src/jalview/schemes/UserColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 public class UserColourScheme\r
  26     extends ResidueColourScheme\r
  27 {\r
  28   Color[] lowerCaseColours;\r
  29 \r
  30   protected String schemeName;\r
  31 \r
  32   public UserColourScheme()\r
  33   {}\r
  34 \r
  35   public UserColourScheme(Color[] newColors)\r
  36   {\r
  37     colors = newColors;\r
  38   }\r
  39 \r
  40   public UserColourScheme(String colour)\r
  41   {\r
  42     Color col = getColourFromString(colour);\r
  43 \r
  44     if (col == null)\r
  45     {\r
  46       System.out.println("Unknown colour!! " + colour);\r
  47       col = createColourFromName(colour);\r
  48     }\r
  49 \r
  50     colors = new Color[24];\r
  51     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
  52     {\r
  53       colors[i] = col;\r
  54     }\r
  55   }\r
  56 \r
  57   public Color[] getColours()\r
  58   {\r
  59     return colors;\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public Color[] getLowerCaseColours()\r
  63   {\r
  64     return lowerCaseColours;\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public void setName(String name)\r
  68   {\r
  69     schemeName = name;\r
  70   }\r
  71 \r
  72   public String getName()\r
  73   {\r
  74     return schemeName;\r
  75   }\r
  76 \r
  77   public Color getColourFromString(String colour)\r
  78   {\r
  79     colour = colour.trim();\r
  80 \r
  81     Color col = null;\r
  82     try\r
  83     {\r
  84       int value = Integer.parseInt(colour, 16);\r
  85       col = new Color(value);\r
  86     }\r
  87     catch (NumberFormatException ex)\r
  88     {}\r
  89 \r
  90     if (col == null)\r
  91     {\r
  92       col = ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName(colour);\r
  93     }\r
  94 \r
  95     if (col == null)\r
  96     {\r
  97       try\r
  98       {\r
  99         java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(colour,\r
 100             ",");\r
 101         int r = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 102         int g = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 103         int b = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 104         col = new Color(r, g, b);\r
 105       }\r
 106       catch (Exception ex)\r
 107       {}\r
 108     }\r
 109 \r
 110     return col;\r
 111 \r
 112   }\r
 113 \r
 114   public Color createColourFromName(String name)\r
 115   {\r
 116     int r, g, b;\r
 117 \r
 118     int lsize = name.length();\r
 119     int start = 0, end = lsize / 3;\r
 120 \r
 121     int rgbOffset = Math.abs(name.hashCode() % 10) * 15;\r
 122 \r
 123     r = Math.abs(name.substring(start, end).hashCode() + rgbOffset) % 210 + 20;\r
 124     start = end;\r
 125     end += lsize / 3;\r
 126     if (end > lsize)\r
 127     {\r
 128       end = lsize;\r
 129     }\r
 130 \r
 131     g = Math.abs(name.substring(start, end).hashCode() + rgbOffset) % 210 + 20;\r
 132 \r
 133     b = Math.abs(name.substring(end).hashCode() + rgbOffset) % 210 + 20;\r
 134 \r
 135     Color color = new Color(r, g, b);\r
 136 \r
 137     return color;\r
 138   }\r
 139 \r
 140   public void parseAppletParameter(String paramValue)\r
 141   {\r
 142     StringTokenizer st = new StringTokenizer(paramValue, ";");\r
 143     StringTokenizer st2;\r
 144     String token = null, colour, residues;\r
 145     try\r
 146     {\r
 147       while (st.hasMoreElements())\r
 148       {\r
 149         token = st.nextToken().trim();\r
 150         residues = token.substring(0, token.indexOf("="));\r
 151         colour = token.substring(token.indexOf("=") + 1);\r
 152 \r
 153         st2 = new StringTokenizer(residues, " ,");\r
 154         while (st2.hasMoreTokens())\r
 155         {\r
 156           token = st2.nextToken();\r
 157 \r
 158           if (ResidueProperties.aaIndex[token.charAt(0)] == -1)\r
 159           {\r
 160             continue;\r
 161           }\r
 162 \r
 163           int colIndex = ResidueProperties.aaIndex[token.charAt(0)];\r
 164 \r
 165           if (token.equalsIgnoreCase("lowerCase"))\r
 166           {\r
 167             if (lowerCaseColours == null)\r
 168             {\r
 169               lowerCaseColours = new Color[23];\r
 170             }\r
 171             for (int i = 0; i < 23; i++)\r
 172             {\r
 173               if (lowerCaseColours[i] == null)\r
 174               {\r
 175                 lowerCaseColours[i] = getColourFromString(colour);\r
 176               }\r
 177             }\r
 178 \r
 179             continue;\r
 180           }\r
 181 \r
 182           if (token.equals(token.toLowerCase()))\r
 183           {\r
 184             if (lowerCaseColours == null)\r
 185             {\r
 186               lowerCaseColours = new Color[23];\r
 187             }\r
 188             lowerCaseColours[colIndex] = getColourFromString(colour);\r
 189           }\r
 190           else\r
 191           {\r
 192             colors[colIndex] = getColourFromString(colour);\r
 193           }\r
 194         }\r
 195       }\r
 196     }\r
 197     catch (Exception ex)\r
 198     {\r
 199       System.out.println("Error parsing userDefinedColours:\n"\r
 200                          + token + "\n" + ex);\r
 201     }\r
 202 \r
 203   }\r
 204 \r
 205   public Color findColour(char c, int j)\r
 206   {\r
 207     Color currentColour;\r
 208     int index = ResidueProperties.aaIndex[c];\r
 209 \r
 210     if ( (threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))\r
 211     {\r
 212       if (lowerCaseColours != null && 'a' <= c && c <= 'z')\r
 213       {\r
 214         currentColour = lowerCaseColours[index];\r
 215       }\r
 216       else\r
 217       {\r
 218         currentColour = colors[index];\r
 219       }\r
 220     }\r
 221     else\r
 222     {\r
 223       currentColour = Color.white;\r
 224     }\r
 225 \r
 226     if (conservationColouring)\r
 227     {\r
 228       currentColour = applyConservation(currentColour, j);\r
 229     }\r
 230 \r
 231     return currentColour;\r
 232   }\r
 233 \r
 234   public void setLowerCaseColours(Color[] lcolours)\r
 235   {\r
 236     lowerCaseColours = lcolours;\r
 237   }\r
 238 \r
 239 }\r