src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 public class ResidueProperties
  26 {
  27   public static Hashtable scoreMatrices=new Hashtable();
  28   //Stores residue codes/names and colours and other things
  29   public static final int [] aaIndex; // aaHash version 2.1.1 and below
  30   public static final int [] nucleotideIndex;
  31   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();
  32   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();
  33   public static final Hashtable nucleotideName = new Hashtable();
  34
  35
  36   static
  37   {
  38     aaIndex = new int[255];
  39     for(int i=0; i<255; i++)
  40       aaIndex[i] = 23;
  41
  42     aaIndex['A'] = 0;
  43     aaIndex['R'] = 1;
  44     aaIndex['N'] = 2;
  45     aaIndex['D'] = 3;
  46     aaIndex['C'] = 4;
  47     aaIndex['Q'] = 5;
  48     aaIndex['E'] = 6;
  49     aaIndex['G'] = 7;
  50     aaIndex['H'] = 8;
  51     aaIndex['I'] = 9;
  52     aaIndex['L'] = 10;
  53     aaIndex['K'] = 11;
  54     aaIndex['M'] = 12;
  55     aaIndex['F'] = 13;
  56     aaIndex['P'] = 14;
  57     aaIndex['S'] = 15;
  58     aaIndex['T'] = 16;
  59     aaIndex['W'] = 17;
  60     aaIndex['Y'] = 18;
  61     aaIndex['V'] = 19;
  62     aaIndex['B'] = 20;
  63     aaIndex['Z'] = 21;
  64     aaIndex['X'] = 22;
  65     aaIndex['U'] = 22;
  66     aaIndex['a'] = 0;
  67     aaIndex['r'] = 1;
  68     aaIndex['n'] = 2;
  69     aaIndex['d'] = 3;
  70     aaIndex['c'] = 4;
  71     aaIndex['q'] = 5;
  72     aaIndex['e'] = 6;
  73     aaIndex['g'] = 7;
  74     aaIndex['h'] = 8;
  75     aaIndex['i'] = 9;
  76     aaIndex['l'] = 10;
  77     aaIndex['k'] = 11;
  78     aaIndex['m'] = 12;
  79     aaIndex['f'] = 13;
  80     aaIndex['p'] = 14;
  81     aaIndex['s'] = 15;
  82     aaIndex['t'] = 16;
  83     aaIndex['w'] = 17;
  84     aaIndex['y'] = 18;
  85     aaIndex['v'] = 19;
  86     aaIndex['b'] = 20;
  87     aaIndex['z'] = 21;
  88     aaIndex['x'] = 22;
  89     aaIndex['u'] = 22;
  90   }
  91
  92   static
  93   {
  94     nucleotideIndex = new int[255];
  95     for (int i = 0; i < 255; i++)
  96       nucleotideIndex[i] = -1;
  97
  98     nucleotideIndex['A'] = 0;
  99     nucleotideIndex['a'] = 0;
 100     nucleotideIndex['C'] = 1;
 101     nucleotideIndex['c'] = 1;
 102     nucleotideIndex['G'] = 2;
 103     nucleotideIndex['g'] = 2;
 104     nucleotideIndex['T'] = 3;
 105     nucleotideIndex['t'] = 3;
 106     nucleotideIndex['U'] = 4;
 107     nucleotideIndex['u'] = 4;
 108     nucleotideIndex['I'] = 5;
 109     nucleotideIndex['i'] = 5;
 110     nucleotideIndex['X'] = 6;
 111     nucleotideIndex['x'] = 6;
 112     nucleotideIndex['R'] = 7;
 113     nucleotideIndex['r'] = 7;
 114     nucleotideIndex['Y'] = 8;
 115     nucleotideIndex['y'] = 8;
 116     nucleotideIndex['N'] = 9;
 117     nucleotideIndex['n'] = 9;
 118
 119
 120     nucleotideName.put("A", "Adenine");
 121     nucleotideName.put("a", "Adenine");
 122     nucleotideName.put("G", "Guanine");
 123     nucleotideName.put("g", "Guanine");
 124     nucleotideName.put("C", "Cytosine");
 125     nucleotideName.put("c", "Cytosine");
 126     nucleotideName.put("T", "Thymine");
 127     nucleotideName.put("t", "Thymine");
 128     nucleotideName.put("U", "Uracil");
 129     nucleotideName.put("u", "Uracil");
 130     nucleotideName.put("I", "Inosine");
 131     nucleotideName.put("i", "Inosine");
 132     nucleotideName.put("X", "Xanthine");
 133     nucleotideName.put("x", "Xanthine");
 134     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");
 135     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");
 136     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");
 137     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");
 138     nucleotideName.put("N", "Unknown");
 139     nucleotideName.put("n", "Unknown");
 140   }
 141
 142
 143   static
 144   {
 145     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));
 146     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));
 147     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));
