src/jalview/structure/StructureImportSettings.java

   1 package jalview.structure;
   2
   3 import jalview.datamodel.DBRefSource;
   4
   5 public class StructureImportSettings
   6 {
   7   /**
   8    * set to true to add derived sequence annotations (temp factor read from
   9    * file, or computed secondary structure) to the alignment
  10    */
  11   private static boolean visibleChainAnnotation = false;
  12
  13   /**
  14    * Set true to predict secondary structure (using JMol for protein, Annotate3D
  15    * for RNA)
  16    */
  17   private static boolean predictSecStr = false;
  18
  19   /**
  20    * Set true (with predictSecondaryStructure=true) to predict secondary
  21    * structure using an external service (currently Annotate3D for RNA only)
  22    */
  23   private static boolean externalSecondaryStructure = false;
  24
  25   private static boolean showSeqFeatures = true;
  26
  27   private static boolean processHETATMs = false;
  28
  29   public static final String JMOL_PARSER = "JMolParser";
  30
  31   public static final String JALVIEW_PARSER = "JalViewParser";
  32
  33   public static final String MMCIF = "mmCIF";
  34
  35   public static final String PDB = "PDB";
  36
  37   /**
  38    * Determines the default file format for structure files to be downloaded
  39    * from the PDB sequence fetcher. Possible options include: PDB|mmCIF
  40    */
  41   private static String defaultStructureFileFormat = DBRefSource.PDB;
  42
  43   /**
  44    * Determines the parser used for parsing PDB format file. Possible options
  45    * are : JMolParser|JalveiwParser
  46    */
  47   private static String defaultPDBFileParser = JMOL_PARSER;
  48   public static void addSettings(boolean addAlignmentAnnotations,
  49           boolean predictSecStr, boolean externalSecStr)
  50   {
  51     StructureImportSettings.visibleChainAnnotation = addAlignmentAnnotations;
  52     StructureImportSettings.predictSecStr = predictSecStr;
  53     StructureImportSettings.externalSecondaryStructure = externalSecStr;
  54     StructureImportSettings.showSeqFeatures = true;
  55   }
  56
  57   public static boolean isVisibleChainAnnotation()
  58   {
  59     return visibleChainAnnotation;
  60   }
  61
  62   public static void setVisibleChainAnnotation(
  63           boolean visibleChainAnnotation)
  64   {
  65     StructureImportSettings.visibleChainAnnotation = visibleChainAnnotation;
  66   }
  67
  68   public static boolean isPredictSecondaryStructure()
  69   {
  70     return predictSecStr;
  71   }
  72
  73   public static void setPredictSecondaryStructure(
  74           boolean predictSecondaryStructure)
  75   {
  76     StructureImportSettings.predictSecStr = predictSecondaryStructure;
  77   }
  78
  79   public static boolean isExternalSecondaryStructure()
  80   {
  81     return externalSecondaryStructure;
  82   }
  83
  84   public static void setExternalSecondaryStructure(
  85           boolean externalSecondaryStructure)
  86   {
  87     StructureImportSettings.externalSecondaryStructure = externalSecondaryStructure;
  88   }
  89
  90   public static boolean isShowSeqFeatures()
  91   {
  92     return showSeqFeatures;
  93   }
  94
  95   public static void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
  96   {
  97     StructureImportSettings.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
  98   }
  99
 100   public static String getDefaultStructureFileFormat()
 101   {
 102     return defaultStructureFileFormat;
 103   }
 104
 105   public static void setDefaultStructureFileFormat(
 106           String defaultStructureFileFormat)
 107   {
 108     StructureImportSettings.defaultStructureFileFormat = defaultStructureFileFormat;
 109   }
 110
 111   public static boolean isProcessHETATMs()
 112   {
 113     return processHETATMs;
 114   }
 115
 116   public static void setProcessHETATMs(boolean processHETATMs)
 117   {
 118     StructureImportSettings.processHETATMs = processHETATMs;
 119   }
 120
 121   public static String getDefaultPDBFileParser()
 122   {
 123     return defaultPDBFileParser;
 124   }
 125
 126   public static void setDefaultPDBFileParser(String defaultPDBFileParser)
 127   {
 128     StructureImportSettings.defaultPDBFileParser = defaultPDBFileParser;
 129   }
 130
 131 }