash.put("aromatic", aromatic);
1101     propHash.put("aliphatic", aliphatic);
1102     propHash.put("tiny", tiny);
1103     propHash.put("proline", proline);
1104     propHash.put("polar", polar);
1105   }
1106
1107   private ResidueProperties()
1108   {
1109   }
1110
1111   public static double getHydmax()
1112   {
1113     return hydmax;
1114   }
1115
1116   public static double getHydmin()
1117   {
1118     return hydmin;
1119   }
1120
1121   public static double[] getHyd()
1122   {
1123     return hyd;
1124   }
1125
1126   public static Hashtable getAA3Hash()
1127   {
1128     return aa3Hash;
1129   }
1130
1131   public static int[][] getDNA()
1132   {
1133     return ResidueProperties.DNA;
1134   }
1135
1136   public static int[][] getBLOSUM62()
1137   {
1138     return ResidueProperties.BLOSUM62;
1139   }
1140
1141   public static int getPAM250(String A1, String A2)
1142   {
1143     return getPAM250(A1.charAt(0), A2.charAt(0));
1144   }
1145
1146   public static int getBLOSUM62(char c1, char c2)
1147   {
1148     int pog = 0;
1149
1150     try
1151     {
1152       int a = aaIndex[c1];
1153       int b = aaIndex[c2];
1154
1155       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[a][b];
1156     } catch (Exception e)
1157     {
1158       // System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);
1159     }
1160
1161     return pog;
1162   }
1163
1164   public static Vector getCodons(String res)
1165   {
1166     if (codonHash.containsKey(res))
1167     {
1168       return (Vector) codonHash.get(res);
1169     }
1170
1171     return null;
1172   }
1173
1174   public static String codonTranslate(String lccodon)
1175   {
1176     String codon = lccodon.toUpperCase();
1177     // all base ambiguity codes yield an 'X' amino acid residue
1178     if (codon.indexOf('X') > -1 || codon.indexOf('N') > -1)
1179     {
1180       return "X";
1181     }
1182     Enumeration e = codonHash.keys();
1183
1184     while (e.hasMoreElements())
1185     {
1186       String key = (String) e.nextElement();
1187       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);
1188
1189       if (tmp.contains(codon))
1190       {
1191         return key;
1192       }
1193     }
1194
1195     return null;
1196   }
1197
1198   public static int[][] getDefaultPeptideMatrix()
1199   {
1200     return ResidueProperties.getBLOSUM62();
1201   }
1202
1203   public static int[][] getDefaultDnaMatrix()
1204   {
1205     return ResidueProperties.getDNA();
1206   }
1207
1208   /**
1209    * get a ScoreMatrix based on its string name
1210    *
1211    * @param pwtype
1212    * @return matrix in scoreMatrices with key pwtype or null
1213    */
1214   public static ScoreMatrix getScoreMatrix(String pwtype)
1215   {
1216     Object val = scoreMatrices.get(pwtype);
1217     if (val != null)
1218     {
1219       return (ScoreMatrix) val;
1220     }
1221     return null;
1222   }
1223
1224   public static int getPAM250(char c, char d)
1225   {
1226     int a = aaIndex[c];
1227     int b = aaIndex[d];
1228
1229     int pog = ResidueProperties.PAM250[a][b];
1230
1231     return pog;
1232   }
1233
1234   public static Hashtable toDssp3State;
1235   static
1236   {
1237     toDssp3State = new Hashtable();
1238     toDssp3State.put("H", "H");
1239     toDssp3State.put("E", "E");
1240     toDssp3State.put("C", " ");
1241     toDssp3State.put(" ", " ");
1242     toDssp3State.put("T", " ");
1243     toDssp3State.put("B", "E");
1244     toDssp3State.put("G", "H");
1245     toDssp3State.put("I", "H");
1246     toDssp3State.put("X", " ");
1247   }
1248
1249   /**
1250    * translate from other dssp secondary structure alphabets to 3-state
1251    *
1252    * @param ssstring
1253    * @return ssstring as a three-state secondary structure assignment.
1254    */
1255   public static String getDssp3state(String ssstring)
1256   {
1257     if (ssstring == null)
1258     {
1259       return null;
1260     }
1261     StringBuffer ss = new StringBuffer();
1262     for (int i = 0; i < ssstring.length(); i++)
1263     {
1264       String ssc = ssstring.substring(i, i + 1);
1265       if (toDssp3State.containsKey(ssc))
1266       {
1267         ss.append((String) toDssp3State.get(ssc));
1268       }
1269       else
1270       {
1271         ss.append(" ");
1272       }
1273     }
1274     return ss.toString();
1275   }
1276
1277   // main method generates perl representation of residue property hash
1278   // / cut here
1279   public static void main(String[] args)
1280   {
1281     Hashtable aa = new Hashtable();
1282     System.out.println("my %aa = {");
1283     // invert property hashes
1284     Enumeration prop = propHash.keys();
1285     while (prop.hasMoreElements())
1286     {
1287       String pname = (String) prop.nextElement();
1288       Hashtable phash = (Hashtable) propHash.get(pname);
1289       Enumeration res = phash.keys();
1290       while (res.hasMoreElements())
1291       {
1292         String rname = (String) res.nextElement();
1293         Vector aprops = (Vector) aa.get(rname);
1294         if (aprops == null)
1295         {
1296           aprops = new Vector();
1297           aa.put(rname, aprops);
1298         }
1299         Integer hasprop = (Integer) phash.get(rname);
1300         if (hasprop.intValue() == 1)
1301         {
1302           aprops.addElement(pname);
1303         }
1304       }
1305     }
1306     Enumeration res = aa.keys();
1307     while (res.hasMoreElements())
1308     {
1309       String rname = (String) res.nextElement();
1310
1311       System.out.print("'" + rname + "' => [");
1312       Enumeration props = ((Vector) aa.get(rname)).elements();
1313       while (props.hasMoreElements())
1314       {
1315         System.out.print("'" + (String) props.nextElement() + "'");
1316         if (props.hasMoreElements())
1317         {
1318           System.out.println(", ");
1319         }
1320       }
1321       System.out.println("]" + (res.hasMoreElements() ? "," : ""));
1322     }
1323     System.out.println("};");
1324   }
1325   // to here
1326 }