src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.Color;\r
  22 \r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 public class ResidueProperties {\r
  27     //Stores residue codes/names and colours and other things\r
  28     public static Hashtable aaHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa\r
  29     public static Hashtable aa3Hash = new Hashtable();\r
  30     public static Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();\r
  31     public static Hashtable nucleotideHash = new Hashtable();\r
  32 \r
  33     static {\r
  34         aaHash.put("A", new Integer(0));\r
  35         aaHash.put("R", new Integer(1));\r
  36         aaHash.put("N", new Integer(2));\r
  37         aaHash.put("D", new Integer(3));\r
  38         aaHash.put("C", new Integer(4));\r
  39         aaHash.put("Q", new Integer(5));\r
  40         aaHash.put("E", new Integer(6));\r
  41         aaHash.put("G", new Integer(7));\r
  42         aaHash.put("H", new Integer(8));\r
  43         aaHash.put("I", new Integer(9));\r
  44         aaHash.put("L", new Integer(10));\r
  45         aaHash.put("K", new Integer(11));\r
  46         aaHash.put("M", new Integer(12));\r
  47         aaHash.put("F", new Integer(13));\r
  48         aaHash.put("P", new Integer(14));\r
  49         aaHash.put("S", new Integer(15));\r
  50         aaHash.put("T", new Integer(16));\r
  51         aaHash.put("W", new Integer(17));\r
  52         aaHash.put("Y", new Integer(18));\r
  53         aaHash.put("V", new Integer(19));\r
  54         aaHash.put("B", new Integer(20));\r
  55         aaHash.put("Z", new Integer(21));\r
  56         aaHash.put("X", new Integer(22));\r
  57         aaHash.put("a", new Integer(0));\r
  58         aaHash.put("r", new Integer(1));\r
  59         aaHash.put("n", new Integer(2));\r
  60         aaHash.put("d", new Integer(3));\r
  61         aaHash.put("c", new Integer(4));\r
  62         aaHash.put("q", new Integer(5));\r
  63         aaHash.put("e", new Integer(6));\r
  64         aaHash.put("g", new Integer(7));\r
  65         aaHash.put("h", new Integer(8));\r
  66         aaHash.put("i", new Integer(9));\r
  67         aaHash.put("l", new Integer(10));\r
  68         aaHash.put("k", new Integer(11));\r
  69         aaHash.put("m", new Integer(12));\r
  70         aaHash.put("f", new Integer(13));\r
  71         aaHash.put("p", new Integer(14));\r
  72         aaHash.put("s", new Integer(15));\r
  73         aaHash.put("t", new Integer(16));\r
  74         aaHash.put("w", new Integer(17));\r
  75         aaHash.put("y", new Integer(18));\r
  76         aaHash.put("v", new Integer(19));\r
  77         aaHash.put("b", new Integer(20));\r
  78         aaHash.put("z", new Integer(21));\r
  79         aaHash.put("x", new Integer(22));\r
  80         aaHash.put("-", new Integer(23));\r
  81         aaHash.put("*", new Integer(23));\r
  82         aaHash.put(".", new Integer(23));\r
  83         aaHash.put(" ", new Integer(23));\r
  84     }\r
  85 \r
  86     static {\r
  87         nucleotideHash.put("A", new Integer(0));\r
  88         nucleotideHash.put("C", new Integer(1));\r
  89         nucleotideHash.put("G", new Integer(2));\r
  90         nucleotideHash.put("T", new Integer(3));\r
  91         nucleotideHash.put("U", new Integer(4));\r
  92     }\r
  93 \r
  94     // These numbers should correspond to the indices in the Color hashes\r
  95     public static Hashtable aaSpecialsHash = new Hashtable();\r
  96 \r
  97     static {\r
  98         aaSpecialsHash.put("-", new Integer(23));\r
  99         aaSpecialsHash.put("*", new Integer(24));\r
 100         aaSpecialsHash.put(".", new Integer(25));\r
 101         aaSpecialsHash.put(" ", new Integer(26));\r
 102     }\r
 103 \r
 104     static {\r
 105         aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));\r
 106         aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));\r
 107         aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));\r
 108         aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); //D\r
 109         aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));\r
 110         aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); //Q\r
 111         aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E\r
 112         aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));\r
 113         aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));\r
 114         aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));\r
 115         aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));\r
 116         aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));\r
 117         aa3Hash.put("MET", new Integer(12));\r
 118         aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));\r
 119         aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));\r
 120         aa3Hash.put("SER", new Integer(15));\r
 121         aa3Hash.put("THR", new Integer(16));\r
 122         aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));\r
 123         aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));\r
 124         aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));\r
 125         aa3Hash.put("B", new Integer(20));\r
 126         aa3Hash.put("Z", new Integer(21));\r
 127         aa3Hash.put("X", new Integer(22));\r
 128         aa3Hash.put("-", new Integer(23));\r
 129         aa3Hash.put("*", new Integer(23));\r
 130         aa3Hash.put(".", new Integer(23));\r
 131         aa3Hash.put(" ", new Integer(23));\r
 132     }\r
 133 \r
 134     static {\r
 135         aa2Triplet.put("A", "ALA");\r
 136         aa2Triplet.put("R", "ARG");\r
