src/jalview/urls/UrlProviderImpl.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.urls;
  22
  23 import jalview.util.UrlLink;
  24
  25 import java.util.ArrayList;
  26 import java.util.HashMap;
  27 import java.util.List;
  28 import java.util.Map.Entry;
  29 import java.util.regex.Pattern;
  30
  31 /**
  32  * Leaf node of UrlProvider composite
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37
  38 public abstract class UrlProviderImpl implements UrlProviderI
  39 {
  40   // minimum length of substitution in url link string
  41   protected static final int MIN_SUBST_LENGTH = 4;
  42
  43   private static final Pattern MIRIAM_PATTERN = Pattern
  44           .compile("^MIR:\\d{8}$");
  45
  46   protected String defaultUrl;
  47
  48   protected String getDefaultUrl(String seqid, HashMap<String, UrlLink> urls)
  49   {
  50     if (seqid.length() < MIN_SUBST_LENGTH)
  51     {
  52       return null;
  53     }
  54     else if (defaultUrl == null)
  55     {
  56       return null;
  57     }
  58     else if (!urls.containsKey(defaultUrl))
  59     {
  60       return null;
  61     }
  62     else
  63     {
  64       String url = null;
  65       UrlLink urlLink = urls.get(defaultUrl);
  66       String[] defaultUrls = urlLink.makeUrls(seqid, true);
  67       if (defaultUrls == null || defaultUrls[0] == null
  68               || defaultUrls[0].length() < MIN_SUBST_LENGTH)
  69       {
  70         url = null;
  71       }
  72       else
  73       {
  74         // just take first URL made from regex
  75         url = defaultUrls[1];
  76       }
  77       return url;
  78     }
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public List<UrlLinkDisplay> getLinksForTable()
  83   {
  84     return null;
  85   }
  86
  87   protected ArrayList<UrlLinkDisplay> getLinksForTable(
  88           HashMap<String, UrlLink> urls, ArrayList<String> selectedUrls,
  89           boolean selected)
  90   {
  91     ArrayList<UrlLinkDisplay> displayLinks = new ArrayList<UrlLinkDisplay>();
  92     for (Entry<String, UrlLink> entry : urls.entrySet())
  93     {
  94       String key = entry.getKey();
  95       boolean isDefault = (key.equals(defaultUrl));
  96       boolean isSelected;
  97       if (selectedUrls != null)
  98       {
  99         isSelected = selectedUrls.contains(key);
 100       }
 101       else
 102       {
 103         isSelected = selected;
 104       }
 105       String displayLink = entry.getValue().getUrlWithToken();
 106       displayLinks.add(new UrlLinkDisplay(key, entry.getValue().getLabel(),
 107               displayLink, isSelected, isDefault));
 108     }
 109     return displayLinks;
 110   }
 111
 112   protected boolean isMiriamId(String id)
 113   {
 114     return MIRIAM_PATTERN.matcher(id).matches();
 115   }
 116
 117   @Override
 118   public boolean isUserEntry(String id)
 119   {
 120     return !isMiriamId(id);
 121   }
 122 }
 123