 148     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); //D
 149     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));
 150     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); //Q
 151     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E
 152     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));
 153     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));
 154     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));
 155     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));
 156     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));
 157     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));
 158     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));
 159     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));
 160     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));
 161     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));
 162     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));
 163     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));
 164     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));
 165     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides
 166     aa3Hash.put("ASX", new Integer(20)); // "B";
 167     aa3Hash.put("GLX", new Integer(21)); // X
 168     aa3Hash.put("XAA", new Integer(22));// X unknown
 169     aa3Hash.put("-", new Integer(23));
 170     aa3Hash.put("*", new Integer(23));
 171     aa3Hash.put(".", new Integer(23));
 172     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));
 173     aa3Hash.put("Gap", new Integer(23));
 174   }
 175
 176   static
 177   {
 178     aa2Triplet.put("A", "ALA");
 179     aa2Triplet.put("a", "ALA");
 180     aa2Triplet.put("R", "ARG");
 181     aa2Triplet.put("r", "ARG");
 182     aa2Triplet.put("N", "ASN");
 183     aa2Triplet.put("n", "ASN");
 184     aa2Triplet.put("D", "ASP");
 185     aa2Triplet.put("d", "ASP");
 186     aa2Triplet.put("C", "CYS");
 187     aa2Triplet.put("c", "CYS");
 188     aa2Triplet.put("Q", "GLN");
 189     aa2Triplet.put("q", "GLN");
 190     aa2Triplet.put("E", "GLU");
 191     aa2Triplet.put("e", "GLU");
 192     aa2Triplet.put("G", "GLY");
 193     aa2Triplet.put("g", "GLY");
 194     aa2Triplet.put("H", "HIS");
 195     aa2Triplet.put("h", "HIS");
 196     aa2Triplet.put("I", "ILE");
 197     aa2Triplet.put("i", "ILE");
 198     aa2Triplet.put("L", "LEU");
 199     aa2Triplet.put("l", "LEU");
 200     aa2Triplet.put("K", "LYS");
 201     aa2Triplet.put("k", "LYS");
 202     aa2Triplet.put("M", "MET");
 203     aa2Triplet.put("m", "MET");
 204     aa2Triplet.put("F", "PHE");
 205     aa2Triplet.put("f", "PHE");
 206     aa2Triplet.put("P", "PRO");
 207     aa2Triplet.put("p", "PRO");
 208     aa2Triplet.put("S", "SER");
 209     aa2Triplet.put("s", "SER");
 210     aa2Triplet.put("T", "THR");
 211     aa2Triplet.put("t", "THR");
 212     aa2Triplet.put("W", "TRP");
 213     aa2Triplet.put("w", "TRP");
 214     aa2Triplet.put("Y", "TYR");
 215     aa2Triplet.put("y", "TYR");
 216     aa2Triplet.put("V", "VAL");
 217     aa2Triplet.put("v", "VAL");
 218   }
 219
 220   public static final String[] aa =
 221       {
 222       "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",
 223       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " "
 224   };
 225   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);
 226   public static final Vector scaleColours = new Vector();
 227
 228   static
 229   {
 230     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));
 231     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));
 232     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));
 233     scaleColours.addElement(Color.red);
 234     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));
 235     scaleColours.addElement(Color.orange);
 236     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));
 237     scaleColours.addElement(Color.yellow);
 238     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));
 239     scaleColours.addElement(Color.white);