 137         aa2Triplet.put("N", "ASN");\r
 138         aa2Triplet.put("D", "ASP");\r
 139         aa2Triplet.put("C", "CYS");\r
 140         aa2Triplet.put("Q", "GLN");\r
 141         aa2Triplet.put("E", "GLU");\r
 142         aa2Triplet.put("G", "GLY");\r
 143         aa2Triplet.put("H", "HIS");\r
 144         aa2Triplet.put("I", "ILE");\r
 145         aa2Triplet.put("L", "LEU");\r
 146         aa2Triplet.put("K", "LYS");\r
 147         aa2Triplet.put("M", "MET");\r
 148         aa2Triplet.put("F", "PHE");\r
 149         aa2Triplet.put("P", "PRO");\r
 150         aa2Triplet.put("S", "SER");\r
 151         aa2Triplet.put("T", "THR");\r
 152         aa2Triplet.put("W", "TRP");\r
 153         aa2Triplet.put("Y", "TYR");\r
 154         aa2Triplet.put("V", "VAL");\r
 155     }\r
 156 \r
 157     public static String[] aa = {\r
 158         "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",\r
 159         "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " "\r
 160     };\r
 161     public static Color midBlue = new Color(100, 100, 255);\r
 162     public static Vector scaleColours = new Vector();\r
 163 \r
 164     static {\r
 165         scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));\r
 166         scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));\r
 167         scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));\r
 168         scaleColours.addElement(Color.red);\r
 169         scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));\r
 170         scaleColours.addElement(Color.orange);\r
 171         scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));\r
 172         scaleColours.addElement(Color.yellow);\r
 173         scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));\r
 174         scaleColours.addElement(Color.white);\r
 175     }\r
 176 \r
 177     public static Color[] taylor = {\r
 178         new Color(204, 255, 0), // A  Greenish-yellowy-yellow\r
 179         new Color(0, 0, 255), // R  Blueish-bluey-blue\r
 180         new Color(204, 0, 255), // N  Blueish-reddy-blue\r
 181         new Color(255, 0, 0), // D  Reddish-reddy-red\r
 182         new Color(255, 255, 0), // C  Yellowish-yellowy-yellow\r
 183         new Color(255, 0, 204), // Q  Reddish-bluey-red\r
 184         new Color(255, 0, 102), // E  Blueish-reddy-red\r
 185         new Color(255, 153, 0), // G  Yellowy-reddy-yellow\r
 186         new Color(0, 102, 255), // H  Greenish-bluey-blue\r
 187         new Color(102, 255, 0), // I  Greenish-yellowy-green\r
 188         new Color(51, 255, 0), // L  Yellowish-greeny-green\r
 189         new Color(102, 0, 255), // K  Reddish-bluey-blue\r
 190         new Color(0, 255, 0), // M  Greenish-greeny-green\r
 191         new Color(0, 255, 102), // F  Blueish-greeny-green\r
 192         new Color(255, 204, 0), // P  Reddish-yellowy-yellow\r
 193         new Color(255, 51, 0), // S  Yellowish-reddy-red\r
 194         new Color(255, 102, 0), // T  Reddish-yellowy-red\r
 195         new Color(0, 204, 255), // W  Blueish-greeny-green\r
 196         new Color(0, 255, 204), // Y  Greenish-bluey-green\r
 197         new Color(153, 255, 0), // V  Yellowish-greeny-yellow\r
 198         Color.white, // B\r
 199         Color.white, // Z\r
 200         Color.white, // X\r
 201         Color.white, // -\r
 202         Color.white, // *\r
 203         Color.white // .\r
 204     };\r
 205     public static Color[] nucleotide = {\r
 206         new Color(100, 247, 63), // A\r
 207         new Color(255, 179, 64), // C\r
 208         new Color(235, 65, 60), // G\r
 209         new Color(60, 136, 238), // T\r
 210         new Color(60, 136, 238) // U\r
 211     };\r
 212     public static Color[] color = {\r
 213         Color.pink, // A\r
 214         midBlue, // R\r
 215         Color.green, // N\r
 216         Color.red, // D\r
 217         Color.yellow, // C\r
 218         Color.green, // Q\r
 219         Color.red, // E\r
 220         Color.magenta, // G\r
 221         Color.red, // H\r
 222         Color.pink, // I\r
 223         Color.pink, // L\r
 224         midBlue, // K\r
 225         Color.pink, // M\r
 226         Color.orange, // F\r
 227         Color.magenta, // P\r
 228         Color.green, // S\r
 229         Color.green, // T\r
 230         Color.orange, // W\r
 231         Color.orange, // Y\r
 232         Color.pink, // V\r
 233         Color.white, // B\r
 234         Color.white, // Z\r
 235         Color.white, // X\r
 236         Color.white, // -\r
 237         Color.white, // *\r
 238         Color.white, // .\r
 239         Color.white // ' '\r
 240     };\r
 241 \r
 242     // Dunno where I got these numbers from\r
 243     public static double[] hyd2 = {\r
 244         0.62, //A\r
 245         0.29, //R\r
 246         -0.90, //N\r
 247         -0.74, //D\r
 248         1.19, //C\r
 249         0.48, //Q\r
 250         -0.40, //E\r
 251         1.38, //G\r
 252         -1.50, //H\r
 253         1.06, //I\r
 254         0.64, //L\r
 255         -0.78, //K\r
 256         0.12, //M\r
 257         -0.85, //F\r
 258         -2.53, //P\r
 259         -0.18, //S\r
 260         -0.05, //T\r
 261         1.08, //W\r
 262         0.81, //Y\r
 263         0.0, //V\r
 264         0.26, //B\r
 265         0.0, //Z\r
 266         0.0 //X\r
 267     };\r
 268     public static double[] helix = {\r
 269         1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,\r
 270         1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0\r
 271     };\r
 272     public static double helixmin = 0.57;\r
 273     public static double helixmax = 1.51;\r
 274     public static double[] strand = {\r
