src/jalview/structure/StructureMapping.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.structure;
  19
  20 import jalview.datamodel.*;
  21
  22 public class StructureMapping
  23 {
  24   String mappingDetails;
  25
  26   SequenceI sequence;
  27
  28   String pdbfile;
  29
  30   String pdbid;
  31
  32   String pdbchain;
  33
  34   // Mapping index 0 is resNum, index 1 is atomNo
  35   int[][] mapping;
  36
  37   public StructureMapping(SequenceI seq, String pdbfile, String pdbid,
  38           String chain, int[][] mapping, String mappingDetails)
  39   {
  40     sequence = seq;
  41     this.pdbfile = pdbfile;
  42     this.pdbid = pdbid;
  43     this.pdbchain = chain;
  44     this.mapping = mapping;
  45     this.mappingDetails = mappingDetails;
  46   }
  47
  48   public SequenceI getSequence()
  49   {
  50     return sequence;
  51   }
  52
  53   public String getChain()
  54   {
  55     return pdbchain;
  56   }
  57
  58   public String getPdbId()
  59   {
  60     return pdbid;
  61   }
  62
  63   public int getAtomNum(int seqpos)
  64   {
  65     if (mapping.length > seqpos)
  66     {
  67       return mapping[seqpos][1];
  68     }
  69     else
  70     {
  71       return 0;
  72     }
  73   }
  74
  75   public int getPDBResNum(int seqpos)
  76   {
  77     if (mapping.length > seqpos)
  78     {
  79       return mapping[seqpos][0];
  80     }
  81     else
  82     {
  83       return 0;
  84     }
  85   }
  86
  87   public int getSeqPos(int pdbResNum)
  88   {
  89     for (int i = 0; i < mapping.length; i++)
  90     {
  91       if (mapping[i][0] == pdbResNum)
  92       {
  93         return i;
  94       }
  95     }
  96     return -1;
  97   }
  98 }