 240   }
 241
 242   public static final Color[] taylor =
 243       {
 244       new Color(204, 255, 0), // A  Greenish-yellowy-yellow
 245       new Color(0, 0, 255), // R  Blueish-bluey-blue
 246       new Color(204, 0, 255), // N  Blueish-reddy-blue
 247       new Color(255, 0, 0), // D  Reddish-reddy-red
 248       new Color(255, 255, 0), // C  Yellowish-yellowy-yellow
 249       new Color(255, 0, 204), // Q  Reddish-bluey-red
 250       new Color(255, 0, 102), // E  Blueish-reddy-red
 251       new Color(255, 153, 0), // G  Yellowy-reddy-yellow
 252       new Color(0, 102, 255), // H  Greenish-bluey-blue
 253       new Color(102, 255, 0), // I  Greenish-yellowy-green
 254       new Color(51, 255, 0), // L  Yellowish-greeny-green
 255       new Color(102, 0, 255), // K  Reddish-bluey-blue
 256       new Color(0, 255, 0), // M  Greenish-greeny-green
 257       new Color(0, 255, 102), // F  Blueish-greeny-green
 258       new Color(255, 204, 0), // P  Reddish-yellowy-yellow
 259       new Color(255, 51, 0), // S  Yellowish-reddy-red
 260       new Color(255, 102, 0), // T  Reddish-yellowy-red
 261       new Color(0, 204, 255), // W  Blueish-greeny-green
 262       new Color(0, 255, 204), // Y  Greenish-bluey-green
 263       new Color(153, 255, 0), // V  Yellowish-greeny-yellow
 264       Color.white, // B
 265       Color.white, // Z
 266       Color.white, // X
 267       Color.white, // -
 268       Color.white, // *
 269       Color.white // .
 270   };
 271   public static final Color[] nucleotide =
 272       {
 273       new Color(100, 247, 63), // A
 274       new Color(255, 179, 64), // C
 275       new Color(235, 65, 60), // G
 276       new Color(60, 136, 238), // T
 277       new Color(60, 136, 238) // U
 278   };
 279   public static final Color[] color =
 280       {
 281       Color.pink, // A
 282       midBlue, // R
 283       Color.green, // N
 284       Color.red, // D
 285       Color.yellow, // C
 286       Color.green, // Q
 287       Color.red, // E
 288       Color.magenta, // G
 289       Color.red, // H
 290       Color.pink, // I
 291       Color.pink, // L
 292       midBlue, // K
 293       Color.pink, // M
 294       Color.orange, // F
 295       Color.magenta, // P
 296       Color.green, // S
 297       Color.green, // T
 298       Color.orange, // W
 299       Color.orange, // Y
 300       Color.pink, // V
 301       Color.white, // B
 302       Color.white, // Z
 303       Color.white, // X
 304       Color.white, // -
 305       Color.white, // *
 306       Color.white, // .
 307       Color.white // ' '
 308   };
 309
 310   // Dunno where I got these numbers from
 311   public static final double[] hyd2 =
 312       {
 313       0.62, //A
 314       0.29, //R
 315       -0.90, //N
 316       -0.74, //D
 317       1.19, //C
 318       0.48, //Q
 319       -0.40, //E
 320       1.38, //G
 321       -1.50, //H
 322       1.06, //I
 323       0.64, //L
 324       -0.78, //K
 325       0.12, //M
 326       -0.85, //F
 327       -2.53, //P
 328       -0.18, //S
 329       -0.05, //T
 330       1.08, //W
 331       0.81, //Y
 332       0.0, //V
 333       0.26, //B
 334       0.0, //Z
 335       0.0 //X
 336   };
 337   public static final double[] helix =
 338       {
 339       1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,
 340       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0
 341   };
 342   public static final double helixmin = 0.57;
 343   public static final double helixmax = 1.51;
 344   public static final double[] strand =
 345       {
 346       0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,
 347       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0
 348   };
 349   public static final double strandmin = 0.37;
 350   public static final double strandmax = 1.7;
 351   public static final double[] turn =
 352       {
 353       0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,
 354       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0, 0
 355   };
 356   public static final double turnmin = 0.47;
 357   public static final double turnmax = 1.56;
 358   public static final double[] buried =
 359       {
 360       1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,
 361       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00
 362   };
 363   public static final double buriedmin = 0.05;
 364   public static final double buriedmax = 4.6;
 365
 366   // This is hydropathy index
 367   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.
 368   // 1157, 105-132, 1982
 369   public static final double[] hyd =
 370       {
 371       1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9, 1.9,
 372       2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0
 373   };
 374   public static final double hydmax = 4.5;
 375   public static final double hydmin = -3.9;
 376
 377   //public static final double hydmax = 1.38;
 378   //public static final double hydmin = -2.53;
 379   private static final int[][] BLOSUM62 =
 380       {
 381       {
 382       4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
 383       -2, 0, -2, -1, 0, -4
 384   },
 385       {
 386       -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2,
 387       -3, -1, 0, -1, -4
 388   },
 389       {
 390       -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2, -3,
 391       3, 0, -1, -4
 392   },
 393       {
 394       -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