 275         0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,\r
 276         1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0\r
 277     };\r
 278     public static double strandmin = 0.37;\r
 279     public static double strandmax = 1.7;\r
 280     public static double[] turn = {\r
 281         0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,\r
 282         0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0, 0\r
 283     };\r
 284     public static double turnmin = 0.47;\r
 285     public static double turnmax = 1.56;\r
 286     public static double[] buried = {\r
 287         1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,\r
 288         0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00\r
 289     };\r
 290     public static double buriedmin = 0.05;\r
 291     public static double buriedmax = 4.6;\r
 292 \r
 293     // This is hydropathy index\r
 294     // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.\r
 295     // 1157, 105-132, 1982\r
 296     public static double[] hyd = {\r
 297         1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9, 1.9,\r
 298         2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0\r
 299     };\r
 300     public static final double hydmax = 4.5;\r
 301     public static final double hydmin = -3.9;\r
 302 \r
 303     //public static final double hydmax = 1.38;\r
 304     //public static final double hydmin = -2.53;\r
 305     static final int[][] BLOSUM62 = {\r
 306         {\r
 307             4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,\r
 308             -2, 0, -2, -1, 0, -4\r
 309         },\r
 310         {\r
 311             -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2,\r
 312             -3, -1, 0, -1, -4\r
 313         },\r
 314         {\r
 315             -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2, -3,\r
 316             3, 0, -1, -4\r
 317         },\r
 318         {\r
 319             -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,\r
 320             -3, -3, 4, 1, -1, -4\r
 321         },\r
 322         {\r
 323             0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2,\r
 324             -2, -1, -3, -3, -2, -4\r
 325         },\r
 326         {\r
 327             -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,\r
 328             -2, 0, 3, -1, -4\r
 329         },\r
 330         {\r
 331             -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 332             -2, 1, 4, -1, -4\r
 333         },\r
 334         {\r
 335             0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,\r
 336             -3, -3, -1, -2, -1, -4\r
 337         },\r
 338         {\r
 339             -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2, 2,\r
 340             -3, 0, 0, -1, -4\r
 341         },\r
 342         {\r
 343             -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,\r
 344             -1, 3, -3, -3, -1, -4\r
 345         },\r
 346         {\r
 347             -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,\r
 348             -1, 1, -4, -3, -1, -4\r
 349         },\r
 350         {\r
 351             -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 352             -2, 0, 1, -1, -4\r
 353         },\r
 354         {\r
 355             -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,\r
 356             -1, 1, -3, -1, -1, -4\r
 357         },\r
 358         {\r
 359             -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1, 3,\r
 360             -1, -3, -3, -1, -4\r
 361         },\r
 362         {\r
 363             -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,\r
 364             -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4\r
 365         },\r
 366         {\r
 367             1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,\r
 368             -2, 0, 0, 0, -4\r
 369         },\r
 370         {\r
 371             0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,\r
 372             -2, 0, -1, -1, 0, -4\r
 373         },\r
 374         {\r
 375             -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,\r
 376             11, 2, -3, -4, -3, -2, -4\r
 377         },\r
 378         {\r
 379             -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2,\r
 380             7, -1, -3, -2, -1, -4\r
 381         },\r
 382         {\r
 383             0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,\r
 384             -1, 4, -3, -2, -1, -4\r
 385         },\r
 386         {\r
 387             -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4, -3,\r
 388             -3, 4, 1, -1, -4\r
 389         },\r
 390         {\r
 391             -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 392             -2, 1, 4, -1, -4\r
 393         },\r
 394         {\r
 395             0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,\r
 396             -1, -1, -1, -1, -1, -4\r
 397         },\r
 398         {\r
 399             -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,\r
 400             -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1\r
 401         },\r
 402     };\r
 403     static final int[][] PAM250 = {\r
 404         {\r
 405             2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3, 0,\r
 406             0, 0, 0, -8\r
 407         },\r
 408         {\r
 409             -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,\r
 410             -2, -1, 0, -1, -8\r
 411         },\r
 412         {\r
 413             0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,\r
 414             2, 1, 0, -8\r
 415         },\r
 416         {\r
 417             0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
