src/jalview/schemes/UserColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.util.StringTokenizer;\r
  23 \r
  24 public class UserColourScheme\r
  25     extends ResidueColourScheme\r
  26 {\r
  27   Color [] lowerCaseColours;\r
  28 \r
  29   protected String schemeName;\r
  30 \r
  31   public UserColourScheme()\r
  32   {  }\r
  33 \r
  34   public UserColourScheme(Color[] newColors)\r
  35   {\r
  36     colors = newColors;\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public UserColourScheme(String colour)\r
  40   {\r
  41     Color col = getColourFromString(colour);\r
  42 \r
  43     if(col==null)\r
  44     {\r
  45       System.out.println("Unknown colour!! "+colour);\r
  46       col = createColourFromName(colour);\r
  47     }\r
  48 \r
  49     colors = new Color[24];\r
  50     for(int i=0; i<24; i++)\r
  51       colors[i] = col;\r
  52   }\r
  53 \r
  54   public Color[] getColours()\r
  55   {\r
  56     return colors;\r
  57   }\r
  58 \r
  59   public Color[] getLowerCaseColours()\r
  60   {\r
  61     return lowerCaseColours;\r
  62   }\r
  63 \r
  64   public void setName(String name)\r
  65   {\r
  66     schemeName = name;\r
  67   }\r
  68 \r
  69   public String getName()\r
  70   {\r
  71     return schemeName;\r
  72   }\r
  73 \r
  74   public Color getColourFromString(String colour)\r
  75   {\r
  76     colour = colour.trim();\r
  77 \r
  78     Color col = null;\r
  79     try\r
  80     {\r
  81       int value = Integer.parseInt(colour, 16);\r
  82       col = new Color(value);\r
  83     }\r
  84     catch (NumberFormatException ex)\r
  85     {}\r
  86 \r
  87     if (col == null)\r
  88       col = ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName(colour);\r
  89 \r
  90     if (col == null)\r
  91     {\r
  92       try\r
  93       {\r
  94         java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(colour,\r
  95             ",");\r
  96         int r = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
  97         int g = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
  98         int b = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
  99         col = new Color(r, g, b);\r
 100       }\r
 101       catch (Exception ex)\r
 102       {}\r
 103     }\r
 104 \r
 105     return col;\r
 106 \r
 107   }\r
 108 \r
 109   public Color createColourFromName(String name)\r
 110   {\r
 111     int r, g, b;\r
 112 \r
 113     int lsize = name.length();\r
 114     int start = 0, end = lsize / 3;\r
 115 \r
 116     int rgbOffset = Math.abs(name.hashCode() % 10) * 15;\r
 117 \r
 118     r = Math.abs(name.substring(start, end).hashCode() + rgbOffset) % 210 + 20;\r
 119     start = end;\r
 120     end += lsize / 3;\r
 121     if (end > lsize)\r
 122       end = lsize;\r
 123 \r
 124     g = Math.abs(name.substring(start, end).hashCode() + rgbOffset) % 210 + 20;\r
 125 \r
 126     b = Math.abs(name.substring(end).hashCode() + rgbOffset) % 210 + 20;\r
 127 \r
 128     Color color = new Color(r, g, b);\r
 129 \r
 130     return color;\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public void parseAppletParameter(String paramValue)\r
 134   {\r
 135     StringTokenizer st = new StringTokenizer(paramValue, ";");\r
 136     StringTokenizer st2;\r
 137     String token=null, colour, residues;\r
 138     try{\r
 139       while (st.hasMoreElements())\r
 140       {\r
 141         token = st.nextToken().trim();\r
 142         residues = token.substring(0, token.indexOf("="));\r
 143         colour = token.substring(token.indexOf("=") + 1);\r
 144 \r
 145         st2 = new StringTokenizer(residues, " ,");\r
 146         while (st2.hasMoreTokens())\r
 147         {\r
 148           token = st2.nextToken();\r
 149 \r
 150           if (ResidueProperties.aaHash.get(token) == null)\r
 151             continue;\r
 152 \r
 153           int colIndex =\r
 154               ( (Integer) ResidueProperties.aaHash.\r
 155                get(token)).intValue();\r
 156 \r
 157            //AW - LOWER CASE DISABLED IN 2.1.01 bug fix release\r
 158 \r
 159           if(token.equalsIgnoreCase("lowerCase"))\r
 160           {\r
 161             if (lowerCaseColours == null)\r
 162               lowerCaseColours = new Color[23];\r
 163             for (int i = 0; i < 23; i++)\r
 164               if (lowerCaseColours[i] == null)\r
 165                 lowerCaseColours[i] = getColourFromString(colour);\r
 166 \r
 167               continue;\r
 168           }\r
 169 \r
 170           if(token.equals(token.toLowerCase()))\r
 171           {\r
 172             if(lowerCaseColours==null)\r
 173             {\r
 174               lowerCaseColours = new Color[23];\r
 175             }\r
 176             lowerCaseColours[colIndex] = getColourFromString(colour);\r
 177           }\r
 178           else\r
 179             colors[colIndex] = getColourFromString(colour);\r
 180         }\r
 181       }\r
 182     }\r
 183     catch(Exception ex)\r
 184   {\r
 185     System.out.println("Error parsing userDefinedColours:\n"\r
 186                        +token+"\n"+ex);\r
 187   }\r
 188 \r
 189   }\r
 190 \r
 191 \r
 192 \r
 193   public Color findColour(String s, int j)\r
 194   {\r
 195       int index = ((Integer) (ResidueProperties.aaHash.get(s))).intValue();\r
 196 \r
 197       if ((threshold == 0) || aboveThreshold(ResidueProperties.aa[index], j))\r
 198       {\r
 199        //AW - LOWER CASE DISABLED IN 2.1.01 bug fix release\r
 200         if(lowerCaseColours!=null && 'a' <= s.charAt(0) && s.charAt(0) <= 'z')\r
 201           currentColour = lowerCaseColours[index];\r
 202         else\r
 203           currentColour = colors[index];\r
 204       }\r
 205       else\r
 206       {\r
 207           currentColour = Color.white;\r
 208       }\r
 209 \r
 210       if(conservationColouring)\r
 211         applyConservation(j);\r
 212 \r
 213 \r
 214       return currentColour;\r
 215    }\r
 216 \r
 217    public void setLowerCaseColours(Color [] lcolours)\r
 218    {\r
 219      lowerCaseColours = lcolours;\r
 220    }\r
 221 \r
 222 }\r