 395       -3, -3, 4, 1, -1, -4
 396   },
 397       {
 398       0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2,
 399       -2, -1, -3, -3, -2, -4
 400   },
 401       {
 402       -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,
 403       -2, 0, 3, -1, -4
 404   },
 405       {
 406       -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 407       -2, 1, 4, -1, -4
 408   },
 409       {
 410       0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
 411       -3, -3, -1, -2, -1, -4
 412   },
 413       {
 414       -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2, 2,
 415       -3, 0, 0, -1, -4
 416   },
 417       {
 418       -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
 419       -1, 3, -3, -3, -1, -4
 420   },
 421       {
 422       -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
 423       -1, 1, -4, -3, -1, -4
 424   },
 425       {
 426       -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 427       -2, 0, 1, -1, -4
 428   },
 429       {
 430       -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
 431       -1, 1, -3, -1, -1, -4
 432   },
 433       {
 434       -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1, 3,
 435       -1, -3, -3, -1, -4
 436   },
 437       {
 438       -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,
 439       -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4
 440   },
 441       {
 442       1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,
 443       -2, 0, 0, 0, -4
 444   },
 445       {
 446       0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
 447       -2, 0, -1, -1, 0, -4
 448   },
 449       {
 450       -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,
 451       11, 2, -3, -4, -3, -2, -4
 452   },
 453       {
 454       -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2,
 455       7, -1, -3, -2, -1, -4
 456   },
 457       {
 458       0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
 459       -1, 4, -3, -2, -1, -4
 460   },
 461       {
 462       -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4, -3,
 463       -3, 4, 1, -1, -4
 464   },
 465       {
 466       -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 467       -2, 1, 4, -1, -4
 468   },
 469       {
 470       0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,
 471       -1, -1, -1, -1, -1, -4
 472   },
 473       {
 474       -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
 475       -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1
 476   },
 477   };
 478   static final int[][] PAM250 =
 479       {
 480       {
 481       2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3, 0,
 482       0, 0, 0, -8
 483   },
 484       {
 485       -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,
 486       -2, -1, 0, -1, -8
 487   },
 488       {
 489       0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,
 490       2, 1, 0, -8
 491   },
 492       {
 493       0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4, -2,
 494       3, 3, -1, -8
 495   },
 496       {
 497       -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,
 498       -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8
 499   },
 500       {
 501       0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,
 502       -2, 1, 3, -1, -8
 503   },
 504       {
 505       0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4, -2,
 506       3, 3, -1, -8
 507   },
 508       {
 509       1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,
 510       -1, 0, 0, -1, -8
 511   },
 512       {
 513       -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,
 514       -2, 1, 2, -1, -8
 515   },
 516       {
 517       -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,
 518       -1, 4, -2, -2, -1, -8
 519   },
 520       {
 521       -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,
 522       -1, 2, -3, -3, -1, -8
 523   },
 524       {
 525       -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4, -2,
 526       1, 0, -1, -8
 527   },
 528       {
 529       -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4, -2,
 530       2, -2, -2, -1, -8
 531   },
 532       {
 533       -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0, 7,
 534       -1, -4, -5, -2, -8
 535   },
 536       {
 537       1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,
 538       -1, -1, 0, -1, -8
 539   },
 540       {
 541       1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3, -1,
 542       0, 0, 0, -8
 543   },
 544       {
 545       1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3, 0,
 546       0, -1, 0, -8
 547   },
 548       {
 549       -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5, 17,
 550       0, -6, -5, -6, -4, -8
 551   },
 552       {
 553       -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,
 554       10, -2, -3, -4, -2, -8
 555   },
 556       {
 557       0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,
 558       -2, 4, -2, -2, -1, -8
 559   },
 560       {
 561       0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3, -2,
 562       3, 2, -1, -8
 563   },
 564       {
 565       0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4, -2,
 566       2, 3, -1, -8
 567   },
 568       {
 569       0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,
 570       -2, -1, -1, -1, -1, -8
 571   },
 572       {
