src/jalview/structure/StructureMapping.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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  18  */
  19 package jalview.structure;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 public class StructureMapping
  24 {
  25   String mappingDetails;
  26
  27   SequenceI sequence;
  28
  29   String pdbfile;
  30
  31   String pdbid;
  32
  33   String pdbchain;
  34
  35   // Mapping index 0 is resNum, index 1 is atomNo
  36   int[][] mapping;
  37
  38   public StructureMapping(SequenceI seq, String pdbfile, String pdbid,
  39           String chain, int[][] mapping, String mappingDetails)
  40   {
  41     sequence = seq;
  42     this.pdbfile = pdbfile;
  43     this.pdbid = pdbid;
  44     this.pdbchain = chain;
  45     this.mapping = mapping;
  46     this.mappingDetails = mappingDetails;
  47   }
  48
  49   public SequenceI getSequence()
  50   {
  51     return sequence;
  52   }
  53
  54   public String getChain()
  55   {
  56     return pdbchain;
  57   }
  58
  59   public String getPdbId()
  60   {
  61     return pdbid;
  62   }
  63
  64   public int getAtomNum(int seqpos)
  65   {
  66     if (mapping.length > seqpos)
  67     {
  68       return mapping[seqpos][1];
  69     }
  70     else
  71     {
  72       return 0;
  73     }
  74   }
  75
  76   public int getPDBResNum(int seqpos)
  77   {
  78     if (mapping.length > seqpos)
  79     {
  80       return mapping[seqpos][0];
  81     }
  82     else
  83     {
  84       return 0;
  85     }
  86   }
  87
  88   public int getSeqPos(int pdbResNum)
  89   {
  90     for (int i = 0; i < mapping.length; i++)
  91     {
  92       if (mapping[i][0] == pdbResNum)
  93       {
  94         return i;
  95       }
  96     }
  97     return -1;
  98   }
  99 }