 418             3, 3, -1, -8\r
 419         },\r
 420         {\r
 421             -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,\r
 422             -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8\r
 423         },\r
 424         {\r
 425             0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,\r
 426             -2, 1, 3, -1, -8\r
 427         },\r
 428         {\r
 429             0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
 430             3, 3, -1, -8\r
 431         },\r
 432         {\r
 433             1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,\r
 434             -1, 0, 0, -1, -8\r
 435         },\r
 436         {\r
 437             -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,\r
 438             -2, 1, 2, -1, -8\r
 439         },\r
 440         {\r
 441             -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,\r
 442             -1, 4, -2, -2, -1, -8\r
 443         },\r
 444         {\r
 445             -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,\r
 446             -1, 2, -3, -3, -1, -8\r
 447         },\r
 448         {\r
 449             -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4, -2,\r
 450             1, 0, -1, -8\r
 451         },\r
 452         {\r
 453             -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4, -2,\r
 454             2, -2, -2, -1, -8\r
 455         },\r
 456         {\r
 457             -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0, 7,\r
 458             -1, -4, -5, -2, -8\r
 459         },\r
 460         {\r
 461             1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,\r
 462             -1, -1, 0, -1, -8\r
 463         },\r
 464         {\r
 465             1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3, -1,\r
 466             0, 0, 0, -8\r
 467         },\r
 468         {\r
 469             1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3, 0,\r
 470             0, -1, 0, -8\r
 471         },\r
 472         {\r
 473             -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5, 17,\r
 474             0, -6, -5, -6, -4, -8\r
 475         },\r
 476         {\r
 477             -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,\r
 478             10, -2, -3, -4, -2, -8\r
 479         },\r
 480         {\r
 481             0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,\r
 482             -2, 4, -2, -2, -1, -8\r
 483         },\r
 484         {\r
 485             0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3, -2,\r
 486             3, 2, -1, -8\r
 487         },\r
 488         {\r
 489             0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4, -2,\r
 490             2, 3, -1, -8\r
 491         },\r
 492         {\r
 493             0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,\r
 494             -2, -1, -1, -1, -1, -8\r
 495         },\r
 496         {\r
 497             -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,\r
 498             -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1\r
 499         },\r
 500     };\r
 501     public static Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa\r
 502 \r
 503     static {\r
 504         ssHash.put("H", Color.magenta);\r
 505         ssHash.put("E", Color.yellow);\r
 506         ssHash.put("-", Color.white);\r
 507         ssHash.put(".", Color.white);\r
 508         ssHash.put("S", Color.cyan);\r
 509         ssHash.put("T", Color.blue);\r
 510         ssHash.put("G", Color.pink);\r
 511         ssHash.put("I", Color.pink);\r
 512         ssHash.put("B", Color.yellow);\r
 513     }\r
 514 \r
 515     static final int[][] DNA = {\r
 516         { 5, -4, -4, -4, 1 }, // C\r
 517         { -4, 5, -4, -4, 1 }, // T\r
 518         { -4, -4, 5, -4, 1 }, // A\r
 519         { -4, -4, -4, 5, 1 }, // G\r
 520         { 1, 1, 1, 1, 1 }, // -\r
 521     };\r
 522     public static Color[] pidColours = {\r
 523         midBlue, new Color(153, 153, 255), \r
 524         //    Color.lightGray,\r
 525         new Color(204, 204, 255),\r
 526     };\r
 527     public static float[] pidThresholds = { 80, 60, 40, };\r
 528     public static Hashtable codonHash = new Hashtable();\r
 529     public static Vector Lys = new Vector();\r
 530     public static Vector Asn = new Vector();\r
 531     public static Vector Gln = new Vector();\r
 532     public static Vector His = new Vector();\r
 533     public static Vector Glu = new Vector();\r
 534     public static Vector Asp = new Vector();\r
 535     public static Vector Tyr = new Vector();\r
 536     public static Vector Thr = new Vector();\r
 537     public static Vector Pro = new Vector();\r
 538     public static Vector Ala = new Vector();\r
 539     public static Vector Ser = new Vector();\r
 540     public static Vector Arg = new Vector();\r
 541     public static Vector Gly = new Vector();\r
 542     public static Vector Trp = new Vector();\r
 543     public static Vector Cys = new Vector();\r
 544     public static Vector Ile = new Vector();\r
 545     public static Vector Met = new Vector();\r
 546     public static Vector Leu = new Vector();\r
 547     public static Vector Val = new Vector();\r
 548     public static Vector Phe = new Vector();\r
 549     public static Vector STOP = new Vector();\r
 550 \r
 551     static {\r
 552         codonHash.put("K", Lys);\r
 553         codonHash.put("N", Asn);\r
 554         codonHash.put("Q", Gln);\r
 555         codonHash.put("H", His);\r
 556         codonHash.put("E", Glu);\r
 557         codonHash.put("D", Asp);\r
 558         codonHash.put("Y", Tyr);\r
 559         codonHash.put("T", Thr);\r