 573       -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
 574       -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1
 575   },
 576   };
 577   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa
 578
 579   static
 580   {
 581     ssHash.put("H", Color.magenta);
 582     ssHash.put("E", Color.yellow);
 583     ssHash.put("-", Color.white);
 584     ssHash.put(".", Color.white);
 585     ssHash.put("S", Color.cyan);
 586     ssHash.put("T", Color.blue);
 587     ssHash.put("G", Color.pink);
 588     ssHash.put("I", Color.pink);
 589     ssHash.put("B", Color.yellow);
 590   }
 591
 592   static final int[][] DNA =
 593       {
 594       {
 595       5, -4, -4, -4, 1}, // C
 596       {
 597       -4, 5, -4, -4, 1}, // T
 598       {
 599       -4, -4, 5, -4, 1}, // A
 600       {
 601       -4, -4, -4, 5, 1}, // G
 602       {
 603       1, 1, 1, 1, 1}, // -
 604   };
 605   /**
 606    * register matrices in list
 607    */
 608   static {
 609     scoreMatrices.put("BLOSUM62", new ScoreMatrix("BLOSUM62",BLOSUM62, 0));
 610     scoreMatrices.put("PAM250", new ScoreMatrix("PAM250",PAM250, 0));
 611     scoreMatrices.put("DNA", new ScoreMatrix("DNA", DNA, 1));
 612   }
 613   public static final Color[] pidColours =
 614       {
 615       midBlue, new Color(153, 153, 255),
 616       //    Color.lightGray,
 617       new Color(204, 204, 255),
 618   };
 619   public static final float[] pidThresholds =
 620       {
 621       80, 60, 40, };
 622   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();
 623   public static Vector Lys = new Vector();
 624   public static Vector Asn = new Vector();
 625   public static Vector Gln = new Vector();
 626   public static Vector His = new Vector();
 627   public static Vector Glu = new Vector();
 628   public static Vector Asp = new Vector();
 629   public static Vector Tyr = new Vector();
 630   public static Vector Thr = new Vector();
 631   public static Vector Pro = new Vector();
 632   public static Vector Ala = new Vector();
 633   public static Vector Ser = new Vector();
 634   public static Vector Arg = new Vector();
 635   public static Vector Gly = new Vector();
 636   public static Vector Trp = new Vector();
 637   public static Vector Cys = new Vector();
 638   public static Vector Ile = new Vector();
 639   public static Vector Met = new Vector();
 640   public static Vector Leu = new Vector();
 641   public static Vector Val = new Vector();
 642   public static Vector Phe = new Vector();
 643   public static Vector STOP = new Vector();
 644
 645   static
 646   {
 647     codonHash.put("K", Lys);
 648     codonHash.put("N", Asn);
 649     codonHash.put("Q", Gln);
 650     codonHash.put("H", His);
 651     codonHash.put("E", Glu);
 652     codonHash.put("D", Asp);
 653     codonHash.put("Y", Tyr);
 654     codonHash.put("T", Thr);
 655     codonHash.put("P", Pro);
 656     codonHash.put("A", Ala);
 657     codonHash.put("S", Ser);
 658     codonHash.put("R", Arg);
 659     codonHash.put("G", Gly);
 660     codonHash.put("W", Trp);
 661     codonHash.put("C", Cys);
 662     codonHash.put("I", Ile);
 663     codonHash.put("M", Met);
 664     codonHash.put("L", Leu);
 665     codonHash.put("V", Val);
 666     codonHash.put("F", Phe);
 667     codonHash.put("STOP", STOP);
 668   }
 669
 670   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();
 671
 672   static
 673   {
 674     codonHash2.put("AAA", "K");
 675     codonHash2.put("AAG", "K");
 676     codonHash2.put("AAC", "N");
 677     codonHash2.put("AAT", "N");
 678
 679     codonHash2.put("CAA", "E");
 680     codonHash2.put("CAG", "E");
 681     codonHash2.put("CAC", "H");
 682     codonHash2.put("CAT", "H");
 683
 684     codonHash2.put("GAA", "Q");
 685     codonHash2.put("GAG", "Q");
 686     codonHash2.put("GAC", "D");
 687     codonHash2.put("GAT", "D");
 688
 689     codonHash2.put("TAC", "Y");
 690     codonHash2.put("TAT", "Y");
 691
 692     codonHash2.put("ACA", "T");
 693     codonHash2.put("AAG", "T");
 694     codonHash2.put("ACC", "T");
 695     codonHash2.put("ACT", "T");
 696
 697     codonHash2.put("CCA", "P");
 698     codonHash2.put("CCG", "P");
 699     codonHash2.put("CCC", "P");
 700     codonHash2.put("CCT", "P");
 701
 702     codonHash2.put("GCA", "A");
 703     codonHash2.put("GCG", "A");
 704     codonHash2.put("GCC", "A");
 705     codonHash2.put("GCT", "A");
 706
 707     codonHash2.put("TCA", "S");
 708     codonHash2.put("TCG", "S");
 709     codonHash2.put("TCC", "S");
 710     codonHash2.put("TCT", "S");
 711     codonHash2.put("AGC", "S");
 712     codonHash2.put("AGT", "S");
 713
 714     codonHash2.put("AGA", "R");
 715     codonHash2.put("AGG", "R");
 716     codonHash2.put("CGA", "R");
 717     codonHash2.put("CGG", "R");
 718     codonHash2.put("CGC", "R");
 719     codonHash2.put("CGT", "R");
 720
 721     codonHash2.put("GGA", "G");
 722     codonHash2.put("GGG", "G");
 723     codonHash2.put("GGC", "G");
 724     codonHash2.put("GGT", "G");
 725
 726     codonHash2.put("TGA", "*");
 727     codonHash2.put("TAA", "*");
 728     codonHash2.put("TAG", "*");
 729
 730     codonHash2.put("TGG", "W");
 731
 732     codonHash2.put("TGC", "C");
 733     codonHash2.put("TGT", "C");
 734
 735     codonHash2.put("ATA", "I");
 736     codonHash2.put("ATC", "I");
 737     codonHash2.put("ATT", "I");
 738
 739     codonHash2.put("ATG", "M");
 740
 741     codonHash2.put("CTA", "L");
