src/jalview/structure/StructureMapping.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.structure;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 \r
  24 public class StructureMapping\r
  25 {\r
  26   String mappingDetails;\r
  27   SequenceI sequence;\r
  28   String pdbfile;\r
  29   String pdbid;\r
  30   String pdbchain;\r
  31 \r
  32   //Mapping index 0 is resNum, index 1 is atomNo\r
  33   int[][] mapping;\r
  34 \r
  35   public StructureMapping(SequenceI seq,\r
  36                           String pdbfile,\r
  37                           String pdbid,\r
  38                           String chain,\r
  39                           int[][] mapping,\r
  40                           String mappingDetails)\r
  41   {\r
  42     sequence = seq;\r
  43     this.pdbfile = pdbfile;\r
  44     this.pdbid = pdbid;\r
  45     this.pdbchain = chain;\r
  46     this.mapping = mapping;\r
  47     this.mappingDetails = mappingDetails;\r
  48   }\r
  49 \r
  50   public SequenceI getSequence()\r
  51   {\r
  52     return sequence;\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public String getChain()\r
  56   {\r
  57     return pdbchain;\r
  58   }\r
  59 \r
  60   public String getPdbId()\r
  61   {\r
  62     return pdbid;\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public int getAtomNum(int seqpos)\r
  66   {\r
  67     if (mapping.length > seqpos)\r
  68     {\r
  69       return mapping[seqpos][1];\r
  70     }\r
  71     else\r
  72     {\r
  73       return 0;\r
  74     }\r
  75   }\r
  76 \r
  77   public int getPDBResNum(int seqpos)\r
  78   {\r
  79     if (mapping.length > seqpos)\r
  80     {\r
  81       return mapping[seqpos][0];\r
  82     }\r
  83     else\r
  84     {\r
  85       return 0;\r
  86     }\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public int getSeqPos(int pdbResNum)\r
  90   {\r
  91     for (int i = 0; i < mapping.length; i++)\r
  92     {\r
  93       if (mapping[i][0] == pdbResNum)\r
  94       {\r
  95         return i;\r
  96       }\r
  97     }\r
  98     return -1;\r
  99   }\r
 100 }\r