src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.PairwiseSeqScoreModel;
  24 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  25
  26 public class ScoreMatrix extends PairwiseSeqScoreModel implements
  27         ScoreModelI
  28 {
  29   String name;
  30
  31   @Override
  32   public String getName()
  33   {
  34     return name;
  35   }
  36
  37   /**
  38    * reference to integer score matrix
  39    */
  40   int[][] matrix;
  41
  42   /**
  43    * 0 for Protein Score matrix. 1 for dna score matrix
  44    */
  45   int type;
  46
  47   /**
  48    *
  49    * @param name
  50    *          Unique, human readable name for the matrix
  51    * @param matrix
  52    *          Pairwise scores indexed according to appropriate symbol alphabet
  53    * @param type
  54    *          0 for Protein, 1 for NA
  55    */
  56   ScoreMatrix(String name, int[][] matrix, int type)
  57   {
  58     this.matrix = matrix;
  59     this.type = type;
  60     this.name = name;
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public boolean isDNA()
  65   {
  66     return type == 1;
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public boolean isProtein()
  71   {
  72     return type == 0;
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public int[][] getMatrix()
  77   {
  78     return matrix;
  79   }
  80
  81   /**
  82    *
  83    * @param A1
  84    * @param A2
  85    * @return score for substituting first char in A1 with first char in A2
  86    */
  87   public int getPairwiseScore(String A1, String A2)
  88   {
  89     return getPairwiseScore(A1.charAt(0), A2.charAt(0));
  90   }
  91
  92   public int getPairwiseScore(char c, char d)
  93   {
  94     int pog = 0;
  95
  96     try
  97     {
  98       int a = (type == 0) ? ResidueProperties.aaIndex[c]
  99               : ResidueProperties.nucleotideIndex[c];
 100       int b = (type == 0) ? ResidueProperties.aaIndex[d]
 101               : ResidueProperties.nucleotideIndex[d];
 102
 103       pog = matrix[a][b];
 104     } catch (Exception e)
 105     {
 106       // System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);
 107     }
 108
 109     return pog;
 110   }
 111
 112   /**
 113    * pretty print the matrix
 114    */
 115   public String toString()
 116   {
 117     return outputMatrix(false);
 118   }
 119
 120   public String outputMatrix(boolean html)
 121   {
 122     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 123     int[] symbols = (type == 0) ? ResidueProperties.aaIndex
 124             : ResidueProperties.nucleotideIndex;
 125     int symMax = (type == 0) ? ResidueProperties.maxProteinIndex
 126             : ResidueProperties.maxNucleotideIndex;
 127     boolean header = true;
 128     if (html)
 129     {
 130       sb.append("<table border=\"1\">");
 131     }
 132     for (char sym = 'A'; sym <= 'Z'; sym++)
 133     {
 134       if (symbols[sym] >= 0 && symbols[sym] < symMax)
 135       {
 136         if (header)
 137         {
 138           sb.append(html ? "<tr><td></td>" : "");
 139           for (char sym2 = 'A'; sym2 <= 'Z'; sym2++)
 140           {
 141             if (symbols[sym2] >= 0 && symbols[sym2] < symMax)
 142             {
 143               sb.append((html ? "<td>&nbsp;" : "\t") + sym2
 144                       + (html ? "&nbsp;</td>" : ""));
 145             }
 146           }
 147           header = false;
 148           sb.append(html ? "</tr>\n" : "\n");
 149         }
 150         if (html)
 151         {
 152           sb.append("<tr>");
 153         }
 154         sb.append((html ? "<td>" : "") + sym + (html ? "</td>" : ""));
 155         for (char sym2 = 'A'; sym2 <= 'Z'; sym2++)
 156         {
 157           if (symbols[sym2] >= 0 && symbols[sym2] < symMax)
 158           {
 159             sb.append((html ? "<td>" : "\t")
 160                     + matrix[symbols[sym]][symbols[sym2]]
 161                     + (html ? "</td>" : ""));
 162           }
 163         }
 164         sb.append(html ? "</tr>\n" : "\n");
 165       }
 166     }
 167     if (html)
 168     {
 169       sb.append("</table>");
 170     }
 171     return sb.toString();
 172   }
 173 }