src/jalview/structure/AtomSpec.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.structure;
  22
  23 /**
  24  * Java bean representing an atom in a PDB (or similar) structure model or
  25  * viewer
  26  *
  27  * @author gmcarstairs
  28  *
  29  */
  30 public class AtomSpec
  31 {
  32   int modelNo;
  33
  34   private String pdbFile;
  35
  36   private String chain;
  37
  38   private int pdbResNum;
  39
  40   private int atomIndex;
  41
  42   /**
  43    * Parses a Chimera atomspec e.g. #1:12.A to construct an AtomSpec model (with
  44    * null pdb file name)
  45    *
  46    * <pre>
  47    * Chimera format:
  48    *    #1.2:12-20.A     model 1, submodel 2, chain A, atoms 12-20
  49    * </pre>
  50    *
  51    * @param spec
  52    * @return
  53    * @throw IllegalArgumentException if the spec cannot be parsed, or represents
  54    *        more than one residue
  55    * @see https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/frameatom_spec.html
  56    */
  57   public static AtomSpec fromChimeraAtomspec(String spec)
  58   {
  59     int modelSeparatorPos = spec.indexOf(":");
  60     if (modelSeparatorPos == -1)
  61     {
  62       throw new IllegalArgumentException(spec);
  63     }
  64
  65     int hashPos = spec.indexOf("#");
  66     if (hashPos == -1 && modelSeparatorPos != 0)
  67     {
  68       // # is missing but something precedes : - reject
  69       throw new IllegalArgumentException(spec);
  70     }
  71
  72     String modelSubmodel = spec.substring(hashPos + 1, modelSeparatorPos);
  73     int modelId = 0;
  74     try
  75     {
  76       int subModelPos = modelSubmodel.indexOf(".");
  77       modelId = Integer.valueOf(
  78               subModelPos > 0 ? modelSubmodel.substring(0, subModelPos)
  79                       : modelSubmodel);
  80     } catch (NumberFormatException e)
  81     {
  82       // ignore, default to model 0
  83     }
  84
  85     /*
  86      * now process what follows the model, either
  87      * Chimera:  atoms.chain
  88      * ChimeraX: chain:atoms
  89      */
  90     String atomsAndChain = spec.substring(modelSeparatorPos + 1);
  91     String[] tokens = atomsAndChain.split("\\.");
  92     String atoms = tokens.length == 1 ? atomsAndChain : (tokens[0]);
  93     int resNum = 0;
  94     try
  95     {
  96       resNum = Integer.parseInt(atoms);
  97     } catch (NumberFormatException e)
  98     {
  99       // could be a range e.g. #1:4-7.B
 100       throw new IllegalArgumentException(spec);
 101     }
 102
 103     String chainId = tokens.length == 1 ? "" : (tokens[1]);
 104
 105     return new AtomSpec(modelId, chainId, resNum, 0);
 106   }
 107
 108   /**
 109    * Constructor
 110    *
 111    * @param pdbFile
 112    * @param chain
 113    * @param resNo
 114    * @param atomNo
 115    */
 116   public AtomSpec(String pdbFile, String chain, int resNo, int atomNo)
 117   {
 118     this.pdbFile = pdbFile;
 119     this.chain = chain;
 120     this.pdbResNum = resNo;
 121     this.atomIndex = atomNo;
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Constructor
 126    *
 127    * @param modelId
 128    * @param chainId
 129    * @param resNo
 130    * @param atomNo
 131    */
 132   public AtomSpec(int modelId, String chainId, int resNo, int atomNo)
 133   {
 134     this.modelNo = modelId;
 135     this.chain = chainId;
 136     this.pdbResNum = resNo;
 137     this.atomIndex = atomNo;
 138   }
 139
 140   public String getPdbFile()
 141   {
 142     return pdbFile;
 143   }
 144
 145   public String getChain()
 146   {
 147     return chain;
 148   }
 149
 150   public int getPdbResNum()
 151   {
 152     return pdbResNum;
 153   }
 154
 155   public int getAtomIndex()
 156   {
 157     return atomIndex;
 158   }
 159
 160   public int getModelNumber()
 161   {
 162     return modelNo;
 163   }
 164
 165   public void setPdbFile(String file)
 166   {
 167     pdbFile = file;
 168   }
 169
 170   @Override
 171   public String toString()
 172   {
 173     return "pdbFile: " + pdbFile + ", chain: " + chain + ", res: "
 174             + pdbResNum + ", atom: " + atomIndex;
 175   }
 176
 177   /**
 178    * Parses a ChimeraX atomspec to construct an AtomSpec model (with
 179    * null pdb file name)
 180    *
 181    * <pre>
 182    * ChimeraX format:
 183    *    #1.2/A:12-20     model 1, submodel 2, chain A, atoms 12-20
 184    * </pre>
 185    *
 186    * @param spec
 187    * @return
 188    * @throw IllegalArgumentException if the spec cannot be parsed, or represents
 189    *        more than one residue
 190    * @see http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/atomspec.html
 191    */
 192   public static AtomSpec fromChimeraXAtomspec(String spec)
 193   {
 194     int modelSeparatorPos = spec.indexOf("/");
 195     if (modelSeparatorPos == -1)
 196     {
 197       throw new IllegalArgumentException(spec);
 198     }
 199
 200     int hashPos = spec.indexOf("#");
 201     if (hashPos == -1 && modelSeparatorPos != 0)
 202     {
 203       // # is missing but something precedes : - reject
 204       throw new IllegalArgumentException(spec);
 205     }
 206
 207     String modelSubmodel = spec.substring(hashPos + 1, modelSeparatorPos);
 208     int modelId = 0;
 209     try
 210     {
 211       int subModelPos = modelSubmodel.indexOf(".");
 212       modelId = Integer.valueOf(
 213               subModelPos > 0 ? modelSubmodel.substring(0, subModelPos)
 214                       : modelSubmodel);
 215     } catch (NumberFormatException e)
 216     {
 217       // ignore, default to model 0
 218     }
 219
 220     /*
 221      * now process what follows the model, either
 222      * Chimera:  atoms.chain
 223      * ChimeraX: chain:atoms
 224      */
 225     String atomsAndChain = spec.substring(modelSeparatorPos + 1);
 226     String[] tokens = atomsAndChain.split("\\:");
 227     String atoms = tokens.length == 1 ? atomsAndChain : (tokens[1]);
 228     int resNum = 0;
 229     try
 230     {
 231       resNum = Integer.parseInt(atoms);
 232     } catch (NumberFormatException e)
 233     {
 234       // could be a range e.g. #1:4-7.B
 235       throw new IllegalArgumentException(spec);
 236     }
 237
 238     String chainId = tokens.length == 1 ? "" : (tokens[0]);
 239
 240     return new AtomSpec(modelId, chainId, resNum, 0);
 241   }
 242 }