 560         codonHash.put("P", Pro);\r
 561         codonHash.put("A", Ala);\r
 562         codonHash.put("S", Ser);\r
 563         codonHash.put("R", Arg);\r
 564         codonHash.put("G", Gly);\r
 565         codonHash.put("W", Trp);\r
 566         codonHash.put("C", Cys);\r
 567         codonHash.put("I", Ile);\r
 568         codonHash.put("M", Met);\r
 569         codonHash.put("L", Leu);\r
 570         codonHash.put("V", Val);\r
 571         codonHash.put("F", Phe);\r
 572         codonHash.put("STOP", STOP);\r
 573     }\r
 574 \r
 575     public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();\r
 576 \r
 577     static {\r
 578         codonHash2.put("AAA", "K");\r
 579         codonHash2.put("AAG", "K");\r
 580         codonHash2.put("AAC", "N");\r
 581         codonHash2.put("AAT", "N");\r
 582 \r
 583         codonHash2.put("CAA", "E");\r
 584         codonHash2.put("CAG", "E");\r
 585         codonHash2.put("CAC", "H");\r
 586         codonHash2.put("CAT", "H");\r
 587 \r
 588         codonHash2.put("GAA", "Q");\r
 589         codonHash2.put("GAG", "Q");\r
 590         codonHash2.put("GAC", "D");\r
 591         codonHash2.put("GAT", "D");\r
 592 \r
 593         codonHash2.put("TAC", "Y");\r
 594         codonHash2.put("TAT", "Y");\r
 595 \r
 596         codonHash2.put("ACA", "T");\r
 597         codonHash2.put("AAG", "T");\r
 598         codonHash2.put("ACC", "T");\r
 599         codonHash2.put("ACT", "T");\r
 600 \r
 601         codonHash2.put("CCA", "P");\r
 602         codonHash2.put("CCG", "P");\r
 603         codonHash2.put("CCC", "P");\r
 604         codonHash2.put("CCT", "P");\r
 605 \r
 606         codonHash2.put("GCA", "A");\r
 607         codonHash2.put("GCG", "A");\r
 608         codonHash2.put("GCC", "A");\r
 609         codonHash2.put("GCT", "A");\r
 610 \r
 611         codonHash2.put("TCA", "S");\r
 612         codonHash2.put("TCG", "S");\r
 613         codonHash2.put("TCC", "S");\r
 614         codonHash2.put("TCT", "S");\r
 615         codonHash2.put("AGC", "S");\r
 616         codonHash2.put("AGT", "S");\r
 617 \r
 618         codonHash2.put("AGA", "R");\r
 619         codonHash2.put("AGG", "R");\r
 620         codonHash2.put("CGA", "R");\r
 621         codonHash2.put("CGG", "R");\r
 622         codonHash2.put("CGC", "R");\r
 623         codonHash2.put("CGT", "R");\r
 624 \r
 625         codonHash2.put("GGA", "G");\r
 626         codonHash2.put("GGG", "G");\r
 627         codonHash2.put("GGC", "G");\r
 628         codonHash2.put("GGT", "G");\r
 629 \r
 630         codonHash2.put("TGA", "*");\r
 631         codonHash2.put("TAA", "*");\r
 632         codonHash2.put("TAG", "*");\r
 633 \r
 634         codonHash2.put("TGG", "W");\r
 635 \r
 636         codonHash2.put("TGC", "C");\r
 637         codonHash2.put("TGT", "C");\r
 638 \r
 639         codonHash2.put("ATA", "I");\r
 640         codonHash2.put("ATC", "I");\r
 641         codonHash2.put("ATT", "I");\r
 642 \r
 643         codonHash2.put("ATG", "M");\r
 644 \r
 645         codonHash2.put("CTA", "L");\r
 646         codonHash2.put("CTG", "L");\r
 647         codonHash2.put("CTC", "L");\r
 648         codonHash2.put("CTT", "L");\r
 649         codonHash2.put("TTA", "L");\r
 650         codonHash2.put("TTG", "L");\r
 651 \r
 652         codonHash2.put("GTA", "V");\r
 653         codonHash2.put("GTG", "V");\r
 654         codonHash2.put("GTC", "V");\r
 655         codonHash2.put("GTT", "V");\r
 656 \r
 657         codonHash2.put("TTC", "F");\r
 658         codonHash2.put("TTT", "F");\r
 659     }\r
 660 \r
 661     static {\r
 662         Lys.addElement("AAA");\r
 663         Lys.addElement("AAG");\r
 664         Asn.addElement("AAC");\r
 665         Asn.addElement("AAT");\r
 666 \r
 667         Gln.addElement("CAA");\r
 668         Gln.addElement("CAG");\r
 669         His.addElement("CAC");\r
 670         His.addElement("CAT");\r
 671 \r
 672         Glu.addElement("GAA");\r
 673         Glu.addElement("GAG");\r
 674         Asp.addElement("GAC");\r
 675         Asp.addElement("GAT");\r
 676 \r
 677         Tyr.addElement("TAC");\r
 678         Tyr.addElement("TAT");\r
 679 \r
 680         Thr.addElement("ACA");\r
 681         Thr.addElement("ACG");\r
 682         Thr.addElement("ACC");\r
 683         Thr.addElement("ACT");\r
 684 \r
 685         Pro.addElement("CCA");\r
 686         Pro.addElement("CCG");\r
 687         Pro.addElement("CCC");\r
 688         Pro.addElement("CCT");\r
 689 \r
 690         Ala.addElement("GCA");\r
 691         Ala.addElement("GCG");\r
 692         Ala.addElement("GCC");\r
 693         Ala.addElement("GCT");\r
 694 \r
 695         Ser.addElement("TCA");\r
 696         Ser.addElement("TCG");\r
 697         Ser.addElement("TCC");\r
 698         Ser.addElement("TCT");\r
 699         Ser.addElement("AGC");\r
 700         Ser.addElement("AGT");\r
 701 \r
 702         Arg.addElement("AGA");\r
 703         Arg.addElement("AGG");\r
 704         Arg.addElement("CGA");\r
 705         Arg.addElement("CGG");\r
 706         Arg.addElement("CGC");\r
 707         Arg.addElement("CGT");\r
 708 \r
 709         Gly.addElement("GGA");\r
 710         Gly.addElement("GGG");\r
 711         Gly.addElement("GGC");\r
 712         Gly.addElement("GGT");\r
 713 \r
 714         STOP.addElement("TGA");\r
 715         STOP.addElement("TAA");\r
 716         STOP.addElement("TAG");\r
 717 \r
 718         Trp.addElement("TGG");\r
 719 \r
 720         Cys.addElement("TGC");\r
 721         Cys.addElement("TGT");\r
 722 \r
 723         Ile.addElement("ATA");\r
 724         Ile.addElement("ATC");\r
 725         Ile.addElement("ATT");\r
 726 \r
 727         Met.addElement("ATG");\r