 742     codonHash2.put("CTG", "L");
 743     codonHash2.put("CTC", "L");
 744     codonHash2.put("CTT", "L");
 745     codonHash2.put("TTA", "L");
 746     codonHash2.put("TTG", "L");
 747
 748     codonHash2.put("GTA", "V");
 749     codonHash2.put("GTG", "V");
 750     codonHash2.put("GTC", "V");
 751     codonHash2.put("GTT", "V");
 752
 753     codonHash2.put("TTC", "F");
 754     codonHash2.put("TTT", "F");
 755   }
 756
 757   static
 758   {
 759     Lys.addElement("AAA");
 760     Lys.addElement("AAG");
 761     Asn.addElement("AAC");
 762     Asn.addElement("AAT");
 763
 764     Gln.addElement("CAA");
 765     Gln.addElement("CAG");
 766     His.addElement("CAC");
 767     His.addElement("CAT");
 768
 769     Glu.addElement("GAA");
 770     Glu.addElement("GAG");
 771     Asp.addElement("GAC");
 772     Asp.addElement("GAT");
 773
 774     Tyr.addElement("TAC");
 775     Tyr.addElement("TAT");
 776
 777     Thr.addElement("ACA");
 778     Thr.addElement("ACG");
 779     Thr.addElement("ACC");
 780     Thr.addElement("ACT");
 781
 782     Pro.addElement("CCA");
 783     Pro.addElement("CCG");
 784     Pro.addElement("CCC");
 785     Pro.addElement("CCT");
 786
 787     Ala.addElement("GCA");
 788     Ala.addElement("GCG");
 789     Ala.addElement("GCC");
 790     Ala.addElement("GCT");
 791
 792     Ser.addElement("TCA");
 793     Ser.addElement("TCG");
 794     Ser.addElement("TCC");
 795     Ser.addElement("TCT");
 796     Ser.addElement("AGC");
 797     Ser.addElement("AGT");
 798
 799     Arg.addElement("AGA");
 800     Arg.addElement("AGG");
 801     Arg.addElement("CGA");
 802     Arg.addElement("CGG");
 803     Arg.addElement("CGC");
 804     Arg.addElement("CGT");
 805
 806     Gly.addElement("GGA");
 807     Gly.addElement("GGG");
 808     Gly.addElement("GGC");
 809     Gly.addElement("GGT");
 810
 811     STOP.addElement("TGA");
 812     STOP.addElement("TAA");
 813     STOP.addElement("TAG");
 814
 815     Trp.addElement("TGG");
 816
 817     Cys.addElement("TGC");
 818     Cys.addElement("TGT");
 819
 820     Ile.addElement("ATA");
 821     Ile.addElement("ATC");
 822     Ile.addElement("ATT");
 823
 824     Met.addElement("ATG");
 825
 826     Leu.addElement("CTA");
 827     Leu.addElement("CTG");
 828     Leu.addElement("CTC");
 829     Leu.addElement("CTT");
 830     Leu.addElement("TTA");
 831     Leu.addElement("TTG");
 832
 833     Val.addElement("GTA");
 834     Val.addElement("GTG");
 835     Val.addElement("GTC");
 836     Val.addElement("GTT");
 837
 838     Phe.addElement("TTC");
 839     Phe.addElement("TTT");
 840   }
 841
 842
 843   //Stores residue codes/names and colours and other things
 844   public static Hashtable propHash = new Hashtable();
 845   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();
 846   public static Hashtable polar = new Hashtable();
 847   public static Hashtable small = new Hashtable();
 848   public static Hashtable positive = new Hashtable();
 849   public static Hashtable negative = new Hashtable();
 850   public static Hashtable charged = new Hashtable();
 851   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();
 852   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();
 853   public static Hashtable tiny = new Hashtable();
 854   public static Hashtable proline = new Hashtable();
 855
 856   static
 857   {
 858     hydrophobic.put("I", new Integer(1));
 859     hydrophobic.put("L", new Integer(1));
 860     hydrophobic.put("V", new Integer(1));
 861     hydrophobic.put("C", new Integer(1));
 862     hydrophobic.put("A", new Integer(1));
 863     hydrophobic.put("G", new Integer(1));
 864     hydrophobic.put("M", new Integer(1));
 865     hydrophobic.put("F", new Integer(1));
 866     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));
 867     hydrophobic.put("W", new Integer(1));
 868     hydrophobic.put("H", new Integer(1));
 869     hydrophobic.put("K", new Integer(1));
 870     hydrophobic.put("X", new Integer(1));
 871     hydrophobic.put("-", new Integer(1));
 872     hydrophobic.put("*", new Integer(1));
 873     hydrophobic.put("R", new Integer(0));
 874     hydrophobic.put("E", new Integer(0));
 875     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));
 876     hydrophobic.put("D", new Integer(0));
 877     hydrophobic.put("N", new Integer(0));
 878     hydrophobic.put("S", new Integer(0));
 879     hydrophobic.put("T", new Integer(0));
 880     hydrophobic.put("P", new Integer(0));
 881   }
 882
 883   static
 884   {
 885     polar.put("Y", new Integer(1));
 886     polar.put("W", new Integer(1));
 887     polar.put("H", new Integer(1));
 888     polar.put("K", new Integer(1));
 889     polar.put("R", new Integer(1));
 890     polar.put("E", new Integer(1));
 891     polar.put("Q", new Integer(1));
 892     polar.put("D", new Integer(1));
 893     polar.put("N", new Integer(1));
 894     polar.put("S", new Integer(1));
 895     polar.put("T", new Integer(1));
 896     polar.put("X", new Integer(1));
 897     polar.put("-", new Integer(1));
 898     polar.put("*", new Integer(1));
 899     polar.put("I", new Integer(0));
 900     polar.put("L", new Integer(0));
 901     polar.put("V", new Integer(0));
 902     polar.put("C", new Integer(0));
 903     polar.put("A", new Integer(0));
 904     polar.put("G", new Integer(0));
 905     polar.put("M", new Integer(0));
 906     polar.put("F", new Integer(0));
 907     polar.put("P", new Integer(0));
 908   }
