src/jalview/urls/IdentifiersUrlProvider.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   4  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.urls;
  23
  24 import static jalview.util.UrlConstants.DB_ACCESSION;
  25 import static jalview.util.UrlConstants.DELIM;
  26 import static jalview.util.UrlConstants.SEP;
  27
  28 import jalview.util.UrlLink;
  29
  30 import java.io.FileNotFoundException;
  31 import java.io.FileReader;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.HashMap;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.StringTokenizer;
  38
  39 import org.json.simple.JSONArray;
  40 import org.json.simple.JSONObject;
  41 import org.json.simple.parser.JSONParser;
  42 import org.json.simple.parser.ParseException;
  43
  44 /**
  45  *
  46  * Implements the UrlProviderI interface for a UrlProvider object which serves
  47  * URLs from identifiers.org
  48  *
  49  * @author $author$
  50  * @version $Revision$
  51  */
  52 public class IdentifiersUrlProvider extends UrlProviderImpl
  53 {
  54
  55   private static final String LOCAL_KEY = "Local";
  56
  57   private static final String ID_ORG_KEY = "identifiers.org";
  58
  59   // map of string ids to urls
  60   private HashMap<String, UrlLink> urls;
  61
  62   // list of selected urls
  63   private ArrayList<String> selectedUrls;
  64
  65   public IdentifiersUrlProvider(String cachedUrlList)
  66   {
  67     urls = readIdentifiers(IdOrgSettings.getDownloadLocation());
  68     selectedUrls = new ArrayList<String>();
  69     checkSelectionMatchesUrls(cachedUrlList);
  70   }
  71
  72   /**
  73    * Read data from an identifiers.org download file
  74    *
  75    * @param idFileName
  76    *          name of identifiers.org download file
  77    * @return hashmap of identifiers.org data, keyed by MIRIAM id
  78    */
  79   private HashMap<String, UrlLink> readIdentifiers(
  80           String idFileName)
  81   {
  82     JSONParser parser = new JSONParser();
  83
  84     // identifiers.org data
  85     HashMap<String, UrlLink> idData = new HashMap<String, UrlLink>();
  86
  87     try
  88     {
  89       FileReader reader = new FileReader(idFileName);
  90       String key = "";
  91       JSONObject obj = (JSONObject) parser.parse(reader);
  92       if (obj.containsKey(ID_ORG_KEY))
  93       {
  94         key = ID_ORG_KEY;
  95       }
  96       else if (obj.containsKey(LOCAL_KEY))
  97       {
  98         key = LOCAL_KEY;
  99       }
 100       else
 101       {
 102         System.out
 103                 .println("Unexpected key returned from identifiers jalview service");
 104         return idData;
 105       }
 106
 107       JSONArray jsonarray = (JSONArray) obj.get(key);
 108
 109       // loop over each entry in JSON array and build HashMap entry
 110       for (int i = 0; i < jsonarray.size(); i++)
 111       {
 112         JSONObject item = (JSONObject) jsonarray.get(i);
 113
 114         String url = (String) item.get("url") + "/" + DELIM + DB_ACCESSION
 115                 + DELIM;
 116         UrlLink link = new UrlLink((String) item.get("name"), url,
 117                 (String) item.get("prefix"));
 118         idData.put((String) item.get("id"), link);
 119       }
 120     } catch (FileNotFoundException e)
 121     {
 122       e.printStackTrace();
 123       idData.clear();
 124     } catch (IOException e)
 125     {
 126       e.printStackTrace();
 127       idData.clear();
 128     } catch (ParseException e)
 129     {
 130       e.printStackTrace();
 131       idData.clear();
 132     }
 133     return idData;
 134   }
 135
 136   private void checkSelectionMatchesUrls(String cachedUrlList)
 137   {
 138     StringTokenizer st = new StringTokenizer(cachedUrlList, SEP);
 139     while (st.hasMoreElements())
 140     {
 141       String id = st.nextToken();
 142
 143       if (isMiriamId(id))
 144       {
 145         // this is an identifiers.org MIRIAM id
 146         if (urls.containsKey(id))
 147         {
 148           selectedUrls.add(id);
 149         }
 150       }
 151     }
 152
 153     // reset defaultUrl in case it is no longer selected
 154     setPrimaryUrl(primaryUrl);
 155   }
 156
 157   @Override
 158   public boolean setPrimaryUrl(String id)
 159   {
 160     if (urls.containsKey(id))
 161     {
 162       primaryUrl = id;
 163     }
 164     else
 165     {
 166       primaryUrl = null;
 167     }
 168
 169     return urls.containsKey(id);
 170   }
 171
 172   @Override
 173   public String writeUrlsAsString(boolean selected)
 174   {
 175     if (!selected)
 176     {
 177       return ""; // we don't cache unselected identifiers.org urls
 178     }
 179
 180     StringBuffer links = new StringBuffer();
 181     if (!selectedUrls.isEmpty())
 182     {
 183       for (String k : selectedUrls)
 184       {
 185         links.append(k);
 186         links.append(SEP);
 187       }
 188       // remove last SEP
 189       links.setLength(links.length() - 1);
 190     }
 191     return links.toString();
 192   }
 193
 194   @Override
 195   public List<String> getLinksForMenu()
 196   {
 197     List<String> links = new ArrayList<String>();
 198     for (String key : selectedUrls)
 199     {
 200       links.add(urls.get(key).toStringWithTarget());
 201     }
 202     return links;
 203   }
 204
 205   @Override
 206   public List<UrlLinkDisplay> getLinksForTable()
 207   {
 208     return super.getLinksForTable(urls, selectedUrls, false);
 209   }
 210
 211   @Override
 212   public void setUrlData(List<UrlLinkDisplay> links)
 213   {
 214     selectedUrls = new ArrayList<String>();
 215
 216     Iterator<UrlLinkDisplay> it = links.iterator();
 217     while (it.hasNext())
 218     {
 219       UrlLinkDisplay link = it.next();
 220
 221       // Handle links with MIRIAM ids only
 222       if (isMiriamId(link.getId()))
 223       {
 224         // select/deselect links accordingly and set default url
 225         if (urls.containsKey(link.getId()))
 226         {
 227           if (link.getIsSelected())
 228           {
 229             selectedUrls.add(link.getId());
 230           }
 231           if (link.getIsPrimary())
 232           {
 233             setPrimaryUrl(link.getId());
 234           }
 235         }
 236       }
 237     }
 238   }
 239
 240   @Override
 241   public String getPrimaryUrl(String seqid)
 242   {
 243     return super.getPrimaryUrl(seqid, urls);
 244   }
 245
 246   @Override
 247   public String getPrimaryUrlId()
 248   {
 249     return primaryUrl;
 250   }
 251
 252   @Override
 253   public String getPrimaryTarget(String seqid)
 254   {
 255     return null;
 256   }
 257
 258   @Override
 259   public String choosePrimaryUrl()
 260   {
 261     return null;
 262   }
 263
 264   @Override
 265   public boolean contains(String id)
 266   {
 267     return (urls.containsKey(id));
 268   }
 269 }