src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.awt.Color;
  21
  22 /**
  23  * DOCUMENT ME!
  24  *
  25  * @author $author$
  26  * @version $Revision$
  27  */
  28 public class ScoreColourScheme extends ResidueColourScheme
  29 {
  30   /** DOCUMENT ME!! */
  31   public double min;
  32
  33   /** DOCUMENT ME!! */
  34   public double max;
  35
  36   /** DOCUMENT ME!! */
  37   public double[] scores;
  38
  39   /**
  40    * Creates a new ScoreColourScheme object.
  41    *
  42    * @param scores
  43    *          DOCUMENT ME!
  44    * @param min
  45    *          DOCUMENT ME!
  46    * @param max
  47    *          DOCUMENT ME!
  48    */
  49   public ScoreColourScheme(double[] scores, double min, double max)
  50   {
  51     super();
  52
  53     this.scores = scores;
  54     this.min = min;
  55     this.max = max;
  56
  57     // Make colours in constructor
  58     // Why wasn't this done earlier?
  59     int i, iSize = scores.length;
  60     colors = new Color[scores.length];
  61     for (i = 0; i < iSize; i++)
  62     {
  63       float red = (float) (scores[i] - (float) min) / (float) (max - min);
  64
  65       if (red > 1.0f)
  66       {
  67         red = 1.0f;
  68       }
  69
  70       if (red < 0.0f)
  71       {
  72         red = 0.0f;
  73       }
  74       colors[i] = makeColour(red);
  75     }
  76   }
  77
  78   /**
  79    * DOCUMENT ME!
  80    *
  81    * @param s
  82    *          DOCUMENT ME!
  83    * @param j
  84    *          DOCUMENT ME!
  85    *
  86    * @return DOCUMENT ME!
  87    */
  88   @Override
  89   public Color findColour(char c, int j, int sequenceIndex)
  90   {
  91     if (threshold > 0)
  92     {
  93       if (!aboveThreshold(c, j))
  94       {
  95         return Color.white;
  96       }
  97     }
  98
  99     if (jalview.util.Comparison.isGap(c))
 100     {
 101       return Color.white;
 102     }
 103
 104     Color currentColour = colors[ResidueProperties.aaIndex[c]];
 105
 106     if (conservationColouring)
 107     {
 108       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
 109     }
 110
 111     return currentColour;
 112   }
 113
 114   /**
 115    * DOCUMENT ME!
 116    *
 117    * @param c
 118    *          DOCUMENT ME!
 119    *
 120    * @return DOCUMENT ME!
 121    */
 122   public Color makeColour(float c)
 123   {
 124     return new Color(c, (float) 0.0, (float) 1.0 - c);
 125   }
 126 }