 909
 910   static
 911   {
 912     small.put("I", new Integer(0));
 913     small.put("L", new Integer(0));
 914     small.put("V", new Integer(1));
 915     small.put("C", new Integer(1));
 916     small.put("A", new Integer(1));
 917     small.put("G", new Integer(1));
 918     small.put("M", new Integer(0));
 919     small.put("F", new Integer(0));
 920     small.put("Y", new Integer(0));
 921     small.put("W", new Integer(0));
 922     small.put("H", new Integer(0));
 923     small.put("K", new Integer(0));
 924     small.put("R", new Integer(0));
 925     small.put("E", new Integer(0));
 926     small.put("Q", new Integer(0));
 927     small.put("D", new Integer(1));
 928     small.put("N", new Integer(1));
 929     small.put("S", new Integer(1));
 930     small.put("T", new Integer(1));
 931     small.put("P", new Integer(1));
 932     small.put("-", new Integer(1));
 933     small.put("*", new Integer(1));
 934   }
 935
 936   static
 937   {
 938     positive.put("I", new Integer(0));
 939     positive.put("L", new Integer(0));
 940     positive.put("V", new Integer(0));
 941     positive.put("C", new Integer(0));
 942     positive.put("A", new Integer(0));
 943     positive.put("G", new Integer(0));
 944     positive.put("M", new Integer(0));
 945     positive.put("F", new Integer(0));
 946     positive.put("Y", new Integer(0));
 947     positive.put("W", new Integer(0));
 948     positive.put("H", new Integer(1));
 949     positive.put("K", new Integer(1));
 950     positive.put("R", new Integer(1));
 951     positive.put("E", new Integer(0));
 952     positive.put("Q", new Integer(0));
 953     positive.put("D", new Integer(0));
 954     positive.put("N", new Integer(0));
 955     positive.put("S", new Integer(0));
 956     positive.put("T", new Integer(0));
 957     positive.put("P", new Integer(0));
 958     positive.put("-", new Integer(1));
 959     positive.put("*", new Integer(1));
 960   }
 961
 962   static
 963   {
 964     negative.put("I", new Integer(0));
 965     negative.put("L", new Integer(0));
 966     negative.put("V", new Integer(0));
 967     negative.put("C", new Integer(0));
 968     negative.put("A", new Integer(0));
 969     negative.put("G", new Integer(0));
 970     negative.put("M", new Integer(0));
 971     negative.put("F", new Integer(0));
 972     negative.put("Y", new Integer(0));
 973     negative.put("W", new Integer(0));
 974     negative.put("H", new Integer(0));
 975     negative.put("K", new Integer(0));
 976     negative.put("R", new Integer(0));
 977     negative.put("E", new Integer(1));
 978     negative.put("Q", new Integer(0));
 979     negative.put("D", new Integer(1));
 980     negative.put("N", new Integer(0));
 981     negative.put("S", new Integer(0));
 982     negative.put("T", new Integer(0));
 983     negative.put("P", new Integer(0));
 984     negative.put("-", new Integer(1));
 985     negative.put("*", new Integer(1));
 986   }
 987
 988   static
 989   {
 990     charged.put("I", new Integer(0));
 991     charged.put("L", new Integer(0));
 992     charged.put("V", new Integer(0));
 993     charged.put("C", new Integer(0));
 994     charged.put("A", new Integer(0));
 995     charged.put("G", new Integer(0));
 996     charged.put("M", new Integer(0));
 997     charged.put("F", new Integer(0));
 998     charged.put("Y", new Integer(0));
 999     charged.put("W", new Integer(0));
1000     charged.put("H", new Integer(1));
1001     charged.put("K", new Integer(1));
1002     charged.put("R", new Integer(1));
1003     charged.put("E", new Integer(1));
1004     charged.put("Q", new Integer(0));
1005     charged.put("D", new Integer(1));
1006     charged.put("N", new Integer(1));
1007     charged.put("S", new Integer(0));
1008     charged.put("T", new Integer(0));
1009     charged.put("P", new Integer(0));
1010     charged.put("-", new Integer(1));
1011     charged.put("*", new Integer(1));
1012   }
1013
1014   static
1015   {
1016     aromatic.put("I", new Integer(0));
1017     aromatic.put("L", new Integer(0));
1018     aromatic.put("V", new Integer(0));
1019     aromatic.put("C", new Integer(0));
1020     aromatic.put("A", new Integer(0));
1021     aromatic.put("G", new Integer(0));
1022     aromatic.put("M", new Integer(0));
1023     aromatic.put("F", new Integer(1));
1024     aromatic.put("Y", new Integer(1));
1025     aromatic.put("W", new Integer(1));
1026     aromatic.put("H", new Integer(1));
1027     aromatic.put("K", new Integer(0));
1028     aromatic.put("R", new Integer(0));
1029     aromatic.put("E", new Integer(0));
1030     aromatic.put("Q", new Integer(0));
1031     aromatic.put("D", new Integer(0));
1032     aromatic.put("N", new Integer(0));
1033     aromatic.put("S", new Integer(0));
1034     aromatic.put("T", new Integer(0));
1035     aromatic.put("P", new Integer(0));
1036     aromatic.put("-", new Integer(1));
1037     aromatic.put("*", new Integer(1));
1038   }
1039
1040   static
1041   {
1042     aliphatic.put("I", new Integer(1));
1043     aliphatic.put("L", new Integer(1));
1044     aliphatic.put("V", new Integer(1));
1045     aliphatic.put("C", new Integer(0));
1046     aliphatic.put("A", new Integer(0));
1047     aliphatic.put("G", new Integer(0));
1048     aliphatic.put("M", new Integer(0));
1049     aliphatic.put("F", new Integer(0));
1050     aliphatic.put("Y", new Integer(0));
1051     aliphatic.put("W", new Integer(0));
1052     aliphatic.put("H", new Integer(0));