 728 \r
 729         Leu.addElement("CTA");\r
 730         Leu.addElement("CTG");\r
 731         Leu.addElement("CTC");\r
 732         Leu.addElement("CTT");\r
 733         Leu.addElement("TTA");\r
 734         Leu.addElement("TTG");\r
 735 \r
 736         Val.addElement("GTA");\r
 737         Val.addElement("GTG");\r
 738         Val.addElement("GTC");\r
 739         Val.addElement("GTT");\r
 740 \r
 741         Phe.addElement("TTC");\r
 742         Phe.addElement("TTT");\r
 743     }\r
 744 \r
 745     public static Color[][] groupColors = {\r
 746         { Color.red, Color.red.brighter(), Color.red.brighter().brighter() },\r
 747         {\r
 748             Color.orange, Color.orange.brighter(),\r
 749             Color.orange.brighter().brighter()\r
 750         },\r
 751         { Color.green, Color.green.brighter(), Color.green.brighter().brighter() },\r
 752         { Color.blue, Color.blue.brighter(), Color.blue.brighter().brighter() },\r
 753         {\r
 754             Color.magenta, Color.magenta.brighter(),\r
 755             Color.magenta.brighter().brighter()\r
 756         },\r
 757         { Color.cyan, Color.cyan.brighter(), Color.cyan.brighter().brighter() },\r
 758         { Color.pink, Color.pink.brighter(), Color.pink.brighter().brighter() },\r
 759     };\r
 760 \r
 761     //Stores residue codes/names and colours and other things\r
 762     public static Hashtable propHash = new Hashtable();\r
 763     public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();\r
 764     public static Hashtable polar = new Hashtable();\r
 765     public static Hashtable small = new Hashtable();\r
 766     public static Hashtable positive = new Hashtable();\r
 767     public static Hashtable negative = new Hashtable();\r
 768     public static Hashtable charged = new Hashtable();\r
 769     public static Hashtable aromatic = new Hashtable();\r
 770     public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();\r
 771     public static Hashtable tiny = new Hashtable();\r
 772     public static Hashtable proline = new Hashtable();\r
 773 \r
 774     static {\r
 775         hydrophobic.put("I", new Integer(1));\r
 776         hydrophobic.put("L", new Integer(1));\r
 777         hydrophobic.put("V", new Integer(1));\r
 778         hydrophobic.put("C", new Integer(1));\r
 779         hydrophobic.put("A", new Integer(1));\r
 780         hydrophobic.put("G", new Integer(1));\r
 781         hydrophobic.put("M", new Integer(1));\r
 782         hydrophobic.put("F", new Integer(1));\r
 783         hydrophobic.put("Y", new Integer(1));\r
 784         hydrophobic.put("W", new Integer(1));\r
 785         hydrophobic.put("H", new Integer(1));\r
 786         hydrophobic.put("K", new Integer(1));\r
 787         hydrophobic.put("X", new Integer(1));\r
 788         hydrophobic.put("-", new Integer(1));\r
 789         hydrophobic.put("*", new Integer(1));\r
 790         hydrophobic.put("R", new Integer(0));\r
 791         hydrophobic.put("E", new Integer(0));\r
 792         hydrophobic.put("Q", new Integer(0));\r
 793         hydrophobic.put("D", new Integer(0));\r
 794         hydrophobic.put("N", new Integer(0));\r
 795         hydrophobic.put("S", new Integer(0));\r
 796         hydrophobic.put("T", new Integer(0));\r
 797         hydrophobic.put("P", new Integer(0));\r
 798     }\r
 799 \r
 800     static {\r
 801         polar.put("Y", new Integer(1));\r
 802         polar.put("W", new Integer(1));\r
 803         polar.put("H", new Integer(1));\r
 804         polar.put("K", new Integer(1));\r
 805         polar.put("R", new Integer(1));\r
 806         polar.put("E", new Integer(1));\r
 807         polar.put("Q", new Integer(1));\r
 808         polar.put("D", new Integer(1));\r
 809         polar.put("N", new Integer(1));\r
 810         polar.put("S", new Integer(1));\r
 811         polar.put("T", new Integer(1));\r
 812         polar.put("X", new Integer(1));\r
 813         polar.put("-", new Integer(1));\r
 814         polar.put("*", new Integer(1));\r
 815         polar.put("I", new Integer(0));\r
 816         polar.put("L", new Integer(0));\r
 817         polar.put("V", new Integer(0));\r
 818         polar.put("C", new Integer(0));\r
 819         polar.put("A", new Integer(0));\r
 820         polar.put("G", new Integer(0));\r
 821         polar.put("M", new Integer(0));\r
 822         polar.put("F", new Integer(0));\r
 823         polar.put("P", new Integer(0));\r
 824     }\r
 825 \r
 826     static {\r
 827         small.put("I", new Integer(0));\r
 828         small.put("L", new Integer(0));\r
 829         small.put("V", new Integer(1));\r
 830         small.put("C", new Integer(1));\r
 831         small.put("A", new Integer(1));\r
 832         small.put("G", new Integer(1));\r
 833         small.put("M", new Integer(0));\r
 834         small.put("F", new Integer(0));\r
 835         small.put("Y", new Integer(0));\r
 836         small.put("W", new Integer(0));\r
 837         small.put("H", new Integer(0));\r
 838         small.put("K", new Integer(0));\r
 839         small.put("R", new Integer(0));\r
 840         small.put("E", new Integer(0));\r
 841         small.put("Q", new Integer(0));\r
 842         small.put("D", new Integer(1));\r
 843         small.put("N", new Integer(1));\r
 844         small.put("S", new Integer(1));\r
 845         small.put("T", new Integer(1));\r
 846         small.put("P", new Integer(1));\r
 847         small.put("-", new Integer(1));\r
 848         small.put("*", new Integer(1));\r
 849     }\r
 850 \r
 851     static {\r
 852         positive.put("I", new Integer(0));\r
 853         positive.put("L", new Integer(0));\r
