src/jalview/structure/StructureImportSettings.java

   1 package jalview.structure;
   2
   3 import jalview.datamodel.DBRefSource;
   4
   5 public class StructureImportSettings
   6 {
   7   /**
   8    * set to true to add derived sequence annotations (temp factor read from
   9    * file, or computed secondary structure) to the alignment
  10    */
  11   private static boolean visibleChainAnnotation = false;
  12
  13   /**
  14    * Set true to predict secondary structure (using JMol for protein, Annotate3D
  15    * for RNA)
  16    */
  17   private static boolean predictSecStr = false;
  18
  19   /**
  20    * Set true (with predictSecondaryStructure=true) to predict secondary
  21    * structure using an external service (currently Annotate3D for RNA only)
  22    */
  23   private static boolean externalSecondaryStructure = false;
  24
  25   private static boolean showSeqFeatures = true;
  26
  27   public static final String JMOL_PARSER = "JMolParser";
  28
  29   public static final String JALVIEW_PARSER = "JalViewParser";
  30
  31   public static final String MMCIF = "mmCIF";
  32
  33   public static final String PDB = "PDB";
  34
  35   /**
  36    * Determines the default file format for structure files to be downloaded
  37    * from the PDB sequence fetcher. Possible options include: PDB|mmCIF
  38    */
  39   private static String defaultStructureFileFormat = DBRefSource.PDB;
  40
  41   /**
  42    * Determines the parser used for parsing PDB format file. Possible options
  43    * are : JMolParser|JalveiwParser
  44    */
  45   private static String defaultPDBFileParser = JMOL_PARSER;
  46   public static void addSettings(boolean addAlignmentAnnotations,
  47           boolean predictSecStr, boolean externalSecStr)
  48   {
  49     StructureImportSettings.visibleChainAnnotation = addAlignmentAnnotations;
  50     StructureImportSettings.predictSecStr = predictSecStr;
  51     StructureImportSettings.externalSecondaryStructure = externalSecStr;
  52     StructureImportSettings.showSeqFeatures = true;
  53   }
  54
  55   public static boolean isVisibleChainAnnotation()
  56   {
  57     return visibleChainAnnotation;
  58   }
  59
  60   public static void setVisibleChainAnnotation(
  61           boolean visibleChainAnnotation)
  62   {
  63     StructureImportSettings.visibleChainAnnotation = visibleChainAnnotation;
  64   }
  65
  66   public static boolean isPredictSecondaryStructure()
  67   {
  68     return predictSecStr;
  69   }
  70
  71   public static void setPredictSecondaryStructure(
  72           boolean predictSecondaryStructure)
  73   {
  74     StructureImportSettings.predictSecStr = predictSecondaryStructure;
  75   }
  76
  77   public static boolean isExternalSecondaryStructure()
  78   {
  79     return externalSecondaryStructure;
  80   }
  81
  82   public static void setExternalSecondaryStructure(
  83           boolean externalSecondaryStructure)
  84   {
  85     StructureImportSettings.externalSecondaryStructure = externalSecondaryStructure;
  86   }
  87
  88   public static boolean isShowSeqFeatures()
  89   {
  90     return showSeqFeatures;
  91   }
  92
  93   public static void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
  94   {
  95     StructureImportSettings.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
  96   }
  97
  98   public static String getDefaultStructureFileFormat()
  99   {
 100     return defaultStructureFileFormat;
 101   }
 102
 103   public static void setDefaultStructureFileFormat(
 104           String defaultStructureFileFormat)
 105   {
 106     StructureImportSettings.defaultStructureFileFormat = defaultStructureFileFormat;
 107   }
 108
 109   public static String getDefaultPDBFileParser()
 110   {
 111     return defaultPDBFileParser;
 112   }
 113
 114   public static void setDefaultPDBFileParser(String defaultPDBFileParser)
 115   {
 116     StructureImportSettings.defaultPDBFileParser = defaultPDBFileParser;
 117   }
 118
 119 }