1053     aliphatic.put("K", new Integer(0));
1054     aliphatic.put("R", new Integer(0));
1055     aliphatic.put("E", new Integer(0));
1056     aliphatic.put("Q", new Integer(0));
1057     aliphatic.put("D", new Integer(0));
1058     aliphatic.put("N", new Integer(0));
1059     aliphatic.put("S", new Integer(0));
1060     aliphatic.put("T", new Integer(0));
1061     aliphatic.put("P", new Integer(0));
1062     aliphatic.put("-", new Integer(1));
1063     aliphatic.put("*", new Integer(1));
1064   }
1065
1066   static
1067   {
1068     tiny.put("I", new Integer(0));
1069     tiny.put("L", new Integer(0));
1070     tiny.put("V", new Integer(0));
1071     tiny.put("C", new Integer(0));
1072     tiny.put("A", new Integer(1));
1073     tiny.put("G", new Integer(1));
1074     tiny.put("M", new Integer(0));
1075     tiny.put("F", new Integer(0));
1076     tiny.put("Y", new Integer(0));
1077     tiny.put("W", new Integer(0));
1078     tiny.put("H", new Integer(0));
1079     tiny.put("K", new Integer(0));
1080     tiny.put("R", new Integer(0));
1081     tiny.put("E", new Integer(0));
1082     tiny.put("Q", new Integer(0));
1083     tiny.put("D", new Integer(0));
1084     tiny.put("N", new Integer(0));
1085     tiny.put("S", new Integer(1));
1086     tiny.put("T", new Integer(0));
1087     tiny.put("P", new Integer(0));
1088     tiny.put("-", new Integer(1));
1089     tiny.put("*", new Integer(1));
1090   }
1091
1092   static
1093   {
1094     proline.put("I", new Integer(0));
1095     proline.put("L", new Integer(0));
1096     proline.put("V", new Integer(0));
1097     proline.put("C", new Integer(0));
1098     proline.put("A", new Integer(0));
1099     proline.put("G", new Integer(0));
1100     proline.put("M", new Integer(0));
1101     proline.put("F", new Integer(0));
1102     proline.put("Y", new Integer(0));
1103     proline.put("W", new Integer(0));
1104     proline.put("H", new Integer(0));
1105     proline.put("K", new Integer(0));
1106     proline.put("R", new Integer(0));
1107     proline.put("E", new Integer(0));
1108     proline.put("Q", new Integer(0));
1109     proline.put("D", new Integer(0));
1110     proline.put("N", new Integer(0));
1111     proline.put("S", new Integer(0));
1112     proline.put("T", new Integer(0));
1113     proline.put("P", new Integer(1));
1114     proline.put("-", new Integer(1));
1115     proline.put("*", new Integer(1));
1116   }
1117
1118   static
1119   {
1120     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);
1121     propHash.put("small", small);
1122     propHash.put("positive", positive);
1123     propHash.put("negative", negative);
1124     propHash.put("charged", charged);
1125     propHash.put("aromatic", aromatic);
1126     propHash.put("aliphatic", aliphatic);
1127     propHash.put("tiny", tiny);
1128     propHash.put("proline", proline);
1129     propHash.put("polar", polar);
1130   }
1131
1132   private ResidueProperties()
1133   {
1134   }
1135
1136   public static double getHydmax()
1137   {
1138     return hydmax;
1139   }
1140
1141   public static double getHydmin()
1142   {
1143     return hydmin;
1144   }
1145
1146   public static double[] getHyd()
1147   {
1148     return hyd;
1149   }
1150
1151   public static Hashtable getAA3Hash()
1152   {
1153     return aa3Hash;
1154   }
1155
1156   public static int[][] getDNA()
1157   {
1158     return ResidueProperties.DNA;
1159   }
1160
1161   public static int[][] getBLOSUM62()
1162   {
1163     return ResidueProperties.BLOSUM62;
1164   }
1165
1166   public static int getPAM250(String A1, String A2)
1167   {
1168     int a = aaIndex[A1.charAt(0)];
1169     int b = aaIndex[A2.charAt(0)];
1170
1171     int pog = ResidueProperties.PAM250[a][b];
1172
1173     return pog;
1174   }
1175
1176   public static int getBLOSUM62(char c1, char c2)
1177   {
1178     int pog = 0;
1179
1180     try
1181     {
1182       int a = aaIndex[c1];
1183       int b = aaIndex[c2];
1184
1185       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[a][b];
1186     }
1187     catch (Exception e)
1188     {
1189       //System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);
1190     }
1191
1192     return pog;
1193   }
1194
1195   public static Vector getCodons(String res)
1196   {
1197     if (codonHash.containsKey(res))
1198     {
1199       return (Vector) codonHash.get(res);
1200     }
1201
1202     return null;
1203   }
1204
1205   public static String codonTranslate(String codon)
1206   {
1207     Enumeration e = codonHash.keys();
1208
1209     while (e.hasMoreElements())
1210     {
1211       String key = (String) e.nextElement();
1212       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);
1213
1214       if (tmp.contains(codon.toUpperCase()))
1215       {
1216         return key;
1217       }
1218     }
1219
1220     return null;
1221   }
1222
1223   public static int[][] getDefaultPeptideMatrix() {
1224     return ResidueProperties.getBLOSUM62();
1225   }
1226   public static int[][] getDefaultDnaMatrix() {
1227     return ResidueProperties.getDNA();
1228   }
1229
1230   /**
1231    * get a ScoreMatrix based on its string name
1232    * @param pwtype
1233    * @return matrix in scoreMatrices with key pwtype or null
1234    */
1235   public static ScoreMatrix getScoreMatrix(String pwtype) {
1236     Object val=scoreMatrices.get(pwtype);
1237     if (val!=null)
1238       return (ScoreMatrix) val;
1239     return null;
1240   }
1241 }