 854         positive.put("V", new Integer(0));\r
 855         positive.put("C", new Integer(0));\r
 856         positive.put("A", new Integer(0));\r
 857         positive.put("G", new Integer(0));\r
 858         positive.put("M", new Integer(0));\r
 859         positive.put("F", new Integer(0));\r
 860         positive.put("Y", new Integer(0));\r
 861         positive.put("W", new Integer(0));\r
 862         positive.put("H", new Integer(1));\r
 863         positive.put("K", new Integer(1));\r
 864         positive.put("R", new Integer(1));\r
 865         positive.put("E", new Integer(0));\r
 866         positive.put("Q", new Integer(0));\r
 867         positive.put("D", new Integer(0));\r
 868         positive.put("N", new Integer(0));\r
 869         positive.put("S", new Integer(0));\r
 870         positive.put("T", new Integer(0));\r
 871         positive.put("P", new Integer(0));\r
 872         positive.put("-", new Integer(1));\r
 873         positive.put("*", new Integer(1));\r
 874     }\r
 875 \r
 876     static {\r
 877         negative.put("I", new Integer(0));\r
 878         negative.put("L", new Integer(0));\r
 879         negative.put("V", new Integer(0));\r
 880         negative.put("C", new Integer(0));\r
 881         negative.put("A", new Integer(0));\r
 882         negative.put("G", new Integer(0));\r
 883         negative.put("M", new Integer(0));\r
 884         negative.put("F", new Integer(0));\r
 885         negative.put("Y", new Integer(0));\r
 886         negative.put("W", new Integer(0));\r
 887         negative.put("H", new Integer(0));\r
 888         negative.put("K", new Integer(0));\r
 889         negative.put("R", new Integer(0));\r
 890         negative.put("E", new Integer(1));\r
 891         negative.put("Q", new Integer(0));\r
 892         negative.put("D", new Integer(1));\r
 893         negative.put("N", new Integer(0));\r
 894         negative.put("S", new Integer(0));\r
 895         negative.put("T", new Integer(0));\r
 896         negative.put("P", new Integer(0));\r
 897         negative.put("-", new Integer(1));\r
 898         negative.put("*", new Integer(1));\r
 899     }\r
 900 \r
 901     static {\r
 902         charged.put("I", new Integer(0));\r
 903         charged.put("L", new Integer(0));\r
 904         charged.put("V", new Integer(0));\r
 905         charged.put("C", new Integer(0));\r
 906         charged.put("A", new Integer(0));\r
 907         charged.put("G", new Integer(0));\r
 908         charged.put("M", new Integer(0));\r
 909         charged.put("F", new Integer(0));\r
 910         charged.put("Y", new Integer(0));\r
 911         charged.put("W", new Integer(0));\r
 912         charged.put("H", new Integer(1));\r
 913         charged.put("K", new Integer(1));\r
 914         charged.put("R", new Integer(1));\r
 915         charged.put("E", new Integer(1));\r
 916         charged.put("Q", new Integer(0));\r
 917         charged.put("D", new Integer(1));\r
 918         charged.put("N", new Integer(1));\r
 919         charged.put("S", new Integer(0));\r
 920         charged.put("T", new Integer(0));\r
 921         charged.put("P", new Integer(0));\r
 922         charged.put("-", new Integer(1));\r
 923         charged.put("*", new Integer(1));\r
 924     }\r
 925 \r
 926     static {\r
 927         aromatic.put("I", new Integer(0));\r
 928         aromatic.put("L", new Integer(0));\r
 929         aromatic.put("V", new Integer(0));\r
 930         aromatic.put("C", new Integer(0));\r
 931         aromatic.put("A", new Integer(0));\r
 932         aromatic.put("G", new Integer(0));\r
 933         aromatic.put("M", new Integer(0));\r
 934         aromatic.put("F", new Integer(1));\r
 935         aromatic.put("Y", new Integer(1));\r
 936         aromatic.put("W", new Integer(1));\r
 937         aromatic.put("H", new Integer(1));\r
 938         aromatic.put("K", new Integer(0));\r
 939         aromatic.put("R", new Integer(0));\r
 940         aromatic.put("E", new Integer(0));\r
 941         aromatic.put("Q", new Integer(0));\r
 942         aromatic.put("D", new Integer(0));\r
 943         aromatic.put("N", new Integer(0));\r
 944         aromatic.put("S", new Integer(0));\r
 945         aromatic.put("T", new Integer(0));\r
 946         aromatic.put("P", new Integer(0));\r
 947         aromatic.put("-", new Integer(1));\r
 948         aromatic.put("*", new Integer(1));\r
 949     }\r
 950 \r
 951     static {\r
 952         aliphatic.put("I", new Integer(1));\r
 953         aliphatic.put("L", new Integer(1));\r
 954         aliphatic.put("V", new Integer(1));\r
 955         aliphatic.put("C", new Integer(0));\r
 956         aliphatic.put("A", new Integer(0));\r
 957         aliphatic.put("G", new Integer(0));\r
 958         aliphatic.put("M", new Integer(0));\r
 959         aliphatic.put("F", new Integer(0));\r
 960         aliphatic.put("Y", new Integer(0));\r
 961         aliphatic.put("W", new Integer(0));\r
 962         aliphatic.put("H", new Integer(0));\r
 963         aliphatic.put("K", new Integer(0));\r
 964         aliphatic.put("R", new Integer(0));\r
 965         aliphatic.put("E", new Integer(0));\r
 966         aliphatic.put("Q", new Integer(0));\r
 967         aliphatic.put("D", new Integer(0));\r
 968         aliphatic.put("N", new Integer(0));\r
 969         aliphatic.put("S", new Integer(0));\r
 970         aliphatic.put("T", new Integer(0));\r
 971         aliphatic.put("P", new Integer(0));\r
 972         aliphatic.put("-", new Integer(1));\r
 973         aliphatic.put("*", new Integer(1));\r
 974     }\r
 975 \r
 976     static {\r
 977         tiny.put("I", new Integer(0));\r
 978         tiny.put("L", new Integer(0));\r
 979         tiny.put("V", new Integer(0));\r
 980         tiny.put("C", new Integer(0));\r
 981         tiny.put("A", new Integer(1));\r
 982         tiny.put("G", new Integer(1));\r
 983         tiny.put("M", new Integer(0));\r
 984         tiny.put("F", new Integer(0));\r
 985         tiny.put("Y", new Integer(0));\r
 986         tiny.put("W", new Integer(0));\r
 987         tiny.put("H", new Integer(0));\r
 988         tiny.put("K", new Integer(0));\r
 989         tiny.put("R", new Integer(0));\r
 990         tiny.put("E", new Integer(0));\r
 991         tiny.put("Q", new Integer(0));\r
 992         tiny.put("D", new Integer(0));\r
 993         tiny.put("N", new Integer(0));\r
 994         tiny.put("S", new Integer(1));\r
 995         tiny.put("T", new Integer(0));\r
 996         tiny.put("P", new Integer(0));\r
 997         tiny.put("-", new Integer(1));\r
 998         tiny.put("*", new Integer(1));\r
 999     }\r
1000 \r
1001     static {\r
1002         proline.put("I", new Integer(0));\r
1003         proline.put("L", new Integer(0));\r
1004         proline.put("V", new Integer(0));\r
1005         proline.put("C", new Integer(0));\r
1006         proline.put("A", new Integer(0));\r
1007         proline.put("G", new Integer(0));\r
1008         proline.put("M", new Integer(0));\r
1009         proline.put("F", new Integer(0));\r
1010         proline.put("Y", new Integer(0));\r
1011         proline.put("W", new Integer(0));\r
1012         proline.put("H", new Integer(0));\r
1013         proline.put("K", new Integer(0));\r
1014         proline.put("R", new Integer(0));\r
1015         proline.put("E", new Integer(0));\r
1016         proline.put("Q", new Integer(0));\r
1017         proline.put("D", new Integer(0));\r
1018         proline.put("N", new Integer(0));\r
1019         proline.put("S", new Integer(0));\r
1020         proline.put("T", new Integer(0));\r
1021         proline.put("P", new Integer(1));\r
1022         proline.put("-", new Integer(1));\r
1023         proline.put("*", new Integer(1));\r
1024     }\r
1025 \r
1026     static {\r
1027         propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);\r
1028         propHash.put("small", small);\r
1029         propHash.put("positive", positive);\r
1030         propHash.put("negative", negative);\r
1031         propHash.put("charged", charged);\r
1032         propHash.put("aromatic", aromatic);\r
1033         propHash.put("aliphatic", aliphatic);\r
1034         propHash.put("tiny", tiny);\r
1035         propHash.put("proline", proline);\r
1036         propHash.put("polar", polar);\r
1037     }\r
1038 \r
1039     public static Hashtable chainColours = new Hashtable();\r
1040 \r
1041     static {\r
1042         chainColours.put("A", Color.red);\r
1043         chainColours.put("B", Color.orange);\r
1044         chainColours.put("C", Color.yellow);\r
1045         chainColours.put("D", Color.green);\r
1046         chainColours.put("E", Color.cyan);\r
1047         chainColours.put("F", Color.blue);\r
1048         chainColours.put("G", Color.magenta);\r
1049         chainColours.put("H", Color.pink);\r
1050     }\r
1051 \r
1052     private ResidueProperties() {\r
1053     }\r
1054 \r
1055     public static double getHydmax() {\r
1056         return hydmax;\r
1057     }\r
1058 \r
1059     public static double getHydmin() {\r
1060         return hydmin;\r
1061     }\r
1062 \r
1063     public static double[] getHyd() {\r
1064         return hyd;\r
1065     }\r
1066 \r
1067     public static Hashtable getAAHash() {\r
1068         return aaHash;\r
1069     }\r
1070 \r
1071     public static Hashtable getAA3Hash() {\r
1072         return aa3Hash;\r
1073     }\r
1074 \r
1075     public static int[][] getDNA() {\r
1076         return ResidueProperties.DNA;\r
1077     }\r
1078 \r
1079     public static int[][] getBLOSUM62() {\r
1080         return ResidueProperties.BLOSUM62;\r
1081     }\r
1082 \r
1083     public static int getPAM250(String A1, String A2) {\r
1084         Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);\r
1085         Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);\r
1086         int pog = ResidueProperties.PAM250[pog1.intValue()][pog2.intValue()];\r
1087 \r
1088         return pog;\r
1089     }\r
1090 \r
1091     public static int getBLOSUM62(String A1, String A2) {\r
1092         int pog = 0;\r
1093 \r
1094         try {\r
1095             Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);\r
1096             Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);\r
1097             pog = ResidueProperties.BLOSUM62[pog1.intValue()][pog2.intValue()];\r
1098         } catch (Exception e) {\r
1099             //System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);\r
1100         }\r
1101 \r
1102         return pog;\r
1103     }\r
1104 \r
1105     public static Vector getCodons(String res) {\r
1106         if (codonHash.containsKey(res)) {\r
1107             return (Vector) codonHash.get(res);\r
1108         }\r
1109 \r
1110         return null;\r
1111     }\r
1112 \r
1113     public static String codonTranslate(String codon) {\r
1114         Enumeration e = codonHash.keys();\r
1115 \r
1116         while (e.hasMoreElements()) {\r
1117             String key = (String) e.nextElement();\r
1118             Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);\r
1119 \r
1120             if (tmp.contains(codon)) {\r
1121                 return key;\r
1122             }\r
1123         }\r
1124 \r
1125         return null;\r
1126     }\r
1127 \r
1128     public static Hashtable getChainColours() {\r
1129         return chainColours;\r
1130     }\